独立学院是具有制度创新的新的办学模式，它既不同于公立院校，也不同于民办院校，无论是优质的教育品牌，还是来源丰富多样的办学资金和社会资源，抑或不断探索发展的新的运行机制等，都赋予独立学院灵活自主的探索空间与发展前途。它的异军突起不仅是对传统办学方式和办学模式的突破、重组和改造，更是对教育体制改革的有力推动。
但是，独立学院发展过程中也面临许多不容回避的问题和争议，影响甚至制约着独立学院的进一步发展。独立学院的产权问题、营利性和教育公益性之间的矛盾、定位与发展问题、内部管理体制、运行机制问题等，既是对独立学院发展本身的拷问，更是对教育改革与发展的思索。
一、产权制度的缺陷
独立学院的形成与快速发展固然是我国特殊的国情决定的，既是解决我国社会经济发展和人民群众日益增长的接受高等教育的要求与“穷国办大教育”的矛盾的迫切要求，也是高等教育由“精英教育”向“大众教育”转变的必然要求。但是，由于教育本身具有一定的消费竞争性，即使从世界范围来看，随着社会经济的发展和人们教育意识的加强，具有非排他性的教育逐步成为社会福利的同时，任何一个政府也难以将教育作为纯公共产品，因而一方面要以巨大的公共财政保证义务教育的实施，另一方面也允许在义务教育阶段以上的某些领域中进行竞争，形成多元化的办学体制和教育投资体制。我国独立学院正是我国高等教育市场化运作的实践，即通过市场机制筹集办学资源，并向社会提供准公共物品，即通过市场化的方式向社会提供具有外部收益的教育产品。这一实践不仅是在扩大教育资源方面成效显著，更是成为为提高教育资源配置效率和使用效率而进行的现代学校产权制度调整的先遣队。对独立学院产权制度的形成和发展所面临的问题进行深入分析，不仅对独立学院的发展至关重要，对现代学校制度的形成也有重要意义。也正因为产权问题的重要性，大多数学者认为独立学院产权制度的问题与缺陷成为影响独立学院健康发展的首要问题。
产权制度是界定、规范、调整产权关系的制度体系，它通常借助于法律来明确谁拥有、谁支配、谁受益。独立学院的产权制度是以法人产权为核心，围绕财产的所有、使用、收益和处分而建立的制度体系，它不仅是对其财产所有权的静态划分，也是对独立学院不同主体包括所有者、经营者、使用者等在使用与经营时的收益关系的动态描述，包括所有权、占有权、支配权、经营权、收益权以及处置权等一组权利。一方面，现有独立学院产权关系的模糊主要表现在所有权归属不明晰，如产权界定、产权归属、法人地位等的不明晰都反映出当前独立学院产权制度存在的问题与缺陷。有学者因此把独立学院产权问题归结为三个不清晰：一是独立学院的资产到底是属于国家还是属于投资者不清晰；二是出资者的投入到底是投资还是借贷不清晰；三是合理回报到底是收取利润还是收回本息不清晰。另一方面，产权是人们（主体）围绕或通过财产（客体）而建立和形成的经济权利关系，它实质上反映了产权主体之间的关系，因此，独立学院产权的模糊也表现为独立学院与政府、母体高校、投资者等多元主体之间关系不顺等问题。由于独立学院归根到底是高等教育体制改革中的一环，既是政府在教育管理职能的重新定位，是政府与高等学校管理方式与关系的变革，也是高等学校自身产权制度、组织制度、内部管理方式等各方面的改革与创新，从关系视阈下分析独立学院产权问题不仅能深入把握其问题实质，还能进一步发现独立学院与各方主体以及各方主体间关系之间的问题与成因。
（一）独立学院法人地位模糊
从独立学院与政府的关系来看，法律与政策规定的模糊性导致独立学院法人地位的模糊不清。
法律与政策规定的模糊性导致独立学院法人地位的模糊与争议。根据教育部2003年4月23日《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》（教发〔2003〕8号文）文件精神进行申办和改制的独立学院，从政府批准确立其独立学院身份起，其在形式上甚至法定意义上已经具有法人资格，但对于独立学院究竟属于事业法人、企业法人、社团法人还是民办非企业法人，法律规定是模糊化的。1997年国务院颁布的《社会力量办学条例》（已废止）第十八条规定，“教育机构取得办学许可证后，应当依照有关社会力量举办非企业单位登记的行政法规登记，方可开展教育、教学活动”；第三十四条规定，“教育机构应当依法建立财务、会计制度和财产管理制度，并按照行政事业单位会计制度规定设置会计账簿”。这里没有明确社会力量举办的教育机构具体属于哪一类法人。《民办教育促进法》干脆回避民办学校的法人类型，其第十八条规定，“民办学校取得办学许可证，并依照有关的法律、行政法规进行登记，登记机关应当按照有关规定即时予以办理”，也没有规定应依什么类型法人进行登记，而实践中，我国的法人是分类登记的。教育部《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》才要求独立学院必须具备法人资格，但没明确是哪类法人。2008年2月22日教育部的《独立学院设置与管理办法》继续模糊化，其第二十三条第二款规定，“依法设立的独立学院，应当按照国家有关规定办理法人登记”。
法律规定的模糊也导致了理论与实践的争议。在实践中，有的独立学院登记为民办非企业法人，有的独立学院登记为事业法人。在理论界，有的学者认为独立学院是事业法人，有的学者认为独立学院是公益性企业法人，有的学者认为，利用国有资产举办的是事业法人，利用非国有资产举办的是民办非企业法人。有的学者认为，公办类型的独立学院应登记为事业法人，利用民间资金设立的独立学院应登记为民办非企业法人，还有学者认为独立学院是一个具有营利性和公益性双重属性的特殊法人。更有人认为在实际办学过程中，独立学院并不具有独立法人的独立实质。从一开始，多数独立学院都实行董事会管理下的院长负责制，董事会由办学申请方和合作方共同组成，而学院的院长和法人在办学初期基本上是由申请高校的人员兼任，现大多由申请高校从领导岗位退下来的干部担任。少数独立学院的申办者和合作者均是同一高校，这类独立学院的董事会人员全部由申请高校人员组成，独立学院的院长和法人则由申请和举办方高校人员兼任，且大都是由申请高校直接任命。这就导致独立学院的法人往往具有双重身份，不能独立的行使法人权利，造成事实上的所有权主体虚置。
（二）独立学院产权归属不明晰
现代产权制度下，独立学院产权制度的清晰至少应该包括三个方面要求：一是独立学院投资主体（或称为教育财产所有者）财产权利的清晰，即判定独立学院财产归谁所有，谁是财产的所有者或谁拥有财产的所有权；二是独立学院投资主体与公立高校间产权的清晰，即在财产所有权主体明确的情况下，判定产权实现过程中不同权利主体之间的责、权、利关系；三是独立学院内部法人财产权的清晰，即要求在发生产权关系时有明确的承担民事权利和民事责任的实体。
独立学院产权归属不明晰表现在以下三个方面。首先，在产权界定方面，许多独立学院的产权界定并不清晰，或者在合作协议中只明确了双方获取回报的利润，未对公立高校的无形资产和政府划拨的土地进行科学的资产核定，对产权界定未有明确的说明；或者由于一些投资者未按双方的协议保证投资到位，独立学院不得不将一部分学生学费用于基本建设等学校的硬件设施投入上，但未能在股权比例上进行相应的调整；或者一些投资者以公立高校的无形资产作为资源，进行相应的贷款和获得其他间接收益，实际所产生的收益未能在股东的投资比例中体现。
其次，法律规定的模糊性导致独立学院产权的不明晰，造成事实上的产权主体虚置。《民办教育促进法》第三十五条确定了民办学校对举办者投入民办学校的资产、国有资产、受赠的财产以及办学积累，享有法人财产权。《独立学院设置与管理办法》第十二条更明确要求：“独立学院举办者的出资须经依法验资，于筹设期内过户到独立学院名下。”第四十二条又规定：“独立学院存续期间，所有资产由独立学院依法管理和使用，任何组织和个人不得侵占。”这些规定明确了独立学院一旦成立，即以独立法人资格取得出资者对其投资于学院财产的占有、支配、处分和收益。对出资者而言，则获得独立学院的管理权和收益权。因此，独立学院的母体学校及投资主体对学校不具备所有权，只具有事实上的使用权，而占有权、收益权及处分权则受到严格限制。但是，这些规定并没有给予独立学院产权明确界定，而且独立学院产权的不合理分割和产权要素重组的不对称，更形成独立学院部分产权要素主体虚设，造成事实上的所有权及处分权的“主体虚置”。换言之，从法律上讲，独立学院的资产在法律上归独立学院自身所有，但在学校的实际运行过程中产权却是不明晰的。举例来说，《独立学院设置与管理办法》第十条要求参与举办独立学院的普通高等学校与社会组织或者个人，应当签订合作办学协议，内容应当包括办学宗旨、培养目标、出资数额和方式、各方权利义务、合作期限、争议解决办法等。但实践中，无论是对参与举办者的投资方还是普通高等学校，其对独立学院的投资数额所享有的权利义务关系并不明晰，特别是对已出资的财产及增值部分的法人财产权归属并未明确，仅有各方合作办学协议约定。另外，法律和政策对独立学院公益性的强调使得在具体规定上更强调对独立学院的收益权的限制，这既为独立学院的“公”“私”之辩埋下伏笔，也影响了引入产权激励机制发挥独立学院功能的改革初衷。
再次，独立学院主体间的责、权、利关系不一致，这就增加了独立学院生存与发展的风险。在独立学院的办学过程中，公办高校主要是投入师资、管理和学校品牌，其他实物方面的投入主要由合作方承担，公办高校从这种合作中获得了直接的利益回报，一般对产权问题无从关注，在办学协议中也很少清楚地将产权问题进行界定。因此，导致了在独立学院的实际发展中，独立学院的财产和相关管理权完全由投资方操纵，而公办高校仅负责教学和其他方面管理工作。这样，产权在办学主体间缺乏明确的界定，存在不明晰的产权结构。
（三）“两权”分离管理模式的相对性
从独立学院与参与举办主体间关系来看，独立学院所有权和管理权“两权”分离的管理模式与学校实际运行过程中受到举办主体的实质性控制和影响的矛盾，导致独立学院在运行中未能实现所有权和经营权的分离，使独立学院产权制度难以真正发挥效用。
首先，独立学院与公办高校、投资者之间的关系不明确。按照教育部《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》的规定，公办高等学校是试办独立学院的“申请者”，负责提供各项条件和设施的投资者是试办独立学院的“合作者”，但对独立学院在其中的地位与作用并未界定，仅明确其是独立法人，是一个办学实体。《高等教育法》从高等教育体制的角度界定了高等学校的举办者、管理者、办学者，并明确了各自的权力和责任。高等学校的举办者可以是国家，也可以是企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民等社会力量；高等学校的管理者是各级人民政府；办学者就是高等学校自身。《独立学院设置与管理办法》第二条规定：“独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。”明确指出独立学院的参与举办者只能是普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人，并且只能利用非国家财政性经费举办。这样，对照法律条文，教育部《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》中规定的“合作者”、“申请者”应该属于独立学院的举办者，独立学院应该是办学者，而国务院教育行政部门作为“管理者”，负责全国独立学院的统筹规划、综合协调和宏观管理，省、自治区、直辖市人民政府教育行政部门则主管本行政区域内的独立学院工作。只是这些“应该”并未在理论上明确独立法人的申请者、合作者与独立学院三者之间的关系。而在实践中，独立学院的“合作者”、“申请者”似乎不只是举办者的地位，而独立学院的办学者地位也并未落实。例如现实的办学行为中，独立学院从学费收入中按照一定比例直接划拨到参与举办的普通高等学校，除了合作办学的协议外，从我国现行法律中找不到任何相应的依据。从这一角度看，参与举办的普通高等学校是否在以独立学院举办者的身份行事也还尚待讨论。
