又是二十年后，七老八十的建文帝病死了，这位仁君总算得着了善终。寿终的建文帝被敕葬于北京西城外黑龙潭北，一邱一碑，碑题曰“天下大师之墓”。因葬礼非天子之规格，所以相传言之西山不封不树。
而当年追随他出亡的如牛景、金焦等一班臣子，听说建文帝进京受封后，他们也纷纷落叶归根了，各自散去，各自归乡了，如一片叶子从春走到秋，完成了它的全部使命，如今在人生垂暮的瑟瑟寒风中，纷纷飘落到了自己的出生地，然后就停泊不动，说好听点是养老，说不好听点就是等死去了。
到建文帝寿终时，当年随从他流亡的二十二臣差不多都死了。当年建文帝朱允炆在逃亡的三十年后再回到京城里，身边唯有程济一直跟随，虽然他不是步步紧跟在身前左右，而是遥遥跟随；直到故主朱允炆被送入大内，程济才还南而去，从此他的踪迹无人知晓，不知其所终于何处何时。
程济当年在朝时，曾与魏冕相互言志，魏冕说他愿为忠臣，而程济却是愿为智士。如今追随先帝逃亡几十年，屡次帮故主朱允炆脱身于大难，直到最后竟然让故主归骨其乡，程济自称智士，真是无所愧！
后人览靖难逊国，不胜感愤，题诗叹息道：
风辰日午雨黄昏，时势休教一概论。
神武御天英烈著，仁柔逊国隐忠存。
各行各是何尝悖，孤性孤成亦自尊。
反复遗编深怅望，残灯挑尽断人魂。
燕王朱棣血洗应天府，以此向不肯臣服的百姓们示威……
燕王大肆虐杀不肯降服的建文帝旧臣，制造了血雨腥风的壬午殉难。大学士方孝孺痛斥燕王篡位，不仅他自己被燕王零刀碎割而惨死，还把他的宗族亲戚共九族，并及朋友、门生作为十族，近千人都诛杀了，可是方孝孺却慷慨就戮……
铁铉宁死不屈，被燕王割下他的耳朵、鼻子，用火烤熟后塞到铁铉口中，铁铉却厉声朗朗道：“忠臣孝子的肉，还能不香甜吗！？只有那些逆贼乱党的肉，才猪狗不食，遗臭万年呢！”被零割肉尽的铁铉尸骨在燕王的油锅里依然没有屈服……
倜傥尚大节的景清行刺燕王，被活活剥下整张人皮，填实了草的人皮景清被悬挂于长安门城楼上，可是人皮景清依然力犯燕王之驾，于是燕王不仅夷灭景清九族，而且还诛杀其全乡，制造一个亘古未有的瓜蔓抄大惨案……
燕王篡位后就被历史称作了永乐君，又称太宗。太宗皇帝为人英明果断，极似太祖。但他却铸成了宦官干预朝政的大错……
太宗命宦官郑和出使海外，名为宣威示德，实是暗中探访出亡海外的建文帝的踪迹。于是就有了热闹传奇的郑和七下西洋，此后出现了华洋通商时代……
血洗应天府
历史走到了这一时段，燕王朱棣开始以一个胜利者的姿态正式主宰起明代社会的最高权力层了。就这样他在公元1399年7月在北平起兵，号为“靖难之师”，经过四年艰辛的浴血鏖战，终于在公元1402年6月，靖难军渡过长江，直扑入京城，京城内百姓一片惊恐，惊恐万状。
也不能怪京城内百姓们一片惊恐，惊恐万状，就在建文帝出鬼门的时候，燕王的北军已开始杀戳百姓了。平民百姓都害怕敌方的大队兵马，在燕军一进城，城中的百姓多半往西门逃走，恰巧张武、邱福的兵马冲来，北军不问青红皂白，乱杀了一阵，伤亡了平民百姓无数。于是城中的百姓便纷纷逃回家，然后自然而然地选择了最有中国特色的作法，闭门家中坐，可这一作法在燕王眼里，却认定这是百姓在拒绝他的意思，诚然也的确有这个原因，百姓对于不臣不忠不仁不义的燕王和他的军队确实很反感，即使他们不杀戳无辜百姓。
于是大怒的燕王就让这些闭门家中坐的百姓们，祸从天上降，他立刻就下令屠城，血洗应天府，让这些小民们都知道知道燕大王朱某人的厉害。亏了朱能、邱福等力谏，燕王才肯稍稍对他的这一命令做了一下修正，谕知将士只把闭门在家的百姓，一齐捕来斩首示众。可全城中十之六七的百姓都是闭门家中坐的，于是一时间因为恐惧而关上自家门、这个自古以来就很盛行也很灵验的自卫方法的百姓们，一个个身首分离，比之当年因为偶然间一言半语不慎便被悉数杀死的更来得冤更来得惨，太祖的衣钵其实还是燕王继承得好，他做得青出于蓝而胜于蓝。
然后燕王同了安王、谷王并马到了五城兵马司署中暂驻，又下令扑灭了东门及宫中的余火，踏着无辜百姓的遍地鲜血，出了安民的手谕。
焚宫焦骨
燕王巡视宫殿一周，却见金碧辉煌的皇宫大半成了瓦砾焦土，只有奉天殿、谨身殿、文武楼、武英殿、仁寿宫、万春宫不曾毁去，好在高皇帝的诸妃也都逝世，各宫本来就是空着的。燕王看了一遍，不禁也点头叹息，黯然神伤，随即率领众臣出了皇城，仍回到兵马司署中安歇。
第二天的早晨，燕王升了军帐，大犒军士，又命设庆功宴，和有功的诸将开怀畅饮。正吃得兴高采烈，一群负恩忘义、热心利禄的建文时代的旧官吏，都顶冠束带来拜见燕王。尚书茹常首先匍匐在地，伏身叩头劝进，诸臣也顺水推船，齐齐地跪在地上，劝燕王即日登大宝。
正中下怀的燕王当即兴奋又高兴地忙命诸臣起身，然后手执酒杯，谦逊且诚挚地说道：“孤家举兵靖难，志在除奸，如今少帝捐躯，孤家已负罪祖宗，况且天下之人，必将怀疑是孤家威逼少帝自焚的，这样使孤家永蒙不臣之恶名，孤家真是有冤无处诉呀！诸君看看，真是哪个庙都有屈死的鬼！”燕王一边说着，一边无辜已极清白已极地向那一班谄媚大臣们摊了摊手，表示他真是百口莫辩，然后他继续真诚仁善宽容地说，“所以这个大位，孤家决不敢妄想，列位还是别选贤能来继承吧！”
老于官场之道的茹太常立刻就以一种完全相信真诚仁善宽容且又谦逊并委屈得百口莫辩的燕王的绝对表演到位的姿态连忙再次跪下，大声说道：“殿下乃太祖嫡嗣，功德薄于海内，正宜应天顺人，早登大宝，以负众望，怎么可以这样推让？殿下这一推让可是会让天下人寒心的呀！”茹太常的话犹未说了，侍御王朗、刑部主事黎天民、御使钦宏、尚书江太玄、少监周忠、将军冯翔等就都跪下来奏道：“茹常之言，正合天心，望殿下千万不要再谦逊推辞了。”
燕王这才以众口同声、天命不可违的无奈，答应了下来。于是众臣齐声欢呼，拥着燕王登奉天殿受贺，群臣三呼礼毕，分班侍立。然后燕王下谕，改是年的建文四年为永乐元年，册立德配徐氏为皇后，长子高炽为东宫。又大封功臣，晋朱能为成国公、邱福为淇国公、张信为隆兵侯、房宽为思恩侯、张武为成阳侯，追封张玉为韩国公，丁胜、庞来兴均晋伯爵。又封次子高煦为汉王，幼子高燧为赵王。又封解缙为侍读，杨士奇为编修，杨荣为修撰，入直机务，时定为内阁。又命编修黄淮、胡广入直文渊阁。又下谕即日祭告太庙，大赦天下。
做了皇帝的燕王在此之外，要办理的第一件政事就是追问：“少皇建文惠帝现在什么地方？”兵部尚书袁镜答道：“当日宫中大火四起，想必少帝已自焚了。”
心中暗庆幸自己得脱亲手弑君罪名的燕王故意长叹道：“朕此番兴兵，原为救国靖难清除奸臣起见，所以行军始终竖着白帜，此耿耿忠心可书可表，敢对青天，敢问日月。可是万没想到少帝不体谅朕的苦心，竟然以身殉难，教朕怎样对得起祖宗呢？”说罢又流下几点真诚的泪，然后便令学士张肃撰起祭文，燕王亲自带领将士，到宫中来祭建文帝，由张肃朗读祭文。读毕，燕王伏地放声大哭，诸将在旁也无不流涕。燕王祭罢，就命人在瓦砾场中寻找建文帝的尸骨，谁知骨殖很多，也分不出男女，更认不准哪一副是建文帝的，吓得直发抖的宫人们只是胡乱找出两副来，算是帝后的遗骨。
脸上满是悲泪、心中却大大畅快、志得意满的燕王见那从灰烬中拨拉出来的尸首，满身焦烂，四肢残缺，辨不出是男是女，也觉得惨不忍睹，于是一种血浓于水的亲情唤起了他久违的悲伤，就这样燕王不禁真诚地垂泪道：“痴儿痴儿？你干什么要弄成这个样子啊？”可是在这种真诚的悲伤里面全是让他感觉非常不纯粹不舒服的渣滓，此刻他听到这种把亲情和悲伤都弄得非常不纯粹非常不舒服的渣滓正在一个只有他能够听到得到的角落里厉声质问他，是谁导致了这一幕？！
当是时，侍读王景小心地陪在燕王身边，在燕王问他葬礼该依什么规格档次来办理的时候，王景躬身答道，当以天子礼敛葬。燕王点点头，然后这两具残尸就被葬以帝后的礼节，也葬在孝陵，一切过程是敛葬如仪的，但不曾追赠谥号，直至清代的乾隆年间，才被当时的最高统治者追封为恭闵惠皇帝。
惨戮大学士
当年的那只大雄猫生下的小猫，此时也长成了只大雄猫，此刻它也拖了只肥老鼠当街走着，边吃边落泪，以此让人们看看它是多么地慈悲。它正在自我感觉良好地走着时，忽然有一个人满身缟素，踉踉跄跄地奔到阙下，匍匐在地就失声痛哭，那从地面上升起的高高的大哭声，一时间声震天地。燕王当即喝令左右赶快拿下，然后燕王对着这个人，盯视了良久，冷冷着脸子，暗暗咬牙狠狠地说道：“你就是方孝孺吗？朕正要拿你，你却自已送死来了！”此刻，燕王那本来就很长的脸这时候就更长了，而他那本来就很冷很狠也很吓人的眼神此时也就更冷更凶狠更吓人了。
原来在燕兵初破金川门的时候，宫中大火四起，大家都说皇上已崩，方孝儒听说后当即便头顶衰麻，身穿孝衣，日夜号哭，后来燕王悬了极高的赏格捉拿他，他不仅不躲避，反而哭上殿来。此刻方孝孺一听燕王的话，马上就大声对抗道：“名教扫地，还活着干什么？”
燕王更在暗中咬了咬牙，继续狠狠地说道：“你愿意死想死，很好，可朕偏不让你死，你能怎么样？”说着，燕王见方孝孺头顶衰麻，身穿孝衣，就又说道，“你是个儒者，是搞学问的人，那你就应该知礼。朕初登大宝，你头顶衰麻，身穿孝衣，这合什么礼？！”
