水门赶到水之国战场，止水对他也是十分敬重，见面就是鞠躬行礼。
“宇智波能有你像你这样强大的忍者是我们木叶的荣幸。”水门也是受宠若惊。
“我只是一个渴望和平的小市民哦。”止水笑了。
今天晚上部队集体吃炒面，水门班与止水鼬坐在篝火旁，正要挑起面条的水门察觉异样，拥有飞雷神仙人体的感知能力，察觉有人正在靠近，起身便往外围走，止水与鼬也紧随其后，躲在草丛后看见了前方两名宇智波的忍者被暗杀！且移走尸体...
看那些忍者的穿着是木叶暗部的制服，但是面具色彩更加浓烈，看来是“根”组织的，莫非....难道他们要挖走宇智波的眼睛吗...如此嚣张的残杀害自己人，真是让人愤狠，水门暗自分析道。
止水与鼬也看到了这一幕，即使水门没有说话，二人的聪明才智也不在水门之下，这一点还是看得出来的。
“水门哥...你说和平真的存在吗？”止水面露忧愁。
“有朝一日我成为火影了必将还你们一个公道。”水门握拳说道。
“真正的和平就只有看你了....”
“那是我牺牲性命也要保护的东西，无论村子多么黑暗我们也要带给他们光明。”
“那是我们共同的信仰。”止水坚定的说。
“谢谢你止水。”二人互相心照不宣。
无论“根”是个怎样的组织，竟在战争中残杀同胞，还打着保护木叶的旗号真是让人恶心！水门强忍着愤怒回到篝火旁。
这个让人寒心的夜晚，水门实在是夜不能寐。玖幸奈还好吗，三代大人到底是什么样的处境，这些问题围绕着现在的水门。
次日雾隐忍者溃败，局势一边倒，木叶忍者攻进了水之国境内，水影宣布投降并与木叶谈判，三代火影仁慈只是签订了水之国五十年不再进攻木叶的条约。
战争应该快到了晚期，水门班现在执行最后的任务，前往土之国切断补给线，让木叶赢下土之国的正面战争，并且保护周边小国。
水门刚到土之国的时候，水之国那方传来了求救信息，水影被暗杀...三尾被夺取...
刚与木叶签订契约的水影怎么会被暗杀呢？据说暗杀他的人拥有轮回眼...水门当然冒出了那日旗木佐云与他交谈的画面，莫非宇智波班已经行动了...水之国的情报是一头红色头发，而标致的红色头发应该就是旋涡一族的，玖幸奈也是如此，他告诉水之国自称佩恩！有一位紫色头发的女子，而轮回眼拥有无穷大的创世能力和灭世能力...
没过多久，以在忍者护额上划一道横向印记作为标志，以自称“佩恩”的忍者所主导的势力发动了雨隐村内战，这场战争半藏的军队被击败、半藏本人被杀并被灭族之后画上了休止符。雨隐村“半神”半藏被佩恩杀死，这个“哭泣的国家”常年不断的雨，由这位半藏创建，给予“三忍”称号的忍者半神竟也死在佩恩的手下！
佩恩在雨隐村建立了新的组织“晓”，成为了雨隐村的精神象征“神”，并且每个星期天都用他的强大忍术使得雨隐村不下雨，让村人感知自己的存在。
而这场内战的真相是雨忍村的首领山椒鱼半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕他们势力的扩大会威胁到自己的地位，所以半藏欺骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案，弥彦（与长门小南一起）答应了他的请求。
但是他们到了会谈的地点，才发现这是个圈套，半藏勾结团藏，在会谈地点埋伏，参与抹杀他们三个的还有木叶的暗部“根”。半藏以事先抓获的人质小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己...深知长门的轮回眼能够为世界带来变革，认为长门终将成为通往和平的桥梁，并甘心作为支撑长门这座桥梁的支柱。弥彦自愿撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁...又是团藏，为什么又是团藏...
在极度愤怒之下长门使出了轮回眼召唤出外道魔像，而这个轮回眼是年迈将死的宇智波斑死之前移植到了长门的眼中，长门的能力震惊了全场所有人。之后木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩恩，用来统率晓组织。
而背信弃义的半藏成为了他们复仇的刀下亡魂，效忠于半藏的全部忍者都被屠戮殆尽死无全尸...受过太多打击的长门将晓组织信念也改变了，他要让这个世界感受痛苦！收集尾兽创造出一个新的世界。
水之国向木叶求救，在木叶忍者波风水门的帮助下迅速平定了内乱，成立了第五代水影。
