蒙古族的祖先同北方各民族一起，从远古社会开始生息繁衍在漠南漠北广袤的草原和森林中，生产方式以狩猎和游牧为主。由于生产力低下，蒙古族也和其他民族一样，处处受到自然界的威胁，在各种自然物和自然现象面前显得软弱无能，不知所措，并感到恐惧。
当人们认识到自然现象与人类的经济生活密切相关时，便产生了对自然现象的希冀，希望能得到它们的帮助、庇护，并能通过某种方式来控制自然，以便达到改善生产和生活条件的目的。因此，便产生了自然崇拜、图腾崇拜、祖先崇拜的原始宗教。由此，蒙古族的宗教即萨满教诞生了。
自然崇拜是最原始的崇拜形式之一。原始人认为自然物和自然力有灵魂、精神和无穷的力量。因此，他们崇拜和信仰自然物，所谓的最有威力和能保佑平安幸福的自然物和力量。自然崇拜物由于各民族的生存居住的地理环境而有所不同。蒙古族的自然崇拜物里主要包括天、地、火、敖包等。
天，蒙古语叫“腾格里”。蒙古人崇拜和信仰“上天”和“长生天”，认为天为蒙古人传下了人种，为蒙古人培育了五畜，为蒙古人赋予了力量。因此，每当有活动之前必提到上天之事，同时有拜天、祭天之俗。
崇拜大地也是神化自然力、崇拜自然力的信仰之一。蒙古人把大地作为神秘的超自然力量来崇拜，他们认为，大地是万物之母，是保护子女、“五畜”、“五谷”的女神。他们把上天和大地结合在一起，称上天为慈爱的父亲、称大地为慈祥的母亲。把天和地信奉地数化为“上九十九天，下七十七地”。蒙古人崇拜大地与崇拜长生天一样是从古代传承来的自然崇拜的表现形式。
日月为宇宙之光，蒙古人崇拜日月的核心是光。光和蒙古人有着不可分的缘分。蒙古人认为自己是光的后代。据《蒙古秘史》记载，孛儿只斤氏族的缔造者阿阑豁阿的丈夫死后，每夜日月之光从窗而射，光浸其腹，遂怀子而生。所以蒙古人把日月之光当作祖先来看待。
日月给人们温暖和光明，因此蒙古人特别崇拜它并通过祭祀来表达自己崇拜和敬畏之心愿，在漫长的历史长河中逐渐形成了拜日月习俗。他们每日清晨日出和正午日照时祭日，还在遇到灾害、病疫蔓延时也虔诚祭日，以求解脱。
蒙古人不仅崇拜日、月，也崇拜星宿。蒙古人对星宿的崇拜与他们的生产方式密不可分。因为以畜牧业为主的蒙古人不可避免地经常夜间放牧，并在多年观察夜空气象中产生了对星宿的崇拜和信仰。
蒙古人主要崇拜的星宿是北斗星，蒙古语称“道兰额布根”，即七老翁；北极星，蒙古语称为“阿勒坦嘎达斯”，即金钉子；三犬星，蒙古语称为“古日本瑙亥”，即三只犬，或称为“古日本敖敦”，即三颗星。
北斗星的祭祀在蒙古人的星宿祭祀里占重要地位，每月有固定的祭日。北极星，牧民把它视为方位星，夜幕中遇暴风雪迷路时，随时跪拜北极星求指路。三犬星，牧民把它看成为测时星。东升西落的三犬星在没有钟表的古代起到了夜间测定时间的作用，牧民夜牧或外出时随时叩拜三犬星观测时间。
蒙古人主要崇拜北斗星、北极星和三犬星这3个星座的习俗古已有之。据当代民俗学家波·少布的《蒙古风情》一书中记载，蒙古族除了祭祀这3种星座外，还对启明星、木梨星、火星、水星、银河星、牛郎星、织女星、南斗星等进行祭祀。
山水崇拜是古代蒙古族自然崇拜的重要组成部分。蒙古人认为高山峻岭、大江大河都有神灵存在。蒙古人把自己居住区域内的雄伟险峻的山称为神山，晶莹碧透的江湖称为神河，冬夏长流的泉为神泉来祭祀。他们认为神山、神河、神泉能保佑“五畜”兴旺、风调雨顺、人丁兴旺。因此，他们在日常生活和生产中不动神山神河的一草一木，不污染河水，并对它进行祭祀和膜拜。他们焚香诵经，祈祷山水神灵保佑蒙古人安康。
祭祀火是蒙古民族的古老传统习俗。在蒙古人看来火是神圣、纯洁的，它具有使一切东西净化的能力。正因为如此，蒙古人自古以来就有着用火净化万物之俗，以驱除所有的污秽之物，排除一切不良思想和清扫一切邪恶势力。
在古代，人去世后，接触过逝者所用的物品及人都要通过火的净化，即象征性地从火堆上迈过去。蒙古汗国时期的外国使臣、王公和其他人觐见及赠送的贡品，也都要经过火的净化才能会见皇帝和进入宫廷。
祭敖包蒙古语叫“敖包塔黑乎”。“敖包”也写作“鄂博”，蒙古语的意思是包和堆。敖包是一种用石块、泥土、柳条和砖等堆积而成的塔形建筑物。
在蒙古族古代社会，人们缺乏知识，没有科学地、正确地认识到自然力，被征服于自然力，恐惧于自然力，所以人们理解为一切自然现象都有神灵存在。当他们遇到自然灾害时，就认为和当地的风水有关。于是人们选一个最幽静、最险峻高处的地方建立一个敖包，认为这就是山水的神灵存在的地方而进行祭祀。
蒙古萨满教的自然崇拜，反映了人与自然的关系。萨满教的自然观，其实等同于古代思想家所说的“天人合一”的宇宙思想。“天”是人以外的一切自然，“天”与“人”就是人与自然的关系。
“万物有灵”论是萨满教的基本理论，由此产生了以无生命的自然事物、自然现象为主的自然神系统和包括有生命的动物神及植物神的生物神系统。在“万物有灵”论的指引下，萨满教将大自然赋予灵性，并对之进行重构、再生，使之超越它们原有纯粹自然的属性，从而成了神格化和人格化的观念体系，由此，得到了人们的崇拜和保护。超自然神灵的威慑，宗教信条的规范，久而久之，便自然内化为蒙古人心目中根深蒂固的生态道德。
在蒙古萨满教的图腾崇拜中，鹰具有重要地位，它是萨满化身的神物象征。蒙古萨满的起源离不开鹰。
据蒙古族古代传说，鹰是天的神鸟使者，它受命降临到人间，与部落头领成婚，生下了一个美丽的女孩，神鹰便传授给这个女孩与天及众神通灵的神术，并且用自己的羽毛给女孩编织成一件神衣，头上插上了羽毛做的神冠，让她遨游天界，最后把她培养成了一个了不起的世界上最早的“渥都根”，即女巫。这是解释蒙古族女巫来源的神话之一。
蒙古族萨满教中的男萨满，其最早化身也与鹰有血缘关系。据传说：世界初始，人间没有疾病，也没有死亡。过了不久，恶鬼向人间洒下疾病和死亡，人们才开始受苦受难。这时，众神就派鹰从天上来到人间相助。但是鹰降到地上，地上的人们既听不懂它的话，又无法弄清它来到人间到底是为什么，不得已，鹰便在众神脚下飞舞起来返回天上。这时，众神便命令鹰说，到地上以后，应该向最早遇到的人传授萨满的本领。
鹰再次来到了人间。它刚刚落地，就一眼看到一棵树下睡着一个女人，鹰便和这个女人相交，使她怀孕。此时，这个女人正处在暂时和丈夫分别的时期，待她重新回到丈夫那里，到足月时生下了一个男孩，这就是人间最早的男萨满。
鹰是猛禽猎鸟，它有着高超的飞翔技巧、凶猛的擒拿本领，让人感到神奇而敬畏。在残酷的自然环境面前，狩猎民族幻想着有鹰一样的本领。随着狩猎业的发展，狩猎民驯养鹰作为自己的助手，鹰更成为他们不可缺少的依靠。
从世界各民族对禽鸟的崇拜来看，鹰占有很大比重。特别是我国东北地区，凡信奉萨满教的民族，几乎都有自己的鹰神传说以及对鹰的各种禁忌和礼仪。
由于萨满是由神鹰孕化而来的传说，所以鹰便成了萨满始祖灵的象征物。萨满戴的神帽除了安装鹿角饰品作为法力标志外，还用铜制的飞鸟作为神鹰的标志。鹰是萨满神圣家族中独具特色的圣鸟，也是北方狩猎民和游牧民英武吉祥的象征。
除了鹰以外，蒙古族萨满还认为鹿能显灵，可以驱魔镇邪。所以，内蒙古巴尔虎、察哈尔、科尔沁等地区萨满巫师所戴的帽子都用铁皮制成鹿角加以装饰，所用的青铜镜和法鼓也都刻画着鹿的形象，说明蒙古族先民、特别是森林狩猎民曾以鹿为图腾神灵。
蒙古萨满还以天鹅为图腾。布里亚特蒙古族萨满在举行宗教仪式时，开始便要吟唱“天鹅祖先、桦树神杆”的颂诗。新疆蒙古人中也流传着白天鹅是蒙古人的祖先之说，蒙古高原曾有许多民族或部落将白天鹅作为吉祥的象征。
如果说自然崇拜和图腾崇拜是建立在朴素的唯物主义基础之上，那么蒙古族萨满教的祖先崇拜则带有较强的唯心色彩。记述蒙古民族形成、发展、壮大之历程的历史典籍《蒙古秘史》在谈到成吉思汗的祖源时，开篇写道：
成吉思汗的根源乃奉天命而生的孛儿帖·赤那，和他的妻子豁埃·马阑勒，渡过腾吉思来到斡难河源头的不峏罕·合勒敦山扎营下来。他们生下的儿子名为巴塔赤罕。
这里记载的故事其完整表述是：在北方，有一座林木茂密的额儿古涅·昆山，山上有一个山洞。一天，一只雄性苍狼从这个山洞里走出来，不久碰到了一只雌性白鹿。这只狼和这只鹿从遥远的贝加尔湖来到斡难河之源不儿罕山，然后定居下来。在上天的安排下，狼和鹿相爱了，鹿为狼生下一个最有出息，后来登临帝位的儿子，这个儿子名叫巴塔赤哈罕。他就是成吉思汗的祖先。
其中的苍狼就是孛儿帖·赤那，白色的鹿就是豁埃·马阑勒。这个传说昭示人们，蒙古族祖先与狼和鹿的亲缘关系，即蒙古族把狼和鹿作为图腾而加以崇拜。从而，蒙古族也产生了狼图腾狼具有勇敢、智慧、顽强、尊严、忍耐、永不满足、永不言败、不屈不挠、视死如归、友爱亲情、轮番作战、配合默契、重视团队精神，不争食、不互斗、爱子、护群及家族责任感等美德，同时又是蒙古人的兽祖、宗师、战神、草原生态的平衡者。而鹿则无疑是美丽、善良、温纯、大爱、母性的光辉典范。狼鹿联姻，以至于成为了蒙古族的共同图腾崇拜。
由于《蒙古秘史》在开篇中记录了狼的图腾史实，狼图腾便被人们牢牢地记录了下来。从传说中的苍狼、惨白的鹿相配生下的蒙古族祖先巴塔赤哈罕到成吉思汗，已经过了22世。成吉思汗征服西夏时下令不准杀戮苍狼、花鹿，足见狼图腾和鹿图腾崇拜在蒙古族中的流传是源远流长的。
