达尔文特别注意到植物当中的庞克，庞克这一植物的基干有一米多高，长着四五个齿状的圆叶子，直径超过2米，周长在6米以上。
12月6日，这队人马到达了南岛圣佩得罗，“比格尔”号已停泊在那里。当这队人马中的两名军官，在这里用经纬仪进行测量工作时，据说是这个岛上特有的一只狐狸正在聚精会神地注视着军官们的工作，因此达尔文偷偷地走到它的背后，用地质锤朝它头上重击一下，把它打死了。就这样，在这个岛上发现了独有的狐狸。
达尔文和费茨罗伊虽然努力要爬上岛巅，但是一切努力都白费了：由于森林中到处都堆积有大量倒下的腐朽的树，所以根本无法通过，他们只好时而一个跟一个从腐烂的树干底下爬过去，时而沿着离地二三米高的树干上走。最后只好放弃这一打算。
16高山眺望
12月10日，达尔文搬到要继续向南驶进的“比格尔”号上。13日，他到达了乔诺斯群岛，那里开始刮起了可怕的“不亚于火地岛的”风暴。各个岛屿根本不能通行，所有海岸都无法接近。“必须在海岸上沿着尖角的云母页岩爬行，至于说到森林，那么脸、手和膝盖上的伤痕就明显地说明，要想穿过这些密林需要付出怎样的代价”。
后来，“比格尔”号又调过船头向北驶去。12月20日，“比格尔”号在靠近特烈蒙特斯角以北的地方发现了一处海港，海港附近有一座海拔500米的形似塔糖的正圆锥体山丘，它比里约热内卢那座名叫塔糖山的山丘更加接近于正圆锥体的形状。尽管山坡非常险峻，达尔文在这里还是爬到了山顶。他在《考察日记》中写道：“在这荒凉的地方，能够爬上一座山的山顶，会使人感到某种不寻常的快乐。只要我总是不安地期待看到某种新东西，而这种期待总是落空，然而每当我有新的打算时，这种期待总还是一定要出现的。任何一个人都知道，当我们从高山上眺望展现在我们面前的宏伟壮观的景色时，心头洋溢着胜利和骄傲的心情。而在这些处女般的圣洁、人迹罕到的地方，你会联想到你可能是第一个站在这座山顶上欣赏这一景色的人，在你的这一心情中还会添上某种荣誉感。”
17流亡者
但使他感到惊奇的是，他在荒野的海岸上发现了有人在这里住过的痕迹：悬崖凹处有草铺，草铺旁边有熄灭了的篝火残迹，斧子砍的斧痕。当时他就想到，这是遇难水手所留下的痕迹。确实，过了几天，当“比格尔”号发现另外一处海港，并在那里停泊的时候，海岸上出现了一个挥动衬衫的人；派去接他的小船带回两名水手。他们是美国捕鲸船上的流亡者，他们的小船被岸边的暗礁撞得粉碎。他们要沿着海岸走过去是非常困难的，他们当中有一个人就摔死了，其余的两个住在这里的芦草舍里，以海豹和软体动物充饥，一直住了15个月。他们只有两把斧子和几把刀。他们用燧石取火，那里的燃料是不缺的。
12月30日，“比格尔”号停泊在特烈斯蒙特斯半岛最北一端附近的小港里面。翌日，达尔文同几个旅伴一起爬上了海拔700米的高山，从那里可以清楚地看见由花岗石组成的科迪勒拉山脉的主脉，花岗岩上面覆盖着一层云母石岩，而云母石岩则已形成宛如手指状的雉堞。
1835年1月初，达尔文同费茨罗伊乘小船围着这个深水的小海湾绕行一周，途中看到无数海豹，海豹盖满平坦的岩石和部分海岸。以食死尸为生的火鸡兀鹰在窥视着它们。许多急流如瀑布似地从花岗岩的高山上飞泻入海。海燕、海鸥和鸬鹚在水上飞来飞去，在水中游来游去，捕捉鱼类。有一对美丽的黑颈天鹅和几只海獭也在那里游来游去。
18乔诺斯群岛
“比格尔”号在乔诺斯群岛的包港停泊一个星期。娇艳秀丽的植物一直生长到海岸边。大陆上隆起四座火山，科尔科瓦多火山匀称的高峰特别引人注目。
乔诺斯群岛上的树木，比奇洛埃岛上的树木更像火地岛上的树木，因为乔诺斯群岛上的山毛榉都很平常，岛更南一些地区的森林都是山毛榉树。特别值得注意的是，苔藓植物、地衣植物和小型蕨类植物的种类繁多，数量很大。西海岸群岛就像火地岛一样，泥炭形成的过程都是急剧的。
在乔诺斯群岛上，达尔文从为数极少的哺乳动物中指出了两种水栖动物：一种是小海獭，它不仅吃鱼类，而且也捕食大量漂浮的小螃蟹；另一种是啮齿动物鼯鼯鼯，它只有一个又大又长的尾巴，一身珍贵的漂亮毛皮。此外，在这里曾捉到一种当地小鼠，这种小鼠在许多岛屿上都有，这引起了达尔文的深思。
在奇洛埃岛和乔诺斯群岛，可似经常遇到一种红胸脯的鸥。当地居民认为鸥有各种不同的叫声，有时是吉祥的预兆，有时是不祥的预兆。还有一种身体较大的“吉德吉德”鸟，它的叫声像小狗。还要指出特别有趣的是，这些鸟虽然特殊，但却与智利中部的土耳其鸟和塔巴科洛鸟有血缘关系。总之，本地鸟刺耳的尖叫声特别与众不同，只是本地鸟中的一些罕见的鸟种在智利中部才可见到。
这一地区海面上飞翔着凶猛的大海燕。其中一种称为别拉德的海燕，使达尔文感到特别惊讶。按照它的习性和身体构造来看，它并不接近它实际上属于的那一科。它一受到惊吓，就钻进水里，在水下游过很长时间，然后又从水中飞到空中。在空中它直线飞行了一段距离以后，就像石头一样直掉下来，重又潜入水里去。它的嘴和鼻孔的形状，腿的长度，都明显地证明它是海燕。它有潜水习性，脚爪上没有后趾，翅膀短，从远处看，这些都使它接近于与之相似的海雀。
1月18日，“比格尔”号再次停泊在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯海湾里。19日夜，达尔文用望远镜观看了奥索尔诺火山爆发的动人景象。凌晨，火山停止喷发。
后来才知道，科迪勒拉山脉最大的火山——智利的阿空加瓜火山，也在同一天夜里喷发起来。六小时后，在位于阿空加瓜火山以北4 300公里的科谢圭钠火山也发生了大喷发，同时产生了强烈的地震，这次地震在1600公里的范围内都能够感觉到。
根据费茨罗伊的命令，达尔文和金克被派往卡斯特罗，再从那里横过奇洛埃岛，然后到西岸的库卡奥小教堂。旅伴们骑马，走的又是在沼泽地区里用圆木铺砌成的路。路面的圆木由于下雨而变得很滑，行路非常困难，不过已习惯于当地环境的马匹，却像狗那样灵巧地从一根圆木跳到另一根圆木。路的两边，都被高大而茂密的森林和芦苇围了起来。这一天天气非常好，无数树木正盛开着鲜艳的花朵，使空气里充满着香气。但是有着无数已经枯干的树干的沼泽森林，总给人留下一种极不愉快的印象。
1月23日，他们到达了一座美丽的小城市卡斯特罗。达尔文带来了一封介绍信给当地人彼得罗先生，他特别亲切地接待了大家，雇了强壮的马匹，并护送达尔文及其旅伴沿着海岸往南走，在那里有一个小村落，当地一名警卫队长自告奋勇要亲自把他们护送到库卡奥。他们往西一拐，沿着弯弯曲曲的小路前进，横穿过一个岛，时而穿过巍巍壮观的森林，时而又经过精耕细作的田地，在这些田地上，谷物和马铃薯的长势很好。由于道路非常坏，警卫队长就命令印第安人用当地的一种小船（彼了瓜）把他们向沿纬度线方向延伸的库卡奥湖运送过去。印第安人在这只做得粗劣的小船里，装运着一头母牛，母牛被推倒在船底，四条腿朝上，并用绳子牢牢地捆缚在船上。
库卡奥散居着三四十家模样特别可怜的印第安人。达尔文和金克从这里沿着宽阔的海岸往北走，那里的海浪汹涌澎湃，冲打着海岸。他们想沿着海岸到圣卡尔洛斯去，可是印第安人在这里坚决拒绝给他们带路。于是只好原路返回。1月28日，他们终于回到圣卡尔洛斯。
2月4日，“比格尔”号离开奇洛埃岛向北航行，由于多雾，所以直到8日方才到达智利的瓦尔迪维亚。这个城市离海岸约有16公里，分布在沿河一带的低地，周围是茂密的苹果树林。三天后，达尔文带了一个向导出发去旅行。美洲海岸上茂密的处女林与奇洛埃岛上的森林，区别只在于颜色比较鲜绿，这大概是因为智利的常绿树木，比奇洛埃岛上的常绿树木少的缘故。过了几座森林，来到草原之上。他们途中常见的那些印第安人，待人接物十分矜持、直爽，体格健美，显得与众不同。
2月20日发生了强烈地震。达尔文当时正好在海边，躺在森林里休息。地震是突然发生的，而且持续了两分钟。虽然两腿站稳并不困难，但是地面摇晃却使达尔文感到有些头昏。城里的木头房子摇动得特别厉害，轧轧作响。居民们非常恐慌，纷纷涌到外面。这一次最强烈的震动正发生在退潮的时候：海水急速上涨，上升到最高点时又倒流回来。
2月22日，“比格尔”号离开瓦尔迪维亚，沿着海岸往北继续进行测量。在测量中，倒数第二个锚碎裂了。只好紧急出发到瓦尔帕莱索去取新锚。3月3日，“比格尔”号当时已在航行，舰上所有的人都感觉到地震所产生的又一次强烈震动。
当“比格尔”号3月4日驶进智利的康塞普西翁市港湾后，达尔文就在基里基纳岛登陆。他在这里首先听到的消息是，2月20日大地震造成了可怕的毁灭，无论是在康塞普西翁市，还是在塔尔卡瓦诺海湾，所有的房屋全都倒塌，甚至连塔尔卡瓦诺的废墟也被巨大的海浪卷走。达尔文自己很快就证实了，地震以及由地震在海上所引起的巨大的海浪的破坏力是巨大的。他亲自测量了由于地震而被散乱抛弃到海岸上表面附有海生生物的岩石碎片。有一块石头几乎有2米长，l米左右宽，有半米多厚。地面的许多大裂缝和移位都是大地摇晃的结果。康塞普西翁市的地震是在中午 11时半开始发生的。这就说明死人并不多，因为许多居民都能在房屋倒塌之前跑出去。在这次震动以后不久，在离海岸三四海里的海面上发现了从海湾中心向前移动的平整的大海浪；它以惊人的力量卷走了海岸上的房屋和树木。达尔文在《考察日记》中写道：“看到建筑物曾经耗费了人类那么多的时间和劳动，却在顷刻之间都被摧毁，真使人感到难过和痛心。但是，对受灾居民的怜悯之情，较之于通常由数个世纪才能完成，而这里却在顷刻之间就发生了的突变景象所引起的惊奇感，不知怎的却相形见绌。我认为，自从我们离开英国以来，简直没有看到过一种有什么比这更使人感兴趣的景象了。”
3月7日，越过科迪勒拉山脉，“比格尔”号启航向瓦尔帕莱索驶去，于11日抵达那里。过了两天，达尔文出发上路，以便实现他自己早就想越过科迪勒拉山脉的夙愿。在圣地亚哥他早就做好了一切必要的准备。达尔文从平常人们在这里通过的两个山口中挑选了最近的、更加险峻的波尔季利奥山口，以便在归途中能更加容易越过另一个乌斯帕拉塔山口。3月18日，达尔文离开了圣地亚哥，带着一名向导和一名赶着几匹骡子的人，好不容易才到达肥沃的马伊普河河谷。
达尔文对于这种“愉快而又自由自在的”旅行方式是这样描述的：“我们在有人居住的地方购到一些木柴，租用一块牧场给骡子吃草，并且在这里露宿。我们自己带着铁锅，在晴朗无云的天空下，一面无忧无虑地安顿住宿，一面用铁锅烧煮晚饭。当时，我有两个同伴：一个是马里阿诺·贡萨列斯，他以前曾伴随我在智利旅行；另一个是阿里耶罗，他一个人赶着10匹骡子。”达尔文感到惊异的是，长着细腿的骡子竟能驮运骡队给它们装载的如此重的东西。骡子在平原要驮运将近187公斤，在山地也要驮运将近142公斤。
在科迪勒拉山脉的主要一些河谷的两侧2—4公里的高处，升起了一块块由粗糙成层的砾石和沙土组成的阶地。达尔文认为，这里的地质现象和南美洲东岸的地质现象一样，而南美洲东岸的地质史，主要归结为这些海岸在逐渐上升。上述阶地的下端在科迪勒拉山脉山口附近平斜下降，并不知不觉地同他早先从瓦尔帕莱索出发的各次游览中所考察的那些与外界隔离的平原连成一片。他认为，这些阶地是在海水浸没智利的时候沉积下来的，这种浸没也正像在目前地质时期海水浸没智利更南的海岸一带的情形一样。
因此，达尔文无论是在他的地质论文中，还是在他的结论中，都是赖尔的热烈拥护者，是那些认为科迪勒拉山脉是一下子形成的灾变论者的强烈反对者。从前山里的河流在上游冲开河道，使沉积物在水流缓慢的入海口处沉积下来。这些阶地就这样产生了，并逐渐随着高于海平面的陆地的上升，越来越向低处沉积，直到这些沉积物的地方一直达到现代海平面为止。灌溉科迪勒拉山脉里的现代盆地的河流，都是一些从很陡的山坡上流下来的特别混浊的真正山涧急流。
达尔文在《考察日记》中富有诗意地写道：“当马伊普河沿着巨大的圆石块奔流时所发出来的咆哮声不亚于海的怒吼声。甚至在很远的地方，也可以清楚地分辨出，在奔腾的河水的喧嚷声里面所夹杂的石块互相撞击的轧轧声。在这条河的所有地方，不论白天或者夜里，都可以听到这些轧轧声。这种声音向地质学家雄辩地说明：被吸引到同一方面来的成千上万块石头在彼此互相撞击着，发出一种低沉的单调的喧嚣声。这正好像是时间概念一样：已经消逝的每一分钟，都是一去不复返的。这些石块的情形也就是这样：海洋对它们来说是永恒的；而它们粗野的乐曲每一个音符都在向我们宣告说，它们又向着自己的最后命运前进了一步。”
达尔文继续写道：“如果有一种因素这样经常重复地出现，使我们感到重复的次数多得难以确定……那么这种因素所引起的任何一种结果，只能够被我们的头脑理解为某种缓慢的过程的结果。每逢我遇见那些沉积到好几千英尺厚的淤泥、沙子和砾石的地层时候，我就发出感叹，像现在的河流和现在的海岸这些因素是不能去冲击和积累出这样巨大的冲积层来的。可是，从另一方面看来，当我听到这些急流的咆哮声，并且回忆大批动物种类在地面上消失，以及这些石块在整个这段时间里日日夜夜沿着自己喧嚣的道路不断向前推移的时候，我就暗问自己：有哪一些山脉，哪一些大陆，能够抵挡住这种经常不断的破坏力呢？”
