死海古卷和基督教的经典《新约》有很多相似之处：
语言。有时，死海古卷和《新约》都使用同样的术语表达想法，而且也没有发现这些术语在其他地方用来表达同样的意思。例如，有些古卷将所有的人划分为两种：光明之子和黑暗之子。在“约翰福音”中，人们遇到了同样的概念，耶稣甚至称自己的门徒为光明之子。另外一个相同之处便是把社群中的普通成员称为“众人”。圣徒保罗使用同一个术语称呼希腊哥林多教会的会众。
实践。一个人完全成为库姆兰艾赛尼教派成员时，便把自己的财产上缴。他可能还能使用这些财产，但是处置权却是在整个会社手中。在使徒行传的前几章中，也描述了早期的基督教徒实行公共财产制。据说，耶稣的跟随者共用一切。
两个团体处理内部争端的方式也相似，二者都教导成员，如果可能的话，自行解决争端。如果不能的话，他们要叫来一个证人，受侵犯一方要侵犯方在证人面前忏悔自己的坏行为。如果这一步失败了，这个事情要摆在全体会社面前来解决。
想法。这方面有很多例子，但是最为重要的一个便是，古卷会社和早期的基督教徒都认为自己是生活在末世的真正的以色列人。双方在阅读《圣经》的时候都有这种信念，并且认为预言指的是他们和他们的时代。他们都认为，以色列人作为一个民族不再是上帝的选民。库姆兰艾赛尼派认为，只有他们会得到拯救，而非其他犹太人，肯定也就没有非犹太人的份了。早期基督教徒中有一些犹太人，但更多的是非犹太人，他们认为自己是上帝的子民。他们也认为大多数犹太人拒绝了耶稣，因此也就在上帝和子民的盟约中丧失了自己的位置。两种人都指望将来有一个弥赛亚来领导。
尽管两个群体和他们的作品之间有很多相似之处，但是，死海羊皮卷和《新约》之间的相似之处实际暗示了不同之处，而且，最突出的就是不同之处——库姆兰人指望两个弥赛亚，一个是负责圣殿和仪式的弥赛亚，还有一个是即将统治世界的以色列的弥赛亚。大部分其他犹太人，包括早期基督徒，仅等待一个弥赛亚，也就是大卫王的子孙，他会恢复以色列在古代的辉煌。
研究人员分析部分艾赛尼人可能成了基督徒，但是，没有理由认为所有库姆兰艾赛尼派的成员都成了基督徒。相反，库姆兰人在耶稣离世之后，可能继续相信他们的救世主，他们依然留在库姆兰，直到生命的尽头。尽管如此，库姆兰会社和早期基督徒的相似之处表明，基督教从其母教——犹太教中借鉴了很多东西，尤其是后人在死海古卷中所见到的那种犹太教。
部分学者认为库姆兰艾赛尼派团体中有圣徒保罗参加。但在某些方面，保罗又在倡导人们反叛基本教义。福音书便记载了保罗怎样从一个基督教的迫害者变成了圣徒。
保罗的父母都是犹太人，住在西里西亚地区的大数城，位于小亚细亚的东南角。他们给儿子起的名字是扫罗。扫罗认识的人很多，罗马帝国的很多地方都有他的亲戚。他很小就被送到耶路撒冷上学。他虽然生为犹太人，同时又是罗马公民，地位相当特殊。罗马公民这一荣誉似乎是因为他父亲有功于罗马而获得的。那时，这个荣誉是一种保障，拥有它的人享有不少特权。
扫罗完成了学业（所有犹太儿童都要接受的常规教育）以后，就到做帐篷的师傅那里去当学徒。后来，他便自立门户，干起了这个行当。他是在法利赛学校接受的严格教育，因此，当大公会判处耶稣死刑时，他是打心眼里拥护的。随后，他积极加入了青年爱国者组织。这些青年致力于根除所谓的煽动性教义，也就是那个可恨的拿撒勒人耶稣，从加利利到犹大地四处传播的思想。
当初，司提反被乱石砸死的时候，扫罗就在现场，但是他眼看着这可怜人成了新信仰的第一个殉道者，没出半点力气去救他。扫罗总是领着一伙小流氓，打着古老律法的幌子犯下新的罪行，所以他几乎每天都会接触到耶稣的信徒。这些最早的基督徒与同时代的大多数人迥然不同，在个人品行方面堪称楷模。他们生活简朴而有节制，从不欺骗别人，对穷人乐善好施。邻居有困难，他们就慷慨相助。即使被推上绞架，他们还在为那些迫害自己的人祈祷。
起初，扫罗对此感到困惑不解。慢慢地，他开始明白，耶稣肯定不仅仅是一个煽动革命的人，否则，他就不可能让那些从来都没有和他见过面的人也如此虔诚。扫罗是个聪明的学生，而耶稣从来就是个非常聪明的老师。刹那间，扫罗理解了耶稣。他不事声张地认信耶稣为自己的主人，并且对他崇拜得五体投地。他的转变发生在一条偏僻的小道上。
那天，他正在去大马士革的路上。耶路撒冷宗教当局得到情报，城里不少犹太人开始接受基督的教义。于是耶路撒冷的大祭司就委托扫罗捎信给大马士革的大祭司，请求他把那些信仰异端邪说的人引渡到耶路撒冷受审并处决。
扫罗接受了这桩丑恶的差事，却高兴得像个孩子。但是，还没等他来到叙利亚的首都，忽然天上发出耀眼的亮光，光芒四射，扫罗扑倒在地，听见有责问声传来：“扫罗，扫罗，你为什么要逼迫我，你用脚踢倒是很难的！”
扫罗吓得魂不附体，忙问：“主啊！你是谁？”那声音回答：“我是你们所逼迫的耶稣。”
扫罗战战兢兢地问：“主啊，你要我做什么？”
“进城去，那里有人会告诉你应该做的事。”那声音回答。
与扫罗一起的人只听见声音，却看不见人，也说不出话来。耶稣离去后，他们才醒悟过来，把扫罗扶起，发现他什么也看不见了，便牵着他的手，引他走进大马士革。
吓坏了的扫罗进入大马士革之后，眼睛也瞎了，他一连三天不吃不喝，忧心忡忡地向上帝祷告。耶稣见了，便在异象中对信徒拿尼亚显现，说：“往大街上去，到犹大家里找大数人扫罗，他正在祈祷，你把手按在他头上，恢复他的视力。”
拿尼亚敬拜说：“主啊，我听说这人在耶路撒冷迫害你的门徒，这次他带人来大马士革，就是为了逮捕你的门徒，你还施恩于他么？”
“是的，你去吧，不要害怕，他是我挑选的要到外邦宣扬我名的人。我还要告诉你，为了宣扬我的名，他必遭受更多的苦难。”耶稣回答。
拿尼亚受耶稣的差遣，找到扫罗的住处，把手放在他头上，说：“扫罗兄弟，我是耶稣派来给你治眼睛的人，他还要我传给你圣灵。”
扫罗顿时感到自己充满圣灵，眼睛上好像有鳞片掉下来，立即见到光明，恢复了健康，他接受了施洗，成为耶稣的信徒，一改到大马士革的初衷，在犹太会堂大力宣讲耶稣是基督。
从那以后，他便被称作保罗。他以这个名字向异教徒传教，并因此闻名。保罗放弃了自己的职业，并应巴拿巴（他来自塞浦路斯岛，很早就改信了基督教）的邀请，前往安提阿。正是在那里，人们第一次用基督徒的名称，来公开称呼那些接受了耶稣的教义，不再去旧的犹太会堂做礼拜的人。
保罗并没有在安提阿呆多久，很快便开始了四处漫游的传教生涯。他走遍了罗马帝国的每一个角落，最终得到的奖赏，只是在某个不为人知的罗马墓地里的一座殉道者的坟墓。保罗一开始主要在小亚细亚的海滨城市布道，劝说很多人改信了基督教。希腊人跟得上保罗布道的思路，听得津津有味。他口才很好，能巧妙地化解听众的反对意见，给人留下了很深的印象，于是大家纷纷皈依。
但是，地中海许多港口城市的犹太人的基督教小团体，却对保罗恨之入骨，想方设法从中作梗，破坏他的工作。世世代代因循下来的种族偏见，不是一朝一夕可以消灭干净的。那些老实厚道的人觉得，保罗走得似乎有点过了头。因为他对那些信奉宙斯和密特拉的家伙过于友好，而他首先应当是个犹太人，其次才是他的基督教信念，而且还要尽可能遵循古老的摩西律法。
保罗试图向他们证明，这两种宗教之间毫无共同之处，一个人不可能既侍奉耶和华，又侍奉耶稣的上帝，这时候他们的不满就变成了公开的仇恨。有好几次，他们都想结果了这个可恶的帐篷匠。保罗明白了，基督教要想真正生存下去，就必须争取其他民众的支持，而同犹太教彻底决裂。
他依然留在小亚细亚，但在特罗亚（一个海港城市，离荷马吟唱过的特洛伊城的旧址不远）逗留时，他终于下定决心到欧洲去。他横渡赫勒斯洪海峡，径直来到位于马其顿腹地的重镇腓立比。
他如今在亚历山大的家乡，用自己熟悉的希腊语，第一次向西方的听众们宣讲耶稣的思想。还没等保罗多演讲几次，他就被捕入狱了。可是那里的人民喜欢他，让他悄悄地逃走了。这次不幸的经历一点也没有让保罗感到沮丧，他决心从敌人堡垒的内部发起进攻。他去了雅典，雅典人对他彬彬有礼。但由于过去的400年间，他们听到了太多的新教义，因此传教士已无法再激起他们的兴趣了。尽管保罗的工作没有受到任何阻挠，但没有人前来受洗。
在科林斯，保罗大获成功。这一点，可以从他随后写给科林斯信众的两封信中看出来。在信中，他详细阐释了自己的思想。这些思想随着时间的流逝，离那些令犹太基督徒倍感亲切的古老教条越来越远。
保罗在欧洲一呆就是好几年。所有日后传教工作的基础都已打好，他可以回到小亚细亚去了，那个属于他的世界。
他首先访问了西海岸的以弗所。自远古时代以来，那儿一直有一座狄安娜的神庙。狄安娜在希腊被称为阿耳忒弥斯，是阿波罗的孪生妹妹。她不仅仅是月亮女神，人们还相信她可以对一切生命产生影响。在他们的想像中，她比自己的父亲——宙斯的威力还大。这就好比在中世纪，耶稣的母亲马利亚受到的崇敬比耶稣本人还多一样。
保罗不了解该城的情况，他请求在当地的犹太会堂讲道。要求获得了批准，但犹太人没听几次当局就收回了成命。后来保罗就租了一间从前某个希腊哲学家的演讲厅，先后讲了两年道。这里或许可以称得上是第一座神学院。
以弗所同耶路撒冷一样，是一座宗教垄断了的城市。狄安娜神殿的祭祖活动给许许多多的人带来了好处。那里游人不断，香火旺盛，凡是来以弗所朝圣的人无不购买狄安娜神像带回去，神像的买卖因此十分兴隆。
假如保罗传教成功，对有着超自然能力、能创造奇迹的女神的古老信仰就会遭到破坏，此地的生意岂不是毁于一旦？于是金匠、银匠、神殿的祭司们坐不住了，和几年前他们在耶路撒冷的同行一样，要动手了。他们要杀害保罗，就和当初法利赛派和撒都该派要谋害耶稣一样。
保罗听到风声便逃跑了，不过他要做的工作已经完成了。以弗所的基督教团体已经很有力量，可以说是坚不可摧。尽管保罗从此再也没有访问过这座城市，以弗所还是成了早期基督教世界最重要的中心。据公元2~3世纪的编年史记载，确定了新教义最终解释的最早的几次会议，就是在这里召开的。
保罗年纪已经大了，他尝尽了人世间的种种艰辛，不知道自己还能活多久。在离开人世之前，他决定再度朝拜一下自己的主人殉难的地方，但许多人都告诫他不要去。耶路撒冷的所谓基督教团体，实际上是犹太教信仰的一个分支，那些不能容忍保罗以爱对待异教徒的人，每每提到他的名字就诅咒不已。保罗虽然在希腊取得了成功，但是在一个法利赛精神仍居统治地位的城市，他什么也没有。
对这种说法，保罗根本不肯相信。他刚刚迈入圣殿的大门，就被人认了出来。在场的人迅速围了过来，威胁要用私刑处死他。不过，罗马军队及时出面解了围，将他带到城堡。罗马人不知到底该拿他怎么办。起先，他们以为他是个煽动分子，从埃及来犹大地方制造事端，但当保罗证明自己是罗马公民时，他们立刻连连道歉，打开了防止他逃跑的手铐。
驻耶路撒冷的卫队司令吕西亚，发觉自己陷入与几年前的彼拉多相同的困境。他没有理由再继续审讯保罗，但维持秩序是他的职责。吕西亚批准犹太人将保罗带到大公会那里。耶路撒冷再次处于内战爆发的边缘。自从上次为剪除共同的敌人（耶稣）而匆匆结成联盟之后，法利赛派和撒都该人就一直后悔不迭，彼此间争吵不休，从而也使耶路撒冷的人民长期处于宗教冲突的骚乱之中。
在这种情况下，无法想像对保罗的审判会有什么公平可言。吕西亚明智地将保罗转移到城堡，在那里他是安全的，不会遭到暴徒的伤害。接着，趁还没有多少人发觉，他又把保罗送到了总督的官邸所在地——凯撒利亚。
保罗在凯撒利亚逗留了两年多，享受着无拘无束的自由生活。但犹太公会成员对他没完没了的指控，使他越来越厌倦。最后，他请求将自己送往罗马，向罗马皇帝当面解释事情的原委。作为一名罗马公民，他完全有权力这么做。
公元60年的秋天，保罗动身前往罗马。那是一次灾难性的旅行，载有使徒保罗的船在马耳他岛失事触礁。3个月后，保罗和他的同伴们才搭乘另一艘船到了意大利本土。公元61年，保罗抵达罗马城。在罗马，保罗似乎也享有充分的自由。罗马人的确没想怎么难为他，他们只是希望他不要再去耶路撒冷，免得再闹出什么乱子。他们对犹太教神学不感兴趣，自然不愿意审判一个连罗马人自己的法庭都认为无罪的人。
既然保罗不再对国家安全构成什么威胁，罗马人也就允许他来去自由。保罗充分利用了这一意想不到的机会——他在一个较贫困的居民区租了一间安静的小屋，又一次开始了传教工作。
保罗在生命的最后岁月里表现出非凡的勇气。他已经是个老人，在艰难困苦和颠沛流离中度过了20年的光阴。但是，监禁、鞭笞、石击（有一次他差点被自己的同胞用石头砸死），无止境的航行、跋涉和马背上的忍饥挨饿，相比起有朝一日在世界文明之都亲自宣讲耶稣的思想，这一切又算得了什么呢？至于他后来又奋斗了多长时间，最后的命运如何，后人无从得知，只能凭空猜测——公元64年，罗马爆发了一场极其愚昧的反基督教运动，而且很快波及帝国全境。罗马皇帝尼禄鼓动暴徒们杀害和掠夺所有皈依新信仰的人，保罗大概在这场大屠杀中遇难了。
从此以后，就再也没有听人提起过他的名字。今天的基督教会是保罗的一座纪念碑，而他是加利利通往罗马的桥梁。他拯救了基督教，使它不至于沦为犹太教的又一个小小宗派，他使基督教成为整个世界的宗教。
9 犹太战争
对照《新约》和死海古卷，二者有一定的关联。如《新约》中詹姆斯在信中所提及的“哪怕你只是破坏了犹太法一丁点，你就等于破坏了它的全部。所以，去做个守法者，而不是反叛者，做个实干家”之类的话，都能从古卷中找到完全一样的文字；而《新约》在谈到保罗和其他信徒间的冲突时，说保罗是“敌人、对手、撒谎者、统治者的喉舌，控制不了自己嘴巴的人”，和库姆兰团体的立场一致，甚至和库姆兰团体一样，他被形容是“谎言的喷嘴”。
于是，从这些相似性中，人们似乎能在詹姆斯团体和保罗的对峙，与羊皮书卷中所描写的“正义的教士”与“说谎者”之间的冲突，建立某种对应关系。保罗曾经是库姆兰团体的成员。库姆兰团体遵守犹太法，维护国家独立，反抗外来统治，抵制圣殿中供奉外来神，抗击一切外来事物。但保罗却主张改变教义中某些犹太人的做法，向非犹太世界传播基督教。詹姆斯团体和保罗追随者的冲突不断激化，于是保罗率领追随者叛出詹姆斯团体，四处游说，以完成基督教非犹太化的使命。
如果这样的假设成立，那么库姆兰社团就成为早期基督教的组织形式，死海古卷也成为基督教早期的教义。《新约》和《福音书》也只是保罗在传教的过程中不断修改而写成的，绝非基督教的最初教义。那么，如果保罗真的就是书卷里所说的“说谎者”的话，基督教教徒所一贯笃信的《圣经》还在多大程度保留了“神”的话语呢？
尽管现存的基督教与死海古卷中提到的库姆兰团体有惊人的相似，研究者们还是能轻易从中发现并不那么一致的地方。死海古卷虽然没提及任何具体事件，但在整体上，却传递着一种强烈的好战情绪。“上帝的真理，上帝之战，上帝的复仇，上帝的审判，上帝的回应，上帝的威力。这是个狂热崇拜上帝的团体。他们虔诚、正直、爱憎分明、永不妥协！”库姆兰团体战旗上的话，正是这种好战倾向的最好体现。可到了保罗笔下，弥赛亚却摇身一变，变成了一位希望我们去爱邻居，对于敌人不但不进行反抗，还要送上另一边脸去挨打的人。
对此，学者的解释是，古卷的内容只是强化了《福音书》中耶稣的矛盾之处，而非二者的背离。因为在《新约》中，耶稣一方面被描述为一个热爱和平的人；另一方面，为了净化圣殿又显得极其强硬。这一切不同的根源就在于保罗的传教。当保罗远离巴勒斯坦，踏上布道之旅时，相同的教义已被解释成与其原意截然不同的含义。和平主义取代了战斗精神；和睦相处取代了抵抗运动；精神上万能的弥赛亚，取代了发起圣战的弥赛亚；属于另一个世界的救世主终将降临的信仰，取代了现世的救世主终将降临的信仰……
这样改变的原因不难理解。一方面，直到耶稣死后，保罗才从小亚细亚来到巴勒斯坦。他的家庭很不错。他也从不认为自己是罗马人的敌人；相反，他认为自己是被罗马统治者保护着的罗马的臣民。政治立场上对罗马人的亲近，不可避免地会带来宗教信仰上的相对温和。另一方面，他是去向不信上帝的希腊人和罗马人传教，热爱邻居的耶稣，要远比库姆兰文献中所描述的好战且不适应新环境的弥赛亚更容易被人们接受和认同。当然，罗马统治者也曾明令只有不带任何威胁性的、没有战斗精神的、和平性质的弥赛亚运动才是可以容忍的。作为在《新约》中重要性仅次于耶稣的圣徒保罗对基督教教义所作的阐释，不可避免地要对后人的基督信仰产生极深的影响。
这样，通过对死海古卷的考察，基督教的流传似乎有了更完整的版本：詹姆斯率领的库姆兰宗教团体拒绝与敌人和睦相处，坚定地选择了反抗甚至赴死。这样，耶稣死后的整整一代犹太人，在一个预言的激励下英勇抗击着罗马统治者，投身到轰轰烈烈的犹太战争之中。预言说一位新的统治者即将到来，拯救苦难中的犹太人。但是最终救世主并没有出现，他们英勇的反抗变成了一场灾难。
公元66年，罗马总督弗洛卢斯指挥他的士兵大摇大摆地进入犹太人的圣殿，企图夺走圣殿中的财宝。士兵们杀死了许多前来阻止他们的犹太人。罗马人的暴行终于激怒了犹太人，他们积聚了多年的仇恨全面爆发了，他们在各地纷纷揭竿而起，拿起武器举行起义，反对罗马帝国的统治。史称“犹太战争”。
犹太人的起义很快席卷了整个巴勒斯坦，许多地方的罗马人都被杀死或赶走，建立了犹太人自己的政权机构。到后来，犹太人打击的目标也从罗马人扩大到其他非犹太人。罗马当局从各地调集了数万大军前来镇压起义。强大的罗马军团在韦斯巴芗的指挥下，最后打到了耶路撒冷城下，把这座圣城围困了起来。犹太起义者坚守着有三道城墙的耶路撒冷，同罗马人开展了浴血奋战。战斗断断续续进行了3年之久，直到罗马大军在将军狄托的统率下攻陷了耶路撒冷。当罗马军队突破了耶路撒冷最后一道城墙后，犹太起义者被迫退守到圣殿中。罗马人又用攻城的手段向圣殿发起攻击。6天后，圣殿也被攻陷了，绝大多数起义者视死如归。罗马士兵冲进圣殿，进行疯狂的杀戮，随后又放火焚烧了这座宏伟的圣殿。
有一位名叫约瑟福斯的犹太起义军首领在耶路撒冷城被攻破后投降了罗马人。但他后来一直因此在良心上感到不安。为了弥补自己贪生怕死的罪过，他写了一部叙述犹太战争的书。这部书中记录下了耶路撒冷陷落前后的惨烈场景。约瑟福斯写道，到后来的时候，城中狭窄的街道到处都是血污，在夏天的烈日下，尸体都发臭腐烂了。城中已没有什么食物了，稻草、兽皮、腐肉都被吃光了，连祭坛上的祭物都被吃掉了。但人们仍不愿向罗马人投降，因为他们深知自由的可贵。
耶路撒冷陷落后，一些犹太人继续在各地抵抗着罗马人。其中在死海之滨的马萨达要塞的抵抗时间最长，结局也最为悲壮。
马萨达原是希律王在死海南端沙漠中的一座岩石山顶上修筑的一个行宫，易守难攻，地势十分险要。耶路撒冷陷落后，一支起义的队伍退到这里，据守在山上的要塞中。他们靠自己种粮食、接雨水为生。罗马军队在山下围困了整整两年，最后靠数万士兵背土铺成了一条上山的道路，终于攻陷了要塞。当罗马将军锡尔瓦率军进入马萨达要塞后，发现山上的房屋和粮食已全被烧毁，要塞中只有960具男女老幼的尸体。原来，当山上的犹太人看到要塞已被罗马人攻破，为了避免被俘受辱，决定集体自杀。但是，犹太教律法却禁止犹太人自杀。于是，他们的首领便决定通过抽签挑选出10个人先杀死众人，10人中又由1人杀死其余9人，最后这个人再自杀。
马萨达要塞最后仍有7人侥幸活了下来：两名妇女和五个孩子。她们成了这一历史悲剧的见证人。后世的考古学家们也在马萨达发现了许多证实这些犹太英雄事迹的遗物。后来，马萨达成为了犹太人追求自由，宁死不屈的象征。如今以色列的新兵人伍后，都要被带到马萨达来进行宣誓：“马萨达将决不再陷落！”
