万历三十年，万历皇帝已经四十岁了，用万历自己的话来说，是：“年纪大了，开始步入中年了，精力不比以前了。”
这一年二月，万历突然得了一场大病，病来得很凶，差点死过去，幸好太医抢救得及时，才没有酿成悲剧。
养病之时，躺在病床上，万历百无聊赖之中，就胡思乱想，又跟小时候那样，思索起人生的终极意义和价值来。有时还叫太监念些老庄之类的消极读物，一边听着，一边反思自己的过去，觉得人世真不过是一场大梦。自病好了之后，消极沉沦，对什么事都提不起兴趣了。比如，以前对色情之事很感兴趣，生活作风很不严禁，不但跟众多的妃嫔、宫女乱来，还跟几个长得英俊的小太监搞同性恋，现在却逐渐冷淡下来；又比如，以前喜欢收藏古董，现在却觉得完全是在浪费时间和精力；再比如，以前喜欢到皇家花园狩猎，现在却觉得那是无聊之举，，纯属没事偷着乐。现在最喜欢的，就是跟一些还有点文化素质、阅读面广的太监和宫女讨论哲学、神学、宗教、历史等方面的问题。常常是一整天不上朝，跟小太监小宫女们讨论“白马非马”、“庄周梦蝶还是蝶梦庄周”、“一根针尖上能站多少个天使”的话题，也不管外廷的大臣们等他等得花儿都谢了。
由于长时间见不到他，大臣们都有意见，都说：“皇上怎么不上朝呢？虽然他是老大，但老大也不能每次都不露面啊！”
此时的元辅沈一贯也感觉到了万历的消极情绪，在一次奏疏中说：“皇上居深宫之中，不见群臣，百姓所谓可塞目掩耳，置人于拂理；臣等日出入长安门，势不能避儿童走卒，无非鞭策臣等之言；流离琐笔，无非感悟臣等之状。”
万历看了，却没有什么震动，也没有生气，只是懒洋洋地对身边的太监说：“告诉他，说我身体不舒服，需要静养一段时间，叫大家有什么事自行斟酌处理。”
由于万历在后宫跟太监宫女探讨形而上的问题，朝政便趋于萎顿，最明显的，就是中央和地方的政府官员长期不补，空缺职务越来越多。
主管人事工作的吏部尚书孙丕扬上书多次，请求万历把急需的官员补足，提到很多人事问题，比如管财政的兼管军事、管军事的兼管特许经营，甚至还有这个州县的官员顺便将隔壁州县的事务管起来，造成了很大的混乱。但这奏疏上去之后犹如泥妞入海，毫无反响。孙丕扬见万历对此无动于衷，心里也冷起来，觉得很没有意思，萌生退意，私下对好朋友说：“操，我这是热脸贴上冷屁股，自找没趣。这江山反正是他皇上的，不是我孙丕扬的，****这么多心干吗？他不干，我也不干了。”上书请求辞职。
孙丕扬辞职之后，人事工作更是没有人管：南北尚书缺三名，侍郎十名，科道官九十四名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名；全国御史巡行查务共十三处，缺员九处。到了万历三十三年，南北大臣缺一半以上，布政司、按察司缺官五六十员，知府缺员四五十员。到后来，内阁大学士仅叶向高一人。到万历四十一年，缺员情况达到极点，南北六部缺尚书、侍郎十四员，都察院缺员五名，仓场戎政及卿寺京堂缺十余名，总督、巡抚缺四名。
当时有很多大臣都等着升迁，眼睛盯着上面的位子好长时间了，但随着时间的流逝，还是看不到希望，越发对万历有意见，都在私下里发牢骚，说：“你皇上不提拔年轻干部也就算了，对这些年轻干部多考察一段时间也是对的，免得他们到了新的岗位由于经验不足犯错误，但我们这些老头子为朝廷工作多年了，一晃就到退休年龄了，再不考虑，怎么说得过去？”
可万历就是不考虑，这些老头也没辙。
万历消极的人生态度还导致了另一个结果，那就是党派之争越发激烈。
万历四十年，东林党与齐、楚、浙三党之间水火不容，相互攻击。国子监祭酒汤兵尹等老奸巨猾的人则躲在暗中挑拨群众斗群众，唆使众人与东林党人作对。凡是新进的言官，都被汤兵尹收罗到门下。户部尚书李三才与东林党领袖顾宪成交情很深，在朝廷中大力推荐东林党的人，导致跟汤兵尹等人关系紧张。虽然两人每次见面都很客气，还笑嘻嘻地问对方：“吃饭了吗？”或者：“今天天气，哈哈哈。”但一转身，都恶狠狠地朝地上吐口痰，骂：“******，什么玩意儿！”
由于汤兵尹手下的言官都不遗余力，纷纷上书攻击李三才，攻击对方的工作更到位，不让李三才有喘息的机会。李三才不是对手，实在受不了，只好甘拜下风，承认自己的失败，向万历提出了辞职。李三才辞职之后，汤兵尹立即召开了庆祝大会，把手下的人召集起来吃了顿饭，吃完饭后又到夜总会玩了圈。在夜总会玩的时候，汤兵尹一边摸着********，一边就对大家说：“我们在这场战斗中取得了胜利，这是大家的功劳，不过我在这里要提醒大家，我们不能麻痹大意，不能轻敌。他李三才这次失败了，谁敢说他以后不会想方设法再来对付咱们？还是前辈们说的，要痛打落水狗。我们要乘胜追击，让他没有反击的机会，要让他痛得永远忘不了，就像这样。”说着在********的胸前用力掐了一把，把小姐掐得尖叫了一声，直流泪。大家都大笑，说：“汤大人说得有理。”
于是在李三才辞职之后，汤兵尹的人继续对他进行弹劾。河南道御史刘光复上疏揭发李三才盗用皇木修建自己的私第，说：“居室连云，几于半州，所用木料，俱是先年奉旨差官解到鹰平木，几二十二万八千有零。”工部署部事右侍郎林如楚也向万历指出：“官木散失有因，言官指摘有据。”
这盗用官木可是不得了的大罪，李三才一听到这消息，马上淌了一脸的汗，上疏为自己辩解。但你一个已经下台的人，怎么斗得过一群在台上的大官呢？人家一到李三才家里实地勘测，便发现了他盗用皇木，侵占皇木厂厂基的事。李三才这下声名扫地，不但被汤兵尹的人幸灾乐祸，一般的大臣和老百姓也都看不起他，说：“搞半天一样是个腐败分子，真是狗咬狗！”
刚刚解决掉李三才的事，万历刚想歇歇气，准备跟后宫一个对神学很有研究的老宫女探讨第七日上帝为什么要休息的问题，可一桩针对皇太子朱常洛的“梃击案”又出来了，让万历大为头痛。
这梃击案的经过其实并不复杂：
五月初四傍晚，一个男子拿了根枣木棍闯入慈庆宫，到第二道门前，将守门的两个老太监打伤一个、吓傻一个（一个六十多岁，一个七十多岁，老得腰都直不起来了，还叫人家守门，实在有些不人道），又冲到前殿檐下，直奔太子住处。直到太子内侍带了七八个身强体壮的太监赶来，才将这男子捉下。
你万历可以不管朝廷的乱七八糟的事情，但人家针对你儿子的事你总不能不管吧？所以万历听到这事后烦得要命，说：“******到底有完没完？想安静一段时间都不行！”又皱眉头，叹气说：“怎么人一到这年纪就有这么多的窝心事！”
叹气归叹气，皱眉头归皱眉头，管却还得管。
万历下令将这凶犯张差捉到三法司提审。这张差有些疯疯癫癫的样子，供称自己是准备来京城申冤的，没想到误闯了慈庆宫。审问的刑部郎中胡士相等人依照“宫殿前射箭放弹投砖石伤人”这条法律将张差处以死刑。但有很多大臣不同意。比如刑部主事王心一就认为这里面疑问很多，不可能是一桩简简单单的“疯癫闯宫”案。在轮到他审问张差的时候，王心一便一改以往审讯官和颜悦色的模样，恶狠狠地对张差说：“你以为你后台硬得很，没人治得了你，是不是？我告诉你，趁早收了你这美梦。你知道你谋害的是谁？是当今的太子！谁有本事敢给你趟这趟混水？你老老实实给我招来，免得少吃苦头！”
