不停的战争、查士丁尼一世的大兴土木和鼠疫的后果给国家财政带来了巨大的压力。一部分居民因此陷入穷苦状态对查士丁尼一世内政最重要的事件是532年的尼卡暴动。出于对查士丁尼一世的高税政策的反抗以及保守派的元老的利用君士坦丁堡的两个赛车队和他们的支持者发动反对查士丁尼一世的暴动。查士丁尼一世当时已经以为他已经败了，打算逃离君士坦丁堡，但他的妻子狄奥多拉皇后决定决一死战。她派纳西斯与一部分暴动者谈判并说服他们支持查士丁尼一世，同时又派贝利萨留对暴动者的总部进攻。贝利萨留成功后对暴动者进行大屠杀，据当时的报道三万人被杀。狄奥多拉事后正式被提升为查士丁尼一世的共治者。从541年开始鼠疫在整个拜占庭帝国蔓延。查士丁尼一世本人也得病，他最重要的法学家特里波尼亚努斯甚至病死。这场传染病的后果对拜占庭是非常严重的：由于粮食产量的减少饥荒爆发，再加上战争和多次地震的发生使得整个社会上有一种世界末日的感觉。可能因此查士丁尼一世在他统治的后期对神学非常重视。他的政策深刻地变了。加上战争中的败绩他后期的政治比他前期的政治要被动得多。查士丁尼一世最大的功绩是将古罗马的法律编成一部法典。这部民法大全于529年发表。它提取了此前遗留下来的私人和公共的收集中的法律条文。533年查士丁尼一世又下令编写《学说汇纂》，其中收录了许多罗马法学家的法解释，同年《法学阶梯》也被发布，这是一部法学的教科书。最后发表的是《新律》，其中收录了法典被发表后施行的法律。这部法典代表着罗马法的最高成就，对后世大陆法系民法典的制定有着深远的影响。圣索非亚大教堂被大火和后来被一次地震摧毁后查士丁尼一世一再重建这座大教堂。安提阿被地震和后来被波斯人摧毁后查士丁尼一世也一再重建。查士丁尼一世还建立了许多堡垒来抵挡斯拉夫人和波斯人，但这些堡垒起的作用不是很大。在他的出生地附近他也大兴土木。这些土木工程都是用国家的税收来支付的，繁重的高税压力是导致532年尼加暴动的原因之一。查士丁尼一世在当时的教会中起一个重要作用，他本人写了多部神学着作，领导了教会会议。为了推动基督教的普及，查士丁尼一世于529年下令关闭在科学界非常有影响的雅典的科学院，因为在那里新柏拉图派的哲学思想占主流。在教会内部的派别斗争中查士丁尼一世未能达成一个折衷解决方法，最后他判提奥多拉也信奉的基督一性论为邪教，这样他加深了信封基督一性论的叙利亚和埃及教会与不信奉基督一性论的罗马和拜占庭教会之间的分歧。
查士丁尼一世对异教徒进行迫害，尤其在埃及南部。他的宗教政策导致了529年巴勒斯坦信犹太教的撒玛利亚人的起义。查士丁尼一世血腥镇压了这次起义。534年查士丁尼一世发表法律限制犹太教徒的权利。查士丁尼一世本人是一个非常虔诚的教徒。他严格遵守基督教的戒食规则。查士丁尼一世写的赞美诗“噢神唯一的儿子和神的词”至今是东正教的赞美歌之一。
在543年君士坦丁堡地区的教会大会上查士丁尼一世发表了十点反对俄利根的非正统见解的理由。这是与基督一性论之间的激烈争论的开始点。
为了解决这个问题查士丁尼一世于553年召开了第二次君士坦丁堡宗教大会，这是基督教历史上第五次全基督教会议，但这次会议也未能解决基督一性论的问题。
过去的历史研究将查士丁尼一世的统治时期看作希腊~罗马时代后期的一个黄金时代，现代的研究对这个定论提出疑议。对他的重建帝国的政策今天还有争论。查士丁尼一世漫长的战争将拜占庭的国库耗竭，用尽了拜占庭的资源。虽然如此，他统治结束的时候拜占庭无疑是地中海沿岸的霸权，但这个霸权地位的代价是非常高的。不但查士丁尼一世的外交政策，他的内政也越来越受到批评。尤其查士丁尼一世生前当时的人对他的政策批评很重。尤其普罗科匹厄斯在他的《密史》中对查士丁尼一世提出了深刻的批评。今天的历史学家主要争论的地方是查士丁尼一世的政治与他的前任查斯丁一世的政策真的区别有多大，以及查士丁尼一世的政策是否主要是出于实际便利的考虑而零时制定的。
查士丁尼一世时期基督教社会上普遍存在着一种世界末日的感觉。这与鼠疫的流传和多次自然灾害的爆发有关，公元500年前基督教社会也有过世界末日的期望（主要因为周年的缘故），但这个期望是否一直延续到查士丁尼一世的时期影响了查士丁尼一世时期的社会气氛在学术界还有争论。
从神学方面来说查士丁尼一世的神学见解一应已经逐渐接近中世纪的神学见解了。有人指责查士丁尼一世对基督一性论不宽容的态度使得帝国内部分裂，但查士丁尼一世本人可能正是希望以宗教的统一来获得帝国内部的团结。此外还必须说明的是在古代晚期对于教条定义的问题普遍被看作是具有决定性意义的问题。
在东正教查士丁尼一世和他的妻子提奥多拉（虽然她更加倾向基督一性论）都被尊为圣人。查士丁尼一世的纪念日是他的逝世日11月14日。
直到最近查士丁尼一世被看作是古代晚期一个明君，无疑他与戴克里先和君士坦丁大帝一样是罗马帝国晚期最重要的皇帝之一。作为一个影响深远的、统治时期相当长的皇帝要对他做出一个概括性的总结是不容易的。从许多方面来说查士丁尼一世在欧洲历史上都是一个从古代转向中世纪的过渡性的、代表性的和重要的人物。查士丁尼一世开始当政的时候帝国的主要特征还是罗马式的，但当查士丁尼一世逝世时它已经非常拜占庭化了。他将古罗马的国民主权彻底消除了，皇帝成为了君权神授的国家主权。但同时皇帝依然需要国民和军队的支持和同意。在法学和神学上查士丁尼一世的贡献是对后来的发展有深刻影响的。在对外政策上他的重建帝国的政策建筑在非常不稳固的基础上，查士丁尼一世死后不久许多地区就又已经失落了。向东在查士丁尼一世生前帝国就已经在为其生存而战斗了。查士丁尼一世只有靠巨资才买来了那里疆域的完整。在文化上古代希腊、罗马的文化在查士丁尼一世统治期再次繁华。拜占庭的城市至少到鼠疫爆发也非常兴旺。在行政上查士丁尼一世基本上保持了罗马式的行政结构。
对查士丁尼一世统治影响最深的自然灾害是540年代鼠疫的流行。这次流行大大减少了拜占庭的居民数目，也使得国家的收入受到了影响。此后查士丁尼一世的政策较之前的政策不那么主动和灵活了。
查士丁尼一世重建帝国的计划是最后一次复活罗马帝国的梦想，但他不是一个和平君主。他统治期间人们的负担非常沉重，在宗教政治上他也非常不宽容，虽然如此他的不宽容政策并未达到统一帝国的目的。
查士丁尼皇帝以集罗马法律之大成而着称于世，他所编纂的法典在他即位期间得到了实施。《查士丁尼法典》保留了罗马在法学上天才性的创造成果，后来成为欧洲许多国家制订法律的蓝本。也许没有哪一部法典对世界有这么持久的影响。
查士丁尼约在483年出生于今日南斯拉夫的托利希尔姆。他是查士丁一世的侄子。查士丁几乎是一个目不识丁的色雷斯农民，他是靠军队发迹才当了东罗马帝国的君主。查士丁尼虽然也出身在农民家庭，但却受过良好的教育，在他叔叔的帮助下成长很快。查士丁无后，便于527年任命查士丁尼为他的同位皇帝。查士丁在当年去世。查士丁尼从这时起到565年去世一直是独一无二的皇帝。
