能进行跨膜运输的都是离子和小分子，当大分子进出细胞时，包裹大分子物质的囊泡从细胞膜上分离或者与细胞膜融合（胞吞和胞吐），大分子不需要跨膜便可进出细胞。
细胞质：细胞膜包着的黏稠透明的物质，叫做细胞质。在细胞质中还可看到一些带折光性的颗粒，这些颗粒多数具有一定的结构和功能，类似生物体的各种器官，因此叫做细胞器例如，在绿色植物的光合作用就是在叶绿体中进行的。在细胞质中，往往还能看到一个或几个液泡，其中充满着液体，叫做细胞液。在成熟的植物细胞中，液泡合并为一个中央大液泡，其体积占去整个细胞的大半。细胞质被挤压为一层。细胞膜以及液泡膜和两层膜之间的细胞质称为原生质层。
植物细胞的原生质层相当于一层半透膜。当细胞液浓度小于外界浓度时，细胞液中的水分就透过原生质层进入外界溶液中，使细胞壁和原生质层比细胞壁的伸缩性大，当细胞不断失水时，原生质层与细胞壁分离，也就是发生了质壁分离。当细胞浓度大于外界溶液浓度时，外界溶液中水分透过原生质层进入细胞中使原生质层复原，逐渐发生质壁分离的复原。
细胞质不是凝固静止的，而是缓缓地运动着的。在只具有一个中央液泡的细胞内，细胞质往往围绕液泡循环流动，这样便促进了细胞内物质的转运，也加强了细胞器之间的相互联系。细胞质运动是一种消耗能量的生命现象。细胞的生命活动越旺盛，细胞质流动越快，反之，则越慢。细胞亡后，其细胞质的流动也就停止了。
细胞骨架是指真核细胞中蛋白纤维的网络结构，由位于细胞质中的微丝，微管和中间纤维构成。微丝确定细胞表面特征，使细胞能够运动和收缩？微管确定膜性细胞的位置和作为膜泡运输的轨道。中间纤维使细胞具有张力和抗剪切力。
细胞骨架不仅在维持细胞形态，承受外力，保持细胞内部结构有序性方面起重要作用，而且还参与许多重要的生命活动，如：在细胞分裂中细胞骨架牵引染色体分离；在细胞物质运输中，各类小泡和细胞器可沿着细胞骨架定向运转。
细胞骨架在20世纪60年代后期才被发现。主要因为早期电镜制样采用体温（0—4℃）固定，而细胞骨架会在低温下解聚。直到采用戊二醛常温固定，人们才逐渐认识到细胞骨架的客观存在。
细胞器：细胞中还有一些细胞器，它们具有不同的结构，执行着不同的功能，共同完成细胞的生命活动。这些细胞器的结构需要用电子显微镜观察。在电镜下观察到的细胞结构称为亚显微结构。
①线粒体
线粒体是一些线状小杆状或颗粒状的结构，在活细胞中可用詹纳斯绿染成蓝绿色。在电子显微镜下观察，线粒体表面是由双层膜构成的。内膜向内形成一些隔，称为线粒体嵴。在线粒体内有丰富的酶系统。线粒体是细胞呼吸的中心，它是生物有机体借氧化作用产生能量的一个主要机构，它能将营养物质（如葡萄糖，脂肪酸，氨基酸等）氧化产生能量，储存在ATP（三磷酸腺苷）的高能磷酸键上，供给细胞其他生理活动的需要，因此有人说线粒体是细胞的“动力工厂”。
