抗击埃蒙的战争胜利了，参战各方都欢呼雀跃，但此时此刻在纳特克斯的李键却在大发脾气。
“明明我才是刀锋女皇的继承人，明明我才是虫群的新领袖，现在竟然被扎加拉那个家伙捷足先登了，这可真是气死我了！
你们说，扎加拉除了资格比我老之外，论实力、论战功、能力、威望，那个什么狗屁至尊女皇哪里比我强了？”
众虫母：“……”
眼见部下们都不说话，李键越想心中的火气就越旺，有史以来第一次，他对凯瑞甘的决定感到了不满。
“尊敬的虫母，我认为在当前的形势下我们也许应该先担心一下自己的安全，”奥莎娜小心翼翼地开口道：“我们的处境非常不妙！”
“噢，此话怎讲？”
“扎加拉成为至尊女皇后，第一时间就宣称所有的虫母从现在起必须听从她的统一命令，否则即视为对整个虫群的背叛。
另外她还专门提到某个实力强大却没有参加最终之战的巢群，并特别警告这个巢群的指挥官不要轻举妄动，否则后果自负！很明显，扎加拉口中的那个强大巢群指的就是我们。
众所周知，虫母扎加拉行事一向都是阴险狡诈、残酷无情，现在她成了至尊女皇，而您又与她不和。试想一下，即使我们真的乖乖听话，但到头来这个至尊女皇真的就会放过我们吗？”
“那你的意思是……”
“与其坐以待毙、引颈受戮，不如拼死一搏，跟这个至尊女皇彻底翻脸！”
此话一出，顿时语惊四座。
伊莉丝认为，扎加拉行事霸道不假，但毕竟仍然是虫群中的老牌实力派之一，底蕴极深，况且现在又掌握了中央大义，实力更是不容小觑。
而我军虽然近年来实力提升极快，但要是比起扎加拉还是欠了些火候，所以正面冲突能避免还是要尽可能地避免，至于双方间的问题可以通过和平谈判来解决。
但纳法许和瑞罗斯却认为，扎加拉向来心高气傲，从来就看不起虫群中的后辈们，对于这种家伙根本就不应该抱有哪怕是一丝一毫的幻想，只有狠狠地打，让她知道厉害后自然就不敢乱来了。
两种观点较上了劲儿，最终主战派占据了上风。就这样，刀锋女皇时代后虫群最大规模的内战开始了！
战争伊始，面对李键一方排山倒海般的攻势，至尊女皇的部队促不及防下损失惨重，一溃千里：
短短七天时间，扎加拉便损失资源星球二十五颗，主要巢群二十处，利维坦四艘，同时虫母纳法许的部队还一举攻下了其主巢，并斩杀留守虫后，而李键一方的损失仅为一艘利维坦，一艘贝希摩斯。
战争开始两周后，李键累计从扎加拉手中夺取资源星系五个，共计四十余颗星球；摧毁其主要巢群三十五处，次级巢群五十处，利维坦六艘，并顺利进驻查尔。同时己方累计损失利维坦两艘，贝希摩斯一艘，另外还有一艘利维坦因重伤退出战斗。
至此，多年后被扎加拉称为自己“最耻辱的溃败”的内战第一阶段结束。
对于刚刚成为至尊女皇不久的扎加拉来说，其实对于李键不承认自己的女皇地位甚至还有可能会直接向自己发起挑战这一情形她早有预料。
当初之所以在主巢心智中放出那番狠话，就是希望通过这种相对较为温和的手段来迫使其屈服，但对方的反击来得如此之快、同时造成的破坏如此之严重令她始料未及。
但事已至此，除了全力应战外已经别无他法。
为此，扎加拉一方面命令自己的主力舰队，共计三十五艘利维坦昼夜兼程从乌尔纳赶回；另一方面她以至尊女皇的名义在主巢心智中正式宣布李键为叛徒，并严令其他巢群火速抽调兵力，同自己的嫡系部队一道，全力剿灭叛军。
扎加拉将自己的主力部队兵分三路，第一路负责向主要由李键的嫡系精锐部队组成的驻守查尔的敌军发动进攻，收复查尔；第二路负责向主要由李键手下的虫母纳法许的主力以及一部分瑞罗斯的部队所组成的敌军发动进攻，收复自己的主巢；
最后的一路主要负责攻占李键在凯莫瑞安的资源星球，从而达到切断对方的后勤补给的目的。
……
由扎加拉亲自率领的第一路大军气势汹汹地扑向了查尔，结果却发现那里已经空无一虫。李键和奥莎娜的部队已经带走了相当部分的高产矿脉，并在临走前摧毁了全部之前直属于凯瑞甘的异虫建筑。
望着光秃秃的地表，扎加拉气急败坏，但也无可奈何。
从查尔撤退后，李键率领自己的嫡系精锐与纳法许的主力部队完成了汇合，三位虫母合兵一处，在扎加拉的主巢附近设下埋伏，将其第二路大军打得落花流水。至尊女皇的副手，虫后伊莎贝拉损失了三分之二的兵力，落荒而逃。
在凯莫瑞安，虫母伊莉丝和瑞罗斯面对占据优势的敌军死战不退，尽管自身遭到了巨大损失，但也使得扎加拉破坏己方后勤补给中心的企图破产。
而特别值得一提的是，经过近两年的磨练，虫母伊莉丝此时已经成长为一位合格的战场指挥官并在这场战争中大放异彩。
在损失了自身全部舰队的情况下，她率领着残余部队凭借着地面防御设施与蜂涌而来的敌军激战了三天三夜，不仅寸土未失，最后硬是将它们赶回了太空之中。
至尊女皇的部队已经占据了高空轨道，但就是登陆不上去，最后只能在利维坦上望着星球地表干瞪眼儿。
至此，内战第二阶段结束。
对于这么一个结果，扎加拉可以说是相当地不满意，三路大军只有一路实现了战役目标，剩下的两路中一路进展迟缓而另一路更是遭到了惨败。
现在她总算是回想起了当初凯瑞甘对自己的交待：“虫群归你了，扎加拉，但记住，千万不要去招惹李键，对你、对整个虫群都没有好处！”
