在新归顺的盘龙岛及附近各大岛，也将驻守三个地方团的守军，编为盘龙独立旅，旅长为李桂，三个团长分别为赵虎、方大壮、鹿少风，合计兵力八千余人。为了稳固防守，此前沐剑声下令，以三宝颜为核心防护区域，用水泥修筑了一些坚固的防御工事，派有一团驻军队驻守；盘龙岛东侧各城分别驻守一营的部队，而附近各个重要岛屿共有一团士兵分别驻守，这样再加上附近的水师支援，整个的防守体系几乎没有什么破绽。
若是加上吕宋大岛方面守军和水师，共有近三万多人，数量比北征大陆以前，减少了近四千人，但是由于要塞建成，而且水师战力的大幅度提升，士兵的武器也大多重新装备，土著各部落也大多已经归心，所以整个群岛的防御力反而得到了加强。
可以说，如果没有十万人以上规模的正规部队，根本就无法击败这样的一支队伍，进而攻占吕宋。只是以当今的航海条件，想要一次性运送这样一支庞大的队伍进行跨海远征，无异痴人说梦，无论是英法荷兰西班牙葡萄牙人，都做不到。
在陆军方面，目前在琼州的守军统称为新编陆军第二师，师长为赵京，副师长刘富贵，参谋长为施世骠，下辖两个老兵团和三个新兵团，团长分别为沐勇、葛小峰、武秋玄（吕宋武家）、穆聪（李定国余部子弟）、耿二胆，人员共计一万三千余人，再加上三千人的水师，共计人员一万六千余人，基本维持原有规模。
虽然琼州岛上的军力不是很多，不过考虑到他们综合的战斗力，如果没有五万以上的队伍来攻打，根本无法威胁的琼州岛的安全，也许惟有紧邻的安南国，能够有这个实力。不过随着几年前的双方冲突，安南的水师被沐王府水军给打趴下之后，对方海防已经形同虚设，更别提什么跨海作战的可能性，而岛上内部的黎苗各部也能够服从王府的领导，所以琼州岛自然就高枕无忧。
而台湾岛因为独处海外，且位于王府各方地盘的中间，仅仅与琉球国隔海相望，其安全性比较有保障，所以驻守部队统编为一个地方守备旅，旅长为沐雷，眼下辖有守军三个地方守备团，团长分别为丛淮安、陈加远（吕宋陈家骨干）、宋海洋（琼州宋家骨干），分别驻守岛屿的南北两端和中部平原，人员共七千出头，他们的主要任务还是针对岛上的高山族人，防止对方的突袭。此外王府在澎湖湾驻守有一支千余人的小型船队，负责联通海峡两岸。
目前王府在广东的守军，采用了重点防御的策略，兵力主要集中在广州、廉州、韶州、连州、清远、肇庆、梅州等十余处战略要点，其中又以广州、清远、肇庆、韶州、河源五城为支撑要点，每处有兵万人左右，再加上各处县城的守军，共计有兵近十万人，外加珠江水师的配合，协同防御各处核心要点。
这其中广州城作为临时陪都，自然是重中之重，守军为首都警备师，师长由白寒松兼任，下辖三个主力团，团长分别为李栎、韩江南、傅大海，分别驻守在城区、白云山、萝岗，外加一个炮兵营，兵力合计一万余人，这些人员再加上部分水师，以及犀利完备的城防力量，已经足够保护广州城的安全。
此外肇庆为粤西重镇，主要负责应对吴三桂一方，虽然双方目前关系已经缓和，不过防人之心不可无嘛，所以驻守的部队为新编陆军第四师，师长是沐龙，参谋长栾小川，下辖三个主力团，团长分别为李槐、李民（琼州李家骨干）、沐忠（沐剑声义子），每团近三千多人，兵力合计九千余人，再加上附近各县驻军，有超过万五之数，足够应对防御突发的进攻。
粤东河源城由新编陆军第五师驻守，师长钱易，下辖四个主力团，团长分别为李栎（桐柏子弟）、沐让（沐剑声义子）、刘骏（原罗浮山寨头领）、钱霖（钱忠次子），有兵一万三千余人，此地为粤东北正面与清兵对峙之要地，加上其余各县的地方守备部队，共计两万二千余人，考虑其战斗力，清兵没有五万以上的兵力进攻，很难见效。
在粤北重地，王府以清远、连州、韶州为中心，组建了品字形的防御集团。其中清远守军为新编第六师，师长为冷绍方，下辖三个团一万一千人，团长分别为邵虎、顾云山、迟浩阳；连州的守军为新编第七师，师长为孙俞，下辖三个团一万一千余人，团长分别为钟全、孙会、沐俭（沐剑声义子）；韶州的守城部队编为陆军新编第三师，师长李榕，下辖四个团一万五千余人，团长分别为李相、董和、王吉生、沐德。三路人马互相支援，协同作战，加上地方驻军共计近五万人，以如今沐家军的战力，可以应付十万以上的清兵，再加上有水师策应，已经足够应对各种突发的危局。
而王府在福建的兵力则主要驻防浦城、宁德、汀州三处要地，外加福州、南平（延平）、泉州三大城，再加上各县城，有兵近十万人，其中近半集中在闽北闽西前线，与清兵对峙。其中南平守军为新编第九师，师长武云翔，下辖三个团，团长为武云翔、周明辉、贺鹏，兵员共计一万一千人；宁德前线守军为新编独立第三旅，旅长为林斌，下辖三个团一万一千余人，团长分别为董小勇、林波、赵勇。
这样算来，王府用于驻守各地的兵员，累计就占去近二十万人，再减除四万水军之后，真正陆上的机动兵力不过就五万多人，目前分驻清远和建宁两地附近，准备接应各方，因此在新兵完成整训之前，王府的兵力还比较少，并没有多少军队可用来投入下一步的行动。
好在这种情况在监国二年初得到根本改善，大批经过训练的新兵陆续加入之后，王府的机动力量迅速增加，很快就攀升至十万多人，经过一个多月的忙碌，这十万多人被整编为大明陆军第一军和第二军，以及两个独立旅。其中第一军为王府的样板拳头部队，也算是天下第一强军，军长由沐剑声兼任，副军长刘一川，参谋长姚启圣，下辖教导师、第一师、第二师共三个师。
教导师师长刘一川，副师长李栋，参谋长查巴塔（葡萄牙人），下辖两旅四团，两个旅长为李柱、罗海，四个团长为陈自立、高强（原峨眉弟子）、李复远（李晋王余部子弟）、李杨（桐柏派子弟）加上炮营、骑兵营、工程营、通讯营、警卫营、医疗队、宣传队等，全师共计一万五千多人。第一师师长陈猛，副师长施世骅，参谋长苏河（苏冈长子），下辖三个主力团，团长分由三人兼任，加上其余辅助部队，全师共计有一万二千余人。第二师师长庞林，副师长陈昌道，参谋长林乾（崖州林家子弟），下辖三个主力团，团长由三人兼任，全师共计一万二千余人。除了三个师外，第一军还下辖一个炮兵团，加上警卫营、昆仑一团、工程营、骑兵团、辎重营、通讯营、宣传队、医疗队等，以及沐剑声的亲卫营，全部兵力合计为四万七千多人。
第二军军长为刘国轩，副军长为曾养性，参谋长为刘进忠，该军下辖三个师，其中第三师师长由刘国轩兼任，副师长为吴淑，参谋长是顾随波（顾炎武族侄），其下辖有三个团，团长分别为吴淑、何佑、江胜，有兵一万二千人；第四师师长白文选，副师长曾陀，参谋长为沐信，下辖三个团，团长为曾陀、沐信、白孝武，有兵一万一千人；第五师师长刘进忠，副师长刘三河，参谋长罗毅，下辖三个团，团长为刘三河、罗毅、沐奋，有兵一万一千人。三个师再加上辅助的警卫营、炮营、昆仑二团、工程营、骑兵营、通讯营、辎重营、宣传队、医疗队等，全部兵力在四万三千人左右。
此外沐剑声还特意整编了两个独立旅，独立一旅（磐石旅）旅长为柳敏，副旅长兼参谋长程鹏，下辖两个主力团，有兵六千余人，驻防梅州；独立二旅旅长为袁随云，下辖沧海团和一个标准团，有兵五千余人。他们的驻地设在清远，主要任务就是在主力部队出征之后，担任广东地区的总预备队，应对任何可能的突发情况，守护好大后方。
同时，为了加强防卫，便于指挥，沐剑声还在广州设立了防卫总指挥部，由白寒松、苏冈、孙云三人担任正副职，全权负责闽粤台琼四省的防务协调指挥工作，在自己领兵外出征战时，临时行使军事指挥权，应对处理各种突发状况。
