1月：
13日，为准备废科举，朝廷特发谕旨曰：兴学育才，当务之急。据张之洞同管学大臣会订学堂章程所称，学堂、科举合为一途。使士皆实学，学皆实用。自丙午科（光绪三十年亦即1906年）为始，将乡、会试中额及各省学额，按照所陈，逐科递减，候各省学堂办齐确著成效，再将科举、学额，分别停止，以后均为学堂考取，届时候旨遵行。即著各该督、抚赶紧督饬各府、厅、州、县建立学堂，并善为劝导地方，逐渐推广，无论官立、民立，皆当恪遵列圣训士之规，谨守范围，端正趋向，不准沾染习气，误入奇衷……务期教学相长，成德达材，体用兼赅，以备国家任使，有厚望焉。所说体用，即：中学为体，西学为用。
14日，改管学大臣为学务大臣，由孙家鼐出任该大臣。
23日，清廷杀广西反清首领覃志发。
25日，光绪诏内务府再减宫廷费用，罢一切不急工程。
27日，设练兵处，命奕勖等管理，以徐世昌充练兵处提调，刘永庆充军正司正使，段祺瑞充军令司正使，王士珍充军学司正使。
本月，孙中山于檀香山发表《驳保皇报》一文，力驳其革命足召瓜分之论，力主中国当时，必须实行革命，建立民主政体。文云：“又日中国之瓜分在于旦夕……云云，曾亦知瓜分之原因乎？政府无振作也，人民不奋发也……满政府今日已矣。要害之区尽失，发祥之地已亡，浸而日削百里，月失数城，终归于尽而已，尚有一线之希望者，惟人民之奋发耳……又尝谓中国人无自由民权之性质，仆（我）曾力斥其谬，引中国乡族之自治……惟中国今日富于野蛮之自由，则他日容易变为文明之自由。倘无此性质，何由而变？”
《女子世界》创刊于上海。主编丁初我、曾朴，宣传女权与革命。
2月：
5日，置翰林学士，并增员缺，定品级。
10日，日俄战争于中国东三省爆发。1903年4月，俄国第二次撤军时，又提出必须保留若干军队驻铁路沿线，及黑龙江、松花江两岸，并提出撤军七条件（见前1903年4月29日），此七条显示撤军后继续保持俄国在东三省独占权益。其他列强当然不干，于是有日、英、美三国对清政府之联合警告，要清政府拒绝俄国要求。中国政府拒绝后，俄国不再撤兵，反而重占奉天，不再承认交收条约。美国则“劝”中国开放牛庄、奉天、大东沟为通商口岸，对此，俄国同意，但于1903年5月又提出四项要求：
（一）扩张华俄道胜银行营业权，由该行管理营口税务。（二）由北京经张家口至库伦、恰克图之铁道由华俄道胜银行修造。（三）奉、吉两府设交涉局，由中俄两国派员组成。（四）西藏西北部实行中俄协同行政制度。
此四项要求使俄国势力控制满、蒙与西藏北部地区，其势力范围大增。俄国陆军大臣克鲁巴金亦于日本见到日本人反俄情绪之大，即回旅顺召开军事会议，准备对日军作战。俄驻华公使雷蒙萨尔更向清廷表示，即使有列强干涉，俄国亦不会无条件撤军，即因此与日本开战亦不辞。6月，日本政府向俄国提出会商远东特殊利益问题。俄国令驻日公使及远东总督亚列克谢夫与目方谈判。日本提议“尊重”中韩二国“领土、主权完整”，俄国承认日本在韩国有优越权利；日本承认俄国于中国东北经营铁路之权。经过考虑，俄于10月提出对案，指出日本对中国东北无发言权，但要求在韩国设中立区。日本对此，极为愤怒，因而有民众示威，要求日本政府采取强硬态度。本年2月4日，日本天皇召开御前会议，决定对俄作战，令其公使拔旗归国。2月8日，派军舰袭击旅顺、仁川。
本年2月10日，日、俄双方同时宣战，战争于中国东北地区爆发。这是中国之奇耻大辱，东北民众，受损亦巨。各国继之宣布中立；清政府亦恬然宣布中立。东北民众因受俄人之多年迫害，偏向日本，并暗中帮助日本，实是前门赶出虎，后门引入狼，所来者均兽也。日军三十万人由韩国北上，分四路进攻俄军，并以海军封锁旅顺口。在中国东北，日俄双方经八次肉搏血战，俄国军力不支。至1905年1月，俄军投降。
12日，因日俄在东三省开战，清廷命各省督抚严守中立，身居“局外”，并晓谕军民人等。
15日，授荣庆为军机大臣。
19日，移广西盐道驻梧州，兼任关监督。黄河决口利津王庄。
20日，光绪于乾清宫见欧美各国公使。
本月：免直隶安州被涝、昆明被旱地亩租粮。
商部订立《商律》九条、《公司律》一百三十一条，上呈朝廷。云贵总督丁振铎奏请力行变法，该奏折谓：日、俄在中国冲突而各国不予问闻，在欺我中国如蛮邦，中国日言变法，而毫无实效，列国亦不相信。当此事变之亟，如得皇上国书，坚与誓约，力行改革，期不数年即悉如泰西各国而后已，则欧美各国见我国实图自强，则会出面干涉日、俄在中国冲突。且当此之时，我中国，亦不能不变法以图存。“日本变法之明效如彼，我未变法之吃亏如此，则变与不变，不待再计而决矣。所虑者，若再因循。恐虽图变法而已受分割，被日挟制，无可以自变之日，”
3月：
6日，云南普洱镇总兵高德元被定为玩忽职守殃及黎民罪，处斩。
11日，《东方杂志》于上海创刊。初为月刊，后改为半月刊，至1948年12月停刊，为当时中国延续时间最长之杂志。
16日，朝廷以西太后七十寿辰，停本年秋决。
17日，日蚀。
24日，台湾嘉义、斗六、盐水港大地震，死一百四十五人，倒三千余家房舍。
26日，光绪于乾清宫见葡萄牙使臣白朗谷。
31日，孙中山离檀香山赴美国大陆。
4月：
2日，利津决口合龙。
6日，清廷谕军机大臣：允准驻藏帮办大臣桂霖移驻察木多。以资震慑，并令驻藏办事大臣有泰，妥办印藏边界英军逼近，藏人与之对峙事件。
16日，光绪于乾清宫见德使穆默。
特谕：前御史蒋式理上疏弹劾奕勖有私款存放于汇丰银行，经派清锐、鹿传霖与该御史前往确查，具复奏称：该银行往来帐目。不以示人。询以与庆亲王奕勖有无往来，据称未经见过。诘之该御史所陈何据，则称得之传闻。此事攸关名节，岂容任意污蔑。该御史著回原衙门行走，姑示薄惩。嗣后凡有言事之责者，务当一秉至公殚心献纳，如有应行弹劾者，仍据实纠参，以副朝廷广开言路，实事求是之至意。
24日，以涉嫌与革命党有联系逮捕王照。
26日，《警钟日报》刊介绍孙中山文章。文曰：“孙逸仙，为吾国革命巨子。其事迹轰烈于全球。自庚子之后，外势之侵入益甚，起视吾国，殊为梦梦。然则谓今日革命能有以成，能以救亡与否，仆不能无疑，兹探得孙氏有致某君之手书，特录其言奉上。”孙中山信文大意，是揭明驱逐鞑虏，恢复中华，创立民国。平均地权四义。重点说明平均地权、均贫富之重要性。惟如此均平社会财富，才能社会稳定，避免社会冲突，推动社会发展。
免榆林等州县欠课。
本月，直隶隆平县乡民为反对知县李国枫强迫乡民交纳每亩三升（四十文）之学堂捐、警察捐，聚众数千人到县城要求免捐，被警官打死郭魁子等九人，伤六人，民众愤怒，蜂拥入城，捣毁警局，打开监狱，释放囚犯。
本年4月至5月间，孙中山在美国旧金山与刘成禺讲三民主义与五权宪法。在旧金山孙中山与刘成禺同住，欲于致公堂发展兴中会，未有效果，其间与刘讲解三民主义和五权宪法问题：（一）二民主义。三民主义之一是民族主义，即排满革命主义：其次是民权主义，即民主政治主义；第三是民生主义，即解决民生问题之主义，“俄之虚无共产，德之国家社会政策，美、英、法之社会主义，皆在民生主义涵盖之下，推而广之，将成为世界主义矣”。（二）五权宪法。对此，孙中山说：孟德斯鸠之三权说，风行欧美，并不完全适用于中国，中国应行五权并立之制，因为中国汉、唐以来，就重视监察之制，设有御史官职及其署衙。故中国民主政治中，应增设监察权。其次，应增加第二权考试权，这一权，是中国唐宋以来，一直执行的一个平民政治制度，它打破了门阀、血统垄断制（古代世卿、门第制），至于其考试内容，或有不合时用者，但此一考试制度，深含在考试面前人人平等之民主因素，并为中国所独有之制，朝为平民，一旦得第，则暮入台省，衣锦为官。因此，中国民主政治，应于立法、司法、行政之外，加上监察、考试二权，合为五权宪法，以补欧美所无，更有利于任官、监督与司法、行政权之行使，将来或可风行于世界。刘成禺闻而感服，遂向中国在德留学生朱和中等写信，为孙中山到欧洲访问中国留学生牵线搭桥。从此之后，孙中山全力于知识界发展革命组织，而不似以前只局限于联络会党。
5月：
7日，光绪于乾清宫见德王阿拉拜尔、公使穆默。
31日，苏元春遣戍边疆。
本月：免云南邓川上年灾粮，湖南新化灾区，内蒙呼兰、绥化等属被兵欠赋；日、俄海军于旅顺口外大战，俄舰因前后受敌，逃入旅顺港口，港口炮台炮击日舰，接应俄舰入港。
6月：
（一）光绪为改革吏治痛下决心，特诏曰：从来民为邦本，国家用人行政，无非为民，州县之设，原为与民相亲，使在上者周知百姓疾苦；朝廷倚任督抚及藩臬道府等官，皆欲其监督治理，尽心民事，抚绥休养，保我群黎。百官俸禄，皆系民膏民脂，若养尊处优，而不悯百姓之颠连无告，扪心清夜，何以自安。中国官民隔绝，痼习已深，颇闻各省州县官，有深居简出，玩视民瘼（民间疾苦），一切公事漫不经意，以致幕友官亲蒙蔽用事，家丁胥吏，狼狈为奸，公款则舞弊浮收，刑案则拖累凌虐，种种鱼肉，为害无穷。小民何辜，受此荼毒。深宫眷怀赤子，每一念及，常为泪下。嗣后责成各督、抚考查州县，必以为守俱优，下无苛扰，听断明允，缉捕勤能，为地方兴利除害；于学校农工诸要政，悉心经划，教养兼资，方为使尽其职。自本年为始，年终各督、抚将各州县胪列衔名年岁籍贯清单，注明何年月日补署到任，经征钱粮完欠分数，及有无命盗各案，词讼已结束若干起，监禁、羁押各若干名，均令据实开报。其寻常功罪处分，准宽免，不准讳饰。任内兴建学堂几所，种植工艺、巡警诸要政是否举办，一并分别优劣开列简明事实，不准有笼统宽泛考语。奏到后，交政务处详加查核，分起具奏请旨劝惩。并将各省奏单刊入官报，与众共知。
此前降旨，谕令将书吏差役严行裁汰，并恤刑狱各条。皆于吏治民生极有关系，何以因循不办？命一体督饬属员，认真整顿。各督、抚务当破除情面，察吏安民，切实遵办，以体现朝廷力挽颓风、勤恤民隐之至意。
（二）广西黄肥五、王和顺反清，攻克永宁州、三皇墟等地。省城戒严。清吏魏光焘、刘春霖等前往镇压。
（三）黄兴、杨笃生、章士钊在上海创办爱国协会；复与张难先、胡瑛于武汉创办科学补习所；张难先则投入清新军中秘密发展组织，宣传革命思想，并准备于11月16日西太后生日，发动起义，后因事泄流产。
16日，清廷命道员袁大任办理安徽矿务。
21日，懿旨（太后旨）：特赦戊戌变法党人，除康有为、梁启超、孙文之外，罢职者复原衔；通缉、监禁、编管（管制）者，释免之。
7月：
3日，广西反清兵勇攻克柳州。
8日，赐刘春霖（此系另一个刘春霖）等二百七十三人进士及第、出身、同出身。
10日，懿旨：本年七十寿辰，停筵宴，将军、督抚等勿来京师祝寿，并免进献。罢粤海、淮安关监督及江宁织造。
14日，为避免各省地方官中饱私囊，清廷特谕各省督、抚将各属经征钱粮限五个月内开列简明册表记明正额、实收若干，以及折征数目等。此外有无陋规、杂费，亦逐一写明。待该省奏到后由户部核对，由政务处刊入官报，使众共知。清廷命各督、抚认真办理，不得循饰延宕，若敷衍搪塞，从重惩处。
17日，命铁良赴江南考察制造局、厂，筹划所宜，并检查出入款项，及各司、库、局之利弊。
23日，促岑春煊赴桂、柳，督师镇压反清义军。
8月：
3日，英军四千余人在荣赫鹏率领下侵入拉萨。达赖逃遁。本月中旬，荣赫鹏往见驻藏大臣有泰，诘问有泰何以不赴约议款，有泰谓无权处理。9月，西藏班禅与英军荣赫鹏签订《英藏拉萨条约》十款：开江孜、噶大克、亚东为商埠，承认除将来规定税则外，概不征收租税；所有自印度边界至江孜、拉萨各炮台与山寨一律拆毁；西藏土地让卖、租典，铁路、电线、矿产修筑、开采或其他利权以及货物、金银、钱币等抵押拨兑等，不得英国允许，不能举办；赔款五十万两白银，七十五年还清。还清以前，英军驻春丕不走。清政府外务部电告西藏有泰，不承认此条约，应由清政府与英国政府之间谈判改约。
7日，永定河决口。
10日，黄河决口山东利津县薄庄。
12日，西太后与光绪于乾清宫见比国使臣葛飞业。撤消福建水师提督一职，陆路提督移驻厦门。
29日，停九江进瓷器。
命李兴锐代理两江总督兼南洋大臣。
31日，孙中山应美国友人麦克威廉士之请，写成《中国问题之真解》一文，寄送麦氏。麦氏将此文印成一本小册子，封面题日《革命潮》（以英文写成）于本年9至10月间在纽约发表。孙中山早在1897年4月2日于英国《两周评论》上刊载《中国之现状与未来》（英文版），揭露清政府之腐败无能，呼吁列强不要干涉中国内政，尤其英国朝野不要干涉中国内政与支持清政府。本年秋，孙中山以赴美整顿致公堂不见成效，即转向国际社会进行革命宣传，争取国际上之理解与支持，遂与王宠惠商同起草此文。主要内容是：
（一）中国现政府是满洲政府，不是中国政府。中国从来都不闭关自守，而满洲政府怕中国和外国接触，会引起反他们之动机，从而推翻他们，所以才闭关自守，这不代表中国人民的天性。
（二）揭露清政府十大罪状：1.鞑靼人的政府，只顾他们自身的私利，不顾被统治者的利益。2.阻碍中国人知识与物质上的发展。3.视汉人为下等民族，不准汉人与满人享有同样权利。4.剥夺人民的天生人权和自由财产。5.满洲政府贪赃枉法。6.禁止言论自由。7.任意强征繁重和不法的捐税。8.对犯人任意施以酷刑。9.不经法律手续任意剥夺人民财产。10.政府、官员犯法或失职不受惩办。
（三）现在中国已到革命成熟期，全国人民有各种反清组织并不断进行反清革命斗争和武装起义。
（四）中国革命成功与强大以后，不会成为“黄祸”，因为中国人民是勤劳、爱好和平与遵守法律的民族，历史上也是为自卫而战；中国富强了，可以作为世界和平的主宰。
（五）推翻清政府，建立一个民主的中华民国。今日的中国，只要火光一进，便会全国爆发，将鞑靼驱逐。
本月，清廷赏汤寿潜四品卿衔，命其督办浙江铁路。
9月：
10日，朝廷裁并内务府司员。
26日，赏直隶津海关道唐绍仪三品京堂，候补副都统，前往西藏查办条约事件。先是拉萨条约签订后，清政府对英国囊括西藏土地提出抗议，几经交涉，最后商定清廷派员前往西藏谈。
25日，成都兵工厂六百工人罢工，反对克扣工资。罢工持续十六天。
10月：
9日，西太后与光绪于乾清宫见英国公使萨道义。
19日，重庆罢市，反对厘金局苛勒。
本月，清廷命候补三品京堂张振勋为考察商务大臣，并督办闽、广农、工、路矿事务；命袁世凯、周馥、陈夔龙饬地方拿办直隶边界会众。
11月：
1日，李兴锐卒，清廷命周馥代理两江总督兼南洋大臣。
3日，清廷派西宁办事大臣延祉赴库伦，迎护达赖来西宁。
4日，清廷以刘玉麟为南非洲英国属地总领事，管理应募出洋华工；命唐绍仪为赴西藏议约全权大臣。
6日，台湾嘉义、云林发生大地震，死七十八人，伤二十二人。
8日，吕海寰续订《中葡商约》成立；以裕德为体仁阁大学士，世续协办大学士。
12日，西太后与光绪见奥、美、德、俄、比诸公使；永定河决口处合龙。
19日，西太后与光绪接见英、日、法、韩诸公使。
24日，西太后懿旨：禁各省借新政巧立名目与苛征私捐。一切学堂工艺与有关教养者，官为劝导，绅民自筹，勿滋苛扰。朝廷免除浙江省堕民（乐户，受雇吹打乐器之人家）民籍，准其子弟入学堂读书，毕业者，给予出身。
本月，光复会成立于上海，推蔡元培为会长。该会以推翻清政府，“光复汉族，还我河山”为宗旨。蔡元培同时创办《警钟日报》于上海，至1905年3月25日该报被查封。
12月：
7日，命荫昌仍充出使德国大臣，曾广铨充出使韩国大臣：四川打箭炉地震。
9日，光绪见意大利公使巴乐礼。
12日，清廷准政务处奏请裁撤湖北、云南巡抚缺。
13日，调闽浙总督锡良为四川总督，云贵总督魏光焘为闽浙总督，以云南巡抚丁振铎为云贵总督；赏湖南巡抚赵尔巽为尚书衔，留京当差。
14日，广西反清义军首领陆亚发被杀。
20日，清政府定新军官制。
本年，无锡周舜卿创办裕昌缫丝厂。
