史包纪、志、表、传四体，各史所同，而其分目则各有同异。《明史》表、传二门，表凡五种：其《诸王》《功臣》《外戚》《宰辅》四种为前史所曾有，又有《七卿表》一种则前史无之。明之官制，为汉以后所未有，其设六部，略仿周之六官，魏以录尚书事总揽国政，六曹尚书只为尚书省或中书省之曹属，直至元代皆因之，明始废中书省，六部尚书遂为最高行政长官。又设都御史，其先称御史大夫，承元代之御史台而设，谓之都察院。六部一院之长官，品秩最高，谓之七卿。此制由明创始，故《七卿表》亦为《明史》创例。
传则《后妃》《诸王》《公主》文武大臣相次而下，皆为前史所已有。其为专传者，除《外国》《西域》两目亦沿前史外，尚有十五目，而前史已有者十二目，前史未有者三目。前史已有者：《循吏》《儒林》《文苑》《忠义》《孝义》《隐逸》《方伎》《外戚》《列女》《宦官》《佞幸》《奸臣》；前史所无者：《阉党》《流贼》《土司》。此亦应世变而增设，其故可得而言。
宦官无代不能为患，而以明代为极甚。历代宦官与士大夫为对立，士大夫决不与宦官为缘。明代则士大夫之大有作为者，亦往往有宦官为之助而始有以自见。逮其后为他一阉及彼阉之党所持，往往于正人君子亦加以附阉之罪名而无可辨。宪宗、孝宗时之怀恩，有美名，同时权阉若梁芳、汪直，士大夫为所窘者，颇恃恩以自壮，后亦未尝以比恩为罪。其他若于谦之恃有兴安，张居正之恃有冯保，杨涟、左光斗移宫之役恃有王安，欲为士大夫任天下事，非得一阉为内主不能有济。其后冯保、王安为他阉所挤，而居正、涟、光斗亦以交通冯保、王安为罪，当时即以居正、涟、光斗为阉党矣。史言阉党，固非谓居正、涟、光斗等，然明之士大夫不能尽脱宦官之手而独有作为。贤者且然，其不肖者靡然唯阉是附，盖势所必至矣。其立为专传，为《明史》之特例者一也。
集众起事，无根据，随路裹胁，不久踞城邑者，自古多有。自汉黄巾以下，其事皆叙入当事之将帅传中，无有为立专传者。唯《唐书》列《黄巢传》，谓之逆臣，与安禄山等并列。明自唐赛儿起事，于永乐年间为始，其后正统间之叶宗留、邓茂七，天顺间之李添保、黄萧养，成化间之刘千斤、李胡子，正德间之刘六、刘七、齐彦名、赵疯子及江西王钰五、王浩八等，四川蓝廷瑞、鄢本恕等，嘉靖间之曾一本，天启间之徐鸿儒，崇祯初之刘香，亦皆见于当事将帅传中。其特立《流贼》一传，所传止李自成、张献忠，盖以其力至亡明，与黄巢之亡唐相等，特为专传。明无拥兵久乱之逆臣可以连类，遂直以此名传，而民变之起，则由民生日蹙，人心思变，可为鉴戒。其立为专传，为《明史》特例者二也。
西南自古为中国边障，《周书·牧誓》有庸、蜀、羌、髳、微、卢、彭、濮之人，武王率以伐纣。战国时庄囗 王滇，汉通西南夷，唐设羁縻州。自湖广而四川，而云南，而贵州，而广西，广阔数千里，历代以来，自相君长，中朝授以官秩，而不易其酋豪，土官土吏，久已有之。但未能区画普遍，至元而司府州县额以赋役，其酋长无不欲得中朝爵禄名号以统摄其所属之人，于是土司之制定矣。明既因元旧，而开国以后亦颇以兵力建置，其官名多仍元代，曰宣慰司，曰宣抚司，曰招讨司，曰安抚司，曰长官司，率以其土酋为之，故名土司，但亦往往有府、州、县之名错出其间。嘉靖间，定府、州、县等土官隶吏部验封司；宣慰、招讨等土官隶兵部武选司。隶验封者，布政司领之；隶武选者，都指挥领之。文武相维，比于中土，盖成经久之制，与前代羁縻之意有殊，但终与内地郡县有授任之期、有考绩之法者不同，故与郡县相别叙述。其立为专传，为《明史》之特例者三也。
