法琳引申《汉书·艺文志》所言，进一步指出，儒、道二流只是归纳于“九流”之中，然而佛教教义旷达广被，不仅囊括九流，更是直达众生的烦恼生死之源。法琳还仿《汉书·艺文志》判别九流的做法，将佛教判为“九篆”：真诠、权旨、戒品、禅门、咒术、论部、注解、章疏、传记。所谓“真诠”，即是佛经“十二部”中“方广”的中心，尽将世间真理统归其中，比如《华严》、《涅槃》、《法华》、《般若》等经；“权旨”即是佛陀为教化众生的方便之说，比如“十二部”中的“譬喻、本事、本生”以及《阿含》等经；“戒品”则是佛教徒立身处事、求证菩提的轨范，比如天竺流行的《五部律》、中国传习的《四部律》等；“禅门”是佛教戒、定、慧三学的修心之纪，可以启发人们的智慧：“咒术”可以消除众生的罪业，达到摧邪立正的作用；“论部”则是佛教徒解读经文的作品，有助于综合、系统地了解佛法义理与修行次第，比如《发智》、《婆沙》、《成实》、《毗昙》等小乘论典，以及《中论》、《百论》、《十二门论》等大乘论典；“注解”是针对经典原文，只加注释，不做引申，比如道生、僧肇的《净名维摩诘经注》等；“章疏”则有举网提纲、拾遗补阙的作用，比如道凭、僧敷的《大品注》，觉爱、宝亮的《涅槃疏》等；“传记”是对佛教历史人物详尽的叙述，比如慧皎的《高僧传》等等。法琳的这种判教，只是针对“九流”而作，并未将佛教义理进行系统的剖析，所以对于后人研究判教学说的影响不大。但是，若将其用在此处，与儒、道二教相比，则尽显佛教义理的博大精深。
文中，法琳叙述了《般若经》的护国功德，指出佛教教义对于维护国家秩序的功能，以及国君弘扬佛法的效益；并且还将儒家“五常”与佛教“三归、五戒、十善、六斋”的功德进行比较，指出学习佛法、奉承教义与儒家礼教并无违背，足可以“立身辅化、匡国保家”；进而辩证道教所依据的经典多为三张（张凌、张仿、张鲁）以下之作，指出道经中所叙仙界结构是仿自“周官秦汉之制”；又假设“儒生”与“通人”、“开士”之间的辩论和问答，指出《道德经》与佛法的异同，并提出“易有六十四卦，道止当谦一卦”，应判道教归于儒流。
第二，《十代奉佛篇》。如果能让佛教在中国得以广泛的传播，自然离不开统治阶级的支持，然而往往会有道士以“崇佛于帝主无益”的观点来抨击佛教，以扩大道教的发展空间。傅奕曾作《高识传》，集魏、晋以来驳斥佛教者的言论事迹，列举了排佛人物共二十五人，制造“身负治道的王臣既多排佛，则佛教岂有益治道”的逻辑。此一篇中，法琳借“儒生”与“开士”之间的问答，列举了晋、宋、齐、梁、陈、元魏、高齐、周、隋、唐十代敬信佛法的帝王将相、三公宰辅、学士通儒等建寺、度僧、译经、得福的事迹数百例，以驳斥佛法无益说，远远超过了傅奕《高识传》中列举的数量。《十代奉佛篇》所举人物，有晋代帝王十人，信士、通儒、王公、宰辅等六十余人；宋代帝王三人，信士等十余人；齐代帝王三人，信士等五人；梁代帝王五人，信士等三十余人；陈代帝王三人，信士等二十余人；元魏帝王十二人，信士等五十余人；高齐帝王三人，信士等十余人：周代帝王五人，信士等三十余人；隋代帝王二人，信士等三十余人。除此之外，文中还详细记载了各个朝代寺院、僧尼、译经的数量，以及贞观四年之前唐高祖与唐太宗二人的弘佛事迹，为后人了解各个时期佛教概貌提供了宝贵的资料。法琳所引用的这些史料，主要是通过参考杜如晦的藏书而来，不仅被道宣的《释迦方志》和道世的《法苑珠林》所转载，而且也被后世的许多佛教史籍所征引。由于有关这些历史故实的书籍已经大部分佚失，使得《十代奉佛篇》对于后人研究佛教史提供了重要的史料价值，足可与《洛阳伽蓝记》媲美。
文中还收录了法琳的《宝星陀罗尼经序》和《般若灯论序》，记载了贞观三年三月至贞观四年四月，梵僧波频三藏于大兴善寺翻译佛经十卷十三品，并由慧乘证义，玄谟译语，慧明、法琳执笔审校的史实。同时还收录了法琳于武德元年仲春月上呈的《太极殿行道设千僧斋颂》和贞观四年上呈的《皇帝绣像颂》。这些记载对于我们了解法琳的事迹，提供了重要的资料。
太极殿行道设千僧斋颂
缅寻旷古，逖听元皇，时因作训，用智垂芳。
祈恩望秩，报德蒸尝，唯崇小祀，焉间大方。
未宏三教，但佩九章，膺期拨乱，粤我圣唐。
明达因果，端拱文昌，化侔十号，仁深百王。
律中仲月，时登少阳，下怜蠢蠢，上答苍苍。
式陈金阙，爰开道场，日宫照曜，星台焜煌。
空悬珠影，焰动轮光，云披玉宇，烟散名香。
供疑飞下，声含凤锵，麒麟表瑞，甘露呈祥。
功随劫远，德共天长，恩沾有际，泽被无疆。
命同元始，体类金刚，鸿基永永，降福穰穰。
皇帝绣像颂
缅以八树韬光，两河晦迹，匿王恋仰，铸锻而泻全身；迦帝翘诚，镕金而图具相，洎乎青精南度，白马东翻，像教都兴，灵仪遍踌，于是俨神姿以登私井，屈圣体而施明珠，光烈张桥，色流沪渎，示佩日于汉后，感挥毫于晋君，或顾步而蹑万山，乍徘徊而游梦渚。祯祥嘉瑞，兆自由来，未有刺缕图真，援空范状，我大唐皇帝，曩植四弘，夙资五德，神功迈于轩昊，至治美于成康，仁熏上玄，力侔大道。庆云垂彩，金镜含七曜之晖；瑞鸟呈祥，玉烛和四时之气，素发文身之长，俱请命于王庭；穿胸儋耳之酋，共献琛于魏阙，加以留心八正，笃意五乘，广运檀那，聿修净业，永言善逝，冥漠何追，爰敕上宫，式摹遗景，奉造释迦绣像一帧，并菩萨圣僧、金刚师子，备摛仙藻，殚诸神变，六文杂沓，五色相宣，写满月于双针，托修杨于素手。妍逾蜀锦，丽越燕缇，纷纶含七映之光，布护列九华之彩，日轮吐焰，蔼周客之丝：莲目凝辉，发秦姬之线，杨侯百里之珠，惭斯百福：子羽千金之璧，愧彼千轮，华盖陆离，看疑踊出；云衣摇曳，望似飞来，何但思极回肠，抑亦巧穷玄妙，以今岁在庚寅，月居太簇，三元启侯之节，四始交泰之辰，乃降纶言于胜光伽蓝，设斋庆像，四十九僧，三七行道，大秦红粟，备香积之餐；周穆金膏，陈梵王之供，四等福田，生生具足：六因善报，世世庄严，劫石碎而宝历长存，芥城空而皇基永固，不胜庆悦，轻乃颂云：
于铄上帝，天策我君，乃神乃圣，允武允丈。
就之如日，望之如云，祯符辉焕，美气氛氩。
光宅天下，攸序彝伦，体道回向，式建福田。
针裁赤果，缕制青莲。文含绮烂，彩夺霞然。
华疑迥发，盖似空悬，方诸踊地，迈彼腾天。
岁在提格，时旅青阳，奉遵徽命，爰崇道场。
十科星聚，八座霞张，风回雅梵，殿郁名香。
鸿基盛业，永永无疆。
第三，《佛道先后篇》。西晋道士王浮曾作《老子化胡经》，依据《史记·老子传》中“老子西出关，不知所终”的话语加以生发，捏造了老子入天竺变化为佛陀，创立佛教，教化胡人佛法的故事。后来，每每有道士举此《老子化胡经》，称道先佛后，以贬低佛教，从而抬高自己的地位。在《佛道先后篇》中，法琳继续借“儒生”与“开士”之间的问答，对这一问题加以详尽的论证。法琳首先声明：“智慧周遍的人，称之为圣人；圣人的教化不可测量，称之为神通。而圣人智慧的远近与教化的始终，是我们这些凡人无法穷究的。然而，非要因文解意，论证佛道先后的话，也并非仅仅如个别道士所言。”法琳继而援引佛道两家的典籍与历史文献，辨证了释迦与老子出生的先后，称“老在佛后隔十二王”，并明确指出《老子化胡经》乃是西晋道士王浮依《西域传》伪造而来。
第四，《释李师资篇》。武德七年，由唐高祖举行的三教论议中，道士潘诞曾奏言：“悉达太子不能得佛，六年求道方得成佛。是则道能生佛，佛由道成。道是佛之父师，佛乃道之子弟。”针对潘诞这种强词夺理的一席话，法琳指出：悉达太子所求的“无上正真之道”，与道家所说的“道德”不同。从古至今，讨论“道”的人很多，虽有“六书、七籍、三传、九流”等等的经典和论著，却都是师宗于《周易》。案《周易》所说。一阴一阳谓之道”，道即是“理、通、和、同”的意思。又案东晋殷仲文所说：“德者得也，道者由也。言得孝在心，故谓之德；由之而成，故谓之道。是以孝为德本。”东汉王充所著《论衡》中说：“立身之谓德，成名之谓道。”所谓“道德”的解释大概如上。而悉达多太子所求证之“佛道”，则是“妙色无形，理融真际；大音无说，体寂虚宗”，与道家所说虽有渊源，却并非一如。道士潘诞不明佛理，生搬硬套，正如夏天的虫子谈论寒冰的属性一样，如此的妄加揣测，不但毫无功德，而且获罪非浅。
接下来，法琳罗列了潘诞的五种罪过，即是：“妄奏轩陛，轻触天威，理合推绳，其罪一也；眯目朝廷，疑误信心，变正为邪，其罪二也：以无上大师，求域中小道，违彼经教，其罪三也；长未来之谤黩，党见在之邪朋，自误误人，其罪四也；既负誷圣之愆，必入无间之狱，尘劫受苦，其罪五也。”
除此之外，法琳还依据佛典讲述了佛陀为破外道邪见，权现六年苦行的事迹以驳斥潘诞的妄言，以正视听。并援引《元皇历》、《三洞经》、《西升经》、《化胡经》、《关令传》以及《佛说空寂所问经》、《天地经》、《须那经》中种种老子敬佛为师的事迹来证明佛为道师。比如，《三洞经》云：“佛是道父。”《老子西升经》云：“天下大术，佛最第一。”许多道教经典中亦称佛为“大道、太上、自然、正真、太极、无上”，这些词语均是道教中最极尊贵的称谓，老子对佛陀的敬重于此可见一斑。值得一提的是，法琳所引用的这些经典，多为道教所尊，则更加具备了说理性。
第五，《十喻篇》。卷六中的《十喻篇》与《九箴篇》正是为回应道士李仲卿的《十异》与《九迷》而作。在《十异九迷论》中，李仲卿从老子与释迦降生的先后与方式、弘法的范围与时间、教化的义理与学说，乃至相貌、服饰等等的因素来判定道教与佛教的不同之处，从而提出了“从生左右异一，教门生灭异二，方位东西异三，适化华夷异四，禀生天寿异五，从生前后异六，迁神返寂异七，贤圣相好异八，中表威仪异九，设规逆顺异十”的论点，其目的无非是鼓吹“道尊佛卑”的观点，所设论据依然没有跳出“夷夏之辨”与“纲常伦理”的樊笼。法琳假设“开士”之言，继续援引道家典籍与历史故实予以反驳，并别立“十喻”以答“十异”：一，从生有胜劣；二，立教有浅深；三，德位有高卑；四，化缘有广狭；五，寿夭有延促；六，化迹有先后；七，迁谢有显晦；八，相好有少多；九，威仪有同异；十，法门有顿渐。
第六，《九箴篇》。李仲卿提出了信仰佛教的九种疑惑，称之为“九迷”，多是依据佛教义理加以生发，也正是当时社会人们对于佛教信仰种种疑惑的总结，比如，佛法的感应、僧众的行持以及梵本的汉译等等。对此，法琳举“九箴”作答：一，周世无机；二，建造像塔：三，威仪器服；四，弃耕分卫；五，教为治本；六，忠孝靡违；七，三宝无翻；八，异方同制；九，老身非佛。除作“九箴”之外，法琳同时列举了道教信仰的疑惑，称之为“十盲”。由于法琳的旁征博引、论理清晰，使得李仲卿的论点无立足之处，加之此文的广泛流通，更使许多人对于佛教信仰的疑虑得以消除。
东汉五斗米道的创立者张陵曾作《老子道德经想尔注》，为现存《老子五千文》最早的注解，清末于敦煌莫高窟发现六朝写本《老子道德经想尔注》残卷。缺首章注。而在《九箴篇》第四箴中，法琳引有张陵此章释文，可以补佚。
第七，《气为道本篇》，法琳假设“考古通人”与“占衡君子”之间的问答，来辨明当时道教的信仰依据。
首先，通过《周礼》、《尚书》、《禹贡》等史书的记载，指出道教《大霄隐书》、《无上真书》、《神仙五岳图》、《灵书经》、《太上洞玄灵宝诸天内音自然玉字》等经典中的谬误之处，以印证北周甄鸾《笑道论》中揭露道教虚伪矛盾的文字。
