明珠长期贪赃弄权，早已是声名狼藉，恶名远播，康熙帝也洞悉其奸。康熙帝先只是对他提出警告，希望他有所收敛。康熙十八年（1679年）七月，康熙帝借京师地震事件向他及群臣发出警告，让他们“洗涤肺肠，公忠自矢”，指出他们做官后，家里都发了财，生活挺富裕了，却还要拉帮结派，徇私舞弊。如果再让他发现，就要国法从事，决不宽容！过了些日子，当众警告好像没能奏效，康熙帝便特地找明珠单独谈话，旁敲侧击地说：“如今当官像于成龙那样清廉的人太少了，十全十美确实难得。但是，如果把‘性理’一类谈修养、正人心的书多少看一些，就会使人感到惭愧。虽然人们不可能全照书上说的那样去行事，但也应该勉力而为、依理而行才好。”于成龙是当时有名的“天下第一廉吏”，康熙显然是想借于成龙来提醒明珠，但明珠仍然我行我素，对康熙的警告和提醒不以为然，毫无悔改之意。
康熙帝自有对付他的办法，早已为明珠准备好了克星，就像当年他把明珠作为索额图的克星一样。徐乾学进士及第后，逐渐依附明珠、高士奇以求得进用。康熙帝深知徐乾学在官员中一贯交通声气，在士大夫中有影响，就收罗他作为手中的一张牌，不断给予升迁。康熙二十四年（1685年），康熙命徐乾学入直南书房以示亲信，不久，又将徐乾学擢升左都御史。有一次，徐乾学在会议上与明珠的亲信佛伦发生了抵触，此外徐乾学过去曾因争夺士望而与余国柱结下深怨，因而他与明珠分道扬镳是势所必然的。
康熙二十七年（1688年）二月，在康熙授意下，徐乾学、高士奇唆使江南道御史郭琇上了著名的震动朝野的《纠大臣疏》。郭琇在疏中陈述明珠、余国柱背公营私等罪状共八款，指出明珠勾结党羽、卖官鬻爵、靡费河银、中饱私囊，其罪罄竹难书。康熙看过奏疏后，告诉吏部官员说：“国家建官分职，务必要精干、精廉，大要守法，小要廉法。”最后宣布革除明珠的大学士职务，余国柱也被革职。
不久，明珠被授为内大臣。康熙二十九年（1690年）六月，厄鲁特蒙古准噶尔部首领噶尔丹勾结沙俄反动势力起兵叛乱。康熙命抚远大将军、裕亲王福全统兵征噶尔丹，明珠被派去参赞军务。乌兰布通一战，噶尔丹战败，假装求和，夜间自大碛山逃走，清军没有追击噶尔丹而使之逃脱，明珠受牵连获罪，降四级留任。次年，复授其保和殿大学士。康熙三十五年（1696年）春，康熙御驾亲征噶尔丹，明珠负责督运西路军饷；五月，昭莫多之战，噶尔丹败走，清军胜利班师；第二年，康熙再次亲征，明珠扈从，至宁夏，又拨驼运饷，并运送银两颁发鄂尔多斯，随兵从征。不久，噶尔丹败死。明珠因两次从征有功，官复原级。康熙四十三年（1704年）三月，明珠与内大臣阿密达等一道参与赈济山东、直隶河间流入京师就食的饥民。康熙四十七年（1708年），明珠因病而逝，享年74岁。
