达尔文像以前一样，期待得到他的挚友、博物学问题方面的导师亨斯罗对他的搜集工作给予有益的建议和批评。达尔文将所收集的一切搜集物都给他寄去了。亨斯罗的住所成了这些搜集物的“大本营”。不过，亨斯罗的信有时一年，甚至更长一些时间还到不了达尔文的手里，这一点在“比格尔”号经常航行和难于事先知道停泊地点和对间的条件下是毫不奇怪的。达尔文特别焦急地等待着亨斯罗对他在1832年8月从蒙得维的亚寄去的有关他的搜集物的一些询问的复信。亨斯罗是怎样看待达尔文的搜集物呢？亨斯罗会不会说他所收集的搜集物太少了呢？而他却在大量研究地质学，并试图弄到圣地亚哥的每一种不同的岩石标本！有谁会尝试在炎热的太阳下比他搬来更多的岩石！而“当他一无所知的时候”，他该怎样在热带森林中对陌生的植物进行采选呢？他与其说关心所收集的动物形态标本的数量，不如说是关心把标本保存得更好些。标出并记下标本的自然形态和颜色，而不局限于采集的时间与地点，他这样做是否对呢？同年11月，当他把搜集物连同一些珍贵的化石标本从布兰卡寄给亨斯罗后，他在给亨斯罗的信中写道：“我急于知道这些东西的处境，并急于听到对寄去的东西的数量和种类的各种评论。”
结果，对所有这些他认为非常重要的问题的答复，在18个月后他才收到。亨斯罗1833年5月15日写了复信，达尔文于 1834年7月 24日才收到，而且是在瓦尔帕莱索同亨斯罗于1833年12月15日发出的另一封信一块收到的。达尔文总是不大相信自己的能力。由于这么长时间没有收到回信，一切全靠自己处置，于是就想象，可能由于他的搜集物非常贫乏而且没有意思，所以亨斯罗也难于作答。当达尔文在瓦尔帕莱索一下就收到亨斯罗的两封信时，达尔文是多么高兴啊！显然，亨斯罗对达尔文的搜集物所下的评语特别好，“达尔文一切荣誉感达到了最高峰”。当然，亨斯罗建议他把自己的搜集物的复制品寄来。达尔文虽然意识到这个意见是正确的，但是他辩白说，他在海上经常患晕船病，只有在特别好的天气里才安然无恙，所以不能工作太久。他写信告诉亨斯罗说：“我的笔记篇幅已很大，四大开的纸我都写满了，有600小页左右；一半是地质学，另一半是对动物不完善的记述；对于动物，我照例是描绘哪些泡在酒精中保存起来的标本中无法看到的部分或事实。”
像以前的一些信一样，达尔文在这封信中也是匆忙同亨斯罗交换对动物的各种各样的印象的。这些印象就是：关于他们以前未见过的长着摇晃的鸟头和迅速移动的长线状物的苔藓动物的类型，关于他们在热带潮湿土壤中发现的涂有鲜艳色彩的陆生真涡虫；关于他原来认为是水母，而实际上是一种结构极为复杂、“无法归入任何一个现存的目”的浮游动物科等等。这些情况是与地质考察、对自己考察的叙述，对未来的展望，以及对搜集物包裹的命运的关心，杂乱无章地交替出现的。达尔文给导师写信说：“我的这封信中向您表达了相当大一部分利己主义，但您会想起来，在博物学方面，我把您视为我的父亲，而儿子是要向父亲诉说自己的情况的……”
达尔文进行了多次考察，有时是远途的，有时是在瓦尔帕莱索郊区。极好的天气使他觉得很幸运。当然，这里的植物很贫乏；虽然盛开着许多散发浓郁芬芳的花朵，但昆虫和鸟儿却很少。这是因为这里经常刮南风，而不刮海风这一情况决定的。
10考察安第斯山脉
8月14日，达尔文为了考察安第斯山脉的地质结构而出发旅行。行前，他向费茨罗伊提出自己的打算：“舰长，我想攀登安第斯山脉，请您批准！”费茨罗伊听了摇摇头说：“这个山脉，山连山，峰连峰，一共有5 500英里长呢！它的最高峰有22 800英尺高，你怎么闯得过去？”达尔文坚定地握着双拳，表达了自己的决心：“我从来不跟着任何人的足迹走，我要走前人没有走过的路！”费茨罗伊被达尔文的热情所感动，给他派了两个向导、十头骡子和一匹马，组成一个登山队。
当他们爬到 4 000多米的高山时，达尔文发现了贝壳的化石。贝壳是海底动物，怎么会到高山上来呢？达尔文经过反复推敲，终于明确了地壳升降的道理。他激动地对同行者说：“看，这么高大的山脉地带，在多少万年以前，原来是一片大海洋啊！”
再往上登高，气候愈来愈冷，空气愈来愈稀薄。每走一步，就要喘一口大气。最苦恼的是东西煮不熟，烧了半天，水还是温的。土豆还是生的，但水已经化为蒸汽，烧干了。他们忍受着难以想象的困难，一直登上了安第斯山的最高峰。
“啊！美丽的大雪山，你已经在我脚下啦！”达尔文高兴地遥望着苍茫的大地。忽然，他又掏出笔记本来，记录着新的发现。原来，山脉的两边，植物的种类并不相同：即使是同一种类，样子又相差很远。它们为什么会有明显的差别呢？一个新的理论假设，倏忽跃进了达尔文的大脑：物种不是一成不变的，而是随着客观条件的不同而相应变异！
达尔文在通往基尔奥塔河谷的归途中，翻过了契里考昆山山脉，那里溪水旁的沟壑上长着许多常绿植物，从山巅之上俯瞰基尔奥塔河谷，它坐落在一群光秃秃的高山之中，景致美丽如画，还有橙子树和橄榄树果园。达尔文翻过了契里考昆山，就住在钟山的山麓之下。
智利的海岸与科迪勒拉山脉间的地带，被几条与主脉相平行的小山脉分割开来。在这些山与山之间的一些窄狭平坦的盆地里，也有一些重要城市，横向的平坦的河谷原来都是海。这里的盆地和河谷的外貌当时与火地岛的地质相似，也有大量的海峡、河渠、海港和海湾。许多急流流入大海，使智利平原变得特别肥沃：那里种植着小麦和玉米，果园里栽培着桃树、无花果和葡萄。
8月16日，达尔文雇了一名向导和几匹强壮的马匹，登上了海拔约1820米高的钟山。钟山南坡上长着一片竹林和一些与众不同的棕榈树，树身很粗，最粗的地方是树高的一半。居民们经常取出这些棕榈的树汁作为糖浆食用。
晚上，在河旁的最高处宿营，天气非常晴朗，空气洁净，在13公里地之内，可以看见停泊在瓦尔帕莱索湾的船只上的一根根桅杆，恰似一条条细线。翌日晨，他们到达山顶，在那里呆了整整一天，往山巅之西眺望，便可看到智利，智利就像呈现在地图上那样清楚，往山巅之东眺望，便可看到安第斯山脉，该山脉有一相当平直的山脊，在雪线的左边向前延伸，只是有时被一个个孤立的圆锥形的火山中断。
8月18日，达尔文下山，穿过靠近基尔奥塔和圣费利佩这两个小城市的美丽如画的河谷，继续往前走。第二天晚上，他到达位于主要山脉侧面的哈胡耶尔铜矿场，在那里呆了五天。
以前智利开采铜矿的方法特别原始。在达尔文访问之前，外国人曾作了两项根本改进：一是从炼过矿的熔矿炉里，把矿渣掏出来，再加以淘洗，这就可以得到大量的金属；二是开采黄铜矿石，这种矿石当地矿工起初是把它扔掉的，尽管他们并不怀疑从中可以得到许多铜。达尔文在这里考察了矿山的地质结构，可是积雪堆积和初起的暴风雪，使他不得不从考察途中提前返回，他本来打算上山去考察的。
11考凯纳斯温泉
8月26日，他又上路到智利首都圣地亚哥去，一路之上尽情观赏被大量的才落下不久的雪所覆盖的阿空加瓜火山和科迪勒拉山脉。翌日，他又登上了一个比圣地亚哥所在的大平原稍高的矮山岭。达尔文认为，这个平原是从前的内海的海底。
达尔文在圣地亚哥住了约一星期，决定绕弯道继续往南走，到了波浪汹涌的马伊普河河边。河上架着一座吊桥，甚至连一个人牵着一匹马的重量，都使它摇晃不已，要从这种桥上走过去是相当冒险的。但另一条小河卡察普阿尔河，却连这种吊桥也没有，所以不得不骑着马渡过此河，这也是件很不愉快的事情。这条河的河谷里有几处考凯纳斯温泉，因为能治病而四方驰名。
达尔文得知，这些泉水夏季要比冬季更多更热。但是夏季几乎是滴雨不下，所以这就使达尔文推测到，地下水源与在夏季里由于山上积雪的融化而形成了的急流有关，虽然这些山离温泉有15或20公里之远。这些雪水首先渗入高温区，然后再流到考凯纳斯地区的地面上。
12达尔文病了
达尔文又渡过克拉罗河，来到距圣地亚哥以南20公里左右的圣费尔南多。后又往西拐向大海，浏览了以浮岛著称的塔关塔关湖，这些浮岛是由各种不同的植物茎干彼此交织在一起而形成的，而在浮岛上又茂密地长出其他植物。他着手勘查金矿，为此又花费了四天时间。金矿的工人都显出疲惫不堪的样子：他们必须把约五普特重的矿石从130米深的地下背到地面上来。他们把搬运来的这种矿石运到磨房，把它磨成细粉，然后再把矿泥排进矿池里，矿泥在矿池里沉淀。随着矿泥硬化，各种盐就在表面上晶化。一两天后，再把它淘洗，于是就淘出黄金来。这一过程得重复好几次。矿工们干着这样繁重的工作，却只吃一些煮熟的豆子和面包。照达尔文所观察到的情况来看，矿工们得到的工资就已经够微薄的了，可是必须服劳役的农奴在这里的生活却比矿工们还要苦。
达尔文在回途中病得很厉害，回到瓦尔帕莱索就完全病倒了。他在科尔菲德家一直病到10月底，在这期间，他得到这位同事的护理和无微不至的关怀。
继达尔文患病之后，“比格尔”号上发生了一次严重的经济危机。费茨罗伊舰长为了加快海岸的测量工作，而于1833年在加里松那里租了两只纵帆船。他支付了 1650英镑租金，稍后过了一段时间，他为同样目的又花费了1300左右英镑，买下一只洛乌船。指望海军部同意核准这些开支，或许海军部会补偿他这笔钱。谁知海军部不仅不补给他这笔钱，反而来信说它“不赞成”租船，命令“要尽快解雇所租的船只”。
13辞职风波
费茨罗伊除了碰上这些不愉快的事情外，又加上疲劳过度，他的情绪非常颓丧，他已不能决定任何事情了。医生认为他应当停止任何工作。因此，韦克姆只有完成对南美洲东南部的测量工作，然后才能带领“比格尔”号返回英国。但全体船员都愿意经太平洋返回。这只有在费茨罗伊指挥下，根据以前给他的指示才能办到。而受海军部欺侮的费茨罗伊大为恼怒，他不能好好地并且按他过去的希望的那样去完成对南美洲东西部两岸的测量工作，所以他坚决要求辞职。
如果舰长辞职，韦克姆就会得到晋升，可是韦克姆不管这一点，他还是劝说费茨罗伊撤回自己的辞职书。他劝说舰长，海军部的指示，本身就是命令。他有多少剩余时间就做多少测量美洲西岸的工作，然后再横渡太平洋。韦克姆警告舰长说，即使他费茨罗伊担任了指挥，也不会有任何力量能使他重返火地岛。韦克姆问舰长，他的辞职会有什么好处呢？如果在一定时间许可的范围内他能完成测量工作，然后再往太平洋去的话，不是更好一些吗？最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。
从达尔文给亲属的信中可以看出，“比格尔”号上这次危机使他多么焦急不安。当然，一方面他特别怀念故乡、家庭和朋友。考察，特别是航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。如果费茨罗伊拒绝指挥，“比格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回。达尔文自然也就应该结束在“比格尔”号上博物学家的工作，考虑的只是回去的事了。然而他头脑中却有着另外的打算。
14危机结束
对收集来的材料进行研究，特别是对南美洲的地质考察情况已开始形成一定的构思，都向他提出了新的任务：首先就是要对西部各海岸进行地质考察，特别是科迪勒拉山脉的地质学问题。仔细观察自然景象的旅行者的最初热情，对迷人的热带风景的兴奋心情，渐渐地为考察家所具有的那种特别平心静气的浓厚兴趣所代替，因为考察家竭力要做的不仅是尽可能多收集搜集物，不仅是要记录他所观察到的现象，而且还要更好地弄懂和解释这些现象。旅途中，他在费茨罗伊舰长藏书丰富的图书馆里，熟悉了许多南美环球旅行的情况后，给自己拟定了未来工作、未来旅行路线和考察一些新地区的计划。他不能使自己的事业半途而废，不能放弃自觉制定的计划，特别是快要完成的计划。要是“比格尔”号放弃环球航行的计划向英国驶去的话，达尔文就决定走他自己所拟定的航线，独自越过科迪勒拉山脉，研究科迪勒拉山脉的地质，走旱路横穿南美洲大陆，再返回东岸到布宜诺斯艾利斯去，然后从那里乘船回英国。
可是危机结束了，“比格尔”号决定在完成能发现新地方的诱人的环球航行之后再回英国。同时达尔文决定要更加努力在南美洲西岸进行工作，乘“比格尔”号到一些岛屿上去考察，广泛利用在大陆上所用的老办法，即雇佣向导、马匹和骡子，走完所拟定的行程。他始终没放弃越过科迪勒拉山脉的念头。
“比格尔”号全体船员又开始进行测量奇洛埃岛的工作。有几个人在谢利万的指挥下，于11月24日乘着舢板和高速艇前去考察该岛的东部。达尔文雇了几匹马，到岛北端的查卡奥，他要在那里与其他人汇合。另一部分船员则留在“比格尔”号上，他们应该去考察岛的西部，以便与第一队人马在南部汇合。这时“埃德文切尔”纵帆船已卖掉。达尔文骑马走的路都是用圆木横铺而成的。因为太阳光线穿不进常绿森林的叶丛下面，所以地面松软、泥泞。
15狐狸
查卡奥本是岛上的主要港口，因为在海峡里的急流和危险的岩礁中间船只经常失事，所以人们就把港口移到圣卡尔洛斯。达尔文在查卡奥遇到了第一队人马。在以后的日子里，这队人马就逐渐地往南推进。被河谷切割开来，分离成很多小岛的平坦的地方，完全被一片不能通行的深绿色的森林覆盖起来。有些地方可以经常看见茅屋。在这片大陆上，现出了三座正在喷出一团团浓烟的巨大的活火山。每座火山的高度都有2 000米左右。安第斯山脉本身在这里要比在瓦尔帕莱索附近的山脉矮得多。沿途所见的居民，就外貌来看，都是有着红铜面孔的典型的纯种印第安人。他们住得很分散，对沿海地带上的树木很少清除或者清除得很差。
11月31日，这队人马来到了卡斯特罗，它曾是奇洛埃岛的古都，但是当时已经变成了一个特别荒凉的地方，总共只剩下几百个居民。
