包括教皇在内的教廷高层与路德一样当时并没有意识到论纲的潜在威胁和危险性，教皇说它不过是德国的一个喝醉了酒的修士的呓语，等他醒了之后，就不会瞎嚷嚷了，而教廷的不少高层人士甚至认为那不过是多明我会与奥古斯丁修会之间的斗争而已。但是因为赎罪券买卖一落千丈，各地反抗教廷的声音高涨，与路德所属的奥古斯丁修会不合且在教廷掌握实权的多明我会对路德极其仇视，力主铲除“异端”，所以，教皇撤换了奥古斯丁修会的会长，要求奥古斯丁修会自行解决路德的问题，罢免他平生担任的最高职务：图林根地区奥古斯丁修道院的监督，以此警告和惩戒他，让他闭嘴。教皇的这一旨意最后传达给了奥古斯丁修会德意志分会会长施道比茨那里。
德意志奥古斯丁修会每三年举行一次修士大会，在这样的例会上，各地神父述职，大家会协商处理修会内部的一些事务，除此之外，还会举行学术辩论，为修会自认为是其创始人的奥古斯丁的学说辩护。按例1518年的大会将在4月25日召开，路德作为修会成员和神父理当前往述职，并且他还被指定为辩护人，将在大会上发言。施道比茨将教皇的旨意传达给了会议，不过修会的弟兄似乎对此并不太在意，很多人认为多明我会不公正地对待了自己的弟兄。施道比茨保护了路德，让他澄清自己的神学观点，消除修会弟兄的误解，但是为避免引起争论和敌意，他要求路德只对其《驳经院神学论纲》中涉及到的有关罪、人的自由意志和上帝的恩典的言论展开辩论。因此，那些希望路德这位因其反对赎罪券的论纲而闻名于世的弟兄在大会上谈论赎罪券的人肯定会失望，因为他根本没有谈论当时争论激烈的赎罪券问题，不过这提供了机会，使得人们知晓了他的神学观点。
路德的《海德堡论纲》共有四十条，前面的二十八条论述神学，剩下的十二条论述经院哲学。在哲学论纲中，他严厉地批判亚里士多德承认物质是自生的、不受限制的观点，贬低他而褒扬柏拉图，并指出运用亚里士多德的哲学来解释神学对灵魂有害。在对辩论所做的声明中，路德指出不仅《圣经》和神学著作，甚至自然哲学都不能从亚里士多德那里获得帮助。
除了列出神学论纲之外，路德还简明地陈述它们的含义，并具体解释第六条“人的意志在恩典以外是自由的还是受捆绑的？”。人的意志的问题是他始终关心的话题，他对它的最集中的论述出现在后面将要论述的他为了回应伊拉斯谟的《论自由意志》而作的《论被缚的意志》一书中。下面的论述主要考察了神学论纲部分对如下问题的解答：人的意志是自由的，还是被捆绑和束缚的？律法与恩典是何关系？因行善称义还是唯独因信称义？称义与善行是何关系？十字架神学（theologia crucis）和荣耀神学（theologia gloriae）是什么？有何区别？
路德赞同奥古斯丁的观点，认为人在堕落之前，其意志是自由的，能够自主决定行善，但是堕落之后，人的自由意志只是徒有虚名，因为此时它被罪捆绑和奴役，只能去作恶，而不能选择从善。既然罪人的意志被罪捆绑，处于罪之下，而罪的代价是死亡，那么，这种意志所做的工作纵然表面上看非常美好，然而都是恶的，犯了致死的罪，根本不是善行。
律法本来是关于生命的最美善的教导，是神圣、无瑕、真实、公义的，是上帝赐予人的一种人凭借其天赋能力不能达到的援助，用以推动人去行善，但是人在这种援助和外力的帮助下并不能行善，因为人的意志已经败坏，极其自私，在每件事情上都追求自己的目标和荣耀，不敬畏上帝，肆无忌惮地夺取本当是上帝的荣耀。既然人无法做善工成全律法，而律法又必须成全，那么这必然导致上帝对人产生愤怒，审判人，定他罪。因为人在律法之下总是被定罪，所以律法成了罪和死的律。这样一来，人就会彻底绝望，不再对一切受造物有信心。但人是否就完蛋了呢？不是。当人对包括自己在内的一切受造物感到绝望，承认自己所做的都是致死之罪，不再指望凭借己力获得救赎时，上帝就会认为这些罪是可宽恕的，将救恩白白地施舍给人。上帝的恩典充当了调和人的意志与上帝的律法的中介。但是上帝的恩典如何赐给人类呢？不是行善和遵行律法，而是凭借信基督而称义。信心使人与基督结为一体，合而为一，彼此拥有和承担对方的一切。人充满了罪恶而基督本身是圣洁、无罪的，但是藉着信心，基督承担了人的罪过，而有信心之人则享有基督的圣洁，脱离律法的诅咒和定罪。既然人摆脱了律法的限制，不会违反律法而犯罪，因而也必然不会按律法而灭亡。
人罪孽深重，不能靠行善和遵行律法而称义，而基督是神，能够成就上帝的一切诫命和律法，因而人藉着对基督的信心而称义，并且能成就他过去不能实行律法所要求的事情，行善，成全律法。具体而言，因为信，基督就活在他的信徒之中，而信徒成了他的器皿，他会鼓励和推动他们去做善事，而他们因为对他成就了上帝所命令的一切怀着坚定的信心，并感念他给予他们的恩典，所以会以他为楷模，诚心实意地追随他，效法他。因此，因信称义之后的人所做的工不是出于人自己，而是出于上帝，而上帝做工岂能不成，律法岂能不成全？
由上，我们可以看到律法与恩典的辩证关系。首先，二者存在着很大的差异，使人处于不同的状态：律法带来上帝的愤怒，使所有人都处在诅咒之下，令他们恐惧绝望，而恩典带来怜悯，使人因信称义，充满希望；行善和遵行律法不能使人称义，相反，人藉着上帝的恩典和对基督的信心就可以称义；律法规定人“要做此事”，然而该事却从未成就，相反，恩典要求“如此相信”，而各种事情都会成就；律法使人全然降卑，对自己彻底绝望，倒空自身，而上帝的恩典使人升高，充满了对救恩的盼望。其次，二者也存在着关联：人不能凭借己力行善和遵行律法而称义，而藉着恩典和对基督的信心称义，并因为信才真正行善和成全律法；律法的存在不是让人成全它，借以自夸，相反，是让人知道凭借己力，人无法做善工成全律法，人的行为只会遭致上帝的愤怒和审判，这样，人就会清醒地意识到自身罪孽深重，根性败坏，对自己绝望，跪下来向上帝忏悔，祈求他的恩典，把希望寄托在作为人的救恩、生命和复活的基督身上。总之，律法使人绝望认罪，而绝望使人祈求恩典，认罪会导致谦卑，而谦卑就能准备接受恩典。
人通常都崇尚自由，信赖己力，歌颂自信和自力更生的精神，但是当人们靠己力获得救赎时罪孽却加重了，相反，人通常贬低无能和自卑，但是当人承认自己一无是处，对自己彻底绝望，转而信靠上帝，将自己全部交托在他手上时，却能获得救赎，攻克己身。人喜欢夸奖和赞誉，希望无需付出辛劳和代价就能享受幸福和快乐，厌恶痛苦和折磨。因此，他们指望大能的上帝眷顾他们，直接赐给他们渴求的东西，并替他们排除一切令他们不悦的阻碍和负担，但是上帝却违背他们的心思意念，他颁布律法，严厉审判无力成全律法之人，定人的罪，将自己显现为严厉的神，不尽情理。只有这样才能使人绝望，不再凭己力和所谓的善行困兽犹斗，徒然挣扎，相反会虔诚忏悔，渴慕救恩，而这时上帝就会在人的呼求和盼望中赦免人的罪，称他为义人。上帝先使人降卑认罪，而目的却是使他成为义人，上帝的这种与人对他的本性的理解完全不同的做法却产生了完全合乎他的本性的事情，这就显示出吊诡和不可思议之处，违背人的本性、常识和智慧，而这恰恰是路德所主张的十字架神学的特点。在这里，路德首次提出了这个概念，并在以后的著述中进一步深化和发展它。不少学者认为这个概念代表了路德神学的精髓和本质，而路德本人也说“十字架检验一切”和“唯独十字架是我们的神学”。
十字架神学与经院哲学过去所崇尚的荣耀神学相对立。世人看重外在的东西，喜爱自以为是的美善而不喜爱丑恶，并且趋善避恶，趋利避害，好乐厌苦，顺应人的这种习性的荣耀神学就产生了。荣耀神学认为上帝的能力、智慧和善良的荣耀全部显现在他的创造之工上，它喜爱善工而厌恶苦难，喜爱荣耀而仇视象征耻辱和卑贱的十字架，喜爱强大而不爱软弱，喜爱聪智而不喜爱愚拙。与此相反，十字架神学认为上帝隐藏在十字架的苦难与羞辱之下，他在人不堪忍受和厌弃的羞辱、苦难和死亡中启示自身。
因为人的本性败坏，所以他依其习性所行的都是罪恶的，他以为美善的实质上都是邪恶的，而他仇视的十字架和苦难反倒是美善的，然而他却不自知，反而自认为把握到了上帝的旨意，洋洋得意。如果上帝顺应人，那么，人就会始终处于罪的辖制和捆绑之中，被习性和惯性裹挟中前行。世人凭自己的智慧既不认识上帝，上帝就乐意用人们当作愚拙的道理来拯救那些信他的人，在人性期待和顺应人性之处隐藏自身，反而在与人性背离和人性厌恶之处彰显自身，这就是上帝的智慧。为消灭“聪明人”的“聪明”，使人认识真道，认罪悔改，上帝故意违背人的习性和智慧行事，不在人以为上帝强大、聪智、荣耀和华美的地方显示自身，相反在人视为上帝的软弱、愚拙、丑陋、卑微的地方显示自己的爱和智慧。人们看重自己的行为和善工，而上帝反过来只让人们通过苦难去认识他。真正的神学及认识上帝之道在被钉在十字架受难的耶稣基督身上。十字架神学家认识到了这一点。他们不像荣耀神学家那样主张透过外显之物来清晰地窥见上帝所隐藏之事，相反主张透过苦难和十字架来理解上帝外显之物，认为除非人从受难的基督的十字架的谦卑和羞辱中去寻找上帝，认识到他的大能、恩典和慈爱，否则无人能在上帝的荣耀和权威中认识他。十字架神学赞颂十字架，厌恶人推崇善工并以此自傲。这是因为，当一个人还没有被苦难的十字架降卑，没有将自己看作是毫无价值和一无所有时，他不会将荣耀归给上帝，相反会归功于自己的善行和聪明。但是当他经历苦难而虚己之后，他就不再忙于到处去行善，相反知道他所做的善行并非出于他本人，而是出于上帝，是上帝在他里面做工，要按上帝的呼召行事。因此，如果他行了善，他不会因此自傲，自吹自擂，如果上帝没有借他作任何善工，他也不会感到烦躁，纵然要经受苦难，被十字架引导到卑微的境地，乃至于走向毁灭，也感到满足。
路德的论纲及其清晰的解说为他赢得了不少同情者和支持者，譬如后来成为了宗教改革领袖的布塞（Martin Bucer）、布伦茨（Johann Brenz）。布塞尤其尊崇路德，说他问答彬彬有礼，非常精通《圣经》和教父的著作，思想有使徒保罗之遗风，将伊拉斯谟遮遮掩掩的观点暴露于世人面前。
为应付教皇，路德同意了修会的要求，撰文解释《九十五条论纲》，将它和致教皇的道歉信一并呈交给教皇。路德对此行非常满意，毕竟他清晰地澄清了自己的神学，结交了一些朋友，他说，他步行来到海德堡，然而乘坐纽伦堡代表团的车回去。
