13日，何桂清奏报：英、法兵舰抵上海。
清廷任命田兴恕为贵州提督。
17日，景淳奏请：招集流民、参夫给地设卡，以助边防。清政府采纳。
23日，咸丰三十岁生日，下诏免先朝寿节告祭与升殿之仪；外吏、外藩亦停来京祝寿；加恩亲王、廷臣，各有封赏。
26日，解胜保钦差大臣职，令其专办河南军务，袁甲三专办安徽军务。
2月：
3日，以庆廉为河南巡抚。
15日，刑部主事何秋涛进呈所纂《北徼汇编》八十卷，咸丰嘉之，赐名《朔方备乘》。何入值懋勤殿。
18日，有凤免职，以全亮为成都将军，占泰为四川提督。
20日，御史白恩佑奏：天津防务，关系重大，请预筹后路防务，以策万全。咸丰旨：所奏固然很对，然驻兵筹饷，甚觉为难，现在天津防务周备，不用再议。特普钦奏请召集鄂伦春人入伍。咸丰同意。扎拉芬泰奏请：与俄、廓（尔克）合攻印度。咸丰曰：俄人并非与我和好；廓（尔克）岂肯为英人之敌？
26日，以刘源灏为贵州巡抚。
27日，何桂清奏：上海英人经华商开导，索兵费一百万（两），但《天津条约》不能更改。如不许入京换约，即率舰北驶。咸丰令僧格林沁严备津防后路，海运漕粮，暂缓放洋装运出海。
3月：
9日，援桂湘军攻陷柳州，清廷加道员刘坤一按察使衔。
15日，以倭什珲布为礼部尚书；春佑为热河都统。
18日，咸丰命和春分兵援浙。
29日，军机处转达咸丰指斥英使布鲁斯之谕旨。先是本月布鲁斯于上海照会两江总督兼通商大臣何桂清，诘问大沽之战，并要求赔偿军费，送还船只，限定三十天内答复。何将此上奏。本日，咸丰下旨指斥英方：“天津和约既定，普鲁斯忽复称兵，是该夷先行背约，并非中国失信于外夷。此时兵威既振，岂能将前议之五十六款悉行照办？果使该夷悔罪，该款内，凡不可行之事，悉听何桂清裁减。于上海议定，以后或照米夷（美国）成例，减从来京换约，尚属可行。”并谕海防将士：应以议和为归，不可专意用兵；如果该夷带兵前来，惟有与之决战，所有前议条约，概作罢论，并声言要英、法赔款。同时咸丰又令托美国从中转闻。
5月：
2日，清廷命曹澍锺督军四川省；以刘长佑为广西巡抚。
3日，以张主良为广西提督，但留江苏军中，继续作战，旋又令其折回杭州。
6日，太平军忠王李秀成、英王陈玉成合力第二次攻破江南大营。早在本年2月初，清军江南大营张国梁攻陷天京周边之江浦、九洑洲，围困天京。李秀成回天京，与洪仁歼决定采用“围魏救赵”之计，攻杭救京，调动江南大营清军往救杭州，约定陈玉成虚援安庆，然后合围江南大营。2月下旬，李秀成攻克皖省广德，2月末占领浙江安吉，3月占领长兴，急趋杭州，经三昼夜激战，于3月中旬，攻占杭州。浙江巡抚罗遵殿被击毙。江南大营派总兵张玉良援浙。李秀成乃于3月下旬退出杭州，间道急回天京。于4月份，攻占皖省建平县城，会同杨辅清、李世贤、右军主将刘官芳、定南主将黄文金、平西主将陈坤书，分路援京，进攻江南大营。4月末，诸路大军云集天京城外。京城内之太平军则自七桥瓮、上方门、安门接应进攻。本月2日五路并进。
5日，陈玉成部连毁德胜门外敌营五十余座，重创敌军。本日，各路太平军第二次攻破江南大营。
清两江总督何桂清逃往上海。
11日，洪秀全举行朝贺大典，庆祝大捷。干王洪仁玕与忠王李秀成主张先东征，后西征。英王陈玉成主张先西征，后东征。天王裁决先取苏、杭、上海，再取湖北，将长江流域收复，以固根本。天王洪秀全限李秀成一个月内攻取苏、常回奏。曾国藩则采取自天京上游之武汉向皖北进军，目标为攻陷安庆重镇；在江西则进攻九江。待攻陷安庆后，再自浙、沪进军，包围天京。
15日，李秀成率军自天京出发东征。
19日，攻克丹阳，清军纷纷溃退，死者万人。和春逃往常州。清军将领王俊、熊天喜、蔡其荣阵亡；帮办军务江南提督张国梁受伤坠河而亡。李秀成均为礼葬。并曰：两国交兵，各扶其主，生与其为敌，死不与其为仇，因收埋之意也（李自述）。
26日，太平军再克常州。清军溃兵沿途抢掠，乡民不堪其苦。地方团练奋力抵抗。太平军杨辅清南攻宜兴；刘官芳等由建平再回皖南。清朝钦差大臣江宁将军和春逃至浒野关，自杀身亡。
30日，李秀成攻占无锡，亦伤亡数千，所占各县，设官建制，编立门牌，设局征税，进行考选等。并选童生为乡官。此后经月余时间，李所向无敌，占领苏南地区，领有江南鱼米之乡，大量漕粮尽归太平天国。
此间，李部邓光明（后封归王），曾出示安民云：照得国军兴旺，必安民以固邦本。而安良以治民为先……本爵奉行天讨，志在救民。出师以来，抗拒者必行诛戮，降附者悉与安全……本爵统带圣师数千，驻扎王江泾，不行抄略，加意抚绥。
太平军下一步计划，是进攻上海。
18日，咸丰以王梦龄为漕运总督。
26日，实授毓科为江西巡抚。以湖北捐输军饷，给予该省各州县学额四十八名左右，凡捐输军饷者均如制。东南各省，大多捐输。
本月，英法联军北犯至山东洋面，总计舰船百余只。何桂清急奏速定和议，并借英法军镇压太平军。咸丰怕借洋军更被外国轻视，不允此奏，并将何桂清逮问，另派薛焕为钦差大臣令其开导额尔金等，坚持议和，不可因苏、常为太平军占领，而对外国示弱，亦不可激之北上，致开兵端。此时英法联军已经离开山东洋面，继续北犯。7月14日，联军抵金州海面，舰只百余艘。19日，联军驰入北塘。8月4日，英法军登陆北塘，并占据之。僧格林沁主战；咸丰传旨，以抚为主，并派恒福办理之。
6月：
2日，美国康尼德克州人华尔，开始在上海招募在华洋人组建洋枪队。自太平军李秀成率军连克苏南各城，占有苏南大部，形成对上海包围之势，英、法联军开始“防卫”上海，但防而不攻。对此，清廷甚感不足，遂生雇用洋人组建洋枪队之念。本年春，经一美籍商人介绍，上海道吴煦及杨坊物色到华尔，即与华尔订立合同，规定由华尔自任统领，招兵训练作战；由吴、杨供给军械、军需，并明定每得一城则另外犒赏数万金。
初时仅募得外国水手、流氓、无赖、浪人共二百名，此外则聘得美国前军人富尔思德、白齐文为副统领，另觅得由英军逃出之数人为教官。6月中旬，驻松江广福林。此时洋枪队只有小炮、洋枪，而无攻城大炮。后至7月初，华尔率领此乌合之众进攻松江，被李秀成军打得大败而逃，成为上海洋人的笑料。经此次失败后，华尔接受教训，重整洋枪队，并认为太平军武器落后，组织不严密，有可乘之机。遂决定另组新军，进行严格训练，加强组织、军纪，添加新式长枪、大炮，与清军合作作战。至7月中旬又整军出战，继之清军七千人随后接应，攻克松江城。此后，华尔即以此为大本营向太平军屡次进犯。
3日，咸丰诏各直省举办团练。命都兴阿督办江北军务。
8日，咸丰诏责两江总督何桂清，屡失城池，罢职逮问。命曾国藩驰援江苏，代理两江总督（旋实授），以钦差大臣督办江南军务。
以兵部郎中左宗棠为四品京堂，襄办曾国藩军务。
左宗棠（1812～1885），湖南人，举人出身。1852年，始入湖南巡抚骆秉章幕，后保荐为四品京堂。
10日，和春因战败自杀，清廷命魁玉代理江宁将军，与巴栋阿共守镇江。
17日，赐锺骏声等一百八十三人进士及第、出身、同出身。
19日，以薛焕为江苏巡抚，并暂代两江总督。
本月中旬，李秀成奉天王命，致函上海英国全权大臣，说明太平军进攻上海之必要。但英国使臣根本不予答复。李秀成仍按计划，准备进攻上海。8月12日，李秀成攻占松江。
29日，曾国藩奏陈：三路攻苏（江苏）保浙，并调沈葆桢听用。咸丰允之，以东纯兼代四川总督。
30日，两江总督何桂清、江西巡抚王有龄上奏：为今之计，惟有答应英、法条件，劝其助兵镇压太平军，以救危局。数月后，咸丰命内外大臣议奏借兵事，曾国藩等奏复同意借洋兵助攻太平军。
7月：
1日，玉明奏：金州岫岩海口有洋船六十余艘停泊，并劫掠牲畜。
5日，咸丰命王梦龄督同乔松年，开办江北粮台。
6日，清廷抚恤殉难在籍侍郎戴熙，赠尚书世职，并为之建专祠，“谥文节”。
9日，咸丰命毛旭照办河南团练，杜办山东团练。
14日，曾国藩奏：调鲍超、朱品隆驻祁门，此后鄂军不宜再调。咸丰准奏。
玉明又奏：洋船到金州海面者达一百余艘；文煜奏：英、法兵抵达烟台者有万人。清廷将此下达僧格林沁知之。
18日，咸丰准巴尔虎旗人一体考试。
19日，英军舰驶入北塘。
21日，太平军自苏州进抵青浦，大败华尔洋枪队，华尔受重伤。
27日，以苏常失守，大学士彭蕴章罢值军机；命邵灿、刘绎、晏端书、庞钟璐各在原籍办团练。
8月：
4日，英法兵登岸，据北塘。
同日，裁南河（江南）河道总督及淮海道各官。
6日，僧格林沁奏：英法势大志骄，难望议和。咸丰下旨：以抚为主，由恒福办理。意在妥协。
10日，命曾国藩为钦差大臣，实授两江总督。节制浙皖苏赣四省军事。曾国藩（1811-1872），字涤生，湖南湘乡人，进士出身，历任内阁学士、侍郎、总督之职。
曾氏学宗宋理学，但偏向于礼制而违背仁义之教，崇尚先秦世卿制，反对科举制。作战、治军言行不一。是以军纪败坏，湘军到处杀戮良民，劫掠财物，焚烧民居，甚至强抢民女者，不乏其人，对战俘更肆行屠戮，被斥为“曾剃头”。
13日，英、法军进犯新河，清军退守塘沽；诏命骆秉章驰赴四川督办军务。
15日，咸丰手诏僧格林沁：“握手言别，一倏逾半载。大沽两岸正在危急，谅汝在军中忧心如焚，倍切朕怀。惟天下根本，不在海口，实在京师。若稍有挫失，总须带兵退守津郡，设法迎头自北而南截剿，万不可寄身命于炮台……若挚意不念天下大局，只了一身之计，殊属有负朕心。握管不胜凄怆，谆谆特谕，汝其懔遵。”
同日，命西凌阿固守天津，伊勒东阿赴通州防堵。
17日，命巴栋阿驰援金坛。
18日，太平军忠王李秀成乘胜挥军驰抵上海近郊徐家汇，威震上海。先是清军以银钱雇用华尔洋枪队来攻青浦，本月初李秀成自苏州出发，往救青浦，进击洋枪队。大败洋枪队，杀死洋兵六七百人。得洋枪两千余支，获大炮十余门，船只百余条，解青浦之围，顺流而下，攻克松江，再引兵攻沪（上海）。本日，抵上海徐家汇。此时英、法联军助清军对太平军作战。太平军前锋蔡元龙、郜永宽挥军出战，清军弃营而逃。太平军正要乘胜进军，天降大雨，风雷交作，太平军立足不稳，旋即停止进攻。本月末，嘉兴告急，李秀成撤兵回救。解围之后，即回苏州息兵。
21日，英法侵华军攻陷天津大沽北岸清军炮台。先是本月1日，英法联军于大沽口登陆，占领北塘炮台。次日，占领北塘镇。
12日，向塘沽进犯。两千余名清军骑兵英勇进击，但大部被英、法联军以炮火歼灭。英法联军侵占新河。
14日，联军又攻陷塘沽。本日，英法联军又陷大沽北岸炮台。僧格林沁见此，便率南岸清军撤至天津一带，并上奏咸丰，放弃天津，与英法联军野战。咸丰意欲和谈，即刻准奏。僧格林沁遂撤军到通州。
24日，英法联军抵达天津府城，次日津城官府出降，天津陷落。英、法即向清政府提出：开天津为商埠，赔军费二百万两，公使带兵进京换约，公使常驻北京等；未立即向北京进攻。咸丰立即派桂良赴津，会同恒福于天津交涉，指示：天津开商埠、交换公使驻京、赔军费、带兵换约各条，绝不允许。此时主战派力反议和。给事中薛书堂，上疏云：战则我可取胜，夷人技穷；和则我受十害，而夷人得计。应乘此时，谕令僧格林沁率大军出讨。命沿海各督、抚，亦相机歼擒夷人。如不战而议和，则为开门揖盗，其害深矣。咸丰于战和之间，摇摆不定，此时又声言决战。朱批曰：以中国之大，受累于逆夷，二十年于此，战和两难，诚堪浩叹。遂表示与英法联军决战。谕曰：览奏何胜愤怒！朕为百姓不受荼毒，不得已而勉就抚局（求和）。乃该夷屡次要挟，势不决战不能……朕亲率六师，直抵通州，以申天讨而张挞伐。咸丰实则欲北走承德，以避之。后因决战派反对而罢。英、法代表巴夏礼也毫不让步，于是联军开始向通州进犯。咸丰立即派怡亲王载垣到通州答应前天津所议一切条件，惟英国领事巴夏礼要求：公使应向皇帝亲呈国书，载垣不答应。双方发生争执，16日，清军逮捕巴夏礼，会谈破裂。
9月21日，瑞麟于八里桥大战英法联军，但以武器低劣遭致惨败。咸丰立即谕令僧格林沁坚守通州，自己准备逃往热河。
9月22日，咸丰率群臣与后宫，自圆明园起驾，逃往热河承德，留恭亲王奕办理一切。9月30日咸丰抵达承德。9月下旬，英法联军侵抵北京城外，留守之恭亲王奕逃到长辛店藏匿。联军于10月上旬自东直门外绕至安定门外，僧格林沁不战而败，联军进至海淀并火烧圆明园。
与此同时（9月下旬），洪秀全命忠王李秀成举兵扫北。此时，有德安、随州、义宁、武宁、大冶、兴国、蕲水、蕲州、武昌、江夏、金牛、宝安、蒲圻、嘉鱼、通山、通城等义军四十股呈禀李秀成，表示投效太平军，人数约数十万。李秀成立即上奏天王，待接收该数十万人后，再行扫北。天王不准，且严加斥责。李秀成则抗旨出师江西招收义众，暂不北伐。此时，英王陈玉成由常州至苏州，与李秀成会商执行西征军略。议决陈玉成由江北西攻，李秀成自江南西进，两军会师武汉，完成西征救皖大计。全军共发五路：（一）南路：李秀成自天京出发，经皖南入江西，攻湖北。（二）北路：陈玉成自皖北入鄂。（三）杨辅清（辅王）、黄文金（定南主将），沿江南岸进入江西北部。（四）侍王李世贤经徽州入赣东。（五）右军主将刘官方、赖文鸿等力攻皖南祁门曾国藩大营。
25日，浙江太平军攻克临安、余杭；四川义军攻陷邛蒲、新津。
31日，清廷以崇实代四川总督。
9月：
2日，清廷以常清为伊犁将军。
30日，咸丰到达避暑山庄。此后朝政由肃顺、端华辅佐孝贞皇后、懿贵妃那拉氏办理。而那拉氏则初露锋芒，批写之事多由其执笔。
李世忠以擒获清廷降太平军将领薛成良擢授江南提督。
10月：
1日，咸丰下诏追述张国梁之“功勋”，追赠太子太保，入祀昭忠祠，并分建专祠。所有子孙若干人，送部录用。
2日，咸丰采纳官文建议，命都兴阿带兵入卫承德，继命王明、成凯、文煜、英桂督兵入卫承德。
6日，英、法侵华军火烧圆明园并大肆夺掠，残杀老幼，奸淫妇女，震惊中外。咸丰听到消息病情立即加重，致休克数次。孝贞皇后即传谕恭亲王从速议和。后恭亲王将和约奏到承德。咸丰与肃顺、端华、皇后、贵妃共同商讨，那拉贵妃力主批准和约。咸丰遂批准《北京条约》。
13日，恭亲王奕奏请将巴夏礼放还与英军。同日，北京守城清军大臣庆惠等开安定门迎接联军。北京沦陷。
15日，咸丰命胜保为钦差大臣，总统援军，支援江、浙战事；命恭亲王奕照会英人；不要修天津城北炮台，速行议和签约。
16日，英国提出九条，法国提十条。但要清廷有人出面签字。奕拒不出面，以后由俄国人担保，奕才于10月下旬出面签字盖章，答应下来。此即中英、中法《北京条约》。
17日，英、法公使入京。
24日，清政府与英国签订中英《北京条约》，并交换批准书。次日，签订中法《北京条约》，亦交换批准书，宣示中外。继之签订中俄《北京条约》（乌苏里江以东地区划归俄国）。
中英与中法条约主要内容如下：（一）原天津条约有效。（二）于津约外，英国又增九条，法国增加十条；是谓中英、中法北京条约，又谓续增条约。（三）增开天津为商埠。（四）允该两国派公使驻北京。（五）赔英国银共一千二百万两，法国六百万两。（六）待赔款交清英法军完全退出中国。（七）割让九龙属香港。（八）法国传教士可在各省租、买田地，建造自便。咸丰在热河承德立刻批准此约，并谕曰：“所有和约内所定条款，均著逐款允准，行诸久远。从此永息干戈，共敦和好，彼此相安，各无猜疑”。自此以后，英、法等国，便转而协助清政府消灭太平军。
23日，咸丰命左宗棠督办浙江军务。
28日，许俄国人驻乌苏里、绥芬河地区，停各省援兵。
11月：
5日，直隶、山东、河南民变与捻军纷起，咸丰命僧格林沁前往镇压。
9日，英法联军撤出北京，满载抢劫之赃物三百辆大车而走。
12日，恭亲王奕奏：洋人已退至天津，吁请咸丰回京。
13日，咸丰下诏：天气渐冷，暂缓回銮。以田兴恕为贵州提督，给予阵亡提督周天受、周天培世职，建祠予谥。
14日，以刘源灏为云贵总督，邓文恒为贵州巡抚。
16日，命文廉、恒祺办理通商事宜，吴廷栋督办防务；以文安为湖南提督；以冯子材督办镇江军务。
17日，恭亲王奕奏：与俄国交换条约，请加盖御宝。咸丰批准。
23日，俄罗斯运枪炮至。
本月，太平天国下诏：减轻苏、福省田赋。
12月：
2日，清廷以严树森为河南巡抚；派毛旭熙督办河南军务，镇压捻军。
3日，命都兴阿督办江北军务，以李若珠副之；命总兵田在田接办徐、宿军务，并由淮徐道吴棠帮同办理。
13日，派大顺广道联英专办河防。
15日，翁同书奏陈：“谨天戒，固邦本，收人才，练京营，争形胜。”（谨遵天命；巩固国本；收揽人才；训练京师驻军；争取国之优势。）咸丰答：“收人才一条，利少弊多。”
25日，因杭州解严，清廷优赏瑞昌、王有龄等。瑞昌奏，官吏陈某力保浙省，请加优奖。咸丰下旨：不分畛域，皆尔大吏，优奖本为份内之事；甄叙督、抚，出自朝旨，非汝等所可擅请。（不分彼此亲疏，尔等皆为国之大吏，优奖之事，为朝廷份内事；考核升降督、抚，出自朝廷旨意，非尔等所可擅自奏请也。）
30日，命成琦、景惕二员，查勘俄罗斯东界。
本年，东北义县王达领导农民起义反清，昌图、朝阳地区矿工和农民亦因不堪压迫剥削与奴役，纷起响应，后在与清军作战中，王达殉难。义军由李维藩领导，继续对清军作战，1866年失败。
本年，山东鲁西地区发生抗粮斗争。次年，堂邑人宋景诗领导黑旗军起义，屡次击败清军胜保部，战至1868年失败，宋不知所终。
自1859年至本年，西方传教士等所办报刊增加至七十六种，广学会先后出版西方书籍二千余种。其中最重要者有李提摩太所译《泰西新史览要》，叙述十九世纪基督教文化史和欧美各国资本主义发展历史。艾约瑟所著《万国公法》，介绍西方历史、教育、政治、外交及军事等。广学会之机关刊物《万国公报》系统介绍西方历史、地理、经济、自然科学等。
