拉丁教会本身也受到了这次精神复兴的极大影响。它发生了分裂，其幸存的部分也广泛地被更新了。
我们已经讨论了教会在１１、１２世纪怎样成为几乎所有基督教国家的独裁统治者，到了１４、１５世纪它统治人思想和事务的力量又是怎样地衰落下去。我们已经描述过那些早期作为教会支柱和力量的热心宗教的民众，怎样因为教会自大、迫害和集权而开始对抗它，以及弗里德里希二世如何因为自己的狡猾和多疑而造成了诸侯日益增长的不服从。教皇的大分立又将教会在宗教和政治上的权威缩小到微不足道的地步。现在，反叛的力量从两方面同时进攻。
英国人威克里夫的教义在欧洲广泛传播。到了１３９８年，一位有学问的捷克人约翰·胡斯在布拉格大学作了一系列关于威克里夫教义的演讲。这个教义迅速传播到受教育阶层以外，并迅速唤起了广大人民群众的热情。１４１４年至１８１８年间，为解决大分立的问题，在康斯坦茨召开教会全体会议。胡斯也应邀参加了此次会议，皇帝许诺保障其安全。但他还是被捕了，被宣判为异端并被活活烧死（１４１５年）。波希米亚人民不再平静，在该国引起了胡斯派信徒的一次起义，这是一系列宗教战争中的第一次，拉开了拉丁系基督教分裂的序幕。为了镇压这次起义，被选出的作为基督教重新统一的教皇马丁五世召集了十字军。
教皇对这个顽强的小民族共发动了五次十字军征讨，但所有的都失败了。１５世纪，欧洲的无业暴徒都加入了进攻波希米亚的行列，就像他们在１３世纪加入讨伐沃尔多教派的大军一样。但是与沃尔多教派不同的是，波希米亚的信徒相信军事的抵抗力。开往波希米亚的十字军只要听见胡斯军的战车声和远处传来的战歌声，就四散奔逃；他们甚至不等战争开始（如１４３１年的多马日利策之役）。１４３６年，教会在巴塞尔重开教会会议，与胡斯派达成了一项协议，拉丁教派实践中的许多特殊情况都被承认。
１５世纪，欧洲各地大瘟疫流行，社会秩序遭到破坏。在英国和法国，平民生活尤其困苦，这在民众中产生不满，农民常常奋起反抗地主和富人。胡斯战争以后，农民起义在德国境内大量增加，并带有宗教色彩。印刷术进一步推动了起义的发展。到１５世纪中叶，荷兰和莱茵兰的印刷工人已经掌握了活字印刷术。这种技术传入意大利和英格兰，１４７７年，卡克斯顿就在威斯敏斯特开始了印刷事业。其直接结果，就是《圣经》的大量增加和普及，这也大大便利了受欢迎的辩论的广泛传播。欧洲成了到处都是圣经读者的世界，其广泛程度是过去任何一个社会所没有的。在这个时代，当教会混乱和分裂无法维持之时，当诸侯们想方设法削弱教会对其领土内财富的控制时，一种更为清晰的思想和更容易接受的主张被灌输到人民的头脑中。
在德意志，反对教会的中坚人物是马丁·路德（１４８３－１５４６）。他以前是修道士，１５１７年曾在维登堡对各种宗教教义及仪式进行辩论。最初，他以学者的方式用拉丁文辩论。后来他采取了印刷品这种新武器，用德文写作，在民众中深远广泛的传播他的见解。虽然有人试图像迫害胡斯一样迫害他，但由于印刷品的发展已经改变了现状，他在德意志王公贵族中有大量的公开或秘密的支持者，因此，他幸免于难。
在这个思想混乱、信仰薄弱的时代，许多统治者认识到了切断他们的人民与罗马宗教联系的好处。他们追求使自己个人成为更民族化的宗教的领袖。英格兰、苏格兰、瑞典、挪威、丹麦、德国北部和波希米亚相继从罗马教会中分离出来。从那以后，这些国家一直维持着自己的独立。
但这些君主并不注重其臣民的道德和理智的自由。他们利用人民对宗教的怀疑和起义来巩固他们对罗马的反抗，然而一旦这种分裂实现了，建立了在王权控制下的国家教会，他们立刻就想控制这种民众运动。但是耶稣的教诲--直接呼吁正直，并且人的自尊超越任何的忠诚和服从，无论是世俗的还是教会的--总是有一种奇妙的生命力。所以，从罗马分裂出来的王权教会又分裂成许多更小的教派，而所有的这些教派无一例外，都不允许王侯或教皇干涉自己与上帝之间的关系。例如，在英格兰和苏格兰，有一些教派恪守《圣经》，作为其生活及信仰的唯一指导。他们拒绝国家教会的戒律。在英格兰，这些持不同意见者被称作“非国教徒”，他们在１７、１８世纪的国家政治生活中扮演了重要的角色。他们反对王侯担任教会的领袖，甚至在１６４９年把查理一世推上了断头台，英国在“非国教徒”共和制的统治下，维持了１１年的繁荣。
北欧脱离拉丁基督教会的运动，就是普遍所称的“宗教改革”。罗马教会的这些失败所产生的震撼和压力，在其内部产生了同样巨大的可能变化。教会被改组，一种新的精神注入到它的生命当中。在这场复兴运动中，领袖性的人物之一是一个年轻的西班牙战士，伊尼格·洛佩斯·德·雷卡尔德，世称洛约拉的圣·伊格纳休斯。在早期一段带有传奇色彩的经历之后，他成了一位教士（１５３８年），并获准创立“耶稣会”，试图将军事领域中慷慨和侠义的传统引入到宗教服务当中。耶稣会成了历史上伟大的教导和传道的团体之一。它将基督教带到了印度、中国和美洲，阻止了罗马教会的迅速解体；它提高了整个天主教世界的教育标准；提高了天主教徒的知识水平，唤醒了各处天主教徒的良心；它也刺激了欧洲的新教徒们在教育事业上更加努力。我们今天所知的那充满生气富于奋斗精神的罗马天主教会，大多是这次耶稣会复兴的产物。
