光绪十一年（1885年）秋天，大学士连续出缺：八月，东阁大学士左宗棠在福建督师殁于军，年七十三，赠太傅，谥文襄，入祀昭忠祠、贤良祠，邮典甚优；九月，武英殿大学士灵桂病殁。荣禄为灵桂之婿，其时“闭门思过”已久，醇亲王对他的误会，亦已冰释，正复趋活跃之时。
十一月，协办大学士阎敬铭、恩承，分别升补左、灵的遗缺。阎敬铭本为户部尚书，正揆席后，不能再兼尚书，于是翁同龢由工部调户部，一直到光绪二十四年（1898年）四月被逐为止，始终掌握财权。
户部满尚书本为崇绮，因协承大学士吏部尚书恩承升大学士，崇绮循资调吏部；遗缺由工部尚书宗室福锟继任，并升协办大学士。同时阎敬铭依“大学士管部”的制度，仍管户部。福锟与翁同龢同在工部，此时同调户部，照旧合作。
户部同工部虽同为清朝中央日常行政部门，但情形大不相同。工部事务较简，职事清闲，而户部就不同了——户部是一国财政的中枢，钱粮出入之所，不特事务繁杂，责任重大，且因国家多故，支出浩繁，库藏空虚，财政严重拮据，尚书一职不宜担任。弄得不好，轻则为人指责唾骂，重则革职丢官。再对翁同龢来说，虽知识渊博，但理财非其所长。还在光绪初年，他担任户部右侍郎时，就说过：“曹事不能著力，自问亦不长于此，亦无此才力。”对国家财政的具体实际，外省的收支开销，农、工、商、关税、盐、厘等知之甚少。因此，要他担任这个职务实在是勉为其难。他在给陕甘总督谭钟麟的一封信中说：“弟宽闲已久，于麋鹿之性为宜，忽居繁剧，不禁汗骇。弟到农曹，无片刻安闲，公事多不应手，窃欲效二疏遗轨，所以迟迟者，国恩未报耳。”他本想力辞不就，只是考虑到“国恩未报”，所以，才硬着头皮就任。
翁同龢担任户部尚书后，办理的第一件重要公务，就是解决长期困扰中央与各省财政的西征军军饷问题。
光绪四年（1878年），左宗棠平定阿古柏叛乱，收复新疆后，清政府为了巩固西北的防务，仍在甘肃、新疆一带驻扎了大约100多营、5万多人的军队。这些军队每年所需饷银约在1180余万两，若遇上闰月，另需添银90余万两。军需之外，还有所谓的“善后经费”，每年动辄数十万两。由于勇无定数，饷无定额，通盘计算，西征军每年共耗近岁国家财政收入的六分之一。这对清政府来说，无疑是一个巨大的沉重负担。
西征军军饷主要来自各省关，即通常所说的“协饷”。自咸丰以后，天下扰攘，军兴不已，国家财政早已到了山穷水尽的地步。为了拨付西征军饷，各省关或搜刮库储，或向商借，剜肉补疮，设法筹解，尽管如此，仍是缓不济急，无法满足西征军的急需。西征军各营因饷需不足，咸谓“嗷嗷待哺”，“飞章告催”，或“借防兵士哗变，径直奏请中朝”。户部不得已，只好为之提拔，于封储洋税项下，动拨数万、数十万两不等，以救其急。但是，“此处甫行领完，彼处告急之电又至”，不得已，户部再为之借拨。而各营领到部款后，旧欠甫清，又有新亏，于是另向商借，甚至有些部队浮报兵勇人数，暗地偿还；或将应协之饷，明请抵补，结果是一款未清，又借一款，重重计息，越积越多。据不完全统计，到光绪十一年（1885年）年底，西征军各营借款，连同息银以及户部为之垫拨的853万两，总数超过2000万两。历任户部尚书因“库款空虚”，筹拨万难，无不为此焦虑不安。
翁同龢上任后，主持召开了有部堂官、南北两档房和十八司主稿参加的筹解西征军军饷的会议。在充分听取与会官员的意见之后，他与福锟、良冈、孙诒经等人联衔，代表户部向西太后进呈了一道有关西征军军饷不敷、务求节省的奏疏，提出停止葬银、红事赏银、军官廉俸、兵丁役食适当减折、一切支款均须减平等压缩西征军开支的措施，建议将“裁省所得之款，悉以供军”。这些措施虽经谕准，但实际裁后所得之款非常有限，根本解决不了西征军军饷和西征军各营的亏空。相反地，光绪十二年（1886年）户部为西征军各营垫拨的协银非但没有减少，反而比前一年多增加了30万两。
西征军军饷不仅是户部的一个沉重负担，而且也是各省关的一个沉重包袱。光绪十二年（1886年），江西、安徽、湖北等省因拨解西征协饷数目较大，咸以“既供本省各营，又顾西路协饷、预拨来年钱粮不足填补上年旧欠”为借口，要求停解；江苏、浙江、福建、山东、山西、河南等省则以西路协饷和筹办海防两者“势难兼顾”为由，要求改拨。李鸿章因筹办海防、编练北洋海军，也主张停拨西征协饷，而专办海防，故对以上各省拨解之说表示赞同。对于上述停解、改拨的意见，翁同龢均不赞成。
光绪十三年三月（1887年4月），翁同龢与其他户部堂官联衔，再次向西太后递交了一道长达万余字的《统筹新疆全局疏》，提出裁军、节饷、大兴屯政、统一事权等四项解决西征军军饷的办法。
西太后将翁同龢等户部官员的两道奏折发交军机大臣以及陕甘总督谭钟麟，新疆巡抚刘锦棠，驻新疆各军统兵大员金顺、荣全、张曜、锡纶等人复议，一致认为事属可行。根据他们的复奏意见和有关建议，翁同龢代表户部，会同吏、兵、工三部堂官，会商制定了有关裁兵、屯政的具体细节和措施。光绪十五年（1889年）经裁减后，西征军只剩下1万多人，是年屯田共收获粮食3000多万斤：不仅实现了驻军粮食自给，而且还有所剩余；既减轻了内地各省和户部的财政负担，又开发了新疆，对推动西北地区的社会经济发展起了积极作用。
