泰昌元年(1620)九月初一，年仅16岁的皇长子朱由校继承了因服食红丸而去世的明光宗的帝位，但登基不久就发生了着名“移宫案”，就是有人占据了应该由皇帝居住的乾清宫不愿意搬出来，然后官员们为了维护皇家的体制，就发动起来逼其迁出以及由此生出的一系列事端。皇帝的寝宫也有人敢占据吗？他们的目的又是什么呢？
“移宫案”紧承“红丸案”，是由前案中明光宗朱常洛的爱妃李选侍引起的，起因也在光宗朱常洛身上。原来，光宗的原配夫人郭氏在他还是太子的时候就病死了，光宗做了皇帝以后，一直没有册立皇后，身边只有才人、选侍、淑女侍候。其中有两名选侍，都姓李，一个住在东面，一个住在西面，故被分别称作东李、西李。东李老实，不得宠，西李就是此案的主角，长得漂亮，受宠于朱常洛。朱常洛将失去生母的长子朱由校交由西李抚养，五子朱由检则由东李抚养，西李并跟着朱常洛一起入住乾清宫。关于李选侍，史书对其记载不详，有可能是来自民间的秀女，也有人认为她就是万历宠妃郑贵妃为了讨好光宗而送给他享乐的八个美人之一。
万历四十八年，王皇后过世，而万历本人也生起了病，郑贵妃就以照顾皇帝为理由搬进了乾清宫中，此后一直到万历去世，她也没有搬出来。乾清宫是代表最高皇权的地方，具有象征意义。御史左光斗就说，乾清宫只有皇帝才能居住，即使后宫之中有人可以和皇帝一起入住，也只能是皇后。至于其他的妃子只能短暂接受皇帝的宠幸，不能长久居住，这不仅是为了避嫌，而且是为了辨别尊卑高下。郑贵妃是想借此要挟新皇帝光宗，捞取一些利益。因为，她在万历在时没能当上皇后，现在就想能当上皇太后。于是，郑贵妃就拉上李选侍一起商量，两人互相支持，一个要当皇太后，一个要当皇后。郑贵妃以不搬出乾清宫要挟皇帝答应她们的条件。可是，新皇帝迟迟不能搬进乾清宫，是朝廷官员们所不能容忍的事情，于是很快，兵科给事中杨涟、御史左光斗，还有吏部尚书周嘉谟等人就站出来直接向郑贵妃的家人施加压力，找来了郑贵妃的侄子，通过他去警告郑贵妃尽快搬出，否则后果自负。郑贵妃吓坏了，只好灰溜溜地搬回了自己住的慈宁宫。这样，即位了几天的光宗朱常洛才得以住进乾清宫。这次事件虽然闹出来的动静不大，但可以看做是后来“移宫案”的前奏。
光宗一死，李选侍就觊觎起皇太后的位置来。她仗着自己曾抚育过小皇帝，就密谋和宦官李进忠（即魏忠贤）互相勾结，逼朱由校答应封她为太后，并企图依前次移宫事件之例，利用朱由校年幼，挟持他长居皇帝住的乾清宫，以独揽大权。于是，移宫一案就正式开始了。由于光宗死得很突然，身边没有大臣看守，李选侍就首先将朱由校扣留在自己身边，并命人看守宫门，以免有人将小皇帝接走，同时就等待着来给光宗哭灵的百官，准备讨价还价，索要好处。而这时候，百官们已经得到了皇帝驾崩的消息，正在赶来，周嘉谟、左光斗、杨涟等人在路上就开始讨论如何辅助新皇帝的事情，由于朱由校尚未正式登基，并且生母、嫡母都死了，大家就讨论由谁来扶持新皇帝。官员们虽有不同的看法，但多数都同意一点，就是首先要摆脱李选侍对朱由校的控制。
杨涟提出，当务之急是赶紧将朱由校从李选侍身边接出来，大家一起三呼万岁，然后将其拥护出宫，这才是最好的选择。结果到了乾清宫门口，官员们都被李选侍安排的太监挡住了，还是杨涟比较干练，他将太监们呵斥下去，大家一拥而入，去给过世的光宗哭灵。哭完之后一看，没有发现朱由校。这时候侍候过光宗的太监王安就将李选侍藏起朱由校的事情给说出来，并由他哄劝李选侍，说只有得到大臣们的拥立才能当皇帝，所以朱由校必须要见百官，将其带了出来。之后官员们按照既定的计划，高呼万岁，然后匆匆将朱由校扶上轿子带出乾清宫，而李选侍这时候明白过来，赶紧追出，可是已经来不及了。关于这一过程，也有的说是太监王安获悉李选侍的阴谋后，向宫外的百官传出消息，然后才有下面的事情。总之，朱由校被护卫到慈庆宫暂住，并在几天之后被正式册封为太子，并着手准备登基的事情。
与此同时，杨涟等官员对李选侍仍居住在乾清宫也提出了看法，要求尽快将她赶出去，这样新皇帝继位才算是完全名实相符。他们用“武氏之祸”来比喻李选侍，说她想做武则天。而李选侍也很不甘心，仍想将朱由校接回自己身边，并和魏忠贤商量，想方设法要挽回败局。这样你来我往，拖了好几天。直到新皇帝登基前一天，百官们再也忍不下去了，纷纷冲到乾清宫门外大声喧叫，要李选侍快离开。在大臣们的严词逼迫下，加之有宫中太监王安等人的支持，李选侍看看招架不住了，只好匆匆决定移宫，搬了出去。到了九月初六，朱由校正式即帝位，搬进了乾清宫。由于李选侍移宫时十分仓促，还发生了宫内人员趁机盗窃宫中物品的事情，并由此牵扯出一些其他案件，这又是其余波了。
“明末三案”是万历末年以后最高统治集团内部争夺权力的激烈斗争的反映，反反复复，一直持续到明末。天启年间，因梃击、红丸、移宫三案的代表人物王之寀、孙慎行、邹元标、杨涟、左光斗等均系东林党人，而在魏忠贤专权后，与东林党对立的齐、楚、浙诸党官僚纷纷依附魏忠贤，结成阉党，并怂恿他汇集三案的材料，撰成了《三朝要典》，全面翻案，将涉案的东林党人纷纷打倒，三案成了魏忠贤杀人的口实。而到了明末崇祯年间，魏忠贤被惩办之后，三案又再次翻了回来。
