至正元年六月初,大清英亲王阿济格,率领蒙古八旗一万人,满洲八旗一万人,汉八旗二万人,一共四万人绕道经内蒙古南下,攻打大同,由于没有带火炮,久攻不下,清军撸劫大同周边五万百姓,以及大量牲畜、粮食,扬长而去。原本多尔衮已经做好了联合吴三桂南下的准备,不料吴三桂投降了李天应,而且还把李自成打得大败,山海关也由李天应的军队接管。多尔衮非常恼怒,不久李自成逃往陕西,李天应的大军追击李自成,多尔衮认为此时北京周边兵力空虚,可以乘机打劫一番,于是命阿济格领兵南下。在北京城内得到消息的王明要带兵反击,但被众人劝阻,现在主力军正在陕西和李自成作战,北京城内只有二万五千步兵,没有骑兵和火器兵,出城作战就等于送死。王明再狂妄也不认为二万人在野战之中打得过四万满清精锐,而且这其中还有二万骑兵。最终王明也只能死守北京。
消息传到南京,京师振动,从民间百姓到朝廷君臣都认为这是奇耻大辱。但是也没有办法,谁叫那时候主力军正在陕西呢?时间到了八月份,李自成败亡,李天应重新部署兵力将前明将领大量调往南方,由李定国任华北军区,兵马大元帅,黄得功为西北军区兵马大元帅。王明为江南军区,兵马大元帅。陈大刚为西南军区兵马大元帅。郑开于为大同兵马副元帅,张民远为山海关兵马副元帅,陈进为京师龙卫军副元帅,王二虎为潼关兵马副元帅。等等吴三桂、姜嚷、王承英、唐通、白广恩等一些前明将领调往南方贵州、重庆、广西、四川以及河南等地驻防。西南有陈大刚坐镇,江南有王明坐镇,谅这些前朝武将们也翻不起大浪来。完成这些调动之后李天应开始迁都北京。李天应带着文武百官,和五万龙卫军浩浩荡荡前往北京。李天应到达北京后开始整改军队,整顿吏治。目前李天应有自己的亲信军队三十五万(包括五万龙卫军),还有从明朝投降过来的四十万明军(包括吸收的大部分李自成军中投降过来的士兵),李天应不想花钱养着这么庞大的,战斗力又差的前明军队,李天应决定裁军,而且是只裁撤十万前明军。这些裁撤的军队由朝廷提供农具种子,去种田,这遭到前投降过来明军将领的反对,乱世中谁的兵多,谁就更加牛逼。也更有安全感。但是也都不敢明确反对,比较李天应的理由很充足:“现在天下已定,不需要养那么多军队。”这也获得文官集团的支持,所以他们也只能遵从,由于不能再像明朝那样吃空饷了,所有军粮都是由地方文官押运到军营,发到士兵们手里,不经过军官的手,所以武将们失去朝廷的财力支持,光凭武将自己也养不起这么多军队。裁军后李天应总兵力是六十五万,三十万地方前明投降过来的军队和三十五万亲信军队。