就在拿破仑服役期间，法国的局势变得动荡起来。1789年的法国大革命，使巴黎接二连三地发生了震撼全国的大事件。
三级会议、第三等级奋起反抗君主政体、攻占巴士底狱，搅得人心激荡。此时，拿破仑十分关心科西嘉的前途，他乘动乱之际，向上司请了假，匆匆返回阿雅克修。
1789年9月当拿破仑在科西嘉岛休假时，他与岛上的同胞们一样，都希望他们在法国国民议会的代表们能为科西嘉岛赢得独立的实惠。拿破仑鼓励他的同胞们拥护民主事业，因为民主事业可以使他们迅速摆脱暴政的凌虐。
拿破仑呼吁他的同胞们，要戴上象征着在巴黎战胜旧君主制的新三色帽徽。他呼吁他们，要建立俱乐部，尤其是要组织一支国民自卫军的武装。这位青年军官知道，军事实力，当时正从那充满着不满情绪、军心动摇的国王的军队一边，转到国民自卫军的一边。
毋庸置疑，国民自卫军才是使科西嘉岛获得拯救的力量。但是，驻科西嘉岛的法国总督出来干涉。俱乐部被关闭了，国民自卫军也被解散了。于是，拿破仑对总督的专制行径发起了一场激烈的抗议活动，并且呼吁法国国民议会给予公民自由权一定的保障。在这份请愿书上，第一个名字就是拿破仑，对于一个正在休假中的少尉说来，这已经是一个真够胆大的行动了。
不仅如此，拿破仑对科西嘉岛的热爱以及他的无畏精神，使他走得更远了。他到了当时科西嘉岛的首府巴斯提亚，并且于1789年11月5日介入了当地民众与国王的军队之间的一场纷争中。幸而，当时的法国当局已处于几乎完全无能为力的状态，所以仅仅要求他回到阿雅克修去。在阿雅克修他又重新组织了一支地方武装，并且派人在他的一个反对者的住宅外面站岗，他用这种办法，给那些对法国持反对意见的岛民作出了一个遵守纪律的榜样。
这时，法国的国民议会通过了一项决议：允许1768年以来流亡在外的科西嘉岛爱国志士们回到家乡并全面享受公民权利。这项措施软化了许多科西嘉岛人对法国征服者的情绪。
流亡在英国的保利，便乘机又回到科西嘉并掌握了岛上的军政大权。保利回来后，拿破仑拜访了他。拿破仑的假期满了，他带着弟弟路易回到了奥松。这时他已晋升为中尉。
为和科西嘉保持联系，他又给保利写了一封信，信中曾请求保利帮他提供一些材料，以便使他完成那部关于科西嘉的著作。
但是保利回信拒绝了，他说没有时间打开箱子，也没有时间寻找文件资料，并告诫拿破仑：“历史不是在青年时代写成。”保利的回信激怒了拿破仑，他将那部手稿藏在了箱底，但最终也没有完成它。
1791年秋，拿破仑再次休假回到科西嘉，一直住到1792年5月。拿破仑发现，科西嘉岛由于种种纷争而出现了分裂，保利与拿破仑兄弟的分歧日益扩大，其原因是保利这个独裁者对一切赞成法国革命的人都存有疑心。拿破仑这位青年军官确实也没有作出任何事去弥合分歧。
随后，拿破仑决心要设法使自己当选为新建立的科西嘉国民自卫军的中校，所以他的大部分时间都用来募集那些愿意投他一票的国民自卫军新兵。拿破仑还叫人把一个为保利的利益奔走的代表从朋友住处抓捕，拘留在阿雅克修的老家里。由于采取了这些行动，拿破仑获胜的把握就更大了。
在基督复活节那天，迫害教士的布告以及封闭一个修道院之事，激怒了科西嘉的人民。这时，民众与拿破仑的国民自卫军连队发生冲突。事情是由一场小小口角引起的，却被党派的激进分子接了过去，把全城都卷进去了。这样就给了拿破仑这位年轻的雅各宾派热心拥护者一个推翻其敌人的机会。
拿破仑的国民自卫军开始动武，随后对城堡里的正规军部队构成了威胁。最后，保利派来的专人制止了这场冲突，并且把国民自卫军打发出城了。
因为拿破仑被成功冲昏了头脑，导致他干了这一系列的蠢事，当地居民也反对拿破仑这样干，可枪也响了，血也流了，保利派出代表强行决定停火。
拿破仑受到大多数岛民的谴责，保利也根本不承认他的官衔，于是他不得不又返回法国。到了巴黎之后，他加紧在各军事部门活动，熄灭了阿雅克修事件对他的不利影响。官方没有追究他的行为，重新任命他为上尉。
在巴黎，拿破仑又碰上空前的大动荡。他亲眼在6月20日目睹了群众造反的场面。那一天，大约五六千民众涌进杜伊勒里宫，他看到国王路易十六出现在王宫的一扇窗前，面对着造反的暴民无所适从。路易十六想以其基督教的宽容对待造反的暴民，这在拿破仑看来是极愚蠢的举动。此时他情不自禁地大嚷道：“笨蛋，怎么不用大炮轰倒五六百人，其余的不就跑光了吗！”
拿破仑在巴黎观望徘徊，想寻求机会进取，但他的内心仍挂念着阿雅克修。恰巧，一件家务事为他请假提供了借口。他的妹妹玛丽娅娜当时正在巴黎城里旅游，很不安全，他要把她送回科西嘉。于是，他又回到了阿雅克修。
这时，驻在科西嘉岛的法国志愿军与岛上的国民自卫军正准备联合进攻撒丁岛。拿破仑一回来，就受命指挥一营兵力配合攻岛战斗。但此次作战，由于指挥官科洛纳·塞沙里指挥失当和“拉福韦特”号军舰的海军不执行命令而失败。这次出征，对于保利也很不利。
国民公会委派的特派员萨利塞蒂正要组织科西嘉的防御，以对付英国舰队的袭击，他后来发现，保利已经成了反叛者。他长期在伦敦居住，会不会与英国人有勾结还不能肯定。
这时，拿破仑的弟弟吕西安·波拿巴在土伦俱乐部告发了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱乐部当即致函公会，公会马上发出对保利的逮捕令。
不明真相的农民手持武器誓死保卫保利。拿破仑一家估计保利人多势众，会来报复。果然，在拿破仑去巴斯提亚找萨利塞蒂商议问题时，半路上被一帮保利分子包围住，他费了九牛二虎之力连夜逃脱。
当天晚上，他坐上一条小船逃跑，沿海岸绕了一段，然后上岸，骑马跑到巴斯提亚，通知他母亲：“你们准备走吧！这地方不是我们的安身之地。”
在莱蒂齐娅逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，烧为废墟。科尔特的议事大会，声明波拿巴一家为卑鄙无耻之徒，宣布把他们永远驱逐出境。
拿破仑回到阿雅克修，却发现保利派的科西嘉爱国人士已下令逮捕他。这次他及时躲进一位朋友家的花园里的一个洞窟里，才得以逃脱。然后，他又从另一亲戚家的庭园溜上了一只船，终于逃到了一个安全地点，然后又转赴巴斯提亚。尽管拿破仑当时是一个逃亡者，但他仍然坚信阿雅克修的人们内心是向着法国的。
拿破仑费了很大气力才找到他的母亲、舅父和兄弟、妹妹们。他的母亲具有拿破仑所特有的那种非凡的坚毅性格。她本来打算要守在家里抵御敌对的民众，后来才听从朋友们的再三劝告，逃到了最近的一个安全地方。这样，她的那所房子落入愤怒的民众手里，几乎被他们完全捣毁了。
从此，拿破仑和保利彻底决裂了。他说服萨利塞蒂及其同事，带领四百多步兵和二十多名炮手，突袭阿雅克修，准备占领该城，但没有成功。
在一段短暂的时间内，拿破仑仍然抱着为共和国夺回科西嘉岛的希望，不过这时只有依靠法国军队的援助才能办到。由于法国的国民公会提出要保利到巴黎去的要求刺痛了科西嘉民众的心，他们现已团结在保利的周围；而年迈的保利，这时向英国提出要求结盟。
在英国海军的威胁下，亲法派此时在该岛已处于完全站不住脚的境地。即使拿破仑那样钢铁般的意志，这时也顶不住了。他在科西嘉的事业暂告一段落，于是便和亲人们一起坐船前往法国了。
对于那变化无常的命运女神，他总是决心与她周旋到底，只有到了万不得已的情况下，才肯后退。
现在拿破仑已同科西嘉岛的爱国人士断绝了关系，最后导致拿破仑与保利决裂的那个分歧，源于他们两人对法国革命的不同看法。只有当革命的原则意味着以协调各阶级的利益作为自由的基础之时，保利才接受法国革命的那些原则。
保利是孟德斯鸠的信徒，他期望在科西嘉能实现某种类似英国君主立宪的制度，或类似法国1791年的那种制度。从那时起，保利就不可避免地走向与英国结盟的道路了。相反，拿破仑当时则是卢梭的信徒，而卢梭的思想是在君主制被推翻之后才得势的。尽管他始终认为法国的第二次革命的某些过火的做法是令人遗憾的，但在他看来，第二次革命仍然是一个新的理性时代的黎明。
