在整个西班牙舰队逃窜的过程中，四周大大小小的要塞炮继续进行射击，后续又击伤了多艘敌舰，尽管西班牙舰只也进行了还击，不过他们的这些炮弹，面对用水泥石块修筑的坚固工事，不过就是个挠痒痒的效果，各个炮台几乎毫发未伤。
随后经过了小半个时辰的逃窜，西班牙舰队总算逃出海峡，进入到外海。此时已经到了午后申时，西班牙人在外海重新集结整队，发现仅剩下不足半数的十七艘舰船，其中还包括六艘带轻伤的舰只，其余船只已经全部掉队，其结果自然不言而与。眼看实力大损，知道此次远征已经失败，为了保存住这剩余的舰只，于是阿尔瓦雷斯下令立刻整队返航，准备与后面的补给舰队汇合后逃回泗水。
不过大明水师怎么可能就此放他们轻松离开，除了留下少数的船只看押俘虏的敌船外，主力船队已经从海湾紧追而出，一路紧咬着对手不放。而沐剑声眼看海战取胜，于是也登上一艘路过的军舰，随同水师一起行动，继续追击敌军，痛打落水狗。
在后续追击的过程中，又有两艘西班牙人的战舰因为船帆破损而速度持续下降，眼看逃跑无路后，它干脆就停了下来，准备螳臂当车，想要为主力舰队的逃离争取更多的时间。不过随后就被迅速包围，面对大小近三十余艘大明舰只，它完全无法招架，仅仅二十来分钟时间，就被对方密集的火炮送入海底。不过利用这宝贵的时间，加之夜色来临，西班牙舰队借助此助，终于摆脱了敌人的追击。
再说南面沧海国的袁承志，不久前得到了沿海村镇和渔船被西班牙人炮击的消息，立刻被西班牙人的野蛮暴行彻底激怒，下令集合全部剩余的水师船只，准备北上吕宋，参加在那里进行的海战，协助明军，力争能够打败夷人，为那些死去的平民报仇。
经过一番集合整顿，他们最终凑齐了大小四十余艘战船，其中有四级风帆战舰一艘，五级战舰两艘，六级战舰两艘，老式福船战舰五艘，其余小型战舰三十几艘，舰队由麾下的头号水师大将倪浩统领，摆出阵型朝吕宋驶去，准备协助沐王府的水军，对西班牙人发起夹击。
次日清晨，在巴拉望岛中段的西部海域，沧海国水师与败逃返回的西班牙舰队迎面相遇，一家是报仇心切，一家是急于逃命，于是再度爆发了一场海上的激战。
面对狼狈逃窜之敌，沧海国的水师为了截击敌人，以五艘福船为主，二十余艘小型战舰为辅，摆出了一个大型的五花型战阵，正面迎击敌军，阻挡敌船的前进路线，又以其余主力战舰在两翼展开，发挥侧舷的火力进行夹击，从而能够最大限度的发挥出了自家的战力，这样也算得上是拼尽全力，最大限度的杀伤对手。
而西班牙人面对这种困局，为了抓紧时间逃命，则完全置生死于不顾，整个舰队排列为梭型阵势，径直对准对手阵型的空当处，施行了中央突破的战术。为了摆脱身后的强大追兵，他们此刻也是拼了老命，放手一搏。而且关键一点，他们此时是为了尽快逃命，已经没有时间来从容调整阵型，按照正常的套路来和对手展开一场阵地战，只能用这种刺刀见红的战术迅速突围。
由于火炮质量与数量的差距，加上士兵的技战术水平差距，所以沧海国的水师很难对敌方的船只造成重大的伤害，从而把敌人阻挡在战阵之外，完成阻击西班牙人的任务，反而是西班牙人冒死冲锋，想要强行在敌人的阵型中杀出了一条血路。
在将近一个时辰的激烈交战中，西班牙人以一艘战舰沉没，五艘战舰再度负伤的代价，击沉了对方大小战舰近十艘，击伤撞伤对手多只战舰，然后得以成功的实现突破，穿透了对方的密集阵型，破围而出。不过由于双方激战的炮声，也给后续追击的明军水师指引了方向，眼看着沐王府的水师即将追近，他们已经无力援救受伤掉队的船只，只好继续不管不顾的向南而逃。
此时一心阻截敌人的沧海国水师虽然死伤不少，不过他们的努力也没有白费，总算争取到了一些时间，让大明水师得以赶上敌人的脚步，很快就到达战场。随后双方联系之后迅速展开合作，再度俘虏了对方掉队的四艘受伤舰只，由一些小型船只押送回天海城，随后大明水师的二十余艘战舰与沧海国水师剩余的二十余艘战舰合兵一处，整合了队伍之后，在沐剑声的命令之下，继续南下追击敌军。
到了初五的中午，大明和沧海国混合水师舰队大小舰只五十余艘，追击到爪哇岛泗水码头附近，成功的把西班牙远征舰队剩余的十几艘战舰和另外的几艘商船，团团堵在了泗水码头里面。由于西班牙人没有料到敌人竟然敢追击至此，因此准备不足，在经过了随后不到一个时辰的短暂交火后，西班牙舰队的船只大多负伤，而且弹药也基本告尽，已经无力再战。
阿尔瓦雷斯将军意识到了战局已经无法逆转，即使再打下去，不过是让手下的士兵徒劳的为此死去，最终本着对士兵生命负责的态度，他下令全军停止抵抗，打出白旗缴械投降，于是这场惊心动魄的旷世海战，堪称是世界史近几十年来少有规模的大海战，比之三次英荷大海战更加激烈的南海大海战终于落下帷幕，此战以大明舰队一方获得全胜，而西班牙远征舰队全军覆没作为最终结果。
此战也成为了此后数百年里，世界海战史上的一次经典战例，被世界各国军事指挥家和爱好者研究宣讲，西班牙人的屡次错误，明军的充分准备和正确指挥以及后续大胆的追击，都成了决定胜负走向的重要因素，同时，作为西班牙人盟友的荷兰人，也被列为极其无能的一方，成为反面教材的典型。
要说荷兰殖民者，开始时一直以旁观者的角色冷眼相待，恨不得两家同归于尽才好。不过他们在心里，还是认为西班牙人舰队获取海战的胜利将毫无悬念，因为西班牙的远征舰队规模的确十分的庞大，即便是放眼欧洲各国，要组织这样一支舰队，也要花费不小的功夫。而根据战前的情报，目前大明的舰队规模也就是西班牙人一半的规模，因此他们根本就没有到西班牙人会战败，从而提前作一些应急准备和后续接应的行动。在他们预料中，西班牙人先期将会获取海战胜利，但是后续轮到陆战时将会被拖入泥潭，自然就会向自家求援，那时就可以谋取更多的利益了。
当然他们也很想集结舰队，以接应支援西班牙人的名义趁火打劫，可惜随着三次英荷大战，荷兰人也是伤筋动骨，海军舰只损失庞大，所以不得不从各处分舰队抽调船只，加强其本土舰队的力量。如今他们的印度洋水师，也不过勉强维持住在印度洋的交通往来，还不好直接火中取栗，对于此次海战只能是坐山观虎斗了。
所以，当大明舰队浩浩荡荡的云集泗水港口，荷兰人极为意外，也根本就无法阻止大明舰队的后续行动，作出有效的应对来拯救盟友，只能坐视西班牙人被全歼。
事后荷兰人的总督后悔万分，认为因为自己的短视，错过了一次扭转战局、趁火打劫的机会，如果此时能够预先集结水师力量，暂时与在印度洋上的英国人达成谅解，然后双方临时性的合兵一处，来支援西班牙人，说不定就能够在泗水港附近围歼大明水师，从而实现一场大逆转。而后世的许多军迷，也对此时荷兰人的表现感到十分迷惑，觉得他们的总督太不称职，在此次大战中毫无作为，在东方帝国崛起一事上，负有不可推卸的责任。
事实也的确如此，假设沐王府在此次海战当中没有快速完胜，而是与对方打成一场消耗战，那么等到战事结束，沐王府的水师舰队也将遭受重创，而这结果也将会使得后续作战变得困难，将大大影响到他后续的大陆作战计划，沐王府统一天下的时间会加长，难度将倍增，甚至会因为错过一些良机，再一次在中国形成南北朝对峙的局面。
如果是这样的话，那么也就不会有后来疆域辽阔广大的东方帝国了，更加不会有另外一场黄祸。而另外一种假设，就是如果荷兰人能够预先想到西班牙人的失败，准备好应对措施，那么南下追击的大明水师极有可能反胜为败，那样战局迁延下，即便是不能攻克吕宋岛，不过起码能够夺回制海权，起码可以在吕宋岛附近建立前进基地，为后续的战事打下好的基础。
