12月23日，在英国领事布贝和一位新西兰领袖的陪同下，达尔文乘着一条小船，沿着一道小湾，做了一次短途旅行。这次他要去一个叫做惠马特的小地方，那里距离群岛湾有15海里。达尔文深入新西兰各村庄去旅行时，都是由这位新西兰的领袖带领的。这里的居民们主要食物是欧洲人运来的马铃薯、蕨类植物根和海滨的软体动物。见面时相互碰鼻子和握手是当地人表示欢迎的礼节。他们的茅屋很脏，就像是露天的牛棚，在这种茅屋里有一堵墙隔开了用来睡觉和保存财物的房间。
这里属于火山土壤，土地肥沃。从前这里长着很多的树木，后来为了开垦把树木都烧光了，后来长在地上面的蕨类植物都长得非常茂密。树林里，那些高大的贝壳杉松让达尔文很欣赏。这种松树有可以延伸十米长的根部，树干能长到25英尺那么高，并且不会有树枝伸出来，上下粗细差不多，光滑的像一根圆柱。新西兰的树林里，很少有鸟飞过，并且根本找不到能通行的路。很多英国人和法国人运进来的欧洲植物长得很好，它们非常霸道，已开始排挤当地的植物。
12月25日，达尔文就在纳希亚村度过了圣诞节。
第二天，达尔文坐上一只小船，和谢利万和布希贝一起，沿卡瓦河逆流而上，欣赏美丽的风景。后来这三位旅客还寻访了几个村子，并观看了一个当地酋长女儿的葬礼，查看了一些石灰岩（这些石灰岩看上去像是一座古城堡的废墟，但后来被用作坟地了。）之后，就于当天回到了舰船上。
12月30日，“贝格尔”号驶离群岛湾，驶往澳大利亚的悉尼。
1836年1月12日，“贝格尔”号抵达澳大利亚，停泊在悉尼海港。晚上，达尔文在这个城市散步，他感到很高兴。在过去的几十年中，一座崭新的城市真的已经在这里兴起了。在市内，你可以看到许多宽阔的正规街道，还有许多两三层楼那么高的石屋和商店。
和到任何一个其他的地方一样，达尔文在这里也组织了一次深入到内地去的旅行。他雇了一名向导和两匹马，要去巴瑟斯特的村镇，那里从前是一个大畜牧区的中心，距离城区大约有120海里。
达尔文走在一条非常漂亮的石子路上，他走得很快。这条路是靠强迫那些放逐到澳大利亚的苦役犯劳动修筑起来的。石子路周围没什么特别的风景，只有一个稀疏的树林（这些树的树叶垂直地朝着太阳生长，所以没有荫凉）和一片并不怎么茂盛的绿草地。傍晚时分，达尔文遇到了大约20个澳大利亚当地人，他们看起来都很善良，并给达尔文表演了精湛的投掷镖枪的技艺。澳大利亚人比火地人的文化水平要高一些，并且也更聪明一些。虽然他们不种地、没有居所、也不牧羊，过的完全是一种漂泊不定的生活。酒类的输入、欧洲人带来的各种疾病（其中有些病对对他们的危害特别大，比如麻疹）、被当地人当作主要食物的野生动物遭到捕杀，这些都使得殖民地的土著人数量锐减。后来，达尔文在《考察日记》中这样写道：“欧洲人所到之处，死亡的阴影就立即摧残着当地的居民。”
1月17日，达尔文渡过尼比翁河，很快就来到了蓝山山脚。蓝山是比海滨低地要高的砂岩高地。站在蓝山上往下看，映入眼帘的是一片广阔的森林，风景很好看。那些有着笔直挺立的崖壁的山谷尤其漂亮，他们深达四百多米，突然出现在树木的一边，并且谷底长满了茂密的树木在树木。
离开高地后，达尔文穿过芒特·维克托里亚通道，来到了边区的一个养羊场，这里有一个树林，但是树木稀少，不过绿草很茂密。在这里他想捕捉袋鼠，但捉不到，不过抓了一只小家鼠。他看到了一些白鹦鹉和其他种类的鸟。有一点他很满意，就是看到了一会儿在水面上玩耍，一会儿又潜入水中的鸭嘴兽。
达尔文在一个水塘的岸边躺了下来，但脑袋却没有停止思考，他思索着澳大利亚的动物和世界上其他地方的动物不同的那种奇怪的特性。达尔文的《航行日记》后来是由他的孙女出版的，他当时是这么记载的：
一个人如果没有宗教信仰，可能会感叹：“这里肯定工作着两种不同的创造者，但是要工作的对象是同一个，在每一场合下，他们的目标完全达到了。”在澳大利亚，哺乳动物的动物群和世界上其他地方的动物群有很多的区别，除了这些，他还发现了一个例外情况：在自己的脚下，他看到一个圆锥形的深坑。这种坑是典型的蚁狮陷阱。他观察了蚁狮幼虫是怎样捕捉苍蝇和蚂蚁的：当昆虫沿着陷阱的坑壁吃力地向外爬时，蚁狮幼虫就从陷阱的深处射出一股股沙子，流动的沙粒就会把那些昆虫带到自己面前，蚁狮幼虫就可毫不费力地享受美食了。不过这种陷坑可能是当地特有的蚁狮用的，比欧洲一般的陷坑要小一半。达尔文有了深入思考：“对于现在这种状况，不信教的人会怎样说呢？是不是可以这样认为，在此工作的两个创造者，他们同时发明了这种虽然简单但很美观，同时又非常精巧的装置？答案是不可能的。毋庸置疑，只有一只手在创造世界。或许地质学家会推测说，因为是在不同的时期被创造的，这些时期都隔了很长的时间，并且创造者工作的时候偶尔会中断工作。”
这段记载很精彩，同时表明：对于物种起源的问题，达尔文不断地进行着深入的思考。他所了解到的许多事实，动摇了他心中《圣经》上关于上帝创造了世界的说法。他感觉到，自己可能是一个不信教的人了，并且他觉得人们口中的“创造者”，有很多滑稽可笑的地方。
1月20日，达尔文继续向前走。天气非常闷热，有风从沙漠里吹来，到处尘土飞扬。这一天他到旅行的目的地——巴瑟斯特。当时正值干旱，河流一滴水都没有，草地变成了棕褐色，那些幼小的果树和葡萄树抵挡不住干旱，都死去了。他回去时，沿途没有什么特别的风景。
1月30日，“贝格尔”号起航，驶向塔斯马尼亚，2月5日时到达目的地。塔斯马尼亚的土著居民曾经拼命地反抗英国人，但后来还是被征服，并且他们被赶到一个孤岛上生活，很快地就全都死在那里了。
他们在塔斯马尼亚停留了十天，达尔文经常出去，不过他主要是去研究当地的地质状况。在自己的笔记中他提到，这里有一座不是很高的山（大约1000米左右），叫惠灵顿山，满山的茂密秀丽的植物，他曾登上这座山，要从满山的植物中间找条路，极其困难。除了高大的桉树外，更让达尔文感到惊讶的是，这里生长的这些茂盛的蕨类植物就像树一样。
3月6日，“贝格尔”号来到了乔治王湾，它位于澳大利亚的最西南角。 “贝格尔”号在这里只停了8天。达尔文觉得，这是他旅行期间度过的最无聊的几天。因为这里植物的种类非常单一，而且不多，在这里没有任何观察的意义，这就使得达尔文提不起道附近游玩的兴趣。当地人会举行一种非比寻常的“柯罗别利”舞会，虽然有些粗鲁，但还使人感到有种当地民族风俗的趣味。
在《考察日记》中，结束澳大利亚的一章时达尔文写道：“澳大利亚，再见了！你虽然还是个小孩子，但正在茁壮地成长。我坚信，总有一天你将会成为南半球的伟大的女皇，你的温柔和眷恋已经使你很伟大、很雄心勃勃了，但是你还要加强自己的尊严。离开你的海岸，我不会有任何的惋惜和感伤。”
和其他的环礁一样，许多以环形围绕着礁湖的低矮岛屿构成了它们，环形上有一个足够大的缺口，船可以由此进入内湾。这里的风景，色彩鲜明，非常奇特：礁湖内的水像绿宝石一样的绿，一道雪白色的拍岸激浪环绕着绿水，与波涛汹涌的黑色海洋相互映衬。而一条条小岛上那些整齐的椰子树，则以蓝天为背景。
第二天早晨，“贝格尔”号暂停前进，达尔文从一个岛登岸。一排宽大的珊瑚构成了这个岛海岸外沿的一边。椰子树是这里的主要植物，决定了当地居民们生活的好坏，因为椰子和椰油经常被他们出口到新加坡和毛里求斯岛。有的时候，海浪会带来一些种子或是植物，它们便在这里生长起来。在这里，达尔文进行了仔细地收集，包括大量的蜘蛛和很多昆虫（据他自己计算，收集了十三种昆虫），一只蜥蜴、一只沙锥还有一只麻鹬。各种各样的寄居虾爬来爬去，到处都是，管鼻鹱、热带鸟和燕鸥这些海鸟却在树上落着。
4月3日，达尔文和菲茨·罗伊访问了位于一个岛屿的一角的马来亚人的村子。在那里，他们观看了一种望月时举行的半偶像崇拜的仪式，在死人墓上跳的“木勺舞”。
4月6日，他同菲茨·罗伊访问了一个紧靠礁湖入口处的岛屿，还观看了居民们是如何坐着两只小船捕捉海龟的。看到迎风的岸边将凶猛的海浪碰得粉碎，达尔文非常惊讶。在他的日记中，这位年轻的博物学家曾用表情丰富的语言，记述了他当时激动的情绪。现在我们不妨来看一看：
……对于看到这些礁湖岛的外侧海岸的景象时，我总是要感叹它的伟大，我也说不清是什么原因。到底有多少淳朴之处，隐藏在这好似壁垒的岸边、在这茂密的灌木丛和高大的椰树边缘、在那到处都散布着碎块，巨大结实的死珊瑚岩上，最后还有那从四面八方袭来的波涛汹涌的巨浪中。大洋以一个战无不胜、强大无比的敌人的姿态，把自己的波浪抛送到宽阔的珊瑚礁之外，可是，我们看到，要去抵御它还是有方法的，甚至可以用这种方法进攻它，尽管起初看来这种方法好像是软弱无力，起不了什么作用。大洋并没有就此放过珊瑚岩，这些巨大的碎块原来散布在珊瑚礁上面，现在却堆积在这条生长着高大椰子树的海岸上，这足可以证明大洋波流的威力。海洋从来不会安静下来。有一种同一方向的风，永远吹拂在广阔的海平面上。
它微弱却从不停歇，这种信风能引起的巨大海浪，掀起一种十分汹涌强大的波涛，所产生的力量无异于温带地区的刮起的一阵大风暴，而且这种波涛会永无休止地咆哮着。看到它们，你会坚定地相信：假如由班岩、花岗岩或者石英岩这些最坚硬的岩石，构成一个岛，那这种难以抵抗的力量也早晚会把它征服、毁灭。可是斗争中的胜利者竟是这些低矮而微小的珊瑚小岛，它们并没被摧毁，依然站在那里。因为在战斗中，出现了另外一种力量帮助它们对抗强大的波涛。浪涛汹涌、泡沫飞溅的波浪，不断地将有机体中的碳酸钙原子分离出来，这种原子又逐渐地形成了一种对称结构。飓风，把它们撕裂成千万块碎片好了！如果和无数个建筑师长年累月、不分昼夜地劳动，积累起来的劳动总和相比，这又有什么意义呢？我们看到，一个水螅虫，它仅有柔软而有黏液的身体，但是依靠着生命规律的作用，却能战胜巨大的大洋波涛的机械力量。而这种力量，人的技能不能战胜，自然界任何无生命的创造力也不能将其制服。
第二天，达尔文访问了西岛。这里有比其他岛屿更加茂盛的植物，陆地干燥，一种吃食椰子的陆地椰蟹随处可见。根据一位当地居民的讲述，达尔文记录了蟹是如何吃食椰子的。当地有两种蓝绿色的鱼以吃珊瑚为生，他还观察了它们咬破珊瑚的情况，同时观察了许多生活在珊瑚礁中的软体动物。
有4月12日的笔记被保留在他的《航行日记》中，就在这一天他们离开了礁湖。在这一天的笔记中，包含了他关于珊瑚礁和环形珊瑚岛起源的著名理论的初稿。他写道：
对于已经访问了这些岛屿，我感到很高兴，这些自然界形成的生物，无疑是最稀有的。当我们的肉眼刚看到它们并不会马上感到惊讶，但是经过一定的思考之后，我们的理智就会使我们为这样的奇迹而惊讶。
当旅行家们向我们讲述某些古迹的结构有多么神奇，体积有多么庞大时，我们会感到惊奇。但是如果同这里的由各种最小的动物堆积形成的物质相比，那些古迹中即使是最大的古迹，也会显得微不足道的。这些面积广大的岛屿上的每一个原子组成部分，从最小的微粒（先不问是从哪里来的）到巨大的岩石碎块，都曾遭受过有机物力量的作用。在离海岸一海里远的地方，菲茨·罗伊舰长用了一根7200英尺长的绳索测量海的深度，但没有测到底。因此，这个岛应当被看成一座险峻高山的巅峰。我们根本无从知道珊瑚虫工作的结果延伸到何种深度或厚度。
另外一种观点认为，由于火山的力量的作用，经过一段时间，岛的基底逐渐下沉，制造岩礁的水螅虫是在这个过程中不断加高自己的建筑物的。如果认同这种观点的话，就可以认为，珊瑚石灰石的厚度一定很大。
