1月：
2日，清廷命裕庚在总理各国事务衙门行走。
3日，命疆臣均兼总理各国事务大臣衔。
10日，罢直隶练军。
同日，总理各国事务衙门上奏：分别铁路工程缓急次序，卢汉、粤汉为主要干线，宁、沪、苏、浙、浦、信、广、九等为近千要支，均由总公司盛宣怀承办；津、镇及山海关内外，责成胡燏棻办理；太原至柳林，由山西商务局承办；广西龙州，由提督苏元春承办。此外已与各国定有成约，凡地不过百里，款不出百万者，不在停办之例，凡华洋各商，请办各支路，此时概不准行。朝廷同意。
17日，湖北巡抚曾鉌以奏请变通成例被参劾，谓其擅请变法，莠言乱政。朝廷命革职，永不叙用。
25日，命马玉昆往河南办理防剿军务；罢胡燏棻（芦津）铁路督办，以许景澄代之。
2月：
3日，改汉口同知为夏口抚民同知。
17日，诏令清理庶狱。
23日，清政府发行昭信股票，荣禄等率先认领。此股票按年计利，如期还本。
本月，先后发库银十万两备赈清流河、安徽等地灾。
3月：
14日，以毓贤为山东巡抚。
17日，光绪谕命各省积谷；清理狱讼；办团练保甲。
20日，京师实行保甲制。
31日，胶州湾德军借护教为名，侵入沂州境（参见1898年年末记事），清廷命吕海寰照会德国外交部，停止其进兵之举。
同日，朝廷褒奖袁世凯训练陆军有成。
本年春，原在山东省长清县活动之神拳首领朱红灯，由于受当地民团打击，转移茌平县境，并设场练拳，进行反教会宣传与神拳扩充活动。不数月，全县八百六十村庄中，已有八百村庄设场练拳。9月平原县反教会斗争受到清军镇压，要求朱红灯派人相助。朱红灯立即派拳民千余人增援。此时，各地大刀会、义和拳也赶来参加朱红灯拳民队伍。朱红灯指挥拳民于杠子李庄大败清军，声威大振。复于森罗殿地区击溃清军三路围攻。此役之后，朱红灯提出“天下义和拳兴清灭洋”口号。山东巡抚毓贤于无力镇压困境中，将“义和拳”改为“义和团”，充作山东省地方团练，以符合太后倡办团练之意，使“义和团”合法化。“义和团”亦举起“扶清灭洋”和“毓”字大旗，公开活动。此后各县遍设拳场，很快传布山东全省。该义和拳是白莲教支派八卦教一支。口念神符习练拳术，自以为刀枪不入。义和团攻击教堂，多为焚烧，对教民则并无杀害之事。
临清教会传教部报告谓：“约三分之一的基督教徒蒙有损失，总计亦不过四百三十余元。个人之伤害未见发生。居临清之某基督徒，有一子及一妹夫，均为拳众所掳，两人耳朵皆为拳众割去。”至本年12月，美国驻华公使康格，据美国传教士之歪曲报告，压迫清政府，撤换山东巡抚毓贤，改派袁世凯为山东巡抚，镇压义和团运动。袁抵山东后，于1900年2月28日发生肥城义和团杀死英牧师伯鲁克一案。袁世凯判处拳民两人死刑，一人终身监禁，一人监禁十年，一人徒刑二年；地保四人革职，永不叙用；罚出事地居民白银五百两，并立一座纪念碑；复赔教堂白银九千两。袁世凯为镇压义和团，又特定《严禁拳匪暂行章程》八条，特别奖励告密，以被告人家产一半或全部充赏；并规定：凡有练拳或赞助拳场者杀无赦；凡地方官逮捕拳民，当时用刀杀死，不必审判。旋朱红灯战死，义和团被消灭十余股。袁军所到之处，血洗乡村。德国侵驻山东军队，也参加镇压即墨、高密、胶州之义和团。为此，山东人民对卖国贼袁世凯恨之入骨，有山东民谣云：“杀了袁鳖蛋，我们好吃饭”。
此后，山东义和团转入直隶境内发展。天津地区义和团。又组织有红灯照，系未婚少女组成，尊崇黄莲圣母，与义和团共同进行反洋教斗争。
毓贤（？—1901年），字佐臣，汉军正黄旗人。1888年任山东省曹州知府，1898年任山东按察使，残酷镇压山东人民反抗。1899年继李秉衡接任山东巡抚。镇压山东义和拳，屡次失败，万般无奈，改剿为抚，将义和拳改名为“义和团”，使成为合法团练，义和团得以迅速壮大，并打出“扶清灭洋”和“毓”字大旗为号召。清政府此时仍决心镇压义和团，加之列强施加压力，立即将毓贤调任山西巡抚。
4月：
2日，命副都统寿山募练十六营队伍组建为镇边新军。
17日，朝廷谕有漕粮各厅、州、县：自今冬开始改为征收本色（银两）运抵京师。
命叶祖珪、萨镇冰任海军统领。
28日，中日订立《福州日本专用租界条约》十二款，另附《另约章程》五款。租借福州三十年。
本月，英国人承修广九铁路，由广州至九龙，由英国人经营。借英金一百五十万镑，以本路为抵押，二十年期满。
5月：
7日，中俄签订《勘分旅大租界专约》。
15日，朝廷特谕：近因时事艰难，朝廷孜孜求治，多次谕命疆臣，整顿一切，而据回奏，练兵、筹饷、保甲、团练、积谷各事，虽非空言，尚少确效。因此再谕令，所筹诸务，速即兴办，仍将有无成效，据实上报。
同日，申谕疆臣，切实校阅营伍；又谕察勘荒田，劝导民垦。无令吏胥从中阻扰，亦不必遽拟升科（增税）。
意大利海军驶近浙江三门湾等地，谕令严加戒备。
21日，命刚毅往江南各省，严核库藏出纳实数，并筹集款项，整顿关税、厘金、盐课等，用于练兵。刚毅此次出京共筹得款项约数百万两。
25日，命聂士成军马、步营驻热河，充实边防。
28日，朝廷命两江总督刘坤一等，集重兵防备意大利军登陆，如意军登陆，即迎头痛击。
29日，命李光元督办浙江防剿；长顺驻吉林稽察练兵事宜。
6月：
6日，清廷下诏曰：关税、厘、盐诸课，岁有常经，疆吏瞻顾，不能力除积弊，大学士、军机大臣等，其详核会议以闻。
同日，为惩办贪庸大吏松椿等，朝廷特谕：据奏漕运总督松椿，贪庸无识，在任十年，毫无振作。信用候补知县周士钰，贿卖差缺，朋比分肥，河南吏治大坏。上年淮安城外，添设验补捐局，搜刮商民，激怒民众致聚众一千余人，拆毁捐局，驱逐委员，淮安城内罢市数日，众人旋至清江控诉。该督不究，民众遂将委员所开广元钱店拆毁抢掠，商民钱铺因此关闭者十余家。该督见众怒难犯，始出告示，撤验补捐局，不敢惩办乱民，亦不闻奏报。漕标营务废弛，清淮以北剽劫成风，从不整顿。湖滩苇荡，私征入己；运河岁修之款，种种克扣，勒令厅员俱领，以至河厅各员，延不修防，清淮高宝一带水患，实由于此。徐海灾赈，竟将未尝办赈之周士钰等，滥行嘉奖。又有许卖婆者，出入该督衙署，漕标各营差使，由卖婆母女指名请委，无不受之如响（无一不从）。著刚毅按照以上所参各节，确切查明，据实具奏。
此事在一定程度上暴露了清廷官吏侵吞赈灾银两的真情。
13日，命吴廷菜在总理各国事务衙门行走。
16日，命太仆寺少卿裕庚充出使法国大臣。
26日，命正定总兵杨玉书统辖练军，驻热河；免除湖南安化、武冈、新宁被水田赋。
30日，岳州开为商埠，移岳、常、澧道衙署驻此，该道员并兼任岳州关监督。
7月：
11日，清廷命各直省将军、督、抚：切实整顿关税、厘金、盐课等项。现在收数，无论为公为私，凡取诸商民者，一并和盘托出，一律彻底清查，裁去中饱之数，酌量提归公用。限三个月拟定奏报。并命将轮船招商局、电报局及开平矿务局盈余利息。酌提归公。
28日，清廷谕整饬海军。
本月，赈皖省庐陵等县水灾。
8月：
10日，因法国租借广州湾，命苏元春前往会勘界线。
15日，签订与朝鲜通商条约。
17日，开秦皇岛为商埠。
29日，命刚毅赴广东清理财政等。
30日，命苏元春赴淮徐练兵，受荣禄节制。
本月，孙中山与梁启超在日本商谈保皇派加入兴中会问题，并议决孙中山任会长，梁启超任副会长。但保皇派徐勤、麦孟华坚决反对联合，即向康有为（在美国）告密，康得信，派弟子叶觉迈到日本，强令梁启超赴檀香山。梁不敢抗命，即行启程。孙中山联合保皇派计划失败。
9月：
11日，太仆寺卿徐寿朋与朝鲜外交部大臣在汉城签订通商条约十五款。
16日，甘肃回众反清。
28日，清廷诏命各省宣讲《圣谕广训》（皇帝谕旨选集）。
10月：
3日，锦州、广宁有众反清，清军镇压之。
6日，清廷以天旱不雨，下诏求直言。
9日，朝廷下诏命清理狱讼，并宽缓征输；命疆吏整躬率属（以身作则之意），持公道，顺舆情。
18日，副都统寿长，以废弛营务，夺职戍边。
20日，命李征庸充督办四川商矿大臣。
11月：
2日，意大利军舰续抵中国海，清廷命直、鲁、江、浙，严加防卫。
本年秋，赈浙江、湖南、甘肃水灾，陕西旱灾。
16日，依广州湾租约，允法国人筑赤安铁路，自赤坎至安铺港，将广州湾与东京湾连接在一起。
18日，命李秉衡巡阅长江水师。
22日，命李鸿章为通商大臣，考察商埠。
12月：
2日，命陶模来京陛见，以魏光焘代理陕甘总督。
6日，命毓贤来京，以袁世凯代理山东巡抚。
11日，命太仆寺卿徐寿鹏充出使韩国大臣。
12日，罢廖寿恒军机大臣职，命赵舒翘在军机大臣上学习行走。
19日，命谭钟麟来京，以李鸿章代理两广总督。
20日，清廷再次宣布康有为、梁启超“罪状”，悬赏缉捕。
24日，命刘坤一来京陛见，以鹿传霖代理两江总督。
26日，协办大学士孙家鼐因病免职。
27日，命户部尚书王文韶协办大学士。
1896年至本年间：英、法、日、俄，争先恐后地争夺在华开矿权。清政府于1895年以前，不准外国人在华开矿。但甲午战败后发生了变化。
法国首先于1896年逼清政府签《续议专条附章》，于云南、广西、广东三省夺取优先开矿权。
1898年2月，沙俄提出于黑龙江右岸中国境内开采金、煤等矿。次年8月，华俄道胜银行驻北京代理人又要求开采锦州所属境内五金矿；继之俄国公使又索要俄商承办外兴安岭金矿开采权。同年，华俄道胜银行背着清政府与英国福公司作交易：华俄道胜银行允许福公司在柳太铁路（山西省境）所过地区建筑支线和开矿；福公司放弃太原等七处矿权。1899年，沙俄夺取在蒙古鄂尔河地区采金矿二十五年之权利，同年，又同中国新疆办矿总局订立《合办金矿合同》，夺取塔城和库尔、喀喇、乌苏厅等四处开采金矿二十五年之权利。
1898年5月，英商福公司与山西商务局订立《合办矿务章章》，夺得多处煤矿开采权，开采期为六十年。6月，福公司又欲夺取河南黄河以北之诸山区各矿开矿权，由于河南士绅强烈反对，福公司又改为于怀庆夺取开采煤矿权。10月，津榆铁路督办胡燏棻与英国汇丰银行、怡和洋行订立《南票矿务合同》，将女儿河至南票、南票至锦州沿线地区矿权让与英国。
1899年4月，英商摩根又在四川夺取合资开采煤、铁、煤。
同年，法国在四川灌县、犍为、威远、綦江、合州、巴县、天全、懋功，夺得铁、五金、煤矿开采权。
同年4月，日本与汉阳铁厂订《大冶矿石合同》，除汉阳铁厂外，其余矿石应先卖给日本制铁所，每年不少于五万吨，日本得派员驻厂监视。
同年6月1日，德国政府颁布“山东矿务公司特许令”，德国为特许令受领者。其主要内容为：德国在山东拟建各铁路两旁三十里内，有开采各种矿产之权，为期五年。于殖民公司形式下组建一个或数个德华矿务公司。德商矿业公司，分配红利时，应将红利一部分交给德国胶澳政府；矿业公司应将所开采之煤，首先供应德国海军应用。至1900年2月，山东巡抚袁世凯与德国之山东矿务总办订立《山东德华矿务公司章程》二十条，进一步把山东全省矿权悉数给予德国。
本年，安徽涡阳县捻党起义，迅速发展至二万余人，数百里之间，各地农民纷纷响应。清政府调三省兵力围攻，义军失败。
本年冬，晋、滇、陕、甘、鲁等省份有灾荒。
