数码历9991年8月3日。
逃脱封印的四圣兽青龙兽、白虎兽、朱雀兽、玄武兽携手下十二神将以及治下百万数码宝贝，与封印他们的罪魁祸首黑暗四大天王小丑皇、木偶兽、机械邪龙兽、钢铁海龙兽正式宣战！
数码历10001年
持续了近十年的混战使得作战双方都出现了大量的伤亡，但是战争并未因为双方的损耗而终止反而愈演愈烈，本来并未参合其中的数码世界其他势力不知何原因也开始互相掐起了架来。
神之队列、奥林匹斯众神、十斗士后裔等等大大小小的各方势力，只要见到非本方的数码宝贝不管以前有仇还是没仇只要见面就先放技能再说。
于是乎，本只是两方势力之间的仇怨最终波及了整个数码世界，每一天、每一刻、每一秒都有着一只只数码宝贝在倒下、化为数码蛋、孵化、进化在倒下……
终于掌管着数码世界秩序的世界树与掌管着世界平衡的恒常性坐不住了，在任由数码宝贝们在这样打下去数码世界崩坏只是时间问题，于是数码世界中的这两位无上的存在经过商议，最终决定派出各自的精锐手下出面准备用武力强制停止这一场无畏的战争。
虽然他们的想法挺好的但却是不知不觉间反而被卷入了这场世界级的混战……
数码历10001年9月7日
抵达龙之领域准备劝说青龙兽停战的公爵兽突然遭到四大龙的突然袭击，经确认已经死亡资料未收回。
数码历10002年1月
君主兽、领主骑士兽率领十万骑士兽前往天空城，欲用武力平定恶魔类数码宝贝与天使类数码宝贝双方战争。
不料反被对方联合群起攻之最终战败，君主兽、骑士领主兽下落不明，从幸存逃回的骑士兽口中得知，疑似发现七魔王之一的傲慢——光明兽：堕落形态的身影。
数码历10002年6月
究极V龙兽在回归世界树领域中途遭遇七魔王之一贪食——别西卜兽攻击，最终双双跌落时空间隙下落不明。
数码历10005年
由颅骨兽与八足马兽率领皇家骑士远征军在与钢铁帝国交战时，突然遭遇七魔王愤怒——魔神兽、懒惰——贝尔菲、贪婪——巴尔巴兽三大魔王的联手夹击。
最终八足马兽拼死自爆才让颅骨兽能逃回世界树领域，无奈颅骨兽回归已经是强弩之末无力回天只能先行收取其数据待日后恢复。
不幸中的万幸是颅骨兽回来之时也将自爆了的八足马兽数据资料也一同带了回来，已经与颅骨兽数据一同保存准备恢复……
接连的噩耗让世界树明白现在的局势已经不是自己能一手遮天的时候了，最终世界树决定使用武力强行收回所有数码宝贝的数据重建新的数码世界！
数码历10006年
世界树仅存的皇家骑士开始实施世界树命令。
其中作为皇家骑士军师存在的芳香兽，率领所有的圣骑士种数码宝贝组成圣骑士军团开始无差别攻击其他数码宝贝，以地毯式的方式开始收集其数据。
其中如果遇到强大数码兽阻拦则是由皇家骑士中的王牌奥米加兽出面击杀，收集到的数码宝贝数据则是送到世界树领域由金甲龙兽规整储存。
数码历10007年
事情并非一帆风顺，本是皇家骑士王牌的奥米加兽突然对本是同僚芳香兽出手一击必杀！同时还击杀了同行的恒常性手下调停者无限加鲁鲁兽，重伤胜利暴龙兽。
此消息由重伤的胜利暴龙兽带回，本来不相信此事的世界树在看到被带到自己眼前的芳香兽数据，也不得不出结论皇家骑士——奥米加兽叛变！
同年恒常性因奥米加兽叛变得出结论数码世界已经没有拯救的可能！于是恒常性与世界树决裂，开始唤醒帝历魔系统毁灭数码世界以此来达到所谓的平衡。
在恒常性做出毁灭数码世界结论的同时世界树也没闲着，他依旧坚持自己重建数码世界的想法，并消耗自身所有可用能量造出了拥有百亿亿数据的数码兽龙帝——艾可萨兽！利用艾可萨兽的庞大数据量开始分解整个数码世界！
于是数码世界两大至高存在的相互争斗下开始快速消失，一只只数码宝贝一块块数码地区或是被变为数据被世界树吸收，或是被帝历魔侵蚀删除。
数码历10009年
经过两年的吞噬数码世界已经可以说是不复存在，放眼望去要么是一片的虚无要么就是一片的紫红，至此数码世界彻底不复存在……
当艾可萨兽准备撤离此处带走世界树树时却遭遇了一位意想不到的对手，同样拥有百亿亿数据七魔王之一的嫉妒——利维亚兽！兴许是撞色了两个家伙见面就掐了起来只打的那叫一个天昏地暗日月无光，最后双双跌落帝历魔海洋中生死不知……
而世界树这边也同样遇到了危机，本来消失了两年的奥米加兽突然出现并高喊着“拯救数码世界！”向着世界树杀来。
最后在金甲龙兽的拼死保护下，世界树只来得及将所获得的数码宝贝数据压缩成一枚种子，交由一位数码世界拯救队成员带离这个世界就被赶来的奥米加兽摧毁……
