靖难之役，是明朝开国皇帝朱元璋死后不久爆发的一场统治阶级内部争夺皇位的战争。建文元年（1399年），燕王朱棣以“清君侧之恶”的名义举兵反抗朝廷，至建文四年，朱棣由燕王登皇位，战争历时4年。
由农民起义领袖登上皇位的朱元璋，为了确保朱明王朝千秋万代地统治下去，一方面加强君主专制统治，把军政大权牢牢地掌握在皇帝一人手中，另一方面，想方设法加强皇室本身的力量，其具体的办法就是分封诸王。他把自己的24个儿子和1个从孙封为亲王，分驻全国各战略要地，想通过他们来屏藩王室。受封诸王在自己的封地建立王府，设置官属，地位相当高，且每一个藩王食粮万石，并有军事指挥权，于王府设亲王护卫指挥使司，辖军三护卫，护卫甲士少者3000人，多者1.9万人。边塞诸王因有防御蒙古贵族侵扰的重任，所以护卫甲士尤多。北平的燕王朱棣拥兵10万，大宁的宁王“带甲八万，革车六千”。他们在边塞负责筑城屯田、训练将兵、巡视要害、督造军器。晋王、燕王多次出塞征战，打败元朝残余势力的军队，尤被重视，军中大将皆受其节制，甚至特诏二王军中小事自断，大事才向朝廷报告。尤其是燕王，由于功绩卓著，朱元璋令其“节制沿边士马”，地位独尊。
藩王势力的膨胀，势必构成对中央政权的威胁。在朱元璋大封诸王的时候，有个叫叶伯巨的人指出，藩王势力过重，数代之后尾大不掉，到那时再削夺诸藩，恐怕会酿成汉代“七国之叛”、西晋“八王之乱”的悲剧，提醒朱元璋“节其都邑之制，减其卫兵，限其疆土”。朱元璋不但听不进劝告，反而把叶伯巨抓进监牢，囚死狱中。而事态的发展，远远超出了叶伯巨的预料，中央政权与藩王之间的矛盾，未及数世而在朱元璋死后就立即强烈地爆发了。
洪武二十五年（1392年），太子朱标病死，朱元璋立太子的嫡子朱允为皇太孙。洪武三十一年，朱元璋去世，朱允即帝位，是为建文帝。朱允在做皇太孙时，就对谙藩王不满，曾与他的伴读黄子澄商量削藩对策。即帝位后，采纳了大臣齐泰、黄子澄的建议，决定先削几个力量较弱的亲王的爵位，然后再向力量最大的燕王朱棣开刀，并令诸亲王不得节制文武官吏。皇族内部矛盾由此迅速激化。建文帝命令将臣监视朱棣，并乘机逮捕之。朱棣得到这一消息，立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的将臣，于建文元年（1399年）七月起兵反抗朝廷。
朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利。朱棣以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。因此，历史上称这场朱明皇室内部的争夺战争为“靖难之役”。
朱棣起兵不久，即攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。经过朱元璋大肆杀戮功臣宿将之后，朝廷已无将可用，朱允只好起用年近古稀的幸存老将耿炳文为大将军，率军13万伐燕。建文元年八月，师至河北滹沱河地区。燕王在中秋夜乘南军不备，突破雄县，尽克南军的先头部队，继而又于滹沱河北岸大败南军的主力部队。建文帝听到耿炳文军败，根据黄子澄的推荐，任李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战。
李景隆本是纨绔子弟，素不知兵。当朱棣侦察到李景隆军中的部署后，认为李景隆大犯兵家之忌，如：政令不修，上下离心；兵将不适北方气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，智信不足，仁勇俱无等；其兵必败无疑。为了引诱南军深入，朱棣令姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽只宜坚守，不能出战。朱棣还撤去了卢沟桥的守兵。
朱棣这一招果然灵验，李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师直趋北平城下。经过芦沟桥时见无守兵，更是长驱直入。这时朱高炽在北平城内严密布署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀人张掖门，但后援不至，只好停止进攻。也因李景隆贪功，令瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。燕军则因此得到喘息，连夜往城墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军已无法攀城进攻了。
朱棣解救永平之后，率师直趋大宁（今内蒙古宁城西）。大宁为宁王朱权的封藩，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣攻破大宁后，挟持宁王回北平，合并了宁王的部属及朵颜三卫的军队。朱棣带着这些精兵强将回师至北平郊外，进逼李景隆军营。燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵听说主帅已逃，纷纷溃散。
而建文帝为大臣所蒙蔽，反而奖励打了败仗的李景隆。建文二年（1400年）四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万，进抵白沟河（今河北雄县北）。朱棣命令张玉、朱能、陈亨、邱福等率军十余万迎战于白沟河。战斗打得十分激烈，燕军一度受挫。但南军政令不一，不能乘机扩大战果。燕军利用有利时机，力挫南军主将，南军兵败如山倒。李景隆再次退走德州。燕军跟踪追至济南，打败李景隆率领的立足未稳的十余万众。但济南在都督盛庸和山东布政使铁铉的死守下得以保住。朱棣围攻济南三月未下，遂回撤北平。
李景隆一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，代之以盛庸。建文二年九月，盛庸率兵北伐，十月，至沧州，为燕军所败。十二月，燕军进至山东临清、馆陶、大名、汶上、济宁一带。盛庸率南军于东昌（今山东聊城），严阵以待。燕军屡胜轻敌，被南军大败，朱棣亲信将领张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，借朱能援军的接应才得以突围。东昌战役是双方交战以来，南军取得的第一次大胜利。
建文三年（1401年）二月，朱棣总结兵败经验后率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。燕军夺得的城池虽多，但往往得而复失，不能巩固。正在朱棣为此而苦恼之际，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。朱棣据此决定举兵南下，直指京城。
建文四年（1402年）正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州。四月，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），燕军大败。双方相持于淝河。在这决战的关键时刻，建文帝受一些臣僚建议的影响，把徐辉祖所率领的军队调回南京，削弱了前线的军事力量，南军粮道又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧，仅俘获南军将领即几百人。自此，燕军士气大振，接连攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等要地，准备强渡长江。
建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，十三日进抵金川门，守卫金川门的李景隆开门迎降。燕王进入京城，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。建文帝下落不明。
当上皇帝的朱棣，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等被整族整族地杀掉，方孝孺因不肯为朱棣撰写即位诏书，九族被诛，这还没完，又将其朋友门生作为一族全部杀掉，十族共诛873人。这次清洗极为残酷，共有数万人惨死于朱棣的屠刀之下。
