赖尔大概从胡克那里知道了达尔文不反对按他的《地质学原理》的形式出版书时，开始同自己的出版商穆瑞洽谈，他是否准备出版达尔文的书。达尔文在3月底听到这一消息，并且看到，他的书愈来愈处于有利于出版的地位，非常高兴地接受了在穆瑞那里出版书的想法。他向赖尔提出了很多问题，并请他提出建议。十分有趣的是，从他给赖尔的信中可以看到，一个自由的思想家是怎样违心地重视出版商的宗教偏见的。他给赖尔写道：“您要给我出个什么主意呢？我是否应该告诉穆瑞，我的书会与正统的观点相矛盾，但就研究的对象的实质来说，比必然发生的矛盾要少，我是否应该告诉他，我不谈人类的起源，也不对《创世纪》等等进行争论，我只列举事实以及由这些事实得出的那些我认为公平的结论呢？”他担心使出版者“上当”，所以坚持在签订合同以前，让出版商哪怕读完前三章也好。据说穆瑞读完手稿的片断后，称这个学说是胡说八道，如同某个人假定一只兔子同一个老太婆很顺利地结了婚一样。但是，穆瑞大概感觉到，这本书将会销路很广，这一点对于他的商业活动来说则是主要的。
4月初，书开始印刷，6月，书的校样出来了。达尔文毫不留情地修改了“可恶的”校样。他逐字逐句地把校样抹掉，再贴补上几张纸条——他认为文体是十分差劲的。据穆瑞说，他“几乎是全部重新写”。他力求使文体清楚和事实准确，除此之外，他还把校样寄给自己的朋友赖尔和胡克检查。他期待他们俩还能够在事实上和证据上改正一些错误。
《依据自然选择的物种起源》一书，于1859年11月24日出版，1250册书在出版的当天就卖完了。到了1月，第2版又出现在市场上，而且直到1872年作者修订的新版不断问世，该书已经印刷了6版，24000册。它曾即刻被译成德文和荷兰文；1862年，法文版也出来了。到了1876年，达尔文已能够宣告他的书已译成欧洲所有的文字，尽管像达尔文亲自对胡克谈心说的那样，“天啊，它真难读。”
《物种起源》的初步成功可以归因于它完全适应它问世的特定时间的环境。时间是合适的，在学术基础上也有了很多方面的准备。
递变，或者说进化，在1859年已不是什么新概念。自从上个世纪以来，它一直在逐渐地进入科学界。那时，亚里士多德的观点几乎是第一次受到了挑战。哲学家们受到正在涌现的新的事实的激励，正在仔细地审查无机界和有机界。望远镜正在把宇宙的边缘向后推，自然科学家正在环游地球，显微镜也正在一滴水中发现生物。
在德国，康德在其1755年在法兰克福出版的《自然通史和天体论》一书中提出了宇宙进化论。宇宙整体，他辩论道，根据可以发现的机械学法则来说，其本身的存在，也正是诸种物质的力量作用于原始物质的结果。他曾考虑到把类似的理论应用于有机界的可能性，但他退缩了，因为有机界“对我们来说是那样不可思议，我们觉得不得不为它设想一个不同的原理”。
大约同时，布封伯爵也在探究着地球的年龄和结构，他的结论是：地球十分古老，而且是逐渐形成的。不过，这一结论很快被教会压制下去了，他被迫宣布撤销：“我放弃我书中一切有关地球形成的说法，而且总的说来，放弃所有与摩西的讲述相违背的说法。”一个正在不断变化中的地球的故事从伟大的《自然史》中取消了，但书中还存在着关于猪脚上那些发育不全的脚趾的没有用处的微妙的评论。没有谁，布封说，会制造出那样的一只脚，因此，猪很可能有一个四趾踏地的祖先。同时他极想知道南美和非洲那些热带地方，气候相同，是否有这样不同的动物。布封的著作被广泛地阅读，因为它是18和19世纪生物学方面的标准著作。
试验递变可能性与创造的实际措施也正在进行中。1766年在圣彼得斯堡，约瑟夫·科尔路特杂交了烟草的变种，或者说，像他自己认为的那样，杂交了物种，旨在发现他是否能够从杂交中得出一个新物种。杂交出来的杂种在性状上是介于两种亲体之间。但不幸的是，花粉不育。他不曾得出本身永久存在的新物种，可是他试验了，并通过试验创始了一系列植物杂交试验。到1834年，慕尼黑大学为“论物种递交可能性的原因”的论文提供了一笔奖金，该奖金为卡尔·加特纳所得，在加特纳父亲的植物园里科尔路特曾经继续过他在圣彼得斯堡的试验。
大约在1770年，伯明翰成立了一个学会。它吸引了像詹姆斯·瓦特、马修、博尔顿、乔赛亚、威基伍、约瑟夫、蒲力斯特里和查理·达尔文的祖父伊拉兹马斯·达尔文等科学家。这个月球学会举行非正式的聚会，讨论当时诸如空气的性质和有机界的类型之类的科学问题以及来自国内和国外的挑战性的理论，例如布封和另一个叫做拉马克的法国人与苏格兰地质学家詹姆斯·赫顿的理论。科学家们正在描绘着一个正在变化中的世界，而“月球学会会员们”则是这个世界的中心。蒲力斯特里正在寻求“那个伟大的终极原因”，特别是在有关动物创造的宇宙观方面。自亚里士多德以来，拉马克第一次把动物界重新分了类，而且是根据自然的密切关系分类的，把一切有机物都排列成一种中间没有间断的分支关系。伊拉兹马斯·达尔文相信，很多动物改变了形态，变成了新的物种，而这种改变乃是一个个体一生中习性传播的结果；他还相信，生命，归根到底来自海洋。
习性的传播已经是一种古老的理论了，但它并不曾用来解释自然的物种递变，伊拉兹马斯·达尔文和拉马克当时正在哲学界引起一场震动。1809年，拉马克终于出版了《动物学原理》，在书中他明确地说，他相信一切生物都是由于自然的原因从别的生物发展而来的。拉马克并不是把主要群组的动物飞快地带上亚里士多德的阶梯，而是慢慢地使它们像一棵树分枝那样从一个物种变到另一个物种。布封的书是他的课本，而拉马克则毫无疑问也探究过那些猪脚之类的问题：为什么有些鸟生着长腿，有些鸟却生着短腿？为什么有些鸟生着爪子，有些鸟却生着蹼？为什么有些鸟生着直嘴，有些鸟却生着钩嘴？每种情况，在拉马克看来都很清楚，那就是：一个鸟一生中力争达到一个什么目标，譬如说，有些鸟想成为涉水者，有些鸟想吃硬壳果。于是，涉水者便极力伸长它们的双腿，以便在较深的水中行走，吃硬壳果的鸟则极力啄破那些又大又硬的果实。随着那些鸟越来越努力地争取达到自己的目标，双腿变长了，嘴也加强了；它们的某种成就在血流中循环运行，直到它触及再生细胞被传给后代。拉马克相信有机的连续，即系列，而且他提出了说明这种现象的理论。
本世纪初，有影响的自然科学家们正在探究万物的顺序；并在迅速发展中的地质学方面寻求支持。
英国经济的发展需要讲求实际的地质学家们来建议挖掘运河和修筑铁路的地址。在挖掘过程中，发现了许多奇怪的东西：“雷石”，即软体动物的化石，和其他同海胆和珊瑚非常相似的化石。岩石是成层次的，一层一层的垒积着，颜色不同，结构也不同。有些岩石可以支撑铁路，有些岩石可以蓄水。了解那些岩石的摆法和它们摆放的地方，十分重要。那些岩层总处于同样的顺序吗？那些岩层在英国不同地区也是一样的吗？由于对层次形成系统研究的结果，威廉·史密斯用把岩层排成清晰、可以预见的顺序的方法，于1815年绘制了英格兰和威尔士的地质图。这是一个启示：有些在史密斯的顺序中很低下的岩层在有些地方暴露出来；别的岩层也在别的地方暴露出来；有些岩层是折叠的，有些是倾斜的，有些是上下颠倒的。讲求实际的地质学家们正在对地球的结构有所发现，而这些发现当时是料不到它们在理论上的结果的。
实际的科学刺激了理论的科学，而且随着赖尔的《地质学原理》于1830到1833年间的出版，理论地质学便进入自己历史的新阶段。赖尔的理论是建立在赫顿的一个既没有开始的遗迹，又没有结束的前景的古老地球的基础之上的天律不变说。赫顿相信变化是由于岩石的发热产生的，而他的对手们则把变化归因于洪水泛滥。根据赖尔的看法，地球从前形成的过程，跟当时仍然正在形成它的过程完全一样：地震、洪水、火山、河流；倾斜、爆发、下沉、风雨的侵蚀。地球是不稳定的，同时正如赫顿所发现的那样，地球也是古老的。
19世纪30年代，对于变化传布着一种不安的感觉，对于在漫长的时期里只生存一个短暂的瞬间也感到不安。宇宙是根据机械力的法则变化的，地球是通过自然力的作用变化的——动物和植物都可能变化——社会也由于政治、经济和宗教的力量正在发生着变化。
《自然创造史的遗迹》于1844年未署作者姓名出版，它把所有那些变化中的系统，例如宇宙、地球、植物、动物和人类，统统归总为一个整体。万物都是经过不同的阶段变化而来的，甚至智力的等级也“只不过是发展的阶段”。《自然创造史的遗迹》一书引起了震动。它受到专业科学家们的严厉批评，作者显而易见并非科学家，因而他很容易地成为嘲笑和恶毒攻击的对象。赫胥黎写了一篇辛辣的评论；剑桥大学地质学教授亚当·塞治威克也把它驳得体无完肤，发现其中所讲的细节令人厌恶，并终于断定说，这本书如此低劣，只能出于一个女人之手。天文学家兼哲学家约翰·赫瑟尔批评了《自然创造史的遗迹》所讲的地理学，业余地质学家休·米勒则驳斥了它的渐进论。米勒声言地质学并不为从简单到复杂这种逐渐变化提供证据。在《创造者的足迹》中，他证明复杂的化石是突然从岩石中出现的，并无祖先可寻。因此，他辩论说，《自然创造史的遗迹》所用的证据不能证明渐进论，从而也不能证明进化。《自然创造史的遗迹》所讲的蹩脚的科学道理是容易予以摒弃的，但并不是它所引起的不安的真正原因。真正原因是人们不喜欢变化的理论，不喜欢那种胆敢把人类也包括在内的变化的理论。
但《自然创造史的遗迹》头6个月就出了4版，受到科学家和艺术家的议论和讽刺。在迪斯累利1847年出版的小说《唐克列德》中，康斯坦斯夫人劝男主人公读一本标题为《混乱的启示》的骇人听闻的新书。“你知道，一切都在发展。这一原理现在正在永久地传布下去。最初是什么都没有，然后有了某种东西；接着，我忘记是什么了，我想，有过带壳的软体动物，然后是鱼；接着是我们人类。让我想一想，接着而来的是我们人类吗？不必管它；我们人类是最后出现的。下一阶段会是某种优越于我们的东西；某种生有翅膀的东西。啊！正是这样，因为我们从前是鱼，而且我们相信我们会变成乌鸦。不管怎样，你应该读一读这本书。”
达尔文和华莱士两人都读过《自然创造史的遗迹》；达尔文虽然说对它不感兴趣，但承认它写得好，比任何最近出版的著作议论得多，而且实际上已经传说他就是作者。华莱士认为它是一个“有发明才能的假说”。牛津几何学教授巴登·鲍威尔牧师给作者写了一封信，以热忱的言词向他表示祝贺。
赫伯特·斯宾塞继《自然创造史的遗迹》出版之后在《领导者》上面发表了一篇文章，题目是《发展之假说》，在文章中他有力地为进化论作了辩护。他从地质学和德国海因利希·潘德和卡尔·埃恩斯特正在探讨着的胚胎学的新的研究成果搜集了事实，他断定文章中的事实是证实有机变化的理论的。也许是事实，但并非足够的事实，批评家们在喊叫。斯宾塞反驳道：“你们自己的学说就根本没有事实来支持。战线已经摆好，社会正准备迎接那本将广集事实并引人注意的书籍。”
理论有了，令人吃惊的事实也接着提出来了。《物种起源》引起了骚动。但这已经是《自然创造史的遗迹》出版以后15年的事情了。
《物种起源》的出版是自然科学史上的一个最重大的事件，因为它成了19世纪绝大多数有学问的人改造世界观的开端。《物种起源》是不朽的，要想对其细节吹毛求疵也不容易。达尔文多年来一直在思考这个问题并细心地收集了事实。《物种起源》为科学界提供了驳不倒的证据，它支持用变种和选择的观点来解释化石、地质分布、发育不全的器官、胚胎学上的类似和分类，其基础则为赖尔天律不变说。
达尔文理论第一次为进化提供了令人满意的作用过程。它之于生物科学，犹如哥白尼革命之于宇宙科学，因为它是一种不断刺激着实验和观察的有效的假说，其影响全社会都感觉得到的假说，因为世界再也不会看起来是相同的了。正如地球已不再是宇宙的中心，人类也不再是生活的中心了。
达尔文的《物种起源》问世以后，围绕着他的学说展开了长期激烈而尖锐的斗争。这部著作不知不觉地、不声不响地击败了各个对手，说服了那些动摇分子，在越来越多的无私地寻找真理的人们中间，为自己争得了许多朋友和信仰者。而赫胥黎就是维护达尔文学说的最坚决的斗士之一。
为了能够详细证明他在《物种起源》中只是简单勾画出其轮廓的东西，达尔文的新著作《兰花的传粉》、《同种花的不同形态》、《攀缘植物》、《动物和植物在家养下的变异》相继问世。这些著作都是达尔文心血的结晶。
