我们假设，人类是共生体，人体是个双子星结构，解剖生理系统与藏象生理系统都以人类生命作为质心在运动。然而，人吃五谷杂粮，天有不测风云，绝对的阴阳平衡只存在于理论当中，现实中更常见的却是阴阳失衡。
长期以来，人们并不知道人体存在一个独立的藏象生命体，许多一生研究中医的学者也没有将藏象系统当成一个独立的生理系统看待，所以在考虑发病机理时，也参照了西医学的方法，即病因直接针对病症：
但我们认为，中医并不是站在解剖系统的立场上，而是站在藏象生命体的立场来划分病因的，于是有了阴病和阳病两大类。但这只是在说病源、病因，并非一定要表现为疾病，这是因果关系，有原因未必有结果，但有结果者，必定有原因。病源是原因，疾病则是结果。
所有的人体疾病都是最后的结果，而不是直接原因。在中医里，解剖系统疾病的直接原因只有一个，那就是藏象生命体系统的失衡。无论病起于阴，还是病起于阳，最终都会首先作用到藏象生命体系统，当藏象生命体在这些作用力下失去平衡时，疾病就在人类解剖系统被表现出来了。因此，从广义上说，解剖形体的一切疾病都是藏象系统失去平衡的“象”。
中医发病机理图
从这个图上可知，中医病因（阴病阳病）并不直接针对人体解剖生理系统，它首先侵害的是藏象生命体系统，然后经过这人体的第二生理系统的扩散、转移、综合以后，再表现为肉体解剖系统的疾病。因此，我们所见到的一切疾病，都是藏象生命体系统不平衡的反映。
中医讲的藏与象关系，根据我们对中医理论的新理解，其实可以理解为原因和结果的关系，藏象生命体是“藏”，是直接原因，而疾病则是“藏”失去平衡后的外在表现，也就是中医讲的“象”。因此，所有的人体疾病都是象。正是因为如此，中医才能通过调节第二生理系统来治愈一切疾病。
长期以来，中医一直受到西医的指责：为什么中医的病因和病位缺少逻辑关系而讲不清楚？这是事实，因为中医存在一因多果，或者多果一因现象。比如说，中医讲“怒伤肝”，其实大怒之后可能并不仅仅表现为肝病，而可能表现出多种疾病。其原因就在于中间的第二生理系统的存在。
我们用光的原理来比喻中医藏象生命体系统与病因、疾病的相互关系。
自然界中，光有散射和凝聚两种性质，当一束光穿过一面分光镜时，它会分解成无数条光线，而当几束光穿过聚光镜时，它会聚成一束光线。决定光线改变的根本原因，不在光线本身，而在中间的物体性质。
藏象生命体系统处于病因与疾病的中间，它同时具备了分光镜和聚光镜两种功能，因此，当病因作用于第二生理系统后，会形成多种变化，也许是一因多果，也许是多果一因，甚至是有因无果：
从中医的基础理论框架上说，它不存在单一病因导致单一疾病的模式，因为中医至少有两种病因同时在作用藏象生命体系统，那就是阴病和阳病，而且它们来自不同的方向，阴病源自人类的肉体解剖系统，阳病则来自宇宙精气的变化。所以中医的病因和病位，关系极其复杂，病因很难准确与病位相统一。
中医病因、病位模式
在此之前，没有人提出藏象生命体系统的假设，我们不知道如何去规范中医的许多内容，所以病因与病位的统一问题，一直困扰着人们。我们认为，如果按照上述新理论框架去重新研究，中医的病因、病位问题完全可以说清楚。
目前全世界都在为健康下科学的定义，按照中医的理论，藏象系统——第二生理系统的健康最重要，它可以控制、决定人类形体、精神的健康。所以我们应该理直气壮地提出健康新概念：藏象生命体系统的平衡就是健康！
