由于统领的军队规模逐渐增加，沐剑声自己也需要从中吸取经验，提高水平，他可不想因为自己的一些疏漏，而让手下的将士们白白丢掉性命，用最小的代价换取最大的战果，才是自己一惯的追求。
此外由于江西境内大江大河甚多，没有水军则十分不便，于是沐剑声下令在会昌城设立了水军的基地，并从闽粤两地调集水军和工匠，开始搜集和建造小型船只和木筏竹排等，为下一步水上作战打基础。
由于这些工作需要耗费大量的人力物力，所以明军进入了全面的整修期，攻势完全停止。而在清兵一方，也巴不得有此喘息的时间，于是也借机停下来进行整顿，整修各处防御工事，补充前线战损的兵力，这样赣州附近各线陷入了短暂的平静，双方各自悄悄积蓄实力，准备下一回合的交手。
再说湖广战场。就在明军展开三路进攻的同时，大周皇帝吴三桂也抓住时机，集结兵力在东线湖广战场发起进攻，先后攻克洪湖和崇阳，目标直指重镇咸宁，进逼满清长江防线的核心之地武昌。
面对吴三桂的进攻，满清安亲王岳乐沉着调兵遣将，阻挡敌军，同时也判断出吴三桂的声东击西之计，传令荆州方面的蔡毓荣加紧戒备，严防吴军的突袭。果然，吴三桂的确派出了大将祖泽清前往偷袭荆州，然而面对有所准备的清兵，突袭变为强攻，随后双方在公安附近展开激战，数万人沿江进行厮杀，血拼一场。
最终，由于吴军的战力更为强悍一些，而且加上准备较为充分，逐渐占据了一些优势，随后逐步扩大优势，进而化为胜势，得以攻克了公安，清兵残余军队一路败逃至荆州，周军算是小胜一场。随后他们趁势进兵，基本肃清了湖广区域内、武昌以西江南地带的清兵，成功把清兵压缩至江北防守，仅仅留下武昌及附近的狭小区域固守。
随后吴三桂更是携战胜之威，亲自统领两万中军，在两万水军配合下逆江而上，向荆州的门户江陵发起攻击，经过了三天的血战之后，终于攻克了江陵重镇，成功在江北扎下了一颗钉子。又在休息了三天之后，吴三桂大军再次出动，汇合驻守公安的军队后，除了留下少数人马守城，调集了约莫六万五千人马，对外号称十万大军，朝荆州发起攻击，大有一举拿下荆州，进而扭转整个湖广战局的气势。
面对这种严峻形势，清廷一方也不敢怠慢，连忙抽调宜昌、荆门、襄阳三地的守军来救援荆州，想顺带集合兵力击败吴三桂的主力，一战奠定胜局。只是清廷方面显然判断错误了，吴三桂动用了如此庞大的兵力，所进行的一系列动作，其真正的目的却是荆州上游的宜昌。
而为了夺取宜昌，老谋深算的吴三桂这次的准备极为充分，不但提前重金收买了长阳当地的土司，暗中调派大将吴国贞率领一万精兵和三千苗兵潜行在此，悄悄准备了足够的渡江船只，同时他又传令远在重庆的吴之茂，在预定的时间里，带领近两万主力兵马偷偷东下，只待宜昌之兵出援后，就配合吴国贞部突袭宜昌。
果然，经过一番逼真的表演之后，清廷一方出现了失误，为了保证兵力优势，和吴三桂在荆州进行决战，终于从宜昌调兵进行救援。而此时留守宜昌的兵力虽然号称三万，实际上也就两万五千出头，其中还包括水师五千余人，在抽调了一万人多人之后，实际上仅剩一万来人防守城池，兵力已经十分单薄。
事实上，宜昌守军的情况早就被吴军细作获悉，所以才有了这一次的计划。但是天意也显然在吴军一方，毕竟这种跨越较远区域的协同作战，如果时间差异过大，就容易错过战机，甚至反而被对手所乘，不过这一次，吴军的好运使得他们基本把控住了战机。
当援救荆州的人马刚出发三天后，三万多周军就出现在城外，并且迅速展开攻击。面对这个情况，守军立时就慌乱起来。此时负责守城的清兵统兵大将察尼一看形势不妙，连忙带领亲军亲临城上进行防守，一面又派人向襄阳等地告急求援。
然而，这一次为了必胜，周兵的准备十分充分，提前还在城内埋下了不少的棋子，连夜发动，里应外合下打破城门，因此还不等援兵到达，周军就已经攻克了城池，取得了这个垂涎已久的战略要点，察尼眼见大势已去，只能带领少数残兵逃走。
宜昌的失守，是清兵和周军在湖广战场的一个分水岭，周军夺取这里之后，整个东西两个战场就此连为一体，互相之间可以更为便利的相互进行救援；而清兵所谓的长江防线则出现了巨大的漏洞，防御压力顿时大增。面对上游突然增加的几万周军，荆州和襄阳都大受威胁，两个方面都不得不分兵来防守西面，而原定的主动出击，设法与吴军野外决战的计划也彻底化为泡影，最后只能依托荆州来进行坚守，吸引对手兵力，形势立刻变得被动起来。
丢失了宜昌和南岭，清兵的整体防线就出现了两个巨大的破绽，而为了弥补这两个破绽，除了增加兵力之外，还需要设法延缓敌军的进攻势头才行，而眼下能够援助江西清兵的，也只有江浙一带的康亲王部了。在这种情况下，康亲王杰书得到明军周军攻打赣州和荆州的消息后，立刻召集手下进行商议，讨论自己这一方面的行动。
经过讨论之后，杰书决定出兵仙霞岭，力争攻破眼前的明军关隘，进占浦城等城池，牵制福建境内的明军，减轻赣州方向的压力。在这个目标下，杰书计划征发四万军马，出仙霞关朝明军的防线展开攻击，奈何明军早有准备，依托地形严防死守，并且发挥自身的火力优势进行反击，杀伤了大量清兵。
此外为了保险，他们又提前派了近万兵马进入浦城县，补充了前线的防守兵力，这样沿闽北的绵延群山，双方展开了一系列惨烈的争夺。不过因为明军的装备精良，加上处于守势，在经过了连番血战之后，清兵累计损失上万，却丝毫无法撼动明军防线，而双方的战损达到了惊人的十比一。眼看死伤惨重却无法打破关隘，康亲王异常恼火，却只能暂停进攻，另谋良策。
只是老天爷帮了各方一把，很快时间里，南方的雨季就悄然来临，而随着小冰河期的逐渐衰退，天气逐渐转暖，雨水也多了起来，江南一带更是大雨暴雨不时发生，给交战三方带来极大的麻烦。这期间在闽浙一带，更是不时夹杂着台风的袭扰，于是各方只好借此收兵稳定战线，保障后勤的通畅和辖地的抗洪救灾事宜，于是随着这次雨季来临，南方的战场基本恢复了平静。
随后，天下人的目光都全部转而向西，关注起张勇图海联军和周兵王屏藩部间的战事，这场战事决定着西北最终的归属，不由人不关心。而此时王屏藩一方，在起兵之时为两万精锐大军，攻占四川时，汇合了诸多盟军，迅速发展到近六万人马，随后进入甘南和汉中等地后，更是扩张到十万多人，气势鼎盛。
然而由于控制的地盘增加，新兵众多，吴军战斗力持续下降，在连续吃了几次败仗之后，兵力下降到了八万左右，而其中的机动兵力仅有不到三万人，战斗力也不如最初之时；而反观清兵一方，张勇所部最初仅有万余精兵，但是随着战事进展，很快就发展至六万人左右，除开镇守几处要点之外，机动兵力约莫两万人。
另外的图海一部，在彻底剿灭了王辅臣之后，接着又降服了附近的蒙古诸部落，人马总数迅速的发展到了五万有余，其中仅机动兵力就有接近四万人，而且多是骑兵，这样两股清兵合流之后，人数接近了十万，其中机动的精锐骑兵过半，另有三万多辅兵，战力极为强大，西北清兵合力后已经占据了上风。
他们在克复平凉之后不久，当时图海曾经想要立刻进攻太统峰，剿灭崆峒派，却被赵良栋劝阻。他说对方虎距西北多年，树大根深，而太统峰和六盘山联通一体，地势险要，山势连绵，绝非短时间里可以建功，如果因此而错过了最佳战机，让目前的吴逆王屏藩部缓过气来，恐怕会因小失大。图海听了劝谏之后就按下了此心，决定暂时放过这个和朝廷作对的武林宗派，待到战事稍定后再下手不迟。
不久之后，图海大军攻克了战略要点秦州，从而完全打通了关陇大道，与张勇部大军汇合，战场形势彻底逆转，清兵取得了主动权。
