面对惨剧，南云忠一向大和号上的山本五十六大将汇报了情况，电文说道：“由于10：30分左右遭到美军轰炸机的攻击，赤城号、加贺号和苍龙号都遭受到相当大的损坏，我已转移到长良号，并打算在攻击敌人后，带领整个舰队北撤。”
此时，南云忠一的舰队已经支离破碎，威名赫赫的3艘航空母舰，赤诚和苍龙号还在燃烧中，加贺号已经沉没在太平洋的波涛里。
赤城号上，一支又一支损管队踏着刚刚倒下去的同伴的尸体前进，但是没过多久又被另一次诱发爆炸所击倒。热浪涌向了进气口，军舰底层的舰员因为缺氧而昏倒。带着青木舰长撤离命令而试图穿过火海的官兵一去不复返，机舱人员无一幸存。青木舰长不得不被迫下令全体人员弃舰，伤员被转移到汽艇上，舰上人员被转移到附近的战列舰和重巡洋舰上。但是由于当时山本五十六对战况还抱有不切实际的幻想，并没有下令将赤城号击沉，直到第二天凌晨，为了不使漂浮在海面上的赤城号被美军俘获，山本五十六才下令将赤城号击沉。
总共有4艘驱逐舰向赤城号发射了鱼雷，野分号驱逐舰上的古闲孙太郎海军中佐痛苦的说道：“当我用强大的新型93式鱼雷射击赤城号航空母舰的时候，我是多么的痛心啊！这艘航空母舰竟然成了我在此次战斗中唯一的战果。”，不过，当他说出这句话的时候，他可没想到，野分号作为日本联合舰队三大祥瑞之一中的补枪王，这种事情将来还会经常遇到。
把自己绑在船锚上，决心与赤城号上共存亡的舰长青木泰二郎海军大佐，在最后关头被规劝到野分号驱逐舰上撤离，没有杀身成仁。
而在另外一边的苍龙号航空母舰上，由于无法控制的火势越烧越猛，柳本柳作舰长被迫下令弃舰，苍龙号驱逐舰上的船员撤离到最近的驱逐舰上。在驱逐舰上的阿部兵曹发现柳本舰长并未撤离，不得不重新返回苍龙号航母。当阿部在苍龙号上发现柳本舰长的时候，柳本舰长正一动不动的站在站在燃烧的舰桥上，手握军刀，凝视前方，准备切腹。阿部反复劝说，也未能将柳本劝下。致死不从的柳本舰长高喊天皇万岁后切腹，最后尸体与航母一起沉入冰冷的太平洋。
血战至此，作为南云舰队唯一幸免的航空母舰，是海军少将山口多闻指挥的飞龙号。飞龙号总长227.35米，宽22.32米，型深20.5米，吃水7.84米，飞行甲板长216.9米，宽27米，满载排水量21900吨，和赤城号和加贺号由战列舰改装而成不同，飞龙号是日本帝国海军设计建造的第一型专用航空母舰。
在叶雄小队袭击其它3艘航空母舰的时候，飞龙号由于距离较远，原本要偷袭飞龙号的俯冲轰炸机未能飞到飞龙号就被日军的护航舰只上的高射炮给打了下来。山口多闻是日本海军首屈一指的航空专家，对海军航空兵的使用深有研究，被美军认为是和山本一样日本最优秀的海军将领。由于其优秀的领导能力使得在部下中具有极高的声望。公认为是继山本五十六之后联合舰队的继承人。在此危难之际，他接替了南云忠一的指挥权后，毫不犹豫的决定立即对美国的航空母舰展开反击。
海军大尉小林道雄率领20架俯冲轰炸机和8架零式战斗机从飞龙号航母上起飞，在飞往目标途中，他们发现了正在返航的约克城号舰载机编队。小林示意跟踪美军，不料其中3架战斗机飞行员自恃经验丰富，轻率的对美军飞机发起进攻，结果惨遭美军飞机的围攻，剩下的飞行员被迫前去参战，只有10架轰炸机突破了美军飞机的封锁来到了约克城号的上空。
当10架轰炸机俯冲而下，瞬间就被击落了4架飞机，但是还是有6架飞机成功投弹。其中1架飞机命中飞行甲板后，迅速被航母上的高射炮撕裂，第2架飞机则命中航母的升降机处，第3架飞机炸中船尾。另外3架飞机虽然也投弹成功，但是约克城号幸运的躲了过去。
约克城号身中三弹，舰身起火，锅炉气压下降，航母失去了动力。但是由于舰长和损管队在珊瑚海战役中积累了丰富的经验，很快就将大火扑灭，并恢复了船只的动力。巴克舰长特意升起了一副巨型星条旗，作为傲然不屈的标志。
这次进攻中，日军只有3架零式战斗和7架俯冲轰炸机得以幸存，小林道雄在此次战斗中中弹身亡。
返航后，日本的飞行员向山口多闻汇报道：“敌方有企业号、大黄蜂号和约克城号3艘航空母舰。”
山口多闻大吃一惊，他怎么也没想到，实力强大的日本联合舰队，转瞬之间只有1艘航空母舰对抗美军的3艘航母。面对美军的优势兵力，山口多闻没有退缩，他命令海军大尉友永丈市率领10架日军“九七”式鱼雷攻击机和6架“零”式战斗机进行一次孤注一掷地攻击。
当友永丈市来到约克城号上空时，由于约克城号已经维修完毕，航行速度和飞机起飞都受到影响，友永丈市以为这是另外一艘美军航母。这次约克城号就没有那么幸运了，两枚鱼雷连续击中了约克城号的左舷，并把舰舵给轧住了。两颗鱼雷的命中，令约克城号动力、照明和通讯系统悉数遭到破坏，船舷倾斜越来越厉害，航速也越来越低，最终整艘航母彻底失去动力，舰长下令全体舰员弃舰，弗莱彻和剩余船员被迫转移到附近的巡洋舰上。
就在日本飞机攻击约克城号的同时，一架美军侦察机发现日军飞龙号航空母舰，斯普鲁恩斯立即命令企业号、大黄蜂号航空母舰的30架“无畏”式俯冲轰炸机起飞，去攻击飞龙号。
