这时，一股以尊孔复古为主要特征的反动思潮，与袁世凯反对民国、反对共和的篡国勾当密切配合，喧喧嚷嚷，甚嚣尘上。他们恣意攻讦革命使“教化衰息，纪纲扫荡，道揆凌夷”，“纲常沦弃，人欲横流”，争先恐后地成立了“孔教会”、“孔道会”、“宗圣会”、“昌明礼教社”等一大批团体，摆出一副卫道的姿态，叫嚷必须“昌明孔教”。1913年8月，陈焕章、梁鼎芬等人联名向参众两院提出请愿书，声称中国“一切典章制度、政治法律，皆以孔子之经义为根据；一切义理、学术、礼俗、习惯，皆以孔子之教化为依归”。为此，他们要求在宪法中明确地“定孔教为国教”。章太炎对于这番闹嚷，早就抱有强烈反感，他敏锐地察觉到，在这类论调与要求之后，潜藏着居心险恶的政治阴谋。他在家书中谈到这股思潮时写道：“近又有人欲以孔教为国教，其名似顺，其心乃别有主张，吾甚非之。”为了给这股反动思潮以迎头痛击，这位封建经学殿堂的伟大拆散者和儒家学说的勇猛批判者在袁家宪警虎视眈眈的监视下，写出了《驳建立孔教议》一篇长文，发表于1913年9月25日及26日的《顺天时报》。
文章劈头就说：“近世有倡孔教会者，余窃訾其怪妄。宗教至鄙，有太古愚民行之而后终已不废者，徒以拂俗难行，非故葆爱严重之也。”就中国而言，素来便无所谓国教，“盖自伏羲、炎、黄，事多隐怪，而偏为后世称颂者，无过田渔衣裳诸业。国民常性，所察在政事日用，所务在工商耕稼，志尽于有生，语绝于无验。人思自尊，而不欲守死事神以为真宰，此华夏之民所以为达。视彼佞谀上帝，拜谒法皇，举全国而宗事一尊，且箸之典常者，其智愚相去远矣”。立孔教为国教，正是从文明倒退到愚昧去！
文章对孔子做了比之《订孔》与《论诸子学》为高的评价，说：“孔子所以为中国斗杓者，在制历史、布文籍、振学术、平阶级而已。”文章认为，鼓吹建立孔教者，其实并不了解孔子的真正价值与真实的历史地位。而一旦将孔学神化、宗教化，那就恰好歪曲了孔子的本来形象，并且，必定要在政治上产生严重的后果。汉代的历史便是鲜明的例证。文章指出，汉代自从“伏生开其源，董仲舒衍其流”，企图将儒学宗教化，特别是董仲舒，“以经典为巫师预记之流，而更曲傅《春秋》，云为汉氏制法，以媚人主，而棼政纪”，致使“谶纬蜂起，怪说布彰，曾不须臾而巫蛊之祸作”，其后，更发展为“或以天变灾异，宰相赐死，亲藩废黜，巫道乱法，鬼事干政”。前车之覆，后车之鉴，可悲的正是“今之倡孔教者，又规摹仲舒而为之矣！”
12月9日，章太炎在共和党党部会议厅国学会开讲词中，直接针对袁世凯指使“宪法委员会”正式提出“以孔教为国教”提案一事，再次公开驳斥了建立孔教的主张。章太炎毫不含糊地声明：“迩者有人建立孔教，余尝为《驳议》一首，幸不为智士弃捐。彼昏不知，犹欲扬其余滓，定为国教，著之宪章。虽见排于议会，其盗言邪说未已，犹不得不拒塞之。”在这一开讲词中，除继续说明将孔学宗教化的危害外，章太炎还特别说明：“孔教之称，始妄人康有为，实今文经师之流毒。刘逢禄、宋翔凤之伦，号于通经致用，所谓《春秋》断狱，《禹贡》治河，三百五篇当谏书者，则彼之三宝也。大言夸世……推其用意，必以历史记载为不足信，社会习惯为不足循，然后可以吐言为经，口含天宪。”而当前，侈言孔教，则不仅“于光复事状，既欲泯其实录”，而且必定发展到“冕旒郊天，龙衮备物，民国所必不当行者，亦可借名圣教，悍然言之”。
这篇开讲词，还专门驳斥了孔教可以拯救道德的滥言，明确指出：“夫欲存中国之学术者，百家具在，当分其余品，成其统绪，宏其疑昧，以易简御纷糅，足以日进不已。孔子本不专一家，亦何必牢执而不舍哉？欲以救道德之沦丧者，典言高行，散在泉书，则而效之，躬行君子，亦足以为万民表仪矣。若以宗教导人，虽无他害，犹劝人作伪耳。”
这次国学会讲学，是他的学生以为自己的老师“穷愁抑郁，既以伤生，纵酒漫骂，尤非长局”，商妥举办的。“报名听讲者沓至，袁氏私人受命来监察者，亦厕讲筵。讲授科目为经学、史学、玄学、小学，每科编讲义。”顾颉刚、毛子水、金毓黻等人都是这一次前来听讲受教的。今存金毓黻《国学会听讲日记》表明，章太炎在讲课时，始终未忘揭露和抨击建立孔教的种种谬说。章太炎在讲词中，还特别提醒人们注意愚民正是为了****，而****必定愚民。他说：“老聃之言曰：‘古之善为道者，非以明民，将以愚之。’斯言乃可谓洞见****之真相矣。何以知之？老聃尝言：‘知此两者亦稽式。’稽者，稽察也；式者，试验也。稽查两方之情形，而灼知其故，则****之威不得逞，愚民之术不得施。老氏之言，所以揭示****之真相。其所稽者至精，而所试者亦至巧矣。后儒谓老聃以愚民政策导人君，非真知老子者矣。”章太炎自称：“近以讲学自娱，昨已开学，到者约百人。此事既与文化有关，亦免彼中之忌。”事实证明，他的讲学并没有使他忘却周围现实的世界，而只是给他提供了在另一个阵地上继续向反动势力抗争的机会。
尽管吟诗写愤，日对百余青年讲学，使他孤寂抑郁的心情少许缓解，然而，“蛰居一室，都不自由”，这种生活毕竟难以忍受。眼睁睁看着袁世凯作为“腐败官僚之魁首”一步步将革命成果葬送，自己却无可奈何，他悲忧交集，无可解慰。他多次萌念，欲以一死对袁世凯及整个腐败****势力表示自己的不屈与抗争。10月初，他在给汤国梨的信中说：“都中豺狼之窟，既陷于此，欲出则难，纵躯委命，无此耐心，故辄愤愤，图自决耳。”他的这一念头使得亲朋故友都很惊恐，经多方劝解，他胸中更加抑郁，心绪更加恶劣。“先生居党部右院斗室中，朋辈过从极少……谈话既穷，乃狂饮，醉则怒骂，甚或于窗壁遍书袁贼字以泄愤。或堀树起，书袁贼无数纸，埋而焚之，大呼曰：袁贼烧死矣。”他还曾“拟效方孝孺故事，执丧杖，穿麻衣，痛哭于国门，以哀共和之将亡。为同人所劝阻”。
章太炎早就想破釜沉舟，以强硬的态度离京南归。可是，“治装数次，军警皆长跪相留。虽厉声诃叱，责以《约法》明条，彼亦俯首顺受，而攀留如故也”。他不得已，便一次次又被拦阻下来。转眼入京三个月了，他决定直接写信给军政执法处处长陆建章和袁世凯本人，断然宣布要离开北京。
给袁世凯的信，是8月抵京以来首次同袁世凯正面接触。信中首先说明，清失其鹿，民国肇兴，虽兵不血刃，百日告成，其根基却依赖于事先十余年经营之力，也包括他个人的努力，“躬执大象，以厉国民，涉险垂危，幸克有济”。信中接着说明，曩日孙中山“草创金陵，纲纪未具，政事少许凌乱”，“其于炳麟，有同义肺腑之亲，然犹奋笔弹射，无所回避”，现今政事，比之南京临时政府不可同日而语，若缄口不语，非但无以对民国，亦无以对孙公。此信正告袁世凯：四万万人所目睹者，好言美贿终不能蔽，“防民之口，甚于防川”。想用置他于死命的办法来钳制民口，必不能得逞。信中表示：“欲出居青岛，以反初服，而养疴疾。”“若大总统犹以为恨，未能相释，虽仰药系组，以从大命，势亦足以两解。”
这一封信公开刊于《顺天时报》，迫使袁世凯及其党羽不得不赶紧商讨对策。结果，先是由赵秉钧出面试探，要章太炎出任国史馆总裁；继而由陆建章本人出面，接章太炎出席由他与袁世凯之子袁克亮所设的晚餐，借口“国事未定”，要章继续留在北京，并重新担任总统府顾问；其后，又由总统府顾问钱恂与其弟钱玄同等接章太炎到西城根老娘胡同钱宅，商讨由章氏负责筹设“弘文馆”。所有这些，章太炎都很明白，它们统统证实“袁棍仍不放行”；而他也自以为“吾必有以制鳄鱼也”。11月25日，他便给袁世凯写去第二封信，尖锐地揭露了这些建议的实质，对袁做了辛辣的嘲讽。信中写道：
大总统羁之不舍，既使赵秉钧以国史相饵，又欲别为置顿。炳麟以深山大泽之夫，天性不能为人门客。游于孙公者，旧交也；游于公者，初交也。既而食客千人，珠履相耀，炳麟之愚，岂能与鸡鸣狗盗从事耶？史馆之职，盖以直笔绳人，既为群伦所不便。方今上无奸雄，下无大佞，都邑之内，攘攘者摸金穿窬皆是也，纵作史官，亦倡优之数耳。窃闻史迁、陈寿之能谤议，而后嗣乐于览观者，以述汉、魏二武之事也。不幸遇朱全忠、石敬瑭，虽以欧阳公之叹息，欲何观焉？今大总统圣神文武，咸五登三，簪笔而颂功德者，盖以千亿，亦安赖于一人乎？
这里，直斥袁世凯周围珠履相耀者，其实皆鸡鸣狗盗、穿窬摸金之徒，而袁世凯本人，也只不过是朱全忠、石敬瑭一类卖国小丑，坚定地表示了绝不同他们同流合污，更不会去充当他们的倡优。
关于设置弘文馆一事，信中提出：必须仿照法国研究院例，使之成为一个最高的研究机构；作为一个民间组织，应保持其工作的独立性；为保证其工作正常地进行，政府应每年提供数十万元经费。
章太炎在信中再次坚持出京，并正告袁世凯：“若絷维一人以为功，委弃文化以为武，凤翱翔于千仞，览德辉而下之，炳麟其何愧之有？设有不幸，投诸浊流，所甘心也。”为此，他限令袁世凯必须“于三日内答复”。
这是向袁世凯提出的一份最后通牒。袁世凯未作答复，陆建章所派遣的军警反而格外加紧了对章的监视。三日已过，章太炎整顿行装，准备自行离京，又被阻挡。不久，黎元洪入京，根据袁世凯决不让章太炎出京他去的旨意，极力从中转圜，企图说服章太炎接受主持弘文馆的建议。由于章太炎坚持先前提出的诸条件，迁延了一些时日，谈判终于破裂。宪兵逼迫，章太炎“终日默坐室中”。
转眼到了1914年元旦。这天清晨，章太炎给黎元洪一信，说：“炳麟羁滞幽都，饱食终日，进不能为民请命，负此国家；退不能阐扬文化，惭于后进。桓魑相迫，惟有冒死而行。三五日间，当大去。”同日，他又给钱恂写去一纸明信片，说：“此何年？吾将不复年！”表示了将不惜一死冲出牢笼的决心。钱玄同等赶到共和党本部劝阻，说：“弘文馆已有成议，何遽行乎？”章太炎正色回答：“袁世凯只能骗尔等，岂能骗我！彼岂真肯拨款以办弘文馆耶？”他以为，只要他以死抗争，袁世凯终将无可奈何。可是，他的学生们却深知侦骑四布，章太炎根本不能成行，然而，又劝阻不得。他们便于三日下午章太炎动身前，以饯别为名，纵酒骂袁，故意延误他的动身时间，使他赶到车站时，京奉车早已开出。章太炎从北京东站怅然而返，但坚执不回那座无形监狱共和党本部，“乃同张伯烈、李祖敬数氏赴华东饭店，声言明早定行，且约张等送之天津”。同行者见再用类似手法已无法欺瞒章氏，而又目睹“军警暗随者颇众”，担心章氏次日强行登车时会出意外，赶紧禀告黎元洪。黎立即回信，要求章太炎再逗留三日，“将有以报命”。章氏允诺。“至三日后，黎公答言：已与袁总统言考文苑事，袁极言赞成，因命陆建章前来接洽云云。迟之一日，陆尚未来。”章太炎对此淡漠置之。当晚，伴随章太炎的张伯烈等各自回寓休息，次日一早，章太炎就结清宿费，独自一人往总统府去了。
这天是1月7日，清晨8时，北京天色还未大明，只见章太炎“身穿一领油烘烘的羊毛皮袄，脚踏着土埋了似的一对破缎靴，手擎着一把白羽扇，不住的挥来挥去，又有光华华的一件东西，叫做什么勋章，不在胸襟上悬着，却在拿扇子那一只手大指上提着”，一摇二摆地来到总统府新华门前，声言要面见袁世凯。
是时，凡谒见袁世凯者，皆需在新华门外招待室守候，经招待员请示总统府秘书处获准后，方可得到袁氏传见。章太炎歪歪斜斜往招待室里头一张大椅子上一坐，立刻惊动了总统府的上上下下。袁世凯当然不想面对面从章太炎那里讨没趣，更不愿当着章太炎的面直接说明他对章氏去留生死的意见，所以拒绝见章，而令总统府秘书长梁士诒、国务总理熊希龄等出面同章虚与委蛇。章太炎对他们都不屑一顾，坚持要见袁世凯。他有时站起来在接待室内踱踱方步，有时伏在几上假寐，一直等到下午，眼见袁世凯延见他人，独不理睬自己，勃然大怒，索性大骂起来。卫兵请他低声些，他先摔碎茶碗，继而将招待室内器物击毁几尽，并着人将自己的铺盖搬进来，要在这里长住下去，直到可以见袁面质一切。这就是鲁迅先生所称道的：“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯的包藏祸心者，并世无第二人。”
图穷匕首见。到了这时，袁世凯也就撕去了面前的遮羞布。在陆建章指挥下，“突来兵卒多人，刀枪杖立，挟先生出府”，将他推入已经预备在外的马车中，由宪兵警察前后左右团团围着，簇拥着押往石虎胡同军事教练处拘禁起来。
