眼看清军继续增兵赣州，沐剑声虽然连连获胜，心里却有些焦急，目前的形势下，看似明军全局占优，但是眼看着雨季将至，如果不能够赶在雨季前拿下赣州，那么一旦雨季来临，自家的火器优势必然受到限制，而且大雨之际，道路湿滑难行，无论是行军还是运输物资，都会大受影响，到时候双方必然会陷入新的僵持阶段，耽误时间不说，难免就会给对手以死灰复燃的机会。
而且一旦拖过了今年的关键时机，万一此后吴三桂有个长短，到时候大周方面定然会陷入内乱，难免会让清兵在湖广战场取得胜势，随后腾出手来与自家全力纠缠，到那时候想要再夺取赣州，就需要付出巨大的代价了。因此，必须在雨季来临前夺下赣州，提前取得战场的主动权，为此哪怕付出一些代价，都是可以接受的。为了达到这个极为重要的战略目的，看来也到了一些关键的棋子发挥作用的时候了。
经过了一系列的周密考虑，以及与刘国轩等将领仔细会商之后，沐剑声确定了明军下一步的行动方案，并发出了一系列的命令。遵照此命令，明军随后集中兵力和火炮，从南线的陆地上，对赣州发起猛攻。经过了十多天的连续作战，尽管付出了近三千人的死伤，却成功的清理了清兵在赣州南面的三道防线，从而彻底肃清了城外的清兵，将大炮直接推到了赣州城下不远处，从而迫使对手不得不收缩兵力进入城内，准备守护城池，这样明军就完成了第一步关键部署。
由于清兵主力四万多人退守赣州城附近，那么清兵在赣江东西两侧的兵力立刻就变得有些单薄起来。尽管有水师策应，可是也只能够紧守营寨，已经失去了机动能力，完全陷入了被动，对明军基本失去了反攻能力。惟有敌方的水师实力犹在，依旧来往于江面各处，往返运送物资兵力，严重威胁着明军水师，为了彻底合围赣州，那么设法彻底歼灭对方的水师，就成为了明军的下一步目标。
二月底，明军集中了两万陆军和六千余水师，对清兵水师所盘踞的水东村大营展开了强攻，双方在赣州东面展开了一场水陆两方面的激战，经过两天的激战，清兵损失了小半水师和近万陆师，最终只能退守到赣州府城南面的水师大寨，这样明军取得从东面进攻赣州府城的优势局面，清兵一方进一步陷入困境。
稍稍修整了三五天时间，到了三月中旬时，明军再次发动攻势，在陆上展开对赣州城门进攻的同时，水师也全线压上，进逼清兵的城南水寨，从三面对赣州城发起攻击。在连续攻击了三天之后，趁清兵陷入疲惫之时，明军隐藏在清兵水师内部的棋子发挥出作用。
李虎威，原名李二牛，本是鄱阳湖畔的一个渔民，后来因为生计所迫，加入到了鄱阳帮，成为了一名江匪。由于他水性精熟，武艺也还过得去，因此很快就成为了骨干，得到了戚振南的看重，并在戚振南继任帮主后，成为了一名得力首领，统领二百余手下。
此后因为吴三桂起事，鄱阳帮被清廷收编，戚振南被提升为参将，其余帮众被收编，成为清兵的长江水师之中的一部，而李威武也被任命为水师管带，统领三百多部属，掌管大小六艘船只，小有实力。但是随着时间推移，他渐渐了解到了清兵的残暴，加上沐王府密派的拉拢，以及老帮主戚三江的书信劝说，他最终还是改变立场，私下加入了沐王府，在不久前，沐剑声派人前来，传达了让他设法配合主力，攻克赣州城的任务，他欣然接受。
为了实现这个目的，李威武的行动将分为几步，而首先为了取得上司信任，就需要他在与明军的交锋之中，显出几分英勇，并且在关键的时刻，给清兵主帅以帮助。为此，在先后与明军水师的两次交锋中，李威武都特意表现的比较出色，而且还在桃花渡一战中，为清兵水师杀开了一条退路，让尚之孝得以逃出包围圈。此后他就被升任守备，负责把守水师城南大寨的南门，负责一处十分关键的位置。
三月二十日夜间，李威武一身戎装，升帐点兵，借助沐王府派来的高手，首先清理了自家帐下的几名清兵耳目，以及不服从命令的头领，彻底掌控了手中的几百号人马，随后他就下令全部出动，偷袭了把守水寨的兵丁，随后打开水寨南门，把在外等候的明军水师突击队伍给放进大寨，随后一场大战就此爆发。
首先就是明军水师突击队的几十条船只和数千精锐，在李威武的接应下进入水寨内部，偷袭了水寨之内的清兵水师主力，最终经过一番混战之后，清兵水师折损过半招架不住，余部从水寨的西门狼狈逃走，然后明军占领了水寨，从南面对赣州城展开围困。
得知水寨失守这一消息后，清兵主帅希尔根大惊失色，连夜组织了一万多精锐兵力进行反击，欲图夺回水寨，奈何明军的准备十分充分，早在夺取营寨的同时，就已分批运送了数千的精锐陆师进入水寨，并且在水师火炮的掩护下，据寨门而固守，两军以寨门为中心，展开了一场激烈争夺。清兵来势汹汹，数量上占据优势，而明军火力占优，而且居于守势，据守寨门自然要轻松许多，一时间寨门寨墙附近杀声震天，两军展开了一场殊死争夺。
经过二十一日一整天的反复血拼争夺，清兵付出了数千人的伤亡，却始终无法攻破大寨，而明军也付出了一千多人死伤的代价，最终打退了清兵的数次进攻，随着后续援军的不断到来，最终成功的守住了水寨，取得了关键性的胜利，占据了全局的紧要之地。
由于水寨的迅速丢失，使得赣州城陷入了明军的三面包围，仅余城西两三里的狭小地带能够联通城外，整个形势对清兵而言，已经变得十分危险，在此困境之下，希尔根与莽依图尚之孝等人商议之后，决定保存手中的这点精锐部队，立刻弃城突围。
随后就在二十一日夜间至次日，清兵在水师余部的帮助下，连夜将剩余的一万多精锐转移至赣江西岸，汇合在此附近留守的近万人马，由大将莽依图统领，经陆路向北逃窜；随后希尔根亲率五千中军，押送着大量的财物，在水师的护送下沿赣江顺流北上，随即逃往万安。为了吸引和牵制明军，希尔根留下了万余老弱残兵，守护赣州城几处城门，并且在城中放起大火，企图烧毁带不走的粮草辎重，分散明军的注意力，为逃生制造机会。
不得不说，老将希尔根的这种果敢十分明智，也大大的出乎了沐剑声的意料。虽然沐剑声料到了在自家占领水寨之后，陷入困境的敌军很可能会设法突围，只是他还是没有想到，清兵统帅竟然会如此果断的立刻弃城而逃，仅仅只是进行了一天的反击，没有效果之后，当夜就决定立刻抽身逃走，甚至不惜纵火焚城。
由于明军的水师也是连番作战，同时又要连续的运送兵马粮草等进入水寨，还要加强水寨的防护力，因此无法脱身追击，在得到了清兵北逃的消息，已经是二十二日白天了。而此时的明军水师，正忙于运送辎重至水寨，等到卸下这些物资后，再行整顿进行追击敌军，已经有些来不及了。而此时明军的陆师，在看见了赣州城内的大火及浓烟后，才明白城内出了变故，对面的敌军恐怕要准备逃走了，随即立刻发起了全面的攻击。果然，很快就攻克了城门，随后就忙于四下救火，抢护粮草物资，清理残兵和维持城内秩序，所以也无法立刻抽身去追击对方，只能放任清兵主力部队的逃离。
好在明军的行动还算及时，先后经过多半天的努力，于次日清晨，赣州城的大火才勉强被扑灭。随后王府一方面贴出安民告示，又派兵维护城内秩序，同时抢占附近的各处要点，扫清赣州外围的残余敌军，稳定整个赣州附近的局势，守住这个胜利果实。
这样又经过了三天多整顿，赣州城才勉强恢复了平静，最后经过清点，勉强抢出了清兵遗留下，准备烧毁的部分军械物资和十余万石粮草，同时也避免了整个城池被烧毁，让老百姓无家可归。即便这样，大火也造成了近三成多房屋损毁，一万多百姓的家园被毁，死伤过千的无辜百姓，使得明军后续的行动大大延迟。
为了方便后续许多事情的办理，肃清奸细，于是沐剑声暗中下令，参照广州旧例，按照早先侦查获知的情报，借助兵乱之时，派兵假作清兵溃卒，私下里针对几家死忠于满清的地方豪强大族，进行了毫不留情的清洗，这样既消除了隐患，同时获利颇多。
