当路德发表他的《九十五条论纲》，抨击罗马教会兜售赎罪券的丑恶勾当时，响应者云集。随着他在莱比锡辩论会和沃尔姆斯帝国会议上的慷慨陈词，他的个人声望也达到了顶峰，他成了欧洲最著名的人物，获得了德意志各阶层的广泛支持。他们对他寄予厚望：贵族诸侯将它看作是摆脱罗马教会的政治控制和夺取教产的大好机会，骑士阶层认为他会帮助他们抵抗罗马教会和银行家的盘剥，保护他们的权益，人文主义者认为他开启民智，扫除了蒙昧无知，饱受欺凌和压榨的农民认为他是支持他们享有基督徒的自由的传道人，在他那里看到了摆脱教会的剥削，乃至一切阶级压迫的机会，一些对教会改革抱有希望的教会人士也认为他是一位秉持良心的好基督徒，并响应和效仿他的改革，甚至备受压迫的犹太人也在他那里看到了获得新生和解放的希望。但是他们最终分道扬镳。路德虽然在宗教和政治上反对罗马教会和贵族的腐败堕落，但是并不主张在这些方面采取激进的改革和革命，而只愿意进行适度的革新。事实上，在与罗马教会决裂之后，他的论敌已经不再只是罗马教会，而是他昔日的战友和支持者，他的主要工作就是防止改革矫枉过正，偏离他坚持的真道，走向极端，采取激进举措。他的神学思想及其偏执好战的性格使他做出了当时的人以及后人对之评价不一的很多事情，拉开了自己与异见分子的距离：他坚持两个国度的学说，要求信徒顺服世俗的掌权阶级，最终支持镇压农民运动，无意识地充当了贵族的帮凶；他放弃了过去所宣称的个人依据自己的判断选择信仰的主张，严厉对待持异见的宗教改革同侪，一直憎恨在改革上持激进立场的重洗派，并与瑞士的茨温理（Ulrich Zwingli）等改教家围绕圣餐礼展开激烈论战，导致了改教阵营的分裂；他反对人在个人的救赎上有自由意志和功德，并为此与北欧当时最著名的人文主义者伊拉斯谟激烈交锋，使得人文主义者疏远了他领导的宗教改革；他起初对犹太人的悲惨境遇抱有同情，然而终究无法容忍他们的倾向于善工的律法主义和靠现世的弥赛亚获得救赎的社会理想，最终严厉抨击他们，还提出了为人诟病、给他带来坏名声的一套惩治计划。
德国农民饱受压榨和欺凌，这是因为德意志是“教皇的奶牛”，罗马教廷总是向德意志分派各种“福利”，譬如赎罪券，结果钱到了教廷手中，而农民却变得更加贫穷，生计无法解决，精神更无法平安喜乐。除此之外，因为德意志四分五裂，各地诸侯贵族巧立名目，自设各种苛捐杂税，农民苦不堪言。一些贵族甚至将河流、森林等据为己有，不让农民捕鱼、狩猎和砍柴，这严重影响了他们的基本生活。无望的农民受到了路德发起的宗教改革的激励，起初热烈拥护他，把他看作是他们的同情者和支持者，将他所宣扬的基督徒的自由平等理解为人人在政治和经济上平等，要求社会公正，并从他翻译的《新约》中寻找他们需要的东西，譬如，基督爱一切穷人和被压迫者，财产应该公有，耕者有其田。
在这样激烈的阶级冲突的背景下，政治问题成了当时人们论争的焦点。此时，站出来大声说话的人是闵采尔（Thomas Müntzer）。他曾经听过路德的课，对他极其敬仰，称赞他是“榜样”和“灯塔”，说因为路德，他从福音中获得新生。当路德发表《九十五条论纲》时，闵采尔非常支持。1520年，经由路德推荐，他去茨维考做牧师，在那里推行改革。但是两人的思想存在着巨大差异。尽管与青年路德一样，年轻的闵采尔也受到了陶勒和德国神秘主义的思想的影响，但是路德后来抛弃了它们，或者更准确地说在新的基础上选择性地吸纳了一些合理因素，而闵采尔却没有，相反将它们推向了极致。他赞同中世纪的“千年王国”思想，并将它们发展为政治主张，认为作为未来的理想社会的千禧年即将来临，现在人们应该做的是进行暴力革命，在人间建立天国。路德一直关注的是罪人如何称义，与上帝和好的问题，而困扰闵采尔的则是是否存在着一个人类需要与之和好的上帝，他认为信仰本身就体现了人的神性，基督不是神，而只是人类的先知和榜样。路德将《圣经》奉为绝对的权威，而闵采尔认为《圣经》不是绝对的权威，这本成文经只不过是一本白纸黑字的书而已。在他看来，路德的上帝是隐匿的、沉默的，只透过没有生命的经文启示给人，而他主张基督的灵就住在每个人中间，人们直接听到上帝的话语。尽管二人都反对罗马教廷，要求改革，但是路德只是要求重新回到原初教会的信仰纯正的状态，废除破坏信仰和恩典的各种教规和陋习，并且要以和平、非暴力的方式进行改革，而闵采尔的主张更为激进，他很早就组织过反对天主教会的秘密团体，并且将宗教改革看作末日审判和千年王国到来的预兆，要求通过暴力手段推行改革，在尘世建立天国。面对德意志风起云涌的阶级冲突和对立，路德像他平息维滕堡的宗教骚乱那样在1523年的《论世俗当局的权力》中呼吁人们在受到不公正的待遇时要保持克制和忍耐，服从律法和当局。但是闵采尔却主张听从人民的呼声，采取激进的行动，改变现实，在人间建立千年王国，实现社会平等和公正。因此，路德与闵采尔的分道扬镳乃至冲突终究是无法避免的。
闵采尔在茨维考做牧师时接触到了在维滕堡骚乱中出现的茨维考先知这一组织，同情他们的境遇，并参与了该组织的活动。他在讲道中严厉批判神职人员，强调圣灵直接引导信徒，平信徒参与教会的管理，因而被驱逐，逃到布拉格。1523年，闵采尔做图林根地区的阿尔斯特德城的牧师，鼓动听他讲道的人杀死不虔诚的人，由此引发了人们捣毁祭坛、焚烧雕像的暴力事件。路德上书萨克森诸位诸侯，谴责闵采尔的过激举动，认为他没有体现出基督徒的仁爱、忍耐和热爱和平，宣称基督徒不可屠杀不虔诚之人和捣毁教堂的雕像，而要通过受苦和宣讲上帝的话语来赢得人心。不但如此，他还呼吁诸侯不要袖手旁观，要驱逐犯法者，防止暴力事件导致血流成河。路德的呼吁得到了诸侯的回应，他们将闵采尔驱逐出阿尔斯特德。闵采尔随后到米尔豪森鼓动和组织农民起义。
存在着一种历史习俗：城乡平民把他们的疾苦写成若干条款，然后向领主请愿，将条款递交给他们，希望通过谈判达成和解，维护自己的权益，减少疾苦。1525年2月，路德的追随者和一个皮货商遵循路德的精神，模仿他的话语起草了《施瓦本农民的十二条款》。其大标题是“教会官厅和世俗官厅的所有农民和佃农向上述官厅申述的根本的、公正的主要条款”，小标题是“谨致基督徒读者，愿上帝的平安和恩典经由基督赐予你们”。农民的基本要求可以概括为如下几个方面：首先，在宗教上，每个村区有权选择和任命自己的牧师；牧师有义务宣讲神圣的福音，而不添加人的东西，如果牧师行为不端，那么信徒可以罢免他；农民愿意交纳合理的谷物什一税，这些税钱用于支付牧师的薪资以及分配给穷人和备战，但是他们拒绝交纳小什一税（水果和蔬菜税）；因为基督用宝血解救和赎回了所有人，所以农民不是奴隶，而是与贵族平等的。其次，在经济上，农民有权狩猎、捕鱼、伐木；要减轻农民的负担，只征缴合理的地租，课罚农民要依据成文条例，秉公执法；村区草地和耕地归村区公有，私人不得侵占；废除缴纳死亡税。熟悉路德在沃尔姆斯帝国会议上的庄重申明的平民在最后一条中指出，他们拟定的条款都与《圣经》相符，如果当局依据《圣经》证明某些条款不合理，那么他们愿意取消它们。该条款声明，福音不是叛乱滋扰的原因，它并没有攻击政府。
尽管路德满意农民的申述合乎福音精神，和平地提出要求，并且认为他们的要求有其合理性，对他们的苦难境遇表示同情，但是他拒绝了他们的绝大多数的要求，譬如，对于农民要求选择自己的牧师的请求，路德说那得看农民是否付得起薪金供养牧师，而且还需要得到诸侯的许可，不过，他们不会同意。因此，他们的这个要求不会被满足，与其为此叛乱，还不如移居国外得了。路德甚至说农民要求废止什一税无异于主张公开抢劫，而要求废除农奴制的人完全误解了基督徒的自由，是要求把属灵的自由变成肉体上的事情。不但如此，路德在《论世俗当局的权力》中说世俗君王是上帝任命的，是他的“惩罚之手”，抗拒他们就等于与上帝抗争。他还呼吁农民不要使用暴力和发动叛乱，说那有违福音的精神，暴力和叛乱不能使人称义，必然导致谋杀和流血，手执利剑的人必然死于剑下。但是路德在《和平的劝谏》中也批判当局和贵族，说农民的要求是正确合理的，不幸的叛乱完全因为他们自己，他们终日游手好闲，穷奢极欲，欺压百姓，他们如此不善，与其说反对他们的是农民，还不如说是上帝，上帝愤怒了，要借农民之手惩戒他们。他要求他们善待农民，给他们一点生存的空气和空间。
路德的这种看似息事宁人、各打五十大板的方法令当局和农民都不满意。闵采尔抨击路德的和平主张，还污蔑他向诸侯屈膝投降：“正因为你在沃尔姆斯左右摇摆，贵族才没有杀你，反而释放你”，并且说他是“维滕堡的行尸走肉”、“王侯的谄媚者”、“谎言博士”、“猫脚博士”和“安乐椅博士”。在闵采尔看来，众诸侯以高利贷吮吸农民的血，侵占河流森林，而路德只会应声“阿门！”路德呼吁农民不要反叛，因为上帝已经把剑交给了当局，但是使用剑的能力却掌握在农民手中。不但如此，闵采尔还继续煽风点火，火上浇油，他扯起有彩虹标识和“主道永存”的标语的大旗，将各地的农民召集起来，自我标榜为“基督徒教友”，高声呼吁农民“冲！冲！冲！格杀勿论！”这些人到处抢劫，焚烧修道院和教堂，叛乱和流血正像路德预言的那样发生了。
各地频发的暴力事件和叛乱令路德愤怒，忍无可忍。因为闵采尔鼓动暴乱，路德已经对农民不再抱有同情，同时，他也不满别有用心的人士说他鼓动农民造反，担心改教事业会因此毁于一旦。因此，他在1525年5月出版的《反对杀人越货的农民暴众》中抨击闵采尔，说他是大魔鬼和撒旦的工具，只鼓励农民抢劫杀人。他还宣称公然反叛的农民不受上帝的律法保护，诸侯应该用血腥，而不是祷告赢得天国，他要求诸侯能“打”、能“杀”、能“刺”，因为“就像一个人必须杀死一条疯狗一样，如果你不攻击他，他便要攻击你和你的整片土地”。具有讽刺意味的是，当农民不满于自身所处的悲惨境况，要求用武力改变现实时，路德要求他们服从上帝的意志和当局，即使反抗也只能是消极的，进行祈祷和和平抗议，然而甚至当生命垂危的萨克森选侯“智者”腓特烈都认为虐待农民的统治者自作自受，应该把事情交给上帝，让他的愤怒加诸他们身上时，路德却跳出来，鼓励诸侯拿起武器，血腥镇压这些毫无战斗力的农民。无怪乎人们说路德的作品太善变了。
各地诸侯纷纷采取行动平息叛乱。在弗兰肯豪森，闵采尔带领的装备极差的农民军与训练有素的诸侯军队遭遇。诸侯使用诡计，假意向农民军抛出橄榄枝，说只要交出首领，就可以保证农民军士兵安全。结果农民军内部争吵不休，一片混乱，有些参与军队的贵族和骑士力主议和，于是，派人与诸侯谈判。诸侯同意停战三小时，要求交出闵采尔及其信徒便可以赦免其余人的罪。闵采尔鼓动农民军继续坚持抗击，并做了最后一次讲道，他说：“你们不要被那些行尸走肉吓倒了，要大胆地去攻击你们的敌人。你们用不着害怕枪弹，因为你们会看到，我会用袖子接收一切射向我们的子弹。”此时，天空恰好出现一道彩虹，而这正与农民军的军旗相似。闵采尔宣称这是神迹，借此鼓励士兵继续战斗，说上帝与他们同在，他不愿意与那些不虔诚的人议和，会保佑他们的，诸侯就要完蛋了。诸侯军做了一件不光彩的事情，他们违背诺言，在停战期限还没有结束时就用枪炮对农民军突然发起两面攻击。结果可想而知，农民军惨败，闵采尔的袖子并没有帮他们挡住子弹，多达五千农民军战士被杀，只有六百人被俘虏，闵采尔本人也被抓住处死。其他地方的叛乱陆续被血腥镇压。
不幸的是，因为路德那篇严厉斥责农民，喊打喊杀的文章出版得较晚，刚好在弗兰肯豪森的血腥大屠杀发生之时，所以，这篇文章使得各界人士倍感震惊和诧异，路德的名声也受到了不可估量的损失。有人讽刺他：“他点燃了这把火，现在又乞求诸侯去刺杀、殴打和杀死他们……当到处都燃起了熊熊烈火时，他又想去扑灭它们。”一些诸侯贵族诬称路德要对此负全责，而农民对他也非常失望，说他这位导师出卖了他们。批判声音如此之大，以至于6月他不得不写另外一本小书《有关严厉斥责农民一书的公开信》以消除对他的不利攻击。但是道歉和屈服不是路德的风格，他百般辩解，仍然坚称叛乱是最糟糕的事情，必须用武力镇压。他强调他的攻击并非专门针对农民，而是一视同仁地对待农民和诸侯，他也对诸侯军的滥杀深恶痛绝，说撒旦没有回到地狱，只是从农民身上转到诸侯和领主身上，他们为宣泄仇恨甚至凶残地屠杀已经投降和被关押的农民，地狱的烈火会烧掉这些残酷的暴君。
但是路德的努力收效甚微，对他的指责并不见少。支持罗马教会的诸侯要求他为惨剧负全责，并且以此为由指控路德派的牧师，排斥和禁止他们在其领地内传教。这次农民战争的后果是，农民受到了打击，希望破灭，变成了无角的公牛，此后沉默了三百年。经历了此事，很多农民不再同情和支持路德，他们在被他斥为“异端”的重洗派那里获得了慰藉和安慰。
重洗派是宗教改革的激进派，茨维考先知就是其中的一个支派。该派强调受洗之于基督徒的重要性，宣称只有心智成熟、能够自主选择的成人才能受洗，而婴儿不能受洗，因为前者能够清楚地认信基督教的信仰，而后者则不能。鉴于基督徒父母通常把他们的婴孩带到教堂受洗，该派要求，当这些孩子长大成人之后，如果他们真正认信基督教的信仰，那么，他们应该重新受洗，成为真正的基督徒。据此基督徒才可能建立起纯洁的真教会。他们还相信《圣经》对于基督徒的信仰及其教会组织有明晰的启示，每个信徒都被圣灵感动，都是传道人，都有宣讲福音和自由传道的权利。重洗派的信徒大多是下层百姓，他们很虔诚，重祷告和阅读福音书，为人谦卑，对其他宗派的信徒非常宽容，道德高尚，因而吸引了大批基督徒。他们在通常情况下是非常和平温顺的，反对战争，不过，重洗派的个别组织也曾组织和参与了叛乱。支持罗马教廷的势力和主张宗教改革的势力虽然关系如同水火，但是在镇压该派上却取得了惊人的一致。当时流行的一句话就是：“那些要受浸的，就把他们浸死吧！”该派的许多领导和平信徒被投入水中浸死。1534年，不堪沉重压迫的重洗派信徒宣称得到了上帝的启示，上帝不要他们再做被屠宰的羊，而要像天使一样用镰刀收割庄稼，他们占领了威斯特伐利亚的明斯特城，推行圣徒统治。
路德对于该派的立场前后有些变化。1527年，他对信仰重洗派的穷人残酷地被屠杀和烧死感到伤心和难过，认为每个人都有依据自己的判断选择信仰的自由，信仰不是强迫的，除非他们亵渎和煽动叛乱，否则，应该用《圣经》和神言来劝诫他们，而不是用武力和火来对付他们。如果他们信错了，那么，地狱之火自然会惩罚他们。但是在1529年的斯派尔帝国会议上，信奉天主教和新教的诸侯一致同意处死重洗派信徒。1531年，路德认为重洗派否定神职制度，非难牧师讲道就是亵渎，抵制真正的教理而宣传没有根据的教理，禁止婴孩受洗就是分裂教会和颠覆社会秩序之举，实属煽动叛乱。在1532年的《论秘密渗透的传道人》的信中，路德宣称主张人人可以自由宣讲福音的人已经成为撒旦的工具和被鬼附体的人，是在做撒旦的工作。如果一个信徒没有被呼召和按立为牧师，那么，他是不能自由宣讲福音真道，主持圣礼的。尽管路德在1536年甚至取消了爱好和平的重洗派与鼓吹革命的重洗派的区分，严厉斥责该派，说他们的主张和行为就是煽动叛乱，要求处死与该派相关的所有人员，但是在1540年的桌边谈话中他又回到了较为温和的立场，认为只有煽动叛乱的重洗派信徒才应该被处死，其余的则应该被驱逐。总而言之，路德对重洗派是非常严厉的，指责他们的激进举措背离了福音，混淆了世俗国度与天国的区分，废弃了基督教的和平和宽容原则。但是到底谁背叛了宗教改革最初宣扬的依据个人的判断自由选择信仰的原则和宽容立场，这却很难说。具有讽刺意味的是，宗教改革的重要意义就是反对独断专制的罗马教会，倡导不受外在的规范限制的内在自由的信仰，然而改教家却在倡导和捍卫自己的信仰的自由的同时却忽视乃至压制他人的信仰自由的呼声和要求。
