鄂尔泰在就任广西巡抚的途中，再擢为云贵总督，加兵部尚书衔，兼管云南、贵州、广西三省。升官之快，如坐直升机。
就在此时，发生了关于“改土归流”的争议。
原来，云南、贵州、广西、四川及湖南、湖北等地，居住着苗、彝、壮、白、瑶等少数民族，这些地方交通闭塞、习俗固弊，经济、文化落后，直至清初仍实行着野蛮的土司统治制度。
各处的大小土司如同部落主，广大土著居民皆是他们的奴隶和部卒，土地、山林、水源，包括土著居民人身全被土司占有，土司与土民成为世代不变的主仆关系。土司所到之处，土著居民都要跪地膜拜；土司有权对其“子民”任意处置，任意占有、转让、出卖；吃酒游乐时，常以射杀土著居民为戏；祭祖敬神，也把土著居民杀死作为牲祭；稍不如意，便用割耳、断指、抽筋、剥皮、宫阉等酷刑；至于夺其财物、勒交赋税更是随心所欲；土司都拥有军队，林立的大小土司，如同大小王国，对中央形成威胁；临近的官兵略加过问，马上刀兵相见。土司制度妨碍国家统一，阻碍地方经济、文化的进步。数百年来，也曾有过治理行为，但没有一个成功。
雍正即位之初，西南各省地方官纷纷上奏，要求解决这一重大问题。众臣认为，解决问题唯一办法是“改土归流”，即取消土司制度，改为一律由中央政府派官的流官制度。谁都知道这是好办法，但实行起来极难，因为土司们不会拱手让权。而要对他们用兵，官兵又难以与之抗衡。因此，也有的不主张改流。他们认为，雍正初政，若因改流引起西南各省战争，并非初政君王的“安边之道”。当时的云贵总督高其倬等主张用兵改流。因为，在云贵地区政府的行政命令多受土司抵制，连官兵的营盘都不断被土司派兵袭击、焚毁。贵州巡抚何世基、副将木世杰则激烈反对，从“柔远”和“安边”角度，提出“三不可剿”，不同意改土归流。
恰在此时，雍正任命鄂尔泰为云贵总督，目的就是让他去解决土司之患。鄂尔泰所部军队刚刚扎营，便遭土司甲兵骚扰，营房亦被焚烧。经过调查研究，他感到发兵出击，只能解决暂时的问题，若从长远计议，必须彻底根除土司统治制度，坚决实施“改土归流”的方针大计。他在奏折中阐述“改土归流”的原则：以用兵为前锋治其标，以根本改制治其本。对敢于反抗的土司，剿抚并用，顽抗到底者坚决剿灭；只要改悔，对抗过官兵的土司也一律宽免。重点策略是促土司投献，投献者给予安抚，表现好的可任其为政府的流官，尽量减少敌对情绪，减轻“改土归流”的阻力。
鄂尔泰的奏疏使雍正对实行“改土归流”下定了决心。他高兴地说：“好啊！鄂尔泰真是上天赐给我的奇臣啊！”
鄂尔泰恩威并用，剿抚结合，用了一些非常手段，西南地区改土归流取得显著业绩。有些地方的苗民反抗，也被他用兵残酷地平息下去。改土归流从客观上有利于中央对地方的统治，有利于国家的统一和安定，但这个过程中，也伴随着很多苦难，这也是不能否认的。
苗乱平定后，雍正皇帝下令嘉奖鄂尔泰及其部将，发银两犒劳平乱军队；对于没有参加叛乱的苗人，也给予一定赏赐。苗疆恢复安定后，鄂尔泰命令在云、贵边界外筑了一座桥，起名“庚戌桥”，以当年年号为名，纪念平定“苗乱”的业绩。
鄂尔泰对苗人用兵，其策略是坚决镇压，剿抚并用。平定叛乱后，他继续推行改土归流，并根据实际情况，在上述各省仍保留了一些土司、土目。用历史发展的眼光看，改土归流在客观上起了进步作用：它维护了祖国的统一完整，减少了一些剥削层次，有利于各族人民的经济文化交流，促进了少数民族区域的社会进步和经济发展。
当年，永昌边外孟连土司请求每年向朝廷纳银600两，鹤庆边外怒族人请求每年向朝廷贡献土产。鄂尔泰将此事奏请朝廷，雍正帝认为边外少数民族人心向化，主动纳贡，应予支持和鼓励，下令减少孟连纳贡的半数，怒族入贡，每次由朝廷送给食盐300斤。
雍正九年（1731年），鄂尔泰上疏请求朝廷重新划定乌蒙、镇沅、东川、威宁各县的区界，请求拨款兴修云南水利，清理嵩明州杨林海，开垦周围草塘；疏通宜良、寻甸诸河；围垦东川城北的漫海；修筑浪穹、羽河等河堤；加修临安等地工程，开辟通往广西的水上航线。这些建议，均为朝廷批准。上述工程的实施，促进了少数民族地区的社会经济发展。雍正十年（1732年），朝廷加封鄂尔泰为保和殿大学士兼兵部尚书，办理军机事务。因平定苗疆功大，鄂尔泰进世职一等精奇尼哈番，被授予世袭一等伯爵。
