司马迁在《刺客列传》中还记下了燕国的太子丹积极抗击秦国侵略的故事，其中有关荆轲刺秦王的内容十分动人，为千古传颂。
战国末期，秦国成为了超级大国，有要灭亡六国的势头，燕国虽然在偏远的辽东，但秦军已经达到燕国边境的易水之滨，战火马上要燃烧到燕国来了。以弱小的燕国，怎么也抵抗不了强大的秦国的入侵。怎么办呢？于是燕太子丹秘密招募敢死的勇士二十人，日夜训练，要派遣他们潜入秦国，谋刺秦王政。
燕太子丹曾作为质子出使秦国，在秦国居留期间，多次受到秦王政的欺凌和侮辱，太子丹忍气吞声，他长期被秦国扣留，秦王准备永远让太子丹在秦国作囚徒，立誓说，只有天雨粟，马生角，才让太子丹回国，太子丹想尽了办法，才于公元前232年克尽险阻，逃回本国，因此他日夜计划向秦王政复仇。
在他供养的敢死的勇士当中，出类拔萃的要数荆轲。荆轲非一般游侠可比，他是天性属于深思熟虑的人。也可以说他是一位儒者，很爱读书，身边从不离开书册。他胸怀大志，每到一处，只跟贤士交游。在燕国时，著名学者田光先生就知道他并不是平凡之辈。他是个不逞小勇的真正斗士，从未失去沉着冷静的态度，随时表现出一个真正勇士的风范。
最初，太子丹并不认识荆轲。他听人说田光是个有智慧而沉勇的人，就派人去请田光出山，对田光说：“燕、秦不两立，请先生帮助我实现谋刺秦王的计划。”田光回答说：“太子听见的是我盛年时的声名，今天我已年老，力气和精神已经消亡尽了。不能为您效力了。我可以推荐一人，可以代替我帮助您实现计划，这人就是志士荆轲。”太子丹说：“我很愿意和荆轲交朋友。”田光说：“那就太好了。”他随即告辞而出，太子丹送至门口，再三叮嘱说：“我今天已经把行刺秦王的秘密计划告诉您了，您可不能向别人泄露啊！”田光从车上俯视着太子，笑着说：“遵命。”
田光伛偻着身子去见荆轲，说：“燕国人都知道我和您是好朋友。今天太子丹请我出山，协助他实现行刺秦王的计划。我推辞自己老了，没用了，不能从命，我推荐您代替我。太子答应了。我请求您立即前往东宫与太子会面。”荆轲说：“我愿意按您的指教去做。”田光又叹息说：“太子丹已经向我吐露了重大的机密，可我却置身事外，不愿插手，这样太子对我一定很不放心。既不能为他的事业出力，又让他很不放心，这不是一个有节义的侠士的行为啊！”这当儿，田光心中忽然萌动了一个想法：用自己的死来激励荆轲，于是又加重语气、一字一顿地说道：“请先生赶快去见太子，说田光已死，至于我死亡的原因，不言自明。”言毕，就伏剑自刎而死。荆轲想救他也来不及。
于是，荆轲紧急去拜见太子丹，向他报告田光自杀的消息，并且将田光临死前的话禀告太子。太子再拜而跪，膝行流涕，默哀良久，才开言说：“我之所以一再告诫田先生不要泄露机密，是因为我要从事的是一桩伟大的事业。现在田先生用自杀来让我放心，这可不是我原来的希望啊！”
荆轲坐定后，太子从席位上下来，叩首再拜，说道：“今天田光长者用自己的死亡来举荐和激励先生，是上天可怜燕国的表现。燕国有您这样的志士相助，或许有得救的希望。”接着他分析当前危急的局势说，“今天秦国已经灭亡了韩国，随即举兵攻伐楚国，同时出动大军威胁赵国，赵国看样子会向秦国屈服称臣，赵国一屈服投降，燕国就危险了。燕国举全国之兵也不能抵挡秦国的一支劲旅。残存的诸侯国都畏惧秦国，不敢联兵抵抗秦国。”最后太子丹说出自己的计策：“形势紧急，只能采取非常的办法。如果有一名勇士前往秦国，用武力劫持秦王，迫使他将侵占的土地一一归还各诸侯国，那就太好了；假使秦王在武力劫持下仍不答应归还土地，就杀死他。这么一来，秦国虽然武力很强，有多名猛将领兵在外，但群龙无首，不攻自乱。各诸侯国就可联兵攻破秦国了。这是我处心积虑想出来的破秦上策，您愿意担当这份伟大的职责，亲自进入秦国，劫持秦王，迫使他归还侵占的土地，放弃向外扩张的政策吗？”
荆轲最初推辞说：“这是贵国的军政大事，在下能力有限，恐怕不能胜任。”但经不起太子丹的一再恳求，又记起田光的临终嘱托，心里想：“田光先生为了激励我，果敢地举刀自刎，难道我还贪生怕死吗？”于是慨然应允，决心为田光的未竟事业赴死。太子丹十分高兴，拜荆轲为上卿，专门修一座尊贤馆给他居住。荆轲在馆中过着帝王般的生活。
形势越来越危急，秦王政十九年（公元前228年），秦将王翦带领大军攻打赵国，大破赵军，夺取了赵国全部土地，俘虏了赵王迁。秦王亲自到赵国首都督师，向北进兵占领土地，兵临燕国南部边界。太子丹十分惊恐，请求荆轲说：“秦兵马上就要渡过易水了，为了拯救燕国，您必须行动了。”荆轲说：“我很愿意马上去秦国，但必须带上两件东西，作为信物，取得秦王的信任，他才会亲自接见我。”
太子丹问：“哪两件信物？只要您明白说出来，我一定尽全力取来。”荆轲说：“前几年有一位秦国的大将，名叫樊於期，得罪了秦王，逃到燕国避难，燕国朝野都反对接待秦国的敌人，认为这样会得罪秦国，是惹祸之端，应该将这人驱逐到匈奴国去，让匈奴人杀掉灭口。但您太子丹憎恨秦王，同情被迫害者，还是将樊於期留下了。秦王追捕樊於期甚急，号令天下说，谁割下樊於期的首级进献，他可以赏赐黄金千斤，食邑万户。今天您只要砍下樊於期将军的头颅，同时割让燕国最肥美的督亢地区给秦国，秦王自然高兴。如果我能带着樊於期的头颅和督亢地区的地图这两件信物求见秦王，秦王自然信任我，愿意接见我。”太子丹听了，思索再三，说道：“当年樊於期在走投无路的情况下，来到燕国，求我庇护，今天我为了达到自己的意愿，不能伤害这位长者，请您另外考虑一条计策吧！”
荆轲知道太子丹于心不忍，就私自去面见樊於期，说道：“秦国对将军的伤害真是十分深重而残酷啊，您的父母和宗族都被秦王杀尽了，秦王还诏告天下，有谁能砍下您的首级来献的，可赏赐黄金千金、食邑万户。我真为将军抱不平，将军您说有什么好计策对付秦王吗？”樊於期仰天太息、痛哭流涕说：“我每次想到这里，就痛入骨髓，但我势单力薄，想不出办法复仇啊！”荆轲说：“今天我想出了一个好计策，既可解救燕国的危困，又可替将军复仇，将军您愿意听吗？”樊於期十分激动，身子趋近荆轲，问道：“有什么好计策，快说！”荆轲说：“要实行我的计策，需要将军身上的一件东西。”樊於期着急问道：“什么东西？只要我有，立刻给您！”荆轲说：“这件东西对将军非常宝贵，但若要将我的计策付与实施，就非有这件东西不可。”樊於期说：“只要您能替我报仇，我身上的一切都可奉献给您。凭神灵起誓，只要能诛杀万恶的秦王，我立刻可以付出自己的生命！”荆轲说：“我要的是将军的头颅，如果我能拿着将军的头颅去献给秦王，秦王必定十分乐意接见我，这样我就可以用左手扯着他的衣袖，右手用匕首抵着他的胸膛。这样一来，将军的仇也就得报了，燕国的国耻也洗雪了，将军有意这样做吗？”樊於期高呼道：“我日夜切齿痛心的就是不能报仇，今日既然有报仇的希望，我樊於期赴汤蹈火、万死不辞，我立刻砍下自己的头颅给你！”言毕，即自刎而死。
太子丹听到这个消息，立刻骑马来到樊於期居住的客馆，伏尸痛哭，极其悲伤。但已无可奈何，只好将樊於期的首级用木盒装着，密封起来。
接着太子丹努力寻求天下最锋利的匕首，终于用一百两黄金购得赵国徐夫人的匕首，再雇请技工淬火，将剧毒药淬入匕首中。找人来作实验，只要在其身上割开一个小口子，出一缕血，那人便立即死去。于是将这件匕首交付荆轲，作为行刺秦王的武器。还要找一个人作荆轲的随从，经过反复挑选，选出一个名叫秦舞阳的勇士，此人十三岁就敢杀人，市民不敢正眼看他。
荆轲等出发时，太子丹率领众宾客送至易水边，送行者都穿白衣，垂泪涕泣。荆轲的朋友高渐离击筑，荆轲唱歌道：“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还！”
到秦国后，荆轲以重金贿赂秦王的宠臣蒙嘉，蒙嘉把荆轲的来意向秦王禀报，秦王大喜，决定在咸阳宫接见燕国使者荆轲。
接见那天，荆轲手捧樊於期的头颅，秦舞阳手持燕国督亢地区的地图，来到了金殿的阶下，只见秦王端坐在金殿之上。秦舞阳紧张得脸色发白，全身颤抖，引起了秦国迎接宾客的官员的疑心，荆轲于是回头对秦舞阳笑笑，并向秦王道歉说：
“北方蛮地长大的乡巴佬，从未见过天子，不免会紧张。愿大王加以宽恕，好让他完成使者的任务。”
秦王发出雷鸣一般的声音命令荆轲：
“把秦舞阳所捧的地图拿过来。”
荆轲从秦舞阳那儿接过地图，上前献给秦王。
当秦王把那卷地图打开时，藏在里面的匕首现了出来。荆轲于是以左手抓住秦王的衣袖，右手拿起匕首想往他的胸膛刺下去。但秦王在惊愕之余迅速避开，往后退时，袖子被荆轲拉断。他想拔出佩剑对付荆轲，但剑太长，又收在剑套里，加上心中惶急，一时之间就是拔不出剑来。
荆轲以锐不可挡之势猛追过去，秦王则躲在柱子之后闪避荆轲的刀锋。
这时候，秦廷在场的群臣见忽然发生谋刺的事变，个个失去常态，不知所措。依照秦宫的规定，随侍殿上的群臣身上不准带任何武器，至于拿着武器的郎中和卫士都得站在殿下，没有秦王的命令便不准上殿。由于秦王狼狈不堪，忘了命令他们，荆轲因而得以乘虚追逐秦王。
秦王因没有什么武器可以对付荆轲，只好徒手搏斗。这时，侍臣夏无且灵机一动，将身上携带的药箱向荆轲掷过去，然而荆轲不为所动，继续追击秦王。
秦王这边则惊慌失措，绕着柱子闪躲荆轲。忽然有个侍从喊道：
“大王！把剑背起来！”
秦王背起长剑，果然轻易拔出剑来，形势立刻逆转。
荆轲的匕首难以对付秦王的长剑，终于被秦王砍断左大腿，残废的荆轲便拿起匕首向秦王掷过去，但没射中秦王，只射中他身后的铜柱。
秦王再度挥剑，荆轲前后被砍了八剑，荆轲自知已无成功的希望，便靠着柱子冷笑。后来因支撑不住，便倒在地上，骂道：
“事情所以不成功，是因为想把你生擒过来，好叫你亲口向太子丹谢罪！”
左右的人都围上来，以乱刀击砍荆轲。
做乾坤一掷的荆轲，就此断送了生命。
荆轲死后的第二年，即秦王政二十一年（公元前226年），秦将王翦攻破燕国的都城蓟，迫使燕王斩杀太子丹。燕王退保辽东。秦王政二十五年（公元前222年），秦将王贲领兵击燕，俘虏燕王喜，燕国灭亡。
荆轲刺秦还有一个余波。他的好友高渐离利用给秦始皇击筑的机会，也试图谋刺秦始皇。他把铅块秘藏筑中，当秦始皇唤他来演奏时，曲未终他即挥筑掷向秦始皇。但因他的眼睛已被秦始皇用马粪烟熏瞎，看不到目标，并未如预期般将秦始皇的头打个粉碎，而高渐离自己则因此被斩首。
在司马迁写的这个故事中，荆轲、田光、樊於期、太子丹、高渐离等都是英雄，他们的终结不是悲剧，而是一种慷慨激昂的人生落幕。他们都死得其时，死得其所，死得值。比起后世无数贪生怕死的人在专制者的屠刀下屈辱的死，有着天壤之别。
先秦时代士人的生存价值、生活目标和生存策略和后世的腐儒是不同的。先秦时代的士人注重道义，唯有道义的价值最高最大，与道义相比，个人生命算不得什么，这叫做“舍生取义”。他们生活的目的就是实现道义，唯此而已；即使生存需要策略，但不能违背道义的原则，即不能出卖朋友，不能违背自己的诺言，不能重利忘义。在物欲横流的今天，人们可能难以理解当时人们对待生活的态度。秦汉以后的儒家和名士也不能理解先秦士人的生存原则。紧接秦汉出现的三国时代的政治生活中，人们都以玩弄阴谋见长（近代更有所谓“阳谋”出现），不会玩阴谋诡计，就别想在三国的政治生活中立足。难怪人们称描写那个时代的名著《三国演义》是一部阴谋书。后世人们的生存目的是怎样在专制高压下苟全性命，而不是让自己的生命充分发热发光。这就是秦汉以后的中国社会停滞不前的根本原因。
按后世庸人和腐儒的理解，荆轲刺秦是毫无必要的，因为这是以身饲虎，徒劳无益的举动。荆轲当时还有两种可以逃命的选择。当时他是单独领团出使秦国，有充分的行动和决策的自由。荆轲第一个保命的选择是投降秦国，将太子丹的计谋告知秦王，从而得到秦王的宽恕，或许还会被封官。后世这种出卖主子的人不可胜数。荆轲第二个保命的方法是逃跑。秦国和六国的战争，是贵族之间的战争，荆轲一介平民，与他何干？一走了之，隐姓埋名，躲藏山林，也可苟全性命于乱世。后世这种所谓明哲保身的人也不是少数。如后期的张良和出山前的诸葛亮和谢安等。
但在战国时代的士人看来，这两种方法都是不可取的。第一种方案是卖主求荣，背信弃义，特别是投降暴秦，更要背负助纣为虐的罪名。第二种方案是贪生怕死，逃避责任。
荆轲刺秦王功亏一篑，虽然失败了，但他的英名和勇敢精神永远存留后世。行刺固然是一种恐怖行动，但他行刺的对象是万民憎恨的暴君和侵略者——秦王，这是获得多数人支持的行动。暴君的身体虽然丝毫未损，但他的精神受到了打击，后来他又遭到高渐离的不成功的谋刺，从此他再也不敢接近六国的臣民，可见他心中充满了恐惧，即使他有最丰盛的物质享受，但成天生活在恐惧中的日子也是不好过的。秦王的倒行逆施遭到了报应，后来一个隐形的刺客——赵高混入了他的内宫，赵高是赵国公族的远亲，可能有为赵国复仇的暗藏动机，秦始皇后来死于沙丘，赵高有谋杀的嫌疑。至少秦始皇的长子扶苏和除胡亥外的所有其他的儿子和女儿都是赵高明目张胆地害死的，最后赵高又弑杀了秦二世胡亥，可以说，赵高这个暗藏的刺客，为荆轲、田光、樊於期、太子丹、高渐离等人报了仇，实现了他们未竟之志。
荆轲刺秦王是战国时期影响最深远的刺客故事，其他的刺客故事还有曹沐用匕首劫持齐桓公、专诸刺杀吴王僚、豫让刺赵襄子、聂政刺杀韩相侠累等，司马迁将这些刺客都收入《列传》中。其他刺客的故事固然感人，但惟有荆轲和秦王在金殿上生死相搏的场面足以动天地，泣鬼神。荆轲刺秦王的故事使六国的民众从亡国的痛苦中重新振作起来，公元前209年，民众揭竿起义，推翻了秦朝的暴虐统治。
按后世庸人的眼光，田光的自杀似乎是不必要的。太子丹要他去干一件他难以胜任的事，推辞掉就可以了，何必自作多情，要寻死呢？这是一种误解。殊不知当时的士人最知耻，重节义，田光自知年事已高，多活也毫无意义，在此国家存亡的紧急关头，用死来激励荆轲，是他责无旁贷的事情。唯有自杀，方显英雄本色。樊於期的自杀对他自身来说也是十分适时和最有价值的举动，秦兵就要来了，与其被秦兵扑杀，不如自己壮烈光荣地死去，光辉永昭后世。
