同治十二年（1873年）十月十九，案子移交到刘锡彤的亲家杭州市市长（知府）陈鲁手里。他翻阅原供，见杨乃武并未承认，就命人把涉案人犯案卷解府复审。十月二十，杨乃武和小白菜、葛品连的母亲等一干人等都被解送到杭州。刘锡彤亲自到杭州打点，解送杭州的原供都作了篡改。死者口鼻流血改为七窍流血；银针未用皂角水擦洗改为已用皂角水擦洗；初五给小白菜毒药改为初三。
军功出身的陈鲁本就看不起读书人，另外，在他眼里，杨乃武本就不是个好东西，于是，审问刚刚开始，他先还没有问，就给杨乃武上大刑。小白菜因有供在先，不敢翻供。葛品连的母亲大概是实在受不了杨乃武的惨叫，立即说她在葛品连死时，见死得可疑，即盘问小白菜，小白菜说是杨乃武叫她下毒的。陈鲁赶紧又给杨乃武上大刑，跪钉板、跪火砖、上夹棍，杨乃武几次昏死过去。一连几堂，杨书生实在熬刑不过，只得诬服，供称曾到小白菜家给她毒药。
陈鲁大笔一挥，写了结案意见如下：小白菜（葛毕氏）、杨乃武拟判为凌迟、斩首。
陈鲁严刑逼供，草率结案的事情立即哄传全省。杨乃武的姐姐杨菊贞决定一级一级向上告。谁知，因为官官相护，才过了两堂，即认定原审无误，照原拟罪名详报巡抚定罪。当时，身为浙江巡抚的杨昌浚和余杭县官刘锡彤都重贿其属下，结果以“无冤无滥”审结，按照杭州府原拟罪名判定，至此已铁案难翻，只要刑部回文一到，就要立即执行了。
杨菊贞入狱探监，与杨乃武商量，决定上京告御状。到北京后，杨菊贞向监察部（都察院衙门）提出控诉。谁知都察院问都不问，就将他们押解回浙江，仍交给巡抚杨昌浚审理。杨巡抚自然“铁面无私”，认为这已成铁案，根本就不用翻了。
但杨菊贞并不死心，再上京城告状。这一次，命运垂青了她，一个叫胡雪岩的大商人资助了她，并且给她介绍了一位浙江籍的京官——皇家秘书处秘书（翰林院编修）夏同善。当时，夏同善正在老家浙江丁忧。他的出现，为杨乃武日后冤案昭雪铺了一条道路。
杨菊贞二次进京后，由夏同善引荐，遍叩了浙江籍在京官员三十余人。夏同善与大学士翁同龢商量，得到了他的大力支持。夏同善还会同监察官（御史）王昕（浙江人）亲自上书，为杨乃武平反。
到了光绪元年（1875年）四月，朝廷终于派出胡瑞澜为钦差大臣负责审办。浙江省省长（巡抚）杨昌浚得知胡瑞澜到了杭州，就威逼利诱，说此案已经反复审问多次，无偏无枉，不宜轻易改动，否则引起士林不满，地方官吏今后也难以办事了。
胡瑞澜见此事真有难办之处，就委派宁波知府边保诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚世潼随同审理。这些官吏仍刑讯逼供，但虽经多次对质，大多供词仍属牵强，并且所供述内容的关键之处与原结案报告相差很远。
同时胡瑞澜等也查出了葛母的证言前后有矛盾，但没能彻底追究，竟以原审报告的罪名奏报结案。这样一来，原审各级地方官吏如释重负，这批湖南帮的大小官员弹冠相庆，设席宴客，认为从此铁证如山，不会再有反复了。
到了这个地步，许多人都认为，杨乃武一案已经不可能再变更了。可是，在京的浙江籍官员都认为杨乃武认罪一次就翻供一次，再加上他姐姐杨女士两次上京告御状，这其中必有冤情。尤为重要的是，这些人抱成团，已经答应了杨乃武的姐姐要查个水落石出，牛皮已经吹出，即使这件案子真是谋杀，他们也要作激烈的斗争。
此时，有一股民间势力开始向朝廷施压。这股势力是浙江的举人、生员和杨乃武的好朋友。他们联名向都察院、刑部提出控告，揭露此案，县、府、按察、督抚、钦宪七审七决，都是严刑逼供、屈打成招、上下包庇、草菅人命、欺罔朝廷，要求提京彻底审讯，昭示天下，以释群疑。
在京官员认为这件案子如果真是有冤情不得平反，不仅是杨乃武、小白菜两条人命的问题，而且是有关整个浙江读书人的面子问题。于是，夏同善、张家骧获得刑部侍郎袁保恒、大学士翁同龢等人的支持，向两宫太后陈诉冤情，要求将杨乃武、小白菜一案提京复审。
慈禧的介入，使得浙江籍官吏占了上风。刑部大审，开棺验尸，最终认定为葛品连并非中毒而死。
实际上，杨乃武与小白菜案件非常简单。但就是这么一个漏洞百出的案件，居然得到了整个浙江层层官员的认可，害得杨家把一个普通的刑事案打到了北京城才翻了过来。是一层层的官员智商有问题，还是余杭知县刘锡彤能力通天，能让各级官员都和自己站在一起？
都不是！
原因很简单，当时湖南籍官员遍布朝野，刘锡彤就是湖南人。湖南籍官员官官相护，明知是冤案，也得让它冤下去。因为一旦平反，之前审判的湖南老乡就要顶戴落地。为了保住湖南这条线上的各级官员，越来越多的同乡主动或者被动地被这个案子卷了进来，最终结成了一个庞大的权力集团。最后，浙江籍的官员抱成团开始反攻时，湖南籍官员终于抵挡不住，惨败。可见，官官相护的威力多么可怕。
官官为什么会相护？是因为兔死狐悲，大家都是一个战壕里的，如果总被人家连窝端，肯定不是好事。因此官场上也讲究“一个好汉三个帮”，也讲究“多个朋友多条路”。
所以再回到狄仁杰等人的案子中来，我们就能清晰地看出，那些官员没有我们想象的那么无私忘我，纯粹是为了消灭酷吏政治挺身而出。虽然也有为江山社稷考虑的崇高思想在里面，但真实的想法还是为了维护官员群体的整体利益。
陈子昂、徐坚、韦嗣立、魏靖、李峤、刘宪、张德裕等人的确让武则天大吃一惊。武则天吃惊的是不但有中央官员上书请求重新审理狄仁杰等人的案子，居然还有个副县长（徐坚）。这让武则天意识到，官员已经紧密地联合在一起，并且牢不可破，这是一张从下到上的网，如果她处理不好，很可能会被这张网给套牢。
愚蠢的政治家会坚持原则，而高明的政治家始终是在不断地处理人际关系。人际关系永远都在变化，所以，高明的政治家会跟随变化，来改变自己的立场。
武则天下令，成立专案组重新审理狄仁杰等人的案件。专案组成员的领导人是李峤、张德裕和另一位监察委员刘宪。三人经过详细调查与审理，证实了这的确是一桩冤案。但是，张德裕是个老政客，他发现此时从武则天那里吹来的风并不是那么和缓，也就是说，武则天成立这个专案组，只是堵一下政府官员们的嘴而已。
不过，张德裕是个“老油条”，根本不会把自己的心得说给李峤听，而是换了种方式。他对李峤说：“来俊臣在我们审理案子的过程中不慌不忙，他能如此淡定，凭什么？这很明显，得罪了来俊臣，大家必然要吃不了兜着走。”
李峤没有张德裕的官场智识，他看不透自己只是个角色，而不是导演。他教诲张德裕：“大丈夫眼睛明亮，怎么可以把看到的‘是’说成‘非’？即使前面遍地荆棘，我等也要披荆斩棘。孔子说，应该伸张正义时而退缩，就是胆小鬼。”
张德裕不置可否，在此时，他不能说坚决不做，因为向武则天要求重审狄仁杰，他也有份。他只是看透了这只是一出戏，但必须还要入戏，因为一旦他变卦，面对的可就是战友们的攻击。于是，在李峤的极力主张下，三人联名向武则天呈递了结案报告，认为狄仁杰等人的确是冤枉的。武则天看着报告，淡淡地问来俊臣：“这是怎么回事？”
来俊臣回答：“如果他们没有造反，为什么要写谢罪表？”
李峤刚要说话，武则天已怒，张德裕暗暗叫苦，果然如他所料，武则天在这个时候根本不想为任何人翻案！酷吏政治还要继续！
三人的结局已可预知，免去官职，发配到偏远之地担任闲散官职。
这批官场援手如惊鸿一瞥，昙花一现，狄仁杰等人在监狱里听到这样的消息后，彻底绝望。但是，官官相护的力量令人难以置信，如同在绝望之中才能迸发出超级力量一样，政府官员们再次合力向武则天发动了攻击。
寻找外援
有句俏皮话叫“外来的和尚会念经”。好像无论是政治场还是官场中有很多事，场里人不能解决，只要从场外请来一位外援，就万事大吉。
拯救狄仁杰等人的官员们在第一次失败后，并没有失去信心，而是发挥才智，让他们想到了剑走偏锋的一招：引进外援。
外援是个年仅九岁的孩子，没有留下名字，是前尚书省副部长乐思晦的小儿子。乐思晦在天授二年（691年）年末被酷吏屈打成招而处决，乐家上下除了乐思晦的小儿子被充为皇宫奴隶外全被处决。政府官员们能找到这样一个外援，可见用功之深。
经过政府官员的密切配合和努力，这个官场外援终于在武则天面前出现了。据野史说，这个孩子是趁武则天在后花园游玩时，突然猛地跪在武则天面前，要求说几句话。
武则天看到这个孩子眉清目秀，很是可爱，就让他说话。乐思晦的小儿子先是报了自己的姓名，又诉说了自己一家的结局，最后说：“我的父亲已死，我家已破，对于我家之事已经没有什么可说的了，只是为陛下之法被来俊臣等人玩弄而感到惋惜。陛下如果不信，请选择您认为没有谋反之心的人，让他书写自己的罪状，再把他交给来俊臣审理，他必然承认罪状！”
武则天闻听此言，脸色一变，她发现，酷吏政治的确可以让她以法律的名义铲除异己，但带来的负面影响却是政府官员绵里藏针的反抗。武则天何等聪明，她当然知道一个九岁的孩子不可能有这样的觉悟，孩子的背后站着许多官员。这群官场油滑之徒居然拿出了这样一个使她无法抗拒的方案。
官场中外援的力量所以强大，是因为外援跟官场中任何人都没有利益冲突，他的思想给人的感觉是没有偏向性，只是在陈述事实。一个表面上“公正”的人往往会得到敌对双方的信任。即使外援有着明显的倾向性，也很容易打动他所要进攻的目标。这又是因为，外援往往以情感因素打动对手，而不是像官场中人物那样以理服人。有时候，“情感”是冷冰冰的政治场和官场中的稀缺物。
武则天此时必须作出重大调整了。她第二次宣布重审狄仁杰等人的案件，并且做出公正的姿态：亲自担任审问官。
武则天在审问狄仁杰时，曾问了句来俊臣当初的话：“既然你没有谋反，为什么要承认谋反？”
狄仁杰实话实说：“如果不承认，早就死在酷刑拷打之下了。”
武则天又问：“那你为什么要写谢死表？”
狄仁杰莫名其妙：“没有啊，我从来没有写过谢死表！”
武则天让人把署名为狄仁杰的表拿来，狄仁杰看了一眼，说：“这不是臣的字迹，这是山寨的啊！”
武则天点头，发布命令：释放狄仁杰等七人，但死罪可免，活罪难逃，狄仁杰被任命为彭泽（江西彭泽）县令，其他人也都被发配到南方偏远地区担任县令。
政府官员们终于弹冠相庆，虽然这不是绝对的胜利，但在那种形势下，能保住性命已是不幸中的万幸了。
不过，狄仁杰高兴为时尚早，就在他被释放出狱，回到家里休养，准备到江西任职时，有人正在筹划着要把他赶尽杀绝。
此人叫霍献可，时任监察御史，他和狄仁杰有仇。当初，狄仁杰在得罪了武则天的宠臣张光辅被贬官时，途径汴州，由于当时身体不适，所以想在开封养病。结果，当时的开封县令霍献可追着他屁股驱逐他，要他马上离开汴州界面，狄仁杰当时恨的是咬牙切齿，发誓将来有机会一定要给姓霍的一点颜色看。
狄仁杰被武则天任为宰相后，霍献可靠着谄媚朝中大佬武承嗣而被调到中央做了个小官。时间虽然过去很久，但狄仁杰一直想着这个驱逐他的小子。实际上，狄仁杰对官场斗争这套把戏，自然也不能免俗，所以很长时间里都想报仇。但是，他始终没有找到机会。当时，武则天要狄仁杰推荐人才，狄仁杰脑子里想的都是霍献可。有次武则天在朝堂上突然问狄仁杰，可有了人选。狄仁杰晕头转向，突然嘴里就蹦出了“霍献可”三个字。结果，霍献可马上被武则天提拔为监察御史。
霍献可听说是狄仁杰推荐他之后，心慌意乱，不知道狄仁杰在玩什么鬼把戏，战战兢兢地去问狄仁杰。狄仁杰异常懊恼地说：“我当初很恨你，今天却推荐了你，这就是命啊，真不由人……”
别以为狄仁杰是神经错乱，或者是以德报怨。人在精神紧张时往往会做出令人难以理解甚至是啼笑皆非的事情来。
霍献可被狄仁杰推荐到极尊荣的位置，但并未感谢狄仁杰。霍献可是典型的官场猪猡，他永远站在权势最盛的一边，而且会为了站到那一边而做出丧尽天良的事来。狄仁杰被从轻发落后，武承嗣和来俊臣上蹿下跳，要求武则天把狄仁杰处决。武则天说已经下了命令，不好更改。这二人无可奈何，就把这一重要的任务交给了下面的喽啰，霍献可勇敢地接下任务。
武承嗣是武则天的侄子，有狠毒的心肠和对美好事物的先天憎恶性，他跟狄仁杰没有深仇大恨，但总是感觉狄仁杰是个祸害。而来俊臣对狄仁杰戳破他捏造证据一事深恨于心，霍献可分明感觉得到，这是两个狄仁杰最忠诚可靠的敌人。于是，他出击。但武则天不为所动，他就用脑袋撞地，撞得头破血流。每次上朝时，他都用绿巾包裹头伤，故意露出一块伤疤，希望武则天能看到他那“死谏”的忠心。
庆幸的是，武则天没有被他的“忠心”迷惑，狄仁杰就此躲过一劫。
