政府对独立学院教育工作水平的评估通过教育部教育教学评估中心来完成。教育部十分重视对独立学院的教育工作水平评估，并已经专门为此成立了一个课题小组，研究制订适合独立学院的评估方案。在制订独立学院的教育工作水平评估方案时，一方面要体现一般本科教育教学的规律和要求；另一方面又要考虑到独立学院办学时间短、基础相对薄弱、教育教学经验不足、管理水平有待提高、学生入学起点较低等具体情况。正因为通过政府制订的评估指标体系具有导向作用，因此，必须认真研究，谨慎使用，先进行试点，待条件成熟后再行推广。
社会评价是一种来自独立学院外部的对独立学院办学质量的评价，是中国高等教育质量监督保障体系一个重要的组成部分。它具有客观、公正的特点，它的评价结果对独立学院的发展也是至关重要的。在《民办教育促进法》中明确规定：“教育行政部门及有关部门依法对民办学校实行督导，促进提高办学质量；组织或者委托社会中介组织评估办学水平和教育质量，并将评估结果向社会公布。”
作为独立学院的申请者即母体高校有责任对独立学院进行办学质量评估。《若干意见》明确规定，“申请者要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量”，要“建立并不断完善独立学院教学水平的监测、评估体系。”对独立学院办学质量的监控，最直接同时也是最重要监控来自于母体高校。由于合作方更多地关注如何降低独立学院的运作成本，如何进一步实施企业化运作机制，从而有可能变相减少或忽略在办学条件上的投入。因此，除了独立学院的举办双方以协议的形式严格规定各自的权利义务之外，母体高校要严格把好独立学院的教学和管理质量关。
至于独立学院的自身质量评估，更要求独立学院把办学质量视为独立学院立足、生存和发展的生命线。因为独立学院终究有一天要脱离母体高校，完全独立。独立学院应该根据教育部出台的教育工作水平评估方案来抓学院的管理和建设，并对照评估指标体系各个子项目进行自评，根据自评的结果再对照社会评价，找出问题和不足，总结经验教训，提出整改措施。在美国、澳大利亚、英国等国家都把高校内部的自我评估作为教育质量保障的十分重要的一个环节，私立高校也是如此，甚至比公办高校更强调自我评估。独立学院只有牢牢抓住办学质量这根“生命线”，用提高办学质量来约束自己，才能使自身的发展道路越走越宽广。
（三）民办机制创新管理制度
独立学院是转变教育观念，用民办机制构建的高等教育新形式。在独立学院的创建过程中，市场观念和市场机制不断被引入学校的发展和管理工作。独立学院通过深化各项改革，打破僵化体制，建立起灵活高效的新机制。特别是在董事会领导下的院长负责制、发挥合作单位优势、创新组织结构和创建以人为本的学生服务体系方面，独立学院主动地向企业学习，用民办机制改造甚至重塑了以往传统高等教育的管理制度。
1.董事会领导下的院长负责制
按照教育部的要求，独立学院的领导体制应实行董事会领导下的院长负责制，以确保学院独立高效地运行。董事会的成员组成必须符合相关法律法规，它是学院的决策机构，主要负责重大的投资管理决策，筹集办学经费，审核学校的年度计划和纲要，对院长进行考核和奖惩，但不直接参加学校的教学和具体管理活动。必要情况下，起监督作用的党委或教育主管部门应规范董事会的组成、职能和运作，防止出现董事长或院长由母体高校领导兼任而取代其应有职能的情况，避免董事会或母体高校领导直接管理独立学院的内部事务。按照《若干意见》的要求，院长由母体高校推荐，董事会聘任，是董事会决策的执行者，对外代表独立学院，对内全面负责学院各项管理工作，具有较为独立的管理权，能够“自主地决定学校的教学计划、课程设置、下级员工的任免以及一般性教学开支”。
建立、健全董事会领导下的校长负责制，需要吸取国内外教育机构和成功企业在董事会制度方面的成功经验，在充分关注独立学院自身特点的基础上，采取符合发展需要的董事会领导机制。首先，在独立学院董事会人员组成上，应当体现社会参与管理的要求，至少应包括三类人员：一是学校投资者；二是教育家和社会贤达或与学校没有直接利害关系的教育行政人员；三是校长、教师代表、学生代表、家长代表和社区代表等。其次，为了维护独立学院的利益和扩大独立学院的影响，或者实行董事会任期制，或者实行董事会定期更换一定比例的办法。第三，独立学院董事会的职能需要明确。独立学院董事会的主要职责是为独立学院筹集资金，决定校长的聘任，通过学校经费预算及学校的重要财政决策、制定或变更学校规章制度、提出学费标准及处置经营的收益、撤并学校和决定学校工作的基本原则。董事会在职权范围内，工作不受干涉。董事会原则上不参与独立学院的具体管理，独立学院的教育、教学及教师管理工作均由校长具体负责。第四，对于未能尽职并给学校造成损失的董事应予撤换，同时依法追究其责任。另外，除董事会外，还应设置两名以上监事作为独立学院最高领导机构成员，其职责是监督学校的运营与董事会的工作。
在实践过程中，要避免独立学院的董事会制度走向两个极端：第一，董事会极度弱势。这种情况产生的原因有两种：一种是董事会的人员组成完全由母体高校控制，院长由母体高校主要领导任命或直接兼任，造成其独立性不强，功能弱化。在这种董事会领导体制下，独立学院只是母体高校的一个下属机构，而不是一个独立法人，学院完全由母体高校领导管理，其日常管理与运行也更多的是沿用母体高校的办法，没有建立和健全自己的管理体制；另一种是由合作方的极度强势造成的，合作方把持独立学院的董事会造成董事会的职能虚化。第二，董事会极度强势。这种情况下，独立学院按民营机制成立了董事会，但董事会职能越位，直接干涉学校的办学和日常工作，有时甚至违背教育规律，完全用母体高校或合作方各自的办法来领导管理学校。这两种极端的董事会领导体制都会使独立学院丧失管理上的优势，难以保证独立学院的办学质量和效益。
2.整合社会资源优势的培养体系
大多数普通高校在试办独立学院的过程中都选择了与有实力和有成功商业经验的公司合作。这就使独立学院除了可以吸收合作方的资金投入外，还具有吸收传统公办高校的办学经验和合作方市场化管理经验的结构优势，既能快速整合公办高校的管理经验，又可以按教育市场发展的长远规律做出规划和决策。这种结构上的优势主要体现在合作方对独立学院办学理念的引导、对独立学院教师队伍的充实、对学生实践基地的创建和对学生就业渠道的拓展等方面，这些优势是单纯的公办高校或私立大学所不具备的。
办学理念对独立学院的发展起着定向作用，对学院的发展至关重要。作为合作方，通过自身多年的行业经营活动，对本行业的特点及行业的发展动态形成了深刻的理解和把握，以此引导独立学院理顺办学思路，确立办学理念，树立为行业和地区经济发展培养“实践型”、“应用型”人才的培养目标。合作方的引导和帮助拉近了独立学院与行业、市场的距离，使独立学院的发展一直保持同教育规律、行业规律和市场规律相统一，为独立学院的发展提供了动力。
教师是独立学院的核心竞争力，也是稳定学校，提高教育质量的根本。为了支持独立学院“双师型”教师队伍的培养，合作方可以从充实师资和培训师资两个方面提供支持。以吉林建筑工程学院建筑装饰学院为例，吉林省建筑装饰集团有限公司一方面抽调了一批业务素质、学历水平高的优秀工程人员，充实到学院的教师队伍；另一方面选送独立学院青年教师到各个设计、施工公司，参与为期一年的工作实践。通过多样的投入形式，合作方帮助独立学院提升了教师的素质，为独立学院的发展提供了人才保障。
企业是独立学院学生实践教学与岗位实践的重要基地。虽然独立学院可以建设一些具有实际工作场景的实验室，但这种模拟性的实训场景不能完全替代真实的工作现场对人才实践能力的培养，特别是许多高新技术是同步运用于市场的发展的，难以及时反映到学校实践性教学中来，只有到实际的工作地点、工作岗位上才能学到较新的实用技术。
独立学院充分利用自身的优势，与企业建立良好的协作关系，一方面可以吸收企业参加学校的董事会与专业指导委员会，参与学校发展规划的制定及人才培养方案的设计、课程专业的设置和专业实训基地的建设等，根据地区行业的经济发展和对人才的需求来设置和调整专业；另一方面也可以邀请公司企业的主管或专业人员前来讲课，与学生分享实际经验及各行业的最新信息。独立学院充分发挥合作方的行业优势，与业内用人单位开展广泛的沟通、合作、订单式培养，选送毕业生到用人单位实习，给学生创造与用人单位沟通感情、展示技能的机会，最终达到开拓就业渠道、提高就业率的目的。
3.灵活精干高效的组织结构
多数成功的企业自身就有灵活精干的组织特点，通过与普通高校的合作，这种特点也相应地移植到独立学院的组织结构当中。目前，由于独立学院培养的学生需要一个过程才能得到市场的认可，在就业竞争日趋激烈的今天，独立学院培养的毕业生在与其他类型高校毕业生的就业竞争中优势并不明显。那么，适应办学规模的变化，灵活调整组织机构就成为独立学院自身的优势之一。
独立学院在初创时期规模不大，对管理人员和管理层级的要求不高，具有管理层次少、信息传递速度快、管理费用省等优点的扁平化的组织结构是许多独立学院创办初期的首选。随着独立学院的跨越式发展，当办学规模达到一定数量级时就有必要适当增加管理层次。以浙江大学城市学院为例，初创时，城市学院大胆进行管理体制改革，对传统高校行政管理的职能进行梳理整合，只设置4个职能部门和图书馆、现代教育技术中心两个直属单位。相关的行政管理、学生管理人员合并使用。随着学院规模的扩大，学院相继组建了5个分院，积极推行学院、分院二级管理，努力实现管理重心的下移，以提高学院对社会人才市场、学生需求的反应速度和灵敏度。
对新建的独立学院而言，以首届学生入学为起点、毕业为终点的一系列管理活动，构成了一个基本完整的管理流程。在此过程中，必须着眼于组织本身的改善和效率的提高，重整业务流程，调整组织结构，形成更加合理的部门职责分工和协调机制。高层决策方式也要随之作出相应调整，由创办初期的集中决策方式向集中与分散相结合的方式转变，管理模式则由集中管理为主向分级管理过渡，实现管理重心的下移，以达到整体快速有效运行的目的。
独立学院的长期有效管理离不开制度效率这一基础。制度规则具有确定性和可预见性，减少了主观随意性，能带来效率的增长。组织机构是管理活动有序化的支撑体系。由于独立学院办学经费主要来自学费收入，因而考虑投入产出时不得不精打细算。目前，我国多数独立学院没有庞大的管理层，内部机构比较精简，用人成本意识也较强，这为减少管理环节、提高管理效率提供了条件。人力资源的节约是最大的节约，关键是既要精简又要高效，根据不同发展阶段的实际需要，独立学院有必要也有条件不断进行组织再造和管理流程再造。
4.以人为本的学生服务体系
高质量的教育教学，社会、学生的满意是独立学院的生存之本。按照民办机制运行的独立学院，虽然在移植合作方企业文化的时候会在独立学院内部形成市场、竞争、淘汰等理念，但也相应地移植了企业“以人为本、服务至上”的理念。类似这些充满人文关怀的理念具体体现在学生从入校到离开的每一个环节，构成了民办机制对独立学院人才培养质量的特色贡献。
从尊重学生的类型差异来看，独立学院的学生文化基础相对较弱、缺乏足够的自信心，但另一方面，这类学生有很强的选择性和独立性，可塑性很大。一些独立学院适时推出本科生导师制，为学生提供学业和素质培养方面的积极引导，进一步改革人才培养模式。独立学院的学生有可能在心理方面都存在这样那样的问题或困惑，尤其是潜在的高考挫败感会在他们的心理上投射出自卑感，觉得自己不如母体高校的同学优秀。独立学院应根据学生自身特点开展教育活动。针对学生个体心理特点的差异性，独立学院要注意挖掘学生身上的闪光点，针对群体心理行为特点的阶段性加强引导疏通和服务，适度加强学生对就业前景和职业规划的指导，使其以良好的精神面貌迎接几年的学习。
