元朝灭亡以后,成吉思汗的子孙退回塞外,驻扎在大沙漠南北,逐渐形成了漠北蒙古、漠南蒙古、漠西蒙古三大部。这些蒙古部族之间相互攻打,还经常南下骚扰内地。后来,努尔哈赤和皇太极用征伐、联姻和结盟的办法,把漠南蒙古征服了,推行“盟旗制”。漠南蒙古各部成了清朝当权者最可靠的盟友。
漠北蒙古又叫喀尔喀蒙古,继漠南蒙古之后,也跟清朝建立了朝贡关系,每年向清朝进献一头白骆驼、八匹白马,称为“九白之贡”。
可是这时候,还有居住在阿尔泰山以西的漠西蒙古不肯合作。漠西蒙古又称厄鲁特蒙古,分为杜尔伯特、土尔扈特、和硕特、准噶尔四部。其中准噶尔部最强大,它兼并了和硕特部和杜尔伯特部,把土尔扈特部排挤到俄国伏尔加河流域一带,又把和硕特部的人赶到了青海、西藏。
准噶尔部控制了阿尔泰山周围地区,又继续向东进兵,想占领漠北广大地区。喀尔喀各部抵挡不住准噶尔骑兵,只好奔向漠南并请求康熙皇帝加以保护。康熙皇帝把科尔沁草原借给喀尔喀各部驻牧,救济他们大量的牲畜、茶、布,又派人劝告准噶尔部头目噶尔丹返回阿尔泰山地区,退还喀尔喀的故地。噶尔丹自认为兵力强盛,不但不把康熙皇帝的命令放在眼里,还率领十万大军深入漠南蒙古乌珠穆沁草原,想和康熙皇帝较量一下。
康熙皇帝见噶尔丹这样猖狂,已经威胁到内地的安全了,就在康熙二十九年(1690年)秋高气爽、草肥马壮的时候下令征讨。他亲自率兵驻扎在长城口外,任命他的哥哥裕亲王为大将军,在离北京只有七百里地的乌兰布通和准噶尔兵决战。
噶尔丹没和清军正式交过锋,还不知深浅。他依山列成“驼城”,把一万头骆驼捆住脚,让它们卧在地上,又在骆驼背上搭起箱垛,盖上湿毡,然后让主力部队隐藏在“驼城”之内,从箱垛的空隙放枪射箭。清军隔河列阵,先用大炮轰击“驼城”,打死了许多骆驼,随后骑兵和步兵冲杀过来,大败准噶尔军。噶尔丹知道打不过清军,当晚就把军队撤到高处,第二天一大早,派随军的西藏喇嘛到清营求和。
清朝大将军马上派人向康熙皇帝报告战况,又派使臣到噶尔丹营内,让噶尔丹向“威灵佛”起誓,保证不再向内地进犯。噶尔丹连忙当着使臣的面跪在“威灵佛”前磕头,样子显得很虔诚。使臣看到这种状况,很放心地回去了。
康熙皇帝得到噶尔丹乞降的报告,担心大将军受他愚弄,当即派人对大将军说:“噶尔丹为人狡猾,不可不防。”没想到这个命令还没有到达,噶尔丹已经拔营逃走了。
噶尔丹丢下辎重,率军狂奔不止,沿途放火烧毁了草场,想断绝清军的追路。士兵一路病死、饿死的不计其数,回到老家一清点,十万大军只剩下几千人了。
为了彻底孤立噶尔丹,第二年五月,康熙皇帝亲自到了多伦,召集蒙古各部王公开会,会前举行了盛大的阅兵仪式。
阅兵那天一大早,八旗禁旅盔甲鲜明,戈矛锋利,威武雄壮地在会场整齐列队。不一会儿,号角齐鸣,康熙皇帝身披金甲,骑着骏马缓辔而来。只见他还不到四十岁,身板挺直,面部清瘦,两眼炯炯有神,透出刚毅。康熙皇帝接受了诸王、大臣、皇子和蒙古王公的朝拜,又率领众人检阅蒙古各部骑兵。他一路用娴熟的蒙古语同蒙古王公亲切交谈。更令人惊叹不已的是检阅完毕,在蒙古王公的恳请下,他当众连发十箭,九箭命中靶心。顿时,全场欢声雷动,众人山呼万岁。随后,康熙皇帝对协助追剿噶尔丹的蒙古王公进行了嘉奖,对暗中给噶尔丹通风报信的人进行了责罚。蒙古王公们见康熙皇帝不但弓马娴熟,而且赏罚严明,都对他心悦诚服。
康熙皇帝依照皇太极对漠南蒙古的编制,把漠北蒙古编为三十七旗。因为蒙古各部笃信喇嘛教,他下令在多伦建立汇宗寺。为了纪念这次盛大的盟会,他还亲笔撰写了汇宗寺碑文,命人树立在汇宗寺内。
噶尔丹虽然遭到失败,但仍不死心。五年以后,他又率领三万骑兵侵入巴颜乌兰,大肆掠夺,还扬言借来了俄国鸟枪兵六万,要兴兵深入内地。
康熙皇帝接到消息,就进行第二次亲征。清军在昭莫多(今蒙古人民共和国乌兰巴托东南)山下和噶尔丹进行决战,杀死敌兵一千多人,俘虏了三千多人,缴获了大批马、牛、羊、骆驼以及幕帐器械等。噶尔丹只带着几十个亲信逃走了。康熙皇帝接到战报,十分高兴,命人在昭莫多山上树立石碑,记述此事。
这时候,噶尔丹的侄子策旺阿拉布坦得到康熙皇帝的支持,占领了准噶尔故地阿尔泰山以西的地方,同噶尔丹作对。噶尔丹想回老家又回不去,只好收集残兵败将,在阿尔泰山以东地方游荡,靠打猎捕鱼过日子。同时,因为噶尔丹连年兴兵打仗,弄得准噶尔人长期不得安宁,人们越来越怨恨他,追随他左右的人纷纷离去,最后只剩下一千多人了。康熙皇帝得知这个情况,就派人去对他说:“只要你肯投降,入朝谢罪,皇上一定依照优待喀尔喀蒙古的规格招待你。”但是,噶尔丹不肯认输,拒绝了劝降。
为了免除后患,康熙皇帝又在康熙三十六年(1697年)第三次亲征。噶尔丹听说了,派他的儿子到哈密借兵,没想到哈密王把他的儿子捆起来献给了清朝。他左右的亲信不是远逃就是投奔清营。无论噶尔丹把营帐扎到哪里,都不断地接到告急的警报,弄得他一夜要换好几处地方,连个囫囵觉都睡不了。他常常迷惑不解地对周围人说:“世界上的人真的不一样吗?听说皇上不论走到哪里,哪里的沙漠就要涌出甘泉,石头上也长青草,是天助他吧!我部下的人都投奔他去了,是人助他吧!如今我该如何是好呢?”过了些日子,他见自己众叛亲离,就吃毒药自杀了。他的手下人把他的骸骨和女儿钟其海献给了康熙皇帝,追随他左右的三百户人也全部投降了。
康熙皇帝下令赦免准噶尔各部侵扰内地的罪过,封噶尔丹的儿子为一等侍卫,编入张家口外察哈尔旗。又把喀尔喀蒙古各部增编为五十五旗,命令他们回阿尔泰山以东故地驻牧。他还下令在狼居胥山建立一块石碑,记述了平定噶尔丹这件事,这次叛乱平定以后,蒙古族地区才安定下来。