宴会结束后，李斯回到家中，想到秦国实行郡县制已经八、九年了，国家稳序发展，各行各业百废待兴。可万万没有想到还有人反对郡县制，这真是太不合时宜了。忽然有人报告：“补射周青臣来见。”李斯就让周青臣进见。周青臣进来后，行礼道：“丞相啊，今天淳于越也太狂妄了，他竟敢还提分封制，这不是和丞相做对吗？假如陛下真的听取他的建议实行分封制，那么丞相多年来主持的郡县新局不就毁于一旦了？”李斯拍案怒道：“周大人请放心吧，本相绝不会让淳于越的阴谋得逞！”说罢就让周青臣磨墨，自己挥笔疾书，一气呵成，写成了一道奏折。李斯写完，让周青臣阅读了一遍。周青臣看完，满脸堆笑，不停地说好。
次日早朝，大臣都把写好的奏折一一呈了上去。秦始皇开始览阅，有称赞郡县制好的，也有称赞分封制好的，真是各抒己见，莫衷一是。秦始皇最后看李斯的奏折，上面写道：
臣李斯冒死向皇帝陛下进言：周朝之时，天下诸侯，混战不休，这正是因为侯王太多的缘故。诸侯国多了，他们的言论和学说会杂乱无章，诸子门派众多，他们用虚假的言词来掩饰战乱的过失，造成了言论的高度自由，以至于出现了随意批评时政的不良习惯，他们还经常妄加评论周天子和诸侯王的言行举止，常常使国君陷入尴尬境界。现在天下统一，国事应该由皇帝决定，人们再按照诸子的学说来任意针砭时政是非常错误的，要坚决制止。
现在民间的私人学馆，都有各自的学习内容。这些内容与秦国的法令、条文、制度不相吻合，所以人们看到朝廷的法令就喜欢用自己学到的百家观点妄加评论，总认为秦国的法律条文漏洞百出，不值得推敲。百姓在家大发议论，走出家门还要信口雌黄。这些人表面上夸赞陛下，而实际上同陛下唱反调，亵渎美政，长此下去，老百姓的思想就会混乱，陛下的威信也会下降，而民间的反对派和六国的旧势力就会趁势抬头。因此陛下应先发制人，尽快制止言论自由，把那些异端分子坚决压制住，这样，人们的思想就不会混乱了。
怎样才能统一思想？臣冒死献上一策：书是一切思想的来源，只有断绝了来源，人们的思想就会枯竭。因此臣请求除了秦国以外的所有图书典籍，应该全部焚毁。具体的措施是除朝廷的博士官外，将民间的私人藏书由地方官全部清查，送到府衙，当众焚毁。这些书包括六国诸子的全部著作，尤其是孔、孟的书。朝廷的命令下达后，再有聚在一起谈论《诗经》、《书经》和百家语的，不论是谁全部抓起来处死。把那些推崇古代，诽谤当代的人，一经查出，就满门斩杀。朝廷官员和地方官员，明明知道有人诽谤朝廷却不检举的，以同罪论。诏令下达后在一个月内仍不烧书的，就定为黥刑发配到边地，服四年徭役。此外，一些医学和卜筮、种植之类的书就不必焚毁了，这些书对人没什么伤害。老百姓如果想学文字和法令就到官府去学，以吏为师，同时立即取缔私人学馆。
通过上述办法：人们的思想就能统一。只有人人以法来权衡一切事务，秦国必然就大治了，讽谤之风也会停止。只有这样，秦国才能长治久安，陛下的千秋伟业必将世代相传。请陛下纳臣之谏，雷厉风行，诏令全国。
秦始皇一口气读完了李斯的奏章，心中震撼不已。散朝后，独留李斯问道：“丞相此计是否会把古代的文化典籍摧毁殆尽？朕是否会落个千古的骂名？”李斯诚惶诚恐地答道：“毁了民间的书籍对秦国没有任何损害。秦国从来都是以严法治国，才从蕞而小国发展为西方强国，最终一统天下。现在六国的臣民还非常怀念他们的故国和过去的主人，假如不用法令使他们忘记过去，就很难驾御他们！因此请陛下当机立断，早作决定。自古伟人造伟业，伟业须由伟人就，陛下还忧豫什么呢？请您顺应时代潮流，发起焚书运动吧！”秦始皇听了这番言词，龙颜大悦，当即道：“卿之言正附合水德之说，准奏！”于是立即诏令全国，责令全面焚书。
始皇帝的长公子扶苏，时年二十七岁，长得面容俊朗，英姿勃勃，听说父皇要焚书，急忙进宫来劝谏，他说：“陛下，书乃圣贤之语，明理之本。如今若是烧毁了，拿什么来教化百姓？况且人不教化就不明白事理，不明事理就与禽兽没有区别啦？”秦始皇道：“禽兽之所以被驱遣，就是因为它们没有思想。黔首如果不明事理，驱遣起来不就与禽兽一样容易了吗！老百姓可以驱遣，但不能让他们明白为什么要驱遣，这里头奥妙深着呢，你小子回去慢慢琢磨《商君》之书吧，休得妄议朝政！”扶苏就不敢再说什么，只好退了出来。
随后秦国就颁布了焚书令。一时间，在咸阳宫前的大广场上，上缴的图书堆成了山，大火烧了十几天，浓烟直呛得人们抹泪擤鼻子。这把大火就这样从咸阳蔓延到了全国，官吏谁不害怕皇帝？老百姓谁不害怕官吏？谁敢因为私藏几卷书而招来灾祸呢？于是人们就把家里所有的藏书拿出来在门前焚烧，民间的书籍与典册就这样全都付之一炬了。当时只有曲阜孔子家庙内，孔鲋偷偷的把数十部经典书籍藏在墙壁的夹层中，才得以保存下来。除此之外，在一些穷乡僻壤之处也保存了几册《诗经》和《书经》，其余的全部被烧。这是人类文化史上的一场浩劫，它把中国古代的文献和远古文明一时间摧毁殆尽。
