在满清统合北方的时候，南方的大明已经逐渐开始分崩离析，在赵平和朱媺娖建设江南的时候，南京城里的弘光镇不住手下的大臣们互相攻讦，想要召左良玉入朝，谁知左良玉沿江而下的时候突然去世，死因不明。清流们要求左良玉军队解散或是编入明军，左良玉的家人和下属为求自保，投降北岸虎视眈眈的清军。洪承畴和吴三桂已经解决了李自成和张献忠的残余势力，顺便说一下当初南明朝廷建立的时候，两个农民军领袖曾上表求官赦免他们，南明朝廷的清流们很硬气地要求二人自缚入京，解散手下的军队。张献忠很生气，直接去了四川占地为王，李自成则是被清军和南明军联合围剿而败亡，手下四散遁入山林。这时候左良玉的大军又投降清军，实际上西边已经落入了清国的手里，吴三桂和八旗高官们一起吞掉了陕甘宁川四省，南明只剩下长江下游和南方等地。
朱媺娖想要回去救弘光帝，被赵平阻止了：“公主不可，咱们没有兵力，现在江南建设到了关键的时刻，不能离开。而且，只有弘光政府倒台，我们才能重新扶持一个大明政府。”朱媺娖第一次对赵平发脾气：“赵大哥！当初没有救到父皇我一直内疚到现在，现在又一个大明皇帝即将被满清拿下，我怎么可以再见死不救呢？！”赵平还是拉住朱媺娖，对大家说道：“根据线报，满清大军不会攻城，只会围困，如果弘光政府坚持一个月，勤王大军就会赶到。只是，我估计里面的卖国臣子们已经和清军谈好了条件，只要大军围城，不日就会投降。”朱慈烺也发脾气：“不可能，我大明那么多读书人都在南京各地，总有忠臣会挺身而出保卫南京的。”
赵平放开了朱媺娖，拿出了情报给大家看：“从各地地下组织发来的消息，晋商和关宁军阀完全倒向清廷，北方的反抗活动明面的已经被镇压，我已让天地会的陈近南转入地下，他也会去广东等更南方的地方发展。现在必须保住江南，这里还有众多皇室宗亲和知府衙门，还有港口联通北洋南洋，最近海外有郑芝龙等发来接触的消息，我看这些海盗有很强的的实力，可以联合抗清。”朱媺娖心烦意乱，她项链上的亥猪发出明光试图安抚她的内心，朱媺娖带着徐长今和朱慈烺出去散心说话。赵平感叹道：“我没有这里人的感情和关系纽带，只会从利益出发考虑问题，看来要多考虑公主的心情。”木兹然和父母劝道：“这孩子不懂政事，更不知道咱们的用心，就是太善良了，所有人都想救，但是这是乱世，只能力所能及，以后还是要多历练。”
赵平已经叫墨家组织研制出蒸汽机的雏形，但是目前没有特别多的金属可以使用，只能等天地会的人去北方民间开掘各种金属矿藏。倭岛倒是有不少铁矿，但是目前海面没有南明的军舰，航路上还有北洋军、倭岛军、海盗等势力控制。赵平的情报很准确，南京地区很快在满清的包围下投降，朱媺娖姐弟最后想救出弘光帝，但是他要搬走自己的內帑才行，那可是整个皇宫的财物。姐弟俩差点被清军抓到，还是赵平亲自带队去解救才出来，弘光帝和史可法跟着一起，也只剩两人了。看到君臣二人，赵平背着手说道：“我建议你们放弃身份，做普普通通的百姓，现在乱世必须要有能力的人才能度过。”赵平给两人介绍朱慈烺和墨家巨子的身份，朱由菘和史可法都惊呆了，连忙拜见亲人，巨子和朱慈烺让二人听赵平继续分析。
赵平说道：“已经让人去准备了你俩的替身交给投降的南京朝廷，你们在南京已经证明了自己能力的确不行，接下来可能会有更多的朱姓王爷被推到皇帝的位置上，我的分析是没有人能够抵抗清军南下，不如赶快让他们接收，别误会，我不是要投降。恰恰相反，我是要让满清去当家，拖住他们的军队，有人打着大明的旗号就会继续战争。我们应该和老百姓一起发展经济。首先就是要种地保住粮食的产量，百姓们种地才能保全自己，想要反清可以打着团练反土匪的名义组织各地保安团。只要清军不公开抢劫，百姓的粮食可以自由交易。当然必须在没有大规模战争的情况下，若是满清真的丧心病狂到处屠杀，我们也要发动百姓造反。”见两人略懂，赵平重重握住史可法的手说道：“史可法，你也知道人才是一切的根本，有人才能传续文明，这场满清席卷大陆的战争，本质就是新贵取代旧贵的过程，老百姓多无辜啊，不要打着民族的名字去制造矛盾，他们披头散发就是蛮夷？我们束发长袖就是文明？谁能代表百姓的意愿呢，百姓只是想活下去，谁当家做主只要不是毁灭生活和生命，又在乎谁是皇帝呢？你们的历史书上那么多次改朝换代，也没见大部分人跟着旧国家一起死啊，不如赶紧保全实力，让皇权不下县，别忘了，满清只有十几万人，他们当家做主之后，只会很快融入这片土地，除非他们是想再回去做原始部落。”
朱由菘和史可法也真的被满清和南京那些水平低下的大明官员伤到了，默默无言，赵平让卫队给两人化装，教授民间的生活技巧，从此销声匿迹，变成老百姓去了。南京陷落之后，南明从此四分五裂，再无统一的核心领导机构。各地有野心的宗室纷纷自立，先后有杭州的潞王朱常淓、应天的伪太子王之明、抚州的益王朱慈炲、桂林的靖江王朱亨嘉等宣布监国，但都是昙花一现，数天后就被推翻。这期间赵平利用魔豆培育当地淀粉多的植物，比如芋头，还把魔豆里的植物引入当地，比如红薯土豆辣椒等。赵平经常穿着像老农一样在田间地头教当地老百姓怎么种植各种粮食作物和经济作物。因为没有参与南明政权们的交替，而且他一直和顺治帝联系，顺治帝也发出圣旨，暂缓江南地区的薙发令，反而让满清境内的商户去江南交易各种商品。
朱媺娖姐弟看着周围的宗室王爷不停互相指责对方不是正统，也蛮失望的，会见他们的使者时都会承认对方政权的建立，但是没有再承认谁是正统，因为他们的力量都太弱了，只有联合才能一起抵抗满清。但是各个藩王之间的拥护者们都不愿意服软，只好各自为战，赵平也只能不断提供援助给各地抗清的明国势力。赵平一方面给地主势力提供棉纱纺织的技术和产业，一方面又号召农民空闲的人口进城市做工人，两方刚开始还能融洽合作，时间一长，地主们要求增加工人和工作时间，农民和工人要求得到土地和休息时间。山东方面义和团的苏灿夫妇等人被袁世凯偷袭，明面上先锋队的人全部败退，暗中大部分人跟着于七在地下活动。于七的家族和袁世凯谈和，苏灿一家被送走，于七等人留在山东和满清周旋。
赵平已经知道朝鲜和天津卫和满清合作的消息，没有表现出太大惊讶：“毕竟他们和清廷那么近，而且我给他们留下不要轻易开战的锦囊，倒是倭岛那边，居然说要中立继续和多方合作，看起来明治那边有大臣在好好治理当地。”朱媺娖倒是在明国宗室间奔走，在她的撮合下，终于推举出一个藩王做新的大明皇帝，那就是鲁王朱以海。清军攻破南京，钱肃乐、张煌言等起兵浙东，郑遵谦、张国维等迎朱以海于绍兴，七月十八日，朱以海正式出任监国，并任命张国维、朱大典和宋之普为东阁大学士，不久又起用旧辅臣方逢年入阁为首辅。然而，由于朱以海没有自己的嫡系军队，不得不倚重方国安和王之仁这两位大将，他们两人率部抵达抗清前线后，立即接管了浙东原有的营兵和卫军，自称正兵，排挤孙嘉绩、熊汝霖和钱肃乐等人领导的义兵。此外，方国安和王之仁不顾朱以海反对，擅自把浙东各府县每年六十余万钱粮自行分配，结果浙东各地义师断绝了粮饷来源，大多散去，到最后连督师大学士张国维直接掌管的亲兵营也只剩几百人。
朱以海就任监国后不久就遇到了来自宗室内部的难题，早在他当监国前，唐王朱聿键就已经在福州称帝，即隆武帝。得知这一消息后，朱以海陷入了两难的境地，就皇室亲疏而言，他和朱聿键都是明太祖朱元璋的后代，同朱由检的关系相距甚远；从拥立时间上来看，朱聿键略早于他，而且已经称帝；就统治地域来看，朱聿键得到了除浙东以外各地南明地方势力的认可，而他只限于浙东一隅之地。很快，朱聿键派使者来绍兴，要求朱以海退位归藩。因朝臣中有不少人主张承认朱聿键的地位，朱以海不得已之下宣布退位归藩，于九月十三日返回台州。十月初一，主张承认隆武朝廷为正统的大臣开读了诏书。然而，在张国维和熊汝霖等人的坚持下，绍兴政权最终决定拒绝接受隆武帝的诏书，重新迎回朱以海。
在朱媺娖为大明宗室之间奔走的时候，朱慈烺对他们的亲戚们勾心斗角和愚蠢作为感到不满，于是劝姐姐不要再插手这些事，让赵大哥来解决。朱媺娖被宗室们吹捧和许诺弄昏了头，一心要拯救大明，渐渐疏远了赵平。赵平在各地奔走传授初步的工业和发展农业，也没空去管高层的斗争。但是南明政权四分五裂导致各地官府反复对底层征税和加重了兵役和徭役。赵平对这些家伙很不满，对朱媺娖说要注重百姓的休息。朱媺娖也没办法，到处都是满清的压力，一旦松懈就回有人献城投降满清，满清没有凭借兵力而是靠丰厚的奖励来让南方的大明各阶层松动分化，最后落入清国的统治下。顺治看见每天都有进展，更加倚重汉臣，封赏明国投降的官员。
南明想要依靠南下的原农民军，但是官员们都反对，搞得皇室很为难，赵平则是亲自去寻找那些农民军首领，想要结交他们。但是皇室和朝廷的鄙视还是让这些人不满，赵平解释道：“毕竟闯王当初进京导致朱由检先皇驾崩，然后满清趁机入关，诸位又抢劫各地富贵人家，现在朝堂之上又都是地主的代表，他们是不可能接纳农民军的。”以郝摇旗、刘体纯和李过、高一功为首的大顺军
首领嚷嚷着扬言要再次攻打明军。赵平联络了在前线抗清的将士，他们很乐意有新生力量加入，赵平让他们先把家属安顿好，有愿意北上前线的先整顿好军队再去，于是这些人在赵平的指引下做事。首领们带着健儿们先后进入湖南，与明湖广总督何腾蛟、明湖北巡抚堵胤锡联合抗清。农民军家人们被赵平接收，分散在各地，依靠成立的工会和农会开始生产和做工。说的那么轻松，其实也是花费了大量粮食和帐篷才能让农民军们安心，南明那边的朝臣不断攻击赵平是妄图勾结农民军作乱，赵平安顿好当地百姓后去了浙江述职。因为鲁王是在浙江上台的，政权中心从江苏转移到绍兴一带。赵平希望鲁王能暂时不要和唐王分裂，鲁王说两方各自背刺，现在已经没有联系人调节了。赵平只得表示自己愿意去找唐王的背后大佬大海盗郑芝龙议和。鲁王没有拨兵士和物资给赵平，只是一纸诏令，赵平和朱媺娖告别后带着朱慈烺几人坐船去寻找郑芝龙的舰队。
