就在沐剑声的西路军捷报连连之时，东线的刘国轩部也有所斩获，经过一月的苦战之后，先是拿下了北线的宁都和石城两县，扫除了自身侧翼的威胁，补充了军力，扩大了占区和战略纵深。随后又经过连续十多天的血战，于十月中旬成功拿下于都县城，从而打开了赣州的东大门，这样明军就取得了阶段性的胜利，分东西南三线逼近到了赣州城百里以内，整体战略态势已经极为有利。
此时赣州附近的清兵，还有八九万人之多，为了避免被分割包围，他们采用重点防御的办法，主动放弃了外围较远的隘口，后退抱团成刺猬一般，依照赣州城外山水环绕的特点，另外在东面的茅店、南面的大峰山、和西面的凤岗一带建立了三个品字型的固守工事，来防守三个方向的明军。而赣州城的军队则可以随时可以接应这三处关隘，三处关隘也可以互为援助，如同刺猬一样龟缩成团，这样虽然整体兵力不如明军，可是作战形势反而占优，战力大涨。
此外，希尔根又派水师守护住城北的码头，保证河运的畅通，为自家留下后路，防御策略可谓万无一失。由于赣州城河流环绕，船只都被清兵收拢，而明军的水师却都在海上和珠江流域，这样赣南明军的进退移动都受到了很大的限制，清兵占得水上的优势，又面对兵力聚集一团的敌军，就给攻城的明军一方造成了很大的困难。
面对这种情况，明军只有两个办法，一是长期围困，等待敌军粮尽，二是加强水军力量，然后设法打破僵局，破围而入，经过研究考虑，沐剑声决定采用围困与破局结合的办法。
此时清兵分为五个要点进行防御，犹江、贡水和赣江把战场分为了几大块。眼下由于江河水势很盛，没有水师助战，明军的移动受到极大的限制，为了防止被敌军分割包围，沐剑声只好把主力集结在城南一线，同时把自家在江西的草台水军的大本营前移到于都，这里的水面要比会昌附近宽阔加深了许多，可以浮起更大一些的船只，利于建造更加大一些的船只。
经过前期几个月的准备发展后，由于明军军纪严明，深得当地民心，所以很快招揽到了一批当地的老船夫和纤夫。他们对于附近各条大河的水文都十分熟悉，有了这些识途老马，明军的水师发展很快，已经成功的搜集到了三十余条小船，又新建了近百艘小船，另外还有木筏竹排等数百只，水师已经初具规模，人员发展到了两千余人。
不过由于缺少担当核心战力的中型船只，所以还无法形成有效战斗力，更无法与驻扎赣州的清兵水师交手，于是沐剑声只好继续加派工匠船夫，开始在于都码头建造中型的河运船只，并且下令继续拓宽整修陆上大道，进而通过陆路，辗转从南平将一批中小型的舰炮辗转运送到于都，准备加装到新建的船只上面，提升其战斗力，力争在以后能够抵挡进而压制住清兵的水师。
经过估算，即便不考虑长久的寿命，省去一些工序，一艘小型的战舰也需要两个月时间才能造成，即便同时建造十艘，想要形成规模，也需要二十艘往上。这样算来，就需要近半年的时间才能完成，再加上后续的适应和练习，恐怕需要近一年的时间，虽然这个过程耗时会比较长，不过沐剑声认为必须这样作。因为随着自家势力的扩张，未来必然要顺江而下，过吉安、南昌、九江，从赣江而入长江，这一路沿江的城池重镇，都需要水师的援助，才能够加快攻打的速度。
同时，江南山地众多，地形崎岖，交通十分落后，因此后勤运输一直是个很大的问题，水运是最主要的运输形式，没有了水师的援助接应护航，单凭陆军自身，人挑肩扛的将会十分吃力，所以为了保证大军的后勤，必须要建起一支水师，以及相当规模的船运队伍，所谓赶早不赶晚，早一天建成赣江水师，就能够早一天占据优势。
得知明军在于都大建船只、筹建水师的消息，清兵一方的主将多是轻蔑一笑，那作战的船只岂是那般容易建成的？除开资金不说，仅仅是其中的繁杂工序，就不是短时间能够见成果的，明军想要在这一方面搞事，那就慢慢的来吧，哼，就不信他们能有功夫把那海上的船只给变到赣江里面来？等到了明年初援军到来，自家再设法出击，搞掉对手在于都的船厂，看他们怎么办？不相信对方还会继续在这方面下功夫，哼哼，其实没有了水师，这明军也不是多么可怕啊。
除了大建水师之外，沐剑声进一步的认识到了轻型火器的重要性。在信丰大战之中，尽管明军战力远超对手，可是战损的人马还是让他有些呲牙，接近一比三的战损，实在让他有些痛心，看来手榴弹和迫击炮的研发必须要加快了，力争在下一次大战中发挥作用。为此沐剑声派西门雪带人返回吕宋，询问相关的研发进度，力争尽快生产出一批成品，运到江西前线。
随着明军放缓了进攻的脚步，赣南再次沉寂下来，沿着赣州附近的几条战线，明清双方开始了新一轮的对峙，不时也进行一些小规模的试探性交手，战局总体上是明军占据上风，清兵被压缩在附近大小五六处要点，几乎动弹不得。期间清兵也曾试图发起反击，不过明军的防御阵地太过牢固，清兵损失了一些人马之后就放弃了这个打算。
面对这种被动的局面，希尔根、莽依图、桑格、尚之孝等鞑虏核心人物也十分忧虑，这种被动的局面让他们很是恼火，可是面对明军的火器优势和周密防守，屡次的谋划都被对手瓦解，这样就根本无法挽回最终的败局，除非南昌方面能够再调派援军。不过眼下吴三桂也展开了进攻，南昌九江一线也十分吃紧，又怎么可能再抽调人马来援？很显然，赣南的清兵已经陷入到泥潭之中。
打仗打得就是后勤，为了保证明军的战斗力，不但整个后勤运输的作用十分重要，而且交通道路的现状，则是其中的一个十分重要的决定因素。为了改变南岭两侧的交通现状，在肃清了附近的残兵游勇，彻底保证了新占领各县的安宁后，数万名闽粤两地的民夫也随军进入江西，汇合明军和当地的百姓，对几条主要的干道进行整修，扩建路面，增修桥梁，缩减路程。这样经过一年时间的奋战，在耗费了巨大的人力物力之后，明军基本完成了这些地区的道路整修工作，基本上能够保证王府新研制的四轮畜力车全线顺利通行。
这种新型的四轮畜力钢架车，最大轮距宽达五尺，厢体长近九尺，其最大载重超过三千斤，日常载重为两千斤左右，即便是上下陡坡，也可以轻松达到千斤。并且这种车可以在一定的角度里自由转向，还安装有强力的手动刹车系统，来稳固车身，所以能够轻松的攀爬山路，在投入使用后，使得明军的运输力量大大提升，不但达到了之前的三倍有余，除了粮食弹药之外，而且一些重型物资，比如普通的火炮和中小型机械等，也可以从广州运送到江西前线，从而有力的保证了一线明军的持续战斗力。
当然，为了实现这个目标，闽粤赣南三地的百姓也付出了艰辛的劳动和汗水，为了修筑道路，先后付出了百余人死亡和数百人重伤的代价。当然王府不会让这些人白费功夫，每位参与工作的劳力，都支付了相应的报酬，其中表现突出的还予以了表彰，获得了提拔，而死伤者家属也获得了丰厚的抚恤金，保障了老百姓的利益。
这样以来，王府虽然耗资甚巨，但是却获得了军事行动上的优势，也取得了政治上的优势，彻底收取了当地人心，而随着这些事情传开之后，王府更是获得了广泛的支持，其意义更加深远。
在明清两家赣南大战的同时，吴三桂和清兵在荆州附近展开了二次交手，由于得到了明军援助的一批简易的火箭弹和小炮，以及淘汰下来的老式火枪，吴三桂一方的部分水师换装之后，战力大大提升，从而取得了一些优势，经过一番血战之后，终于击败了清兵的荆州水师，成功的控制了附近的江面。此后经过了近月时间，吴三桂在北岸悄悄投放了四万精锐陆军，随后设下伏击圈，并派出小股人马为饵，引清军来围攻，成功在距离荆州五十里处的龙洲滩，合围击溃了三万清兵精锐，杀伤甚多，俘敌过万，成功在江北站稳了脚跟。
此战过后，荆州一线的清兵兵力陷入劣势，随后周军的几路军马进行了合围，切断了荆州方面的对外联系，使之成为一座孤城。
