吴起经过长期的努力，把西河郡治理得有条不紊，人民安居乐业，边境太平。他自己的生活也渐渐地安定了下来，不用再一天到晚率领着将士们在剑丛箭雨中冲锋了。此时的吴起可以说是官高爵显，算是实现了当年离开故乡卫国时对老母亲许下的誓言。照理说也该好好地休息休息，享受一下太平盛世的快乐了。可吴起偏偏是个闲不住的人，在对西河的改革取得成功之后，他马上又开始了一项新的工作——自己著书立说。原来，吴起一直想将自己长年的战斗经验写成一本兵书，以供后人参考，可是连年不断的征战和繁重的公务使他一直未能如愿。现在有空了，吴起便着手写作了。吴起写的这本兵书就是后来闻名于海内外的《吴子》。
吴起在书上，对战争的起源，从社会的角度进行了分析。这是世界上对战争起源的最早分析。他认为：引起战争的原因主要有五点：一是为了争名，二是为了夺利，三是因为有长期的仇怨，四是因为发生内乱，五是因为遭受了饥荒。当然，这种分析，今天看来是不很科学的，但在当时却是“世界先进水平”。吴起还将战争分为五种：为了禁除暴虐、挽救危亡发动战争的，称之为义兵；自恃兵多将广、国力强盛而恃强凌弱、侵犯别国的，称之为强兵；因为一时的愤怨，而一怒之下发动战争的，称之为刚兵；背弃礼义，为贪图私利而发动战争的，称之为暴兵；在国内民众疲惫不堪、厌战情绪极强的情况下发动战争的，称之为逆兵。同时，吴起还指出，这五种战争取胜的方法是：对义兵必须用礼制服它，对强兵则要谦让，刚兵用言辞感化，而对付暴兵就需要诡诈，对付逆兵则需使用权变。通过这些，我们不难看出，吴起在对战争的论述中，有着朴素唯物论的思想。
吴起经过了许多场战争，他亲眼见了战火给民众带来的痛苦，所以他认为发动战争要非常慎重。正如《孙子兵法》开篇头一句话说的那样：“兵者，国之大事也，死生之地，存亡之道，不可以不察。”吴起认为国内的意志不统一，不能出兵；军队的内部不够团结就不能够上阵；临阵时行动不够协调统一，就不能够作战；而战斗时战斗动作不协调，就不能够取胜。因此，贤明的君主要管理好他的民众，在各方面搞好团结，才能发动战争。这一理论，今天想来也的确有一些道理。同时吴起还指出了穷兵黩武的危害性。他在《吴子》中是这么说的：“天下战国，五胜者祸，四胜者弊，三胜者霸，二胜者王，一胜者帝。”就是说一味地使用武力，只会招至国家的灭亡。
吴起的战略思想在当时是非常先进的，而他的战术思想更是为古今军事家所称道，有些至今还为军事界所遵循。
吴起在《吴子》中提出了向敌军发动进攻的四个条件：一是，当敌军在狂风严寒的天气长途行军，昼夜兼程，还需砍木造筏过河的时候；二是，当敌军在盛夏炎热的天气，休息与行动没有节制的时候；三是，当敌军是被驱使长途行军，硬要其走很远的路程的时候；四是，当敌军长期留驻在外，粮食已经吃完，百姓怨恨，怪异不断发生，将领又制止不了的时候。在这种情况下，就可以立即向敌军发动进攻，不必迟疑。相反的，在敌国土地广大，人口众多且国富民强；国君和国家的官吏爱护民众和士卒，普遍地施加恩惠等情况下，要避免与敌军作战。这些理论都是吴起多年征战的经验之谈，有些现在还有着它的使用价值。
另外，吴起对战争的其他条件也作了一些论述，像关于战马的饲养、马病的治疗、战车的维护等。而最有价值的是对战争中地形地势的分析和天气对战争影响的分析。《吴子》中是这样讲的：两座大山间的谷口叫做“天灶”，是危险的地方，不能在这里扎营；而高山的山顶称为“龙头”，也是死地，军队不能驻守在那里。而临战时要观测风的方向，顺风进攻，逆风则坚守阵地……
除此之外，在《吴子》中，还讲了如何搞军事技术的普及，和对军队的管理。在军队管理方面，充分体现了吴起的“法治”思想。吴起讲对士卒要采取重赏重罚——前进杀敌立功，受重赏，不遵守命令、临阵退却，就要重罚。此外对士兵还要讲信义，这样才能取胜。这些很显然是法家的理论。
正是因为《吴子》对战争做了系统的分析，使得历代的军事家和统治阶级对其倍加重视。宋朝时把《孙子兵法》和《吴起兵法》等七部军事理论著作合在一起称为《武经七书》，成为官方的军事教科书，作为将领们的行动指南。
当然，由于历史的局限性，《吴子》中的理论并不是无懈可击，有一部分理论不够科学，也有一些是带有一定的迷信色彩。但是，《吴子》对后来的军事家的积极影响及它的现实意义还是应该给予充分肯定的。
在编写《吴子》的同时，吴起还重新对《左氏春秋》进行了研究。《左氏春秋》一书是左丘明草创的。但左丘明是个盲人，他没有能够全部完成。左丘明将草创的《左氏春秋》传授给了曾申。吴起当年在鲁国跟随曾申学习儒学时就学习了《左氏春秋》。吴起虽然不完全同意儒家学说，但却很喜欢读《左氏春秋》。这是因为《左氏春秋》中记载了不少的战例和大量历史事件，吴起从中悟出了许多治军、治国的道理。吴起在自己研究之余，又开始向自己的儿子吴期和几个好学的部下传授《左氏春秋》。部下在学习中觉得《左氏春秋》还需要补充和整理，便建议吴起来完成此书。于是吴起便在部下的帮助下，对《左氏春秋》进行了整理和补充，使它的内容更为充实，并完成了此书的编撰，为后人又留下了一笔丰厚的文化遗产。
正当吴起总结过去，展望未来，为魏国的千秋大业进行新的规划、设计时，不幸的消息传来了。快马来报，魏文侯病重，请他立刻回朝。吴起没有怠慢，他迅速将西河郡军政事务向手下作了安排，然后带了必要的随从和送信的使臣越过黄河，快马向东疾驰。
当他风尘仆仆地赶到魏文侯的病床前，文侯已气息奄奄。国君夫人和李悝等重要文武大臣，都守候在文侯的床前。文侯见吴起进来，脸上浮现出一丝笑容，他想挣扎着坐起来，然而身体支撑不住。李悝和吴起等人劝他躺下。他轻轻地拉着李悝和吴起的手，断断续续地说：“由于你们大家的全力辅佐，魏国有了今天这样的霸业。我本想励精图治，再创辉煌，统一中原，现在看来不行了。”停了一会儿，他接着说：“我死后，太子年幼，你们几个老臣要好好辅佐幼主，将魏国刚刚起步的各项改革推向深化，我想你们不会辜负我的期望。”说罢，文侯轻轻地闭上眼睛，放心地去了。国君夫人、幼主、文武大臣等禁不住号啕大哭。吴起尤其悲痛万分。明主去世，幼主还能像文侯那样重用自己吗？
正当吴起帮着继位的魏武侯料理丧事的时候，探马来报，秦军乘魏文侯去世，又向西河地区发动进攻。吴起只好辞别武侯，快马返回西河。在吴起率领下，魏武卒勇猛善战，很快击溃了秦军的进攻。魏国的西河地区仍然安如磐石。吴起一如既往地在西河地区深化李悝倡导的变法改革。
然而，就在魏文侯去世的第二年，即公元前395年，一代贤相、首创变法改革的大师李悝也去世了。得此噩耗，吴起悲痛欲绝。他和李悝同朝为臣，彼此相知，配合默契。现在李悝也去了，今后，魏国的变法改革如何推向前进？他仰天长叹：明主逝，知音亡，今后我吴起该怎么办？
他环顾朝野，无论就功劳、能力、威望、智慧，整个魏国没有人能比得上自己，魏国的局面也只有靠自己去艰难地支撑。吴起遵着文侯的遗嘱，当仁不让地肩负起辅佐武侯、全面主持国政的历史使命。此时的吴起正处在人生的黄金时刻。这年他四十五岁左右，年富力强，智谋深邃，名闻诸侯，功勋卓著。他觉得自己在各方面都已达到成熟的阶段。
他相信自己。相信自己能够像周公那样辅佐幼主，成为一代贤相，名垂青史。他相信武侯会在他的辅佐下成为一代明君，并完成帝业。对年轻的武侯，吴起竭尽全力去教导他，希望他能像其父亲一样，将文侯已开创的基业发扬光大。
武侯继位之初，深信父亲的才智，他知道只有继续父亲的既定政策和人事安排，才能维持魏国的发展。他了解吴起，知道吴起的战功卓著，特别是吴起在西河的政绩，造成了他人无可匹比的威望。吴起本身就是西河的稳定因素。而且朝中之事也要靠吴起的参谋、筹划。因此，他在继位之初，对吴起是相当尊重和信任的。
武侯在继位后不久，就派人将吴起召回都城议事。吴起奉召急忙赶回了都城，来到宫中，见到武侯便施礼问道：“不知主公召为臣回来，有什么调遣？”武侯答道：“并没有什么调遣，只是我刚刚继位，对国家如何管理心里没底，召你回来就是想问一问这改元的意义。”吴起点了点头，心里为新君能这么谦虚而感到由衷的高兴。吴起忙答道：“说到这个问题，一般来说新君刚刚继位，凡事要慎重。”武侯追问道：“慎重又怎么样呢？”吴起接着说道：“行为、举止要端正。”武侯又问：“那端正了又如何呢？”吴起说：“再就要明智了，如果不明智的话，又怎么能使行为、举止端正呢？要经常听取各方面的意见，然后对这些意见进行选择分析，这样就能达到明智的目的。”武侯听了这一番话，心想：我真没有看错人！吴起当真有治国安邦的本领。吴起见武侯不说话，便问道：“主公还有什么问题吗？”武侯一听忙说道：“你刚才说到要经常听取各方面的意见，我总在这宫廷里，怎么听取呢？”吴起想了想说道：“这个倒是不难，臣听说古代贤明的君主在刚继位时总是要让大夫们时常有机会同自己交谈，士人也能够见到自己，即使是最普通的民众的意见也有途径传递上来。主公何不效仿呢？”武侯频频点头说：“对！对！”吴起见武侯听得津津有味，就又接着说了下去：“还有，如果主公家族里的人对主公提出了什么询问，主公一定要给予答复。对从四周邻国来归附主公的人，主公不要拒绝。主公做到了这些，言路自然大开。”武侯聚精会神地听着，见吴起不说了，便说道：“广开言路就能治理好国家吗？”吴起解释道：“广开言路还只是一部分。另外对应该享受俸禄的臣子都要给予俸禄；不能乱用刑罚；心中要常存仁爱的念头；办事要先考虑民众的利益；要做到为民除害；这样，民众就一定会拥戴主公的。”武侯又问：“我还有什么要注意的吗？”吴起思索了一会儿，说：“还有一个方面，也很重要，那就是首先主公必须以身作则。接近的臣子，要有所选择。大夫们就不要再让他们兼别的官了。这些主公如果都能做好，那一定会将国家治理得井井有条的！”吴起说到这里好像忽然想到了什么，非常严肃地对武侯说：“主公还有一点要特别注意：千万别让大权集中到一家贵族的手里，那样对国家和主公都是非常危险的！”武侯听完说：“今天可真要谢谢你了，如何治理国家，我心里总算有了底了！”经过这件事后，吴起在武侯心目中的地位有了进一步的提高，这使武侯对吴起的意见和批评也能接受下来。
一次，吴起回都城进见武侯，正好遇上武侯召集群臣议事。武侯向大臣们说了一件事，然后要大臣们讲一讲解决的办法。于是大家就议论开了，这个说这么办好，那个说那么办更好，争来争去，也没能争出个妥善的解决办法。这时，武侯站起来说道：“好了，好了，先静一静，我说说我的意见，大家听听怎么样？”于是武侯就把自己的办法讲了出来，大臣们一听，还真不错，就纷纷地表示赞同：“还是主公这个办法好！”“这样实在是十全十美之策！”……更有几个钻营小人对武侯大进溢美之词，说什么“果然是主公英明之极，哪是我们这些作臣子的比得了的呢！”“主公真是神目如电，明察秋毫，我等自愧不如！”……武侯被捧得飘飘忽忽，脸上自然而然地露出了得意洋洋的神情。这一切都被吴起看在了眼里。
退朝了，大臣们三三两两地退出了朝堂。武侯也正准备离去，却忽然发现吴起还没有要走的意思，就问吴起：“你有什么事吗？”吴起一见武侯问自己，就回答道：“主公，我很少有机会回都城，这次回来想和主公好好聊聊天，不知主公愿意吗？”武侯本来就很喜欢和吴起聊天，因为在聊天中能了解到不少的治国之道。听吴起这一说欣然同意。这么着，君臣两个就在朝堂里聊了起来。聊着聊着，吴起问武侯：“主公，不知你听过楚庄王的故事吗？”武侯说：“哦？倒是没怎么听说过，楚庄王有什么故事吗？你讲讲！”吴起点点头说：“既然主公爱听，我就讲一个：楚庄王有一次和大臣们一起在朝堂上议事。楚庄王要大臣们讲讲一件事的处理办法，大臣们呢，有的在那里苦思苦想，有的倒是想出了办法，可那办法根本就不行。想来想去也没能想出个好办法来。楚庄王看大家实在想不出什么办法了，就把自己想的办法说了出来。大臣们一听，果然非常高明，纷纷说楚庄王的办法好。”武侯这时插进来说：“那是自然，要连这点本领都没有，还能当国君吗？”说着脸上又浮起了得意之色。吴起看了看武侯，微微一笑，说道：“主公听我讲完。”武侯忙说：“对，后来怎么了？”吴起就又接着讲了下去：“楚庄王听这些大臣都说自己的主意好，脸上显出了忧虑的表情。”武侯又插进来说：“这有什么可忧虑的？”吴起看着武侯说：“主公刚才问得好，后来楚国的大夫申公巫臣在退朝的时候也这么问了楚庄王。”武侯一听，急着问道：“那楚庄王是怎么回答的呢？”“楚庄王回答说：‘你不知道啊！当年商汤的贤臣仲虺曾经说过：如果自己出的主意，别的臣子都比不上，这样国家就会灭亡。况且我自己非常清楚我自己的才智并不高，可今天在朝堂议事的时候，大家的办法竟然都不如我的办法好，这么看起来楚国离灭亡不远了呀！这怎么能让我不忧虑呢？’”吴起说到这里停了一下，看了看武侯，见武侯似有所悟，便又说下去：“主公啊，古语说：诸侯得到了好的老师就能够称王，得到了好的朋友也能称霸，得到对自己的政策有怀疑的人可以确保生存，而自高自大就只能灭亡。当年楚庄王能为群臣的意见不如自己而感到忧虑，而主公你在大家的意见不如你的情况下，竟然面露得意之色，要是不能及时改正这一点，只怕魏国亡国的日子就不远了呀！”武侯一听，猛然起身来到吴起面前，向吴起拜了两拜说道：“你说得太对了，你简直就是天派来补救我过错的人啊！”自此，武侯总是能很好地听取别人的意见，再也不自高自大了。
过了一些时候，武侯带着一些大臣去魏国的边境巡视。他最先到了吴起镇守的西河，他想见见西河郡这片土地，在吴起的治理下是什么样子。
吴起很隆重地接待了武侯一行人，先带着他们看了边防工事，又领着他们观察了西河的民情，还组织“武卒”为武侯作了非常精彩的军事表演。武侯看后非常满意，随后又提出想乘船在黄河上游览一番，吴起便命人备下了一条大船，随武侯一同登船游览黄河。
