随后，耿精忠下令福州城全城戒严，控制了城内的清廷官员，包围缴械了全部的清兵，并且抓捕各色的满清密探，以便封锁消息。他同时又向所属外围部队下令，肃清各地的官员和清兵驻军，控制当地局势，同时悄悄加强了朝清兵主力一线的警戒。
与此同时，早就集结在闽南泉州附近的三万沐家军，在主将刘国轩，副将刘进忠刘一舟的带领下急速北上，在水师高佑民部的策应下前出攻打福州。而另外一路明军万余人则由陆路从漳平出发，朝耿精忠部控制的永安进发，力争双方尽快会师，然后趁着清兵还不清楚，就展开一场大的突袭，力争一战底定福建全局。
再说福州一线，面对沐王府大军的猛烈炮火，马尾连江长乐等地的清兵望风而逃，败往福州，仅仅两天的时间，沐王府大军就兵临福州城下，随后两军展开了激烈的交战。虽然此时在福州城驻守了近三万的清兵精锐，外加近两万名各处的败兵，兵力依旧十分雄厚，不过面对明军强大的水师和凌厉的火器，加之士气受挫，而且还有部分原属耿精忠的部下捣鬼放水，清兵水陆两面连败数仗。
其中大败的就有三场，第一场大的战事，就是双方的水师大战，这也是一场最毫无悬念的战斗。虽然近几个月来，为了对抗明军的水师，康亲王在原属耿家水师的基础上，扩建成立了一支闽江水师，其中有大小舰只近百艘，人员近三千人，可是由于组建时日尚短，士兵素质较差，配合生疏，战法也很落后，而且船只太小，加装配置的火力也十分有限，所以面对明军水师的强大火力，几乎毫无还手之力。
此战双方在福州城外的江面展开交火，尽管清兵一方依托城防炮火和占据上游的有利地势，而且面对的也仅仅只是明军的一支分舰队，大小战舰四十余艘，可是由于双方的火力差距过大，明军的火炮无论是数量、威力还是射程，都远远超出清兵的水陆两面的总和，在经过一番激烈交火之后，明军付出了大小五艘船只沉没，死伤三百余人的代价，全歼了清兵闽江水师，成功的肃清了江面。
闽江口一战，沐王府水师大获全胜，俘获清兵近一千余人，大小船只五十余艘，还同时摧毁和消灭了福州城的大部分城防火炮，这样就为后续攻城打开了通道，此后双方展开第二场战事。
由于水师全军覆没，于是清兵决定在陆上作些文章，想依靠自家的骑兵优势，趁夜对明军陆上的两万大军进行偷袭，打破明军水陆合围的计划。却不料明军对此早有防备，在大寨之内还挖掘了陷阱，修筑了两道防御工事，布置了一个大大的死亡陷阱。开战之后，明军故意示弱，让清兵实现突破，进入到大寨里面，然后集中火力关门打狗，对突进大营的清兵展开屠杀。
最终，分两个方向偷营的七千满蒙铁骑，除了最后面的两千余人及时反应过来后逃出大寨，其余的四千多人遭到了密集火炮打击和排队枪毙，大部分人员被当场击毙，少部分人员被俘。此战之后，福州清兵的骑兵部队基本被打残，机动战力损失殆尽，而明军在收拢了近两千匹完好的战马之后，扩建了两个骑兵团，机动能力则大大加强。
眼见水师和骑兵都被击败，主力人员损失过万，清兵兵力已经处于劣势，只好退守福州附近，修筑工事进行固守。不过很快就被明军用火力一一摧毁，攻破防线，这样在损失了数千兵力之后，清兵全部撤退进入福州城，依托城墙固守。
不过此时清兵已经颓势尽显，士气低落，兵力不足，加之后勤也基本被切断，困守孤城，所以毫无战心。面对明军的火炮优势，清兵的人马损失惨重，无力抵挡，再加上有原属耿精忠部的清兵充当内应，趁夜打开城门，于是福州城被迅速攻破，清兵全线崩溃，最终连夜弃城，一路败逃向南平。也算他们比较幸运，竟然在途中遇见了耿精忠举事之后，从南平方向提前逃出的一些密探，有幸得知了耿精忠已经再次反叛的消息，于是连忙改道向闽北屏南一线逃窜，勉强跳出了被明军两线夹击合围的境地。
然后这路清兵在受到明军的追击后继续逃亡，一路逃归进入浙江境内，才勉强站稳脚跟。经过一路逃亡和汇合败军之后，最后仅有不到两万人逃回，虽然伤亡过半，却也通过分兵层层狙击，拖延住了明军的追击，让沐王府企图全歼这路清兵的计划基本失败。
在攻略福州和附近各县城之后，沐王府大军主力同时分兵沿闽江北上，直指南平府，三日后与耿精忠部汇合，然后趁清兵还处于混乱的时候，联合朝建宁府发起猛攻，一月半之内连续攻克了建宁、建阳、崇安、松溪、浦城等县，基本扫清了福建全境的清兵，兵锋直指闽北天险仙霞关。不过由于不少清兵的败军基本都逃回这里，而且有满清平南将军赖塔坐镇此地，仅关上大营就集结了近两万人马，依仗地形进行坚守，在经过试探性进攻后，眼看难以攻克此天险，于是明军凭借地形，就地修筑起了三道防线，隔山口和清兵对峙起来。
此战之后，满清再次退出福建，沐王府的地盘再度扩大。然后在沐剑声的命令下，由刘国轩、曾养性和陈近南进行主持，两家军队重新进行了混编，裁撤了数千的老兵，然后以刘一舟为主将，白文选高佑民为副将，率领一万陆军和三千水师驻守福州；以刘国轩为主将，曾养性刘进忠为副将，率领三万大军展开对附近各县的攻略，很快占领了邵武、建州、三明、宁化、泰宁等州县，与驻守在闽北仙霞岭的杰书所部五万大军远远对峙。
由于对耿精忠所部的反叛准备不足，缺乏足够的应对措施，因此康亲王吃了一个大亏，本来他是十余万大军分据几处要害，隐隐对耿精忠的包围圈，时机成熟就可以拿下对方，却生生被对手逐个击溃，占领了几处要害。数万清兵败退数百里，基本退出了福建，现在在福建仅剩仙霞岭关隘要冲和寿宁北面的两处要点进行坚守，虽然在兵力上依旧占优，但是战力却难言必胜，而且由于一路上山路险阻后勤漫长的问题，与对方便利的水运形成对比，战略态势已经陷入被动。杰书随后遭到了康熙的严厉申斥，责令他戴罪立功，尽快打通南下的通道，不过此时清兵新败，毫无战心，杰书只能固守自保。
此战之后，明军一方基本收复了福建绝大部分地盘，消除了对方对于台湾和闽南各地的威胁，而且所占地域再次增加六府三十余县，人口增加百余万，这样王府总的控制人口已经突破千万，而军队数量也达到了二十四万余人，进一步接近了对手。
在此番大战进行的同时，盘踞福建多年的耿精忠随后也离开南平，携家属随舰队前往广州觐见监国，并且同时给朝廷献上了价值二百多万两的各项供奉，以示诚心归附。同时为了保住其余的私财，他又花费了近百万两的财物，和原本在福建境内的大部分不动产，向朝廷各个要员都予以进献。
不得不说，耿精忠此人的确够精明的，而且舍得花费，明知道大家都惦记自家的那些财物，于是就预先花费重金提前都打点到位，堵住大家的嘴巴。这样他虽然损耗了数百万两的资财，但是另外的那些私财却得以保全，而且还借机把福建境内那些烫手的资产予以了处理，保证了后世子孙十余代的富贵，可谓一举数得。
为了以此人为楷模，随后经过一番仪式之后，监国大人下诏，以耿精忠献地、进贡，并且配合明军大败清兵有功，赦免了耿精忠及其祖父辈昔日的一系列叛国行径，另外册封他本人为越国公，集贤阁学士，外加吕宋留守府副指挥使兼领兵部侍郎衔，同时夫人儿子也皆有荫赏，全家限期移住吕宋天海城居住，结束了他割据一方的生活。
虽然看起来他的损失十分大，而且也退出了争霸天下的行列，可是却消除了自家的过往罪名和诸多隐患，还保住了大部分家财，就此成功洗白，一家人此后长享数十辈富贵太平，也算是受益不小。
与此同时，其得力部下曾养性被封为顺昌伯，领总兵职衔，白文选为顺义伯，领副总兵衔，陈梦雷封古田伯，领福州知府，其余文武各人也皆有封赏，而麾下三万大军也在经过整编之后，分由各人继续统帅。就这样，在整合了原耿部人马后，沐王府基本上完成了对此前南方各个实力派系的征讨和巧取，真正实现了军政一统，并于随后继续结盟吴三桂一方，针对清廷南方各线，展开后续攻势。
