最后经过整顿重编，最终留下了一艘二级战舰镇海号为旗舰，两艘三级战舰平寇号、灭寇号为骨干，外加三艘四级战舰，五艘五级战舰，七艘六级战舰和二十余艘福船战舰，以及小型战舰五十余艘，补给船只十余艘，以旗舰镇海号为核心，组成了吕宋分舰队，由张兴海为舰队主将，罗大柱为副将，全员共有水军七千余人。
同时，因为在吕宋海战中的突出表现，这支舰队又特意被命名为烈焰舰队，舰队分为两大部分，其中主力一部有四千余人，常年驻守在苏州湾，主要担负着防守天海城和吕宋大岛的重任，另外一部则南下进驻三宝颜，继续对吕宋南部的盘龙群岛海域展开巡查，剿灭这片海域的海盗，同时着手收编训练摩罗人的零散水师，在一边肃清海疆的同时，继续缓步扩充自身实力。
然后，为了巡防琼州岛各个港口和附近水域，震慑安南，以一艘三级战舰征寇号为旗舰，下辖一艘四级战舰，四艘五、六级战舰，以及二十余艘小型战舰，水军共计两千余人，组建了琼州巡逻分舰队，以贺大纲为主将，沐剑声的义子沐孝为副将，负责琼州岛四周和北部湾海域的安全，兼顾护航过往的商船，同时保证与吴三桂一方的贸易路线的安全，责任也不小。
为了维护陪都广州的安全，沐剑声下令，参照琼州分舰队规模，旗舰为三级战舰轸寇号，下辖各种战舰三十余艘，建立了珠江舰队；同时又以十只小型战舰为核心主力，外加一些辅助船只，建立起了三支珠江分舰队，各有水军千余人，分别负责珠江内河水域东面、西面、北面三个方向水路的安全，同时兼代运送各种物资，配合陆军守护地方，拱卫广州城外围安全，整个珠江舰队人员超过五千人，由高佑民担任主将，唐古城为副将。
另外，又建立了规模稍小的闽江巡航舰队，主要维护福州至南平段水域的安全，兼顾维护闽北大军的后路及给养运输，这只分舰队共有大小战舰三十余艘，共有水军两千余人，由去年率部来投的李西华的老泰山戚三江为主将，姚启圣的儿子姚仪为副将。
而王府水师的主力舰队，依旧由白寒枫为主帅，施琅为副将，瓦罗斯为参将，麾下共一万三千余人，将驻防在厦门、漳州、金门、澎湖附近海域，主要防护台湾海峡，兼顾接应各方。下辖的舰只包括旗舰定远号，这是一艘一级风帆战舰，这也是王府参照之前俘虏西班牙人旗舰的内部结构和火力配置，然后进行了部分优化之后，所新建的一艘全新的战舰，全舰载员达八百余人，加装了王府最新式的舰炮九十余座，战力基本超过了同级别的战舰，十分惊人。
此外还有两艘新建的新式二级战舰平海号、定海号，三艘三级战舰荡寇号、靖寇号、讨寇号，五艘四级战舰和二十余艘五、六级战舰，以及大小福船战舰五十余艘，其余小型战舰一百多艘，艨艟走舸三百多艘，补给船只二十余艘，实力可谓超强。现在全体的水师官兵正紧张的进行操练战阵，为以后即将进攻的远征江南作准备。
这样统计下来，目前王府的水师共有三万六千余人，大小战舰近千艘，而为了配合这些水师作战，目前王府在吕宋的天海城、三宝颜、苏州湾，琼州的琼山、崖州、文昌，广东的广州、崖山、汕头，福建厦门、福州、泉州，台湾的台南、淡水等处，在原来的民用海港基础上，扩建了十余处设施完备的军用海港，总共驻有地勤人员近三万人，为水师提供完善的后勤服务，保证了王府水师取得一次次胜利。
这次整训，水师也配发了统一的着装，其中海上的人员，士兵配发蓝白相间的常服两套，粗布训练服两套，白色礼服一套，外加内衣内裤袜子鞋帽若干，作战时外加一件皮质应急救生衣。除了服装之外，每个士兵还配发军刺一把，火枪一支，武装带一副，其它的水壶军刀打火机等等辅助器具也人手一件，几乎是武装到牙齿。
再说这种新配发的救生衣，采用马甲形式，用布带固定，上面在前胸后背缝制了八个皮兜，只需要将八个完成充气的狭长皮袋气囊塞进布兜后予以绑定，就可以做到托住人员漂浮在水面的效果，甚至还可以保证人员携带少量的物资。这种可以充气的皮袋，乃是军工厂的新产品，充气之后扎紧口部，可以维持四五个时辰，这样只要对气囊轮换充气，理论上可以做到让士兵永不沉没。
而之所以要研制这种比较原始的救生衣，也是因为在上次的大海战中，沐剑声亲眼所见，因为缺乏相关的救生设施，许多的战士在船只损坏后，因为没有得到及时的救援，就此白白牺牲，所以只好亲自出手，根据后世的救生衣，设计仿制出了这种产品。除了救生衣外，羊皮筏子和救生艇这些简单的救生装备，也被沐剑声下令在水师的战舰上面予以适当的配备。这种改进的羊皮筏子，做工更加精致，而且四周加有一圈金属护栏，方便固定乘员，最大可承载二十余人乘坐，救生艇则是普通木制，与后世的救生艇区别不大。
经过这些装备的配置到位，在以后的历次大战中，水师战士的生还率得以大大提升，可谓功德无量，也间接提升了水军的战力，随后西洋各国也纷纷照抄这种办法，于是让大海战变得相对文明了许多。
同时，为了补充和扩大水师，眼下沐王府还有大型造船厂三处，分别位于天海城、三宝颜和崖州，可以同时建造一级战舰两艘，二三级战舰五艘；另有中型造船厂五家，分别位于三宝颜、南苏州城、琼山、广州、泉州，可以同时建造三级至六级战舰，或者大型商船十艘；此外还有小型船厂十余家，可以同时建造各种小型舰只三十余艘。正常情况下，累计一年时间，就可以完成新建大中型战舰近十艘，中小型舰只数十艘的任务，已经足够补充舰只的正常消耗，并可保证适当的扩大王府水师规模所需。
这些造船厂共有各种工匠三万多人，为了提高他们的竞争和积极性，王府施行了技术分级的办法，按照不同的技术发放不同的薪水。目前已经有高级技术匠师一百多人，普通匠师四百多人，他们经验丰富，掌握着比较先进的造船技术，待遇优厚，月薪从十余两到几十两高低不等；而其余的普通工匠虽然有所差距，但是相比于普通工人，他们的待遇又算是不错的，除了享受船厂不错的福利待遇之外，每月还能够领取三至五两的薪资，足够养家糊口所用了。
这样累计算来，有超过十万人的庞大队伍，直接或者间接的服务于沐王府的水上力量，他们为了王府海军的崛起无私的奉献着自己的一份力量，而且这个队伍还将逐年增加，成为王府海军不断进步的核心力量，为未来帝国海军称霸七海奠定了坚实的基础。
由于王府先后几次战役连续获胜，缴获的财物累计下来，完全是个天文数字，而这些丰厚的战争红利，加上充足的赋税，和商会的庞大利润，足够保证王府后续各种计划实施所需的资金，再加上后续不断有新建的工厂投入使用，各种产品不但解决了后勤物资供应，而且还提供了海量的税金收入，从而有效的保证了王府财政的良性循环。现在王府不但有了充足的资金来招募人员，扩充码头和建造船只，另外有了闽粤两地足够的人力来征集兵员，这一切都为水师的扩充壮大，客观上提供了有利的条件。
除了水师之外，为了加大王府的民间水上运输力量，为发展经济建设打基础，也可间接辅佐陆军行动，除了王府下辖开办的水运公司外，还允许私营的船运公司存在，这就使得一些私人商会也参与到水运事业中来。由于这些人的加入，他们所新建的不少商船也投入运输，这也间接提升了王府的水上运输能力，这就使得王府所辖的各个造船厂，现在几乎都是全力投入运转，这样再加上其它一些工厂的陆续投产，以及钢铁产业的整顿调整，大批的工厂开始运转营业，流民乞丐几乎消失殆尽，到处都是一片热火朝天的热闹景象，王府各方面的的经济建设蒸蒸日上，人人脸上都洋溢着幸福的笑容，让前来视察的沐剑声等王府高层人员十分欣慰。
于此同时，为了培养足够的海上军事人才，沐王府的崖山军事学校也在一年前正式开张。建成后的崖山水师学堂，占地面积十分广阔，除了有百余亩的核心教学区外，还有同样面积的住宿生活区，此外还有狮子山区域的仓库后勤区，和崖门的一处小型造船厂，外加附近海域的巨大海上训练场，配置十分到位。
