司却克兰比达尔文小两岁，为“命名规则”作出过很多贡献，曾提出“优先权法则”的命名办法。达尔文和他是通过写信完成工作的……
达尔文为蔓足目的研究和写作付出了艰辛的努力，同时这部著作也给他带了无比的喜悦。他曾写信告诉虎克：“正如您所说，观察的本身就是一种隐含的快乐。不过，我还有其他的快乐，是什么呢？就是在我们的头脑中对比相近的事实。我因为从事了长期的地质考察写作，现在突然让我重新开始使用眼睛和手，真是一件令人愉快的事情。”但他对物种的描写远比想象的要复杂和困难得多，有时为了找到两个特征物种之间是否有过渡态，他就得花上一个两个星期。他也曾抱怨说，在物种命名方面，为了找是否有前人已经命过名了，就浪费很多时间。他写信给虎克：“我刚刚整理出两个物种，它们共有七个属名，二十四个种名。”
研究中，达尔文还发现，一些微小的生物体固定于套膜腔里，而且是固定在成年动物身上的，因此很容易把它们误认为是寄生物。当他发现，原来这些小东西是退化了的雄体时，他非常惊奇。这些小东西有的已经长成了成年动物，但那些异常矮小的雄体，其实也是雌体。这就是具有严重退化倾向的两性异形现象。而其他物种的固定形态仍然是雌雄同体。这种现象是达尔文第一个发现的。他认为这些形态矮小的雄体是“附加”雄体，因为它们像其他雌雄同体一样，也可以通过异体受精（当然没有雄体参加）而繁殖后代，而真正的雄体一般是当雌雄同体在正常受精遇到某种困难时才发挥作用。
不管雄性如何退化，最终还是雄性，因为很多时候，可以看到同一物种的雌性或雌雄同体动物的个体存在相似的特征……
达尔文说：“……不知是否会有人相信这样的事情：就是蔓足目的寄生虫和蔓足目之间的差别不是必然的。如果我对寄生虫的看法不被人接受，就像对雄体的看法，那么这一点就够了。”
确实，达尔文对蔓足目的研究，清楚地向人们证明，想确定物种之间和各个变种之间的差别是非常困难的。后来，连达尔文自己也改变了称呼，他称变种为“开始发展的变种”，而称物种为“发展完成了的变种”。
1853年9月25日，他给虎克写信道：“……我还剩下唯一一个疑问：类型究竟是什么时候开始变异的，今天还昨天？……当我把一定数量的类型分成不同物种开始描述后，我认为不妥，于是撕毁了手稿，重新把它们合为一个物种来描述，又觉得不妥，于是又撕了，再把它们分成单个的物种来描述，然后再合为一种。经常，我会把牙齿咬得咯吱咯吱响，开始诅咒物种，并问自己：为什么我的命运是这样的，难道我必须受到这样的惩罚吗？……”
这部著作最后被分为两部分出版了。1851年，《关于现代海鸭的专题研究和关于古生海鸭的专题研究》出版了；直到1854年，《关于现代海橡实的专题研究和关于古生海橡实的专题研究》才得以出版。
对于蔓足目的研究，对于证实达尔文的进化观点很有帮助，也给了达尔文自己带来了很多好处。当时，赫胥黎曾说，这项研究为达尔文提供了丰富的实践理论，对于发展解剖学、研究动物发展史与动物分类法的关系，非常有用。这项工作使他以后的研究工作少走了很多弯路，并避免了很多错误，也使他更能有效地利用各种材料。
1853年11月，达尔文荣获了伦敦皇家学会的皇家奖章。他的许多朋友都向他表示祝贺，包括虎克在内。达尔文开始对奖章不是很热情，但是当收到虎克的信之后，他的感觉就不一样了。达尔文给虎克回了一封信，他写道：“那个被人喜爱的人表现出来的关心、友爱和赞美是非同凡响的。因此，同一个事情，只有您说出来才会使我激动，使我异常高兴而且心都快跳出来了。请相信，我会把这种快乐保持很久，这种真诚的、善意的友情比一切奖章更能让人激动，更有价值。”
达尔文一直没有断了生病，疾病让他痛苦不堪。1845年，他又一次给虎克写信：“我的身体状况丝毫没有什么变化。我估计，近三年来，我的胃疼会搅得我日夜不得安生，我也感到我的体力越来越差了，并且呈现急剧下降的趋势。”
他的病情加剧的那段时期，正好也是他的学术被争论最激烈的时期。因为要反驳他人对他学术的疑问，但他常常力不从心，而且还会情绪激动；有时还会进行必要的外出，这些都能使他的身体产生严重不适，让他痛苦万分。为此，他有时要躺上几个小时，甚至好几天。这段时间，他的工作时间是每周两天，一天一两个小时。
就这样到了1849年，有人对他说应该去进行水疗，水疗或许对他的病有帮助。于是他来到莫尔文的一个水疗机关，在那里养了四个月（从四月一直到七月）。水疗确实起到了一定的作用。我们从他给虎克的信中就可以了解到这点，他写道：“这种水疗法对我确实很有用，起到了健身的作用。这个月，我连续不生病的天数明显增加了，比以前任何一个月的时间都长了。现在，我可以每天工作两个半小时了……”
在他身体不好的情况下，达尔文还是会去参加一些英国科学协会会议。比如1846年，他带着妻子去索斯安普敦参加了会议的，这是一次很成功的旅行，后来他回忆说，尽管会议上的一些报告枯燥无味，但他很高兴，因为他见到了不少老朋友，还结识了一些新朋友，他对一些爱尔兰的博物学家很看中。中间，他还同古生物学家法更纳等到温切斯特旅游了一趟。
但1849年，在伯明翰举行的一次会议，达尔文本来身体就不好，加上“长时间的朗诵”，使他精疲力竭。
在唐恩，达尔文也经历两件不幸之事。他的父亲在1849年去世了，隔了一年，1851年，他年仅十岁的女儿安妮夭折了，这两件事使他痛心不已。除了安妮，达尔文还有五个儿子和两个女儿，他们的寿命都比父亲长。
达尔文非常重视子女的教育问题，他很尊重子女个人的志向。他对表兄福克司说，虽然刻板、老套的古典教育是他痛恨的，但如果真的把子女放在家里教育，他还真没有这个勇气。因此，经过千挑万选，他才把大儿子送进了一所他认为是最好的古典学校。其他的几个孩子的择校标准都是这样：学校必须安排有很多不同的课程，古典主义绝不能太占优势，更不能淹没其他课程。
唐恩可以认为是达尔文生命第二个周期的开始。在这里，时间像钟表一样走着，非常规律和有节奏。尽管他长期患病，但还是创作了许多有价值的博物学方面的著作。唐恩起初的十二年，他完成了《“贝格尔”号动物学》，出版了《“贝格尔”号地质学》，修改并出版了《南美洲考察日记》。 最主要的是，他完成了《1844年概要》，这使得他的理论更加自成体系，并且还出版“关于甲壳纲蔓足目动物的专著”。
