刘国轩说：“施琅出任福建水师提督这个情报，我已在上次会议传述过了，今天召集开会，主要是研究重定防务，我们台湾，港道迂回、地势狭窄、波涛湍急，可谓至险至固，从这点上看，这里不是可以力斗取胜之地，施琅当年固是一员海上猛将，可他在陆上生活十几年了，现在也已成为老旱鸭子了，不足为惧，现在军士中有恐施症，这是要不得的，我们要的是加强斗志、加强防务、加强防守，我们不怕打仗，更不怕施琅。我们中的许多将领身经四十年战争烽火，又拥有矢忠矢勇的官兵，我们一定能够打退施琅的各种进攻！”
会后，刘国轩率领有关将领，达澎湖进行视察，他乘坐快艇仔细巡视了这里的大大小小三十六屿，下令在控扼澎湖澳口的鸡笼屿、风柜尾各设一个重炮台，在四角山、中心湾以及虎中、楠盘屿各设一座炮台，东寺、西寺内外堑增设炮台，妈祖庙进一步加固城防，整个澎湖组成了一个火力纵横交错网，如此周密的军事防守，一些将领也称颂过去没见过。
刘国轩说：“我要亲自出守澎湖与施琅老儿在此决一死战！”
接着，刘国轩回到台湾岛，与郑聪、冯锡范等文武官员巡视了战舰和鹿耳门防务、鸡笼防务，指示加固城墙、开沟浚濠、架设火炮、紧严守御，立功者奖，失败者斩。
施琅抵达厦门，他的好多亲朋故旧都来拜见，可是他一个都不见，因为他没有时间应酬，他把所有的精力都用在对台湾用武力征剿上，选拔将领，整船练兵，同时还对台湾派出密侦人员潜其内部搜集情报，联络过去旧部，作为内应。这些具体战备工作，他进行得很顺利，没受到大的阻碍，可是在何时进攻台湾这个大事上，利用北风还是南风，他与总督姚启圣的方案完全相异，发生了分歧。为了不影响征战，完成皇帝交给他的重任，施琅上书奏请皇帝，要求专征的报告，他说：“倘若皇上信臣愚忠，独任臣的讨贼，令都巡二臣粮饷接应，俾臣整搠官兵，时常在海上操练，勿限时日，风利可行，臣即督发进取，出其不意，攻其不备，何难一鼓而下。事若不效，治臣之罪。”
施琅这个意见，请求皇帝批准他独掌征剿台湾的指挥大权，是防止总督和提督之间由于对事情的看法不同，意见不一致，影响进军大事。
还是施琅刚到福州任上不久，总督姚启圣就对施琅说，要利用冬季常有的北风分兵两路：一取台湾，一攻澎湖。
“我认为季风不利于我，看来一路顺风，如果风向骤变，船舰飘散去指挥将不堪设想，明年三四月间，可利用北风减弱的时候进兵当为有力，我的意见不是兵分两路，而是集中兵力攻取澎湖，扼住其咽喉，台湾将自溃。”
这样，两个人的意见完全不同，明显的分歧，不但影响了军事计划的实施，渐渐涉及到个人的感情。
这个问题的出现，原因很复杂，它涉及到皇权、王权、体制，是历史学家的事情。我们只叙述这个中的故事。单说这清朝王权是“以满制汉，以文治武的办法，作为统治一切。各地遇有大的战争发生，前线最高指挥官一般都由满族八旗将领担任；而作为文官的各省总督、巡抚对直接统兵作战的提督、总兵等武将拥有节制权力。
攻台方略是经皇帝谕准，进行朱批，按照惯例所有的武力攻台决策中，均都提出在福建的八旗将军喇哈达、总督姚启圣、巡抚吴兴祚同水师提督共同进剿。皇帝决定重新任用施琅并在瀛台赐宴中，也语重心长地对施琅说：攻台要与将军、总督、巡抚商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾，明确指定谁为攻台的清军主帅。如按一般常规，主帅应是八旗将军喇哈达。可是康熙又看到，这个喇哈达让他骑射，无疑他是一员骁将，称得上是“巴图鲁”，要是他指挥渡海，他才是真正的旱鸭子，过不了江，而且这个人对于攻占的言行，都是同康熙唱反调的，能把这样的人作为攻台这台戏唱主角吗？所以，康熙曾启用汉将。
可是这件事闹到他的面前，确使康熙有点头痛，一时踌躇起来，这时正好李光地上奏，回闽探母，就问他：“李爱卿，施琅在福建情形如何，你可知道一二？”
李光地微笑地说：“听说督都、将军等人都与他合不来，并且上奏到皇上这里！”
“爱卿不妨说说看。”
“这两个人，一个一心为国，不为己，一个一心为国，二心为己，所以把事情闹到皇上这里了。”
“爱卿再把这为国为己详细为朕说来好吗？”
李光地道：“姚启圣不惜官位、身家性命多次举荐施琅，他的出发点是一心为国，为我大清一统江山荐才；同时姚总督在对台湾招抚工作，著有成绩，在争取郑军、瓦解郑氏集团做了大量卓有成效的工作，但他想征台湾，再立新功！而姚总督文攻他是强手，但他在武备上是纸上谈兵，施大人与姚大人的意见相左，便出在这上，施大人以他一个海战军事家的眼光而不顾友谊情面，力陈要圣上交给他专征大权，为的是不受干扰、掣肘，心存只有国家统一这一条。”
“你这样一说，朕的心里明亮了。”康熙说：“这两个人不合的缘起，是由南北风之争。”
“这是征台比起练兵、选将还重要的一个问题。”李光地说：“乘南风用兵，在我看来这是施琅一生海战经验的一个总结、创造，十分中有九分胜。而乘北风呢？十分有一二分胜。”
“朕不懂海上的学问。”
“海上风讯，北风夜间大，白日小，南风则白日有，夜间无。澎湖与台湾有海沟，这里不可轻进，要进需要急进，若不能急进，白日北风小，尚可在水上依泊，至夜狂风作，即便有百万战舰，都可能被吹得七零八落，无踪无影。战舰一入大洋，辽阔无垠，即便再高的指挥者，要想把北风吹散的舰船再聚拢来，非一月之久不可。乘北风这不是侥幸于万一吗？这种胜败由天，难道不是十分中只有一二分胜？”
“那么，用南风呢？”
“我先向圣上描述一下船舰入海的情形。”李光地说：“我们向澎湖、台湾进取，施琅清楚那里的情形，可并不是所有几百上千只船舰的指挥者、水兵们都熟悉，就是施琅，他也只熟悉他那时候的郑军布防情况，今日刘国轩不知在那里加强了多少倍，具体情形他也不掌握，这在军事上需要侦察，甚至火力侦察。用南风，首先于侦察敌情有利，南风缓，夜更静，一日不进，则可抛岸一日，两日不进，则可抛洋两日，而于此间可获得大量敌情。”
“施琅用兵、用心于此，朕明白了。”
“船舰一入澎湖沟，则有进无退。只能顺水而进，而不是顺水而退。”
康熙听得津津有味，不住点头。他这时才认识到施琅《密陈东征论》的真实用意，他自言自语地说道：“古者用兵，正如施琅采用奇计，声东击西……然后出其不意而收之”。
康熙听了李光地的一席话，豁然开朗，但他对征台事宜慎而又慎，还是召开了议政王大臣会议，召集大学士议论，最后他采纳了明珠的奏疏，曰：“如果专用一人领兵进剿，可以保证成功。若两人同往，难免彼此掣肘。陛下不妨只派施琅一人进军。”
康熙挑灯彻夜不眠，为征台事做了新的部署，朱批道：“消灭海寇，关系重大，着施琅相机自行进剿。总督姚启圣、巡抚吴兴祚同心协力，攒立粮草，不得有误。”
现在，施琅全力为攻台作最后军事准备，他现在有水师官兵二万有余，大小战船三百余艘。他的这些部队分别部署在厦门、金门、海坛、铜山四个水师总镇和闽安、烽火、围头、平海、浯屿水师五营。
关于军情的报告是：刘国轩已将大批商船改成了炮船，所有文武官员的私船也被通知进行修缮，以备征用。调集到澎湖的军队已有二万多人，各类大小战船二百多艘。刘国轩又抽调了大批屯田的佃丁民兵增援澎湖。在台湾岛，郑军镇营的官兵已把所有眷口集中到承天府、安平镇，要各要塞、港口兵死战到底。
还有市情报告为：台湾同日本、吕宋、南洋各国所有贸易中断、洋贩无资，仅台湾田赋所入，不足供官兵俸饷；再加上大批种田青年人被抽丁入伍，耕获不能及时，稻粮不给，米价腾贵，每把价银五六两，饿殍遍地，人心摇动……
施琅考虑对兵用兵，光有水师还不够，必须还得有陆师，姚启圣应其所请，从督、抚标下，陆路提督标下，福宁、兴化、漳州、漳浦四个陆师镇营中，抽调了大批兵力，总计两万多人马，两百多艘战舰拨付施琅统一指挥。这样，水陆两军合计，施琅麾下已有四万多人马，五百多艘战舰，在数量上占绝对优势。
康熙二十二年元月，康熙皇帝向施琅发布急令：“速进兵！”
“速进兵！”施琅命令进剿台湾各路大军，开进铜山平海澳集结。这里原是郑成功的一个造船地，由龙虎山和牛眼睛头两片低矮的山脉合围而成的一个大海湾，东北方向就是澎湖，晴朗天气，从这里南遣可以看到南澳。
铜山码头，旌旗招展，万头攒动，船舰如标……
施琅将在码头上举行誓师。
这天骄阳似火、万里响晴、南风习习，确为出征选了一个好天气。施琅健步从兵士中间走出，精神矍铄、银发飘飘，他的后面由四个大汉抬着一口楠木棺材，上有一副对联：
为统一捐驱，
以花甲报国
人们见施琅到来，全场一片肃敬，此时掉地一根针也能听见响声。这个瞬间，让人感到悲壮、振奋。他的后面是吴启爵等将领陪同。
施琅一一检查了各路兵马配备的大小火炮、鹿铳、喷筒、角弓、战舰、火箭、火罐、药弹、炮子、枪械、英国药品及火柴、粮禾、干练袍套、缎靴、笠帽各类军需物品。
南风刮起来了……
红日东升，紫云高照，排空卷浪，码头上战旗猎猎，战舰都在忙着做起航准备，紧张有秩序的忙着。
“升帐！”
旗舰立刻响起三声礼炮。
海面南风吹来，和风温柔，浪花追逐着浪花，拍打着出征的船舰，海面上飘着白沫和海藻，海鸥在上空飞舞着，也在观看着出征的将士。
施琅拔出宝剑，这是皇帝在他临行时所赐，向空中一指，道：“皇恩浩荡，本提督奉天子圣命，出征征剿郑逆，代天行道，祈望我军出师顺利，一统凯旋。”
下面是一片欢呼：“我师必胜！”
“全军起锚开拔！”旗舰上的旗手打出了旗语。
在南风中，施琅率领的大清舰队浩浩荡荡地向东而发，在战舰中，旗舰上一面面宝兰缎面的将旗迎风招展，旗上两边绣着“钦差大臣，太子少保，统领水师靖海将军左都督，旗中间突现一个大字：“施”。
大旗下面，施琅身披战袍，手握单筒望远镜，精神抖擞地站在指挥塔上，指挥船舰编队而行。
铜山很快就落入后面沉入海中，前边是一片茫茫无际的大海，浪涛翻滚。
“全速前进！”舰队迅速地执行着旗舰的统帅、指挥。
就在施琅乘风破浪挥师向澎湖时，刘国轩的密探向他报告：“施琅已调集水师在铜山集结，看来不日即行向我进取……”
“下去。”刘国轩根本不要听这种报告，他对密探轻蔑地说：“你以为施琅是玩水的孩子，六月风涛莫测，我不相信他会贸然行师！他在铜山集结水师，不过是虚张声势给你我看的罢了！”
施琅指挥的战舰已在海上行驶一整天了，大海在一片火烧云中渐渐隐去了它的热情，拉起了黑色的帷幕，将天、海和船全罩在其中了。
“挂灯！”旗舰上发出了指令。
海上立刻出现奇观，千点万点灯火连成一片，就像一座飘动的城市，光辉璀璨，美不胜收。
新的黎明在海上升起，喷薄欲出的红日一下跃出海面，把海水染红，海鸥也醒来了，围着战舰在歌唱，好多鱼儿追迎着船舰，饱食着船上抛下的残食，这仍是一个暖烘烘而和风轻柔的好天气。
施琅的旗舰上，在指挥着战舰不断变换队形向前挺进，朝着澎湖岛进发。
“报告，前面就是澎湖……”
施琅：“传令，各舰做好战斗准备。”
传令刚下，只见船行对面出现一片黑糊糊的蘑菇状东西，再驶近一程，用望远镜已经查看清楚了，澎湖，接近澎湖了。
正在这时，澎湖外堑的瞭望楼上，响起报警炮声。
一名传令急急跑进刘国轩的作战室，报告说：“由西南方向开来大批船舰……”
“再仔细观察。”刘国轩同时传令：“海面发现大清船舰，陆路诸将进入战斗准备，用炮火横截攻打，勿使敌军湾泊寄碇。水师诸镇，将大山炮舰环泊于娘娘宫前，东西峙各要口守候。”
刘国轩将令箭发出去后，仍处在一种惊疑之中，他喃喃地说：“在这种风波不测的季节，他还是来了……”
在施琅的指挥下，清军大队舟师已经逼近澎湖，并向西南面的花屿、猫屿、八罩岛一带靠近。这些孤岛正如陈四孩和谍报人员侦察所说，没有郑军阵地，只在海面上设快哨守讯，这些小船根本没有战斗力，望风而逃。
施琅的旗舰发出指令：分队，寄泊。
战船如同轻捷的燕子，向陡峭的海边靠去。
施琅对他身边的吴启爵说：“吴公，这里的刘国轩是我的老搭档，我们来到此地，不可不同他打个招呼。”
“好多年没见面了！”吴启爵笑笑说。
施琅把在厦门由笔帖式起草给刘国轩的信函，令人送到岛上。
刘国轩看过施琅给他的信，冷冷一笑，不无讽喻地说：“这个施琅原是明朝游击，亡归延平，再投清，可谓勇于舍旧的三姓之臣啊！”
在清军压境的情势下，大家不知怎样回答他的话好。
刘国轩说：“此书是施琅对我劝降的。我刘国轩比不上你施琅见风使舵，我只有一句话：君存与存，君亡与亡。”
刘国轩当即给施琅送信人回复道：“请你转告施将军，他与我是昔日的旧交，今日是敌手，他想打，我想防卫，胜败未卜，我如何能自丧志气，甘作大明叛将？”
施琅听完信使对刘国轩的话传达之后，说：“刘国轩确实老了，好不识相，那只有用我们的船舰跟他‘对话’了！”
“我们已经做到了，先礼后兵！”吴启爵说。
澎湖岛上一片阴云飘过，刘国轩以逸待劳，坚守不出。他冷笑一声说：“我在这里等你呐，棺材我已经为你准备好了！”
“开炮！”施琅在旗舰上传令船舰，按预定方略展开攻势。
“开炮！开炮！”
“开炮……”
海上顿时升起炮火的烟，遮天蔽日，炮弹落在敌军的阵地，掀起一团团砂黄尘和砂石，整个海面上、岛上不久便弥漫在烟雾、火海之中。
“围攻岛屿，抢占滩头！”经过半天的血战，前锋蓝理已经冲过敌人火网，驶近岸边，施琅急速向他命令：“冲上去！”
一颗流弹在蓝理身边爆炸，他手捂着肚腹，肠子顺着炸开的伤口流出，他仍高声指挥：“督战速进，怯战者斩！”
“集中兵力，五打一，梅花阵！”施琅根据战事，变幻着战术。
大清舰队向敌舰勇往直前，拼杀过去。
两军的前锋战舰已经接阵，火炮已经失去作用，两舰相对、相接，先是箭如雨星，炮如爆豆，火箭激射，接着是双方跃入对方的船舰，展开白刃格斗，进行厮杀。
炮火、硝烟、箭矢、刀枪、火……澎湖列岛的海域上演着亘古没有的战斗，死伤战士的血染红了海水，在搏击中，大清军队由开始时的失利转为占据上风，将士们愈战愈勇，各个奋不顾身，杀得刘国轩渐次不支，有受伤的船舰开始撤退，顺风而逃，有的跳入海中，泅水向清军投降。
刘国轩怎么也没想到，他苦心经营几十年的澎湖是这样不堪一击。他的指挥舰开始撤退、逃离，只有他的前锋舰仍在负隅顽抗。
施琅在旗舰上指挥，发令：“全线追击，抢占滩头，登陆！”
“全线追击……抢占滩头……登陆……”
大清水师发挥着它无比强大的威力，打得敌人落花流水，叫爹叫娘……
炮声渐渐小了，刘国轩带着他残兵败将，指挥着他的残破的船舰撤出了澎湖，硝烟也渐渐飘散了，初战告捷，夕阳西照下，施琅、吴启爵等将领首先登上了澎湖岛。
施琅在岛上传令各船舰将领：“严密把守、监视澎湖各出口要地，兵不卸甲，弓不离身，炮不离膛，严防刘国轩乘夜潮反扑！”
