湛蓝的天空，白色的云，一望无际的大海，阿翔等人还在蓝普尔市没有出发。
那究竟是为什么呢？
答案便是小智因为某些原因，导致阿翔等人误了返回大陆的客船。
在小码头里，看着远去的客船，阿翔等人一脸生无可恋的模样。
因为距离下一趟船还有3个小时，阿翔等人实在不知道怎样来打发时间。
“我们来训练吧！”小智说道。
说道训练，阿翔想了想也就同意了，因为他想3个小时也够训练一会了。
但就在这时，小码头不远处，一艘渔船发生了爆炸，船上的渔民纷纷跳进了海里。
救人第一，阿翔等等纷各自放出了自己的水系神奇宝贝前去营救。
但他们却不知，在这次翻船的后面，有一场巨大的阴谋。
将救到的渔民送到他们厂长那里，发现他们的厂长竟是一位年迈的老太太。
老太太坐拥巨大资金，并且在海上建立着豪华游乐场。
看到自己出事的员工，便知道了事情的原因。
哭着对阿翔们说：“偷袭我员工的是毒刺水母和玛瑙水母，他们不禁打员工，还破坏岛上的建筑，骚扰居民的生活。”
听到婆婆说的话，小智他们都有点恼怒。
但着自己说的话有点效果，因此婆婆接的说道：“为了让居民正常生活，所以主要你们能赶走水母，我就给100万元奖金。”
说完，小智连想都没想就接下了任务，阿翔无奈，也只好跟着往海滩走去。
要不说小智一根筋呢，做事不动脑子，只要稍微想想，就知道事情绝对没有婆婆说的这么简单。
因为神奇宝贝做任何事都有自己的理由的。
果然，不一会海里就出现了大批玛瑙水母和毒刺水母，他们大批朝着乐园进攻，没有伤及一点居民。
但这时，由于火箭队的插手，导致毒刺水母和玛瑙水母以为旁边的人类是敌人，这才开始大肆攻击人类。
旁边的训练家也纷纷放出了自己的神奇宝贝，朝着水母群进行攻击。
这时，水母群的领袖出来了，他竟是一只比巨大快龙小一点的毒刺水母。
看到这只毒刺水母，人们开始产生逃跑的念头，因为这根本打不过啊。
于此同时，火箭队的喵喵也被毒刺水母控制，只见他借助喵喵的人类语言，向人们透露了事情。
原来，婆婆的游乐园建设破坏了水母群的生活环境，水母群们为了报复，而进行对人类建筑的破坏。
之后，阿毒刺水母又开始对城市的总攻。
“出来吧，巨大快龙。”
看到这巨无霸，也只有巨大快龙与他进行对抗了，只见巨大快龙朝着巨大毒刺水母冲去，一把抓住了他。
巨大毒刺水母挥动触手，一根根的向着快龙抽去。
快龙直接放开，两手一掏，挽住了毒刺水母的触手，随后用力一甩，将毒刺水母甩了出去。
看巨大快龙与巨大毒刺水母在打斗，其他的训练家也纷纷放出了自己的神奇宝贝，再次与水母群打了起来。
