大宁启瑄十五年三月起，在兵部尚书齐高远筹划下，军队进行了一次大的变革，大宁设十镇总兵府和两个水军都督府如下：
辽东总兵府：总兵虞烈北防御辽东郡，统帅8万安东军
川甘总兵府：总兵司徒凌峰防御巴蜀、汉中和栎阳三郡统帅10万甘州军
云贵总兵府：总兵童安国防御建宁、岭南和雷州三郡统帅8万西南军
江州总兵府：总兵陶勇统帅3万江州后备军
汉阳总兵府：总兵储坚镇守汉阳、寿春和贵阳三郡统兵4万
晋阳总兵府：总兵俞平镇守晋阳和中山两郡统兵2万
闽粤总兵府：总兵章坚钢镇守闽越和粤州两郡统兵3万
齐鲁总兵府：总兵孙文生镇守薛城和渤海两郡统兵4万
江南总兵府：总兵梁书安镇守彭城、广陵、姑苏、余杭四郡统兵5万
京畿总兵府：总兵邬建镇守荥阳郡统兵2万
长江水师都督：胡海勇统帅1万内河水军
东海水师都督：凤溪初统帅5万外海水军
另外，开封兵马守备司常设3000骁骑营，统领秦子进。
本次改制后，大宁常备官军55万，裁撤5万，其中精锐野战精兵36万（含5万外海水军、3万江州后备军和2万荥阳京畿精锐）其余19万为二线镇守军；野战官军所有将领和士卒的军饷和军械供给比过去高了不少，极高的提升了边军士气。自改制起，此55万官兵军费由户部承担，大宁21郡自行招募府兵维持地方治安、保护官员安全，由本郡承担军费，各郡府兵人数不超过3000人，可从裁撤的官军中择优选用；户部尚书施杰华奏报皇帝，经此改制，一次为国节省军费600万两白银，皇帝龙颜大悦。
其后的五个月，通过惩治罪将、升拔新秀、裁撤老弱、提炼精锐、大宁朝的军队焕然一新，十镇总兵和两个水军都督都是齐高远的嫡系或是德才兼备之将领，齐定国、秦毓鲲、秦毓鹏、储云开、梁春霖、章云庭等新一代青年将领也将逐步走上了大宁朝的历史舞台！
